西北農(nóng)林科技大學(xué)農(nóng)學(xué)院

西北農(nóng)林科技大學(xué)農(nóng)學(xué)院教案2015——2016學(xué)年第1學(xué)期教研室遺傳學(xué)課程名稱生物信息學(xué)授課對(duì)象種科系2013級(jí)本科生授課教師童維職稱職務(wù)講師教材名稱《生物信息學(xué)》2015年6月2日《生物信息學(xué)》課程教案章節(jié)名稱:第四章蛋白質(zhì)序列分析第二節(jié)蛋白質(zhì)一維、二維序列分析課堂講授(1),實(shí)踐課(1)教學(xué)時(shí)數(shù)1教學(xué)目標(biāo)：1. 掌握蛋白質(zhì)一維序列分析的方法2. 掌握蛋白質(zhì)二維序列分析的方法授課內(nèi)容要點(diǎn):請(qǐng)同學(xué)簡(jiǎn)要回顧上節(jié)課講述的蛋白質(zhì)常規(guī)分析方法：Sequencealignment:BLAST,FASTA,Clustalw…PredictingAntigenicPeptides:antigenic…PredictpI/MW:ComputepI/Mw,Isotopident…Proteinsolubilityprediction:PROSO,…Transmembraneproteinprediction:TMHMMSignalpeptideprediction:SignalPEnzymaticsites:restrictSequenceextract,translate,etc:extractseq,seqret……導(dǎo)入：向同學(xué)們提問(wèn)：給你一個(gè)未知蛋白質(zhì)，你會(huì)如何開(kāi)展分析？蛋白質(zhì)一維序列分析；蛋白質(zhì)二維序列分析；蛋白質(zhì)三維序列分析；蛋白質(zhì)一維序列分析：兩兩序列比對(duì):BLAST;Fasta;多重序列比對(duì):Clustw…蛋白質(zhì)二維序列分析：向同學(xué)們提問(wèn)，并展開(kāi)討論：為何要進(jìn)行蛋白質(zhì)二維序列（或蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域分析，proteinmotif）分析？當(dāng)前蛋白質(zhì)二維序列分析的方法：Interpro,COG等，進(jìn)行演示。向同學(xué)們提問(wèn)，Interpro數(shù)據(jù)庫(kù)中proteinmotif本身是如何形成？布置學(xué)生課后作業(yè)（下節(jié)課解答）：搜索小麥抗條銹病的相關(guān)蛋白質(zhì)，用所學(xué)到的方法進(jìn)行蛋白質(zhì)序列分析。教學(xué)重點(diǎn)：1. 掌握蛋白質(zhì)一維序列分析方法；2. 掌握蛋白質(zhì)二維序列分析；教學(xué)難點(diǎn)：1.理解蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域的概念；2. 如何進(jìn)行蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域（二維結(jié)構(gòu)）的預(yù)測(cè)教學(xué)方法：講授，多媒體+板書(shū)課堂討論題、思考題、作業(yè)：1.同學(xué)們得到一個(gè)未知蛋白質(zhì)后，如何開(kāi)展分析？2.為何要進(jìn)行蛋白質(zhì)二維序列（或蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域分析，proteinmotif）分析？3.Interpro數(shù)據(jù)庫(kù)中proteinmotif數(shù)據(jù)本身是如何形成？參考資料（含參考書(shū)、文獻(xiàn)等）：《基礎(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用》，蔣彥等，清華大學(xué)出版社《生物信息學(xué)—基因和蛋白質(zhì)分析的使用指南》，李衍達(dá)，清華大學(xué)出版社《生物信息學(xué)》，趙國(guó)屏，科學(xué)出版社《生物信息學(xué)手冊(cè)》，郝柏林，上?？茖W(xué)技術(shù)出版社備注:1.通過(guò)向同學(xué)們提問(wèn)“得到一個(gè)未知蛋白質(zhì)后，你會(huì)如何開(kāi)展分析？”，讓學(xué)生思索、展開(kāi)討論，引入本節(jié)授課內(nèi)容。2.重點(diǎn)讓學(xué)生掌握蛋白質(zhì)一維、二維序列分析方法；3.讓同學(xué)思索：可應(yīng)用COG，