基因組的遺傳

基因組的遺傳學(xué)分析生科131朱澤賢個體基因組的遺傳變異01個體基因組的遺傳變異類型簡稱大小/bp發(fā)生頻率/kb基因座數(shù)量單核苷酸多態(tài)性SNP111000萬插入或缺失InDel2-1001020萬單序列重復(fù)SSR3-2003010萬拷貝數(shù)變異CNV/CNP100-100000030000.86萬復(fù)雜變異500(singlenucleotidepolymorphisms)SNPs概念：指在基因組水平由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳變異中最常見的一種。人類的SNP一般為二等位基因(Biallelic)。包括一種轉(zhuǎn)換C→A(G→A)和三種顛換C→A(G→T)、C→G(G→C)、T→A(A

→T)由于SNP是明確的DNA序列單個堿基改變，用于分辨特殊DNA序列的分子生物學(xué)方法都可以用來檢測SNP。..GCATTGAC....GGTAACTG....GCATTGAC....GGTAACTG....GCATTGAC....GGTAACTG....GCG

TTGAC....GGC

AACTG....GCGTTGAC....GGCAACTG....GCGTTGAC....GGCAACTG..wt/wtm/mwt/mSNP檢測方法：原理區(qū)分01020304ASO，基因芯片，LNA，HRM，液相芯片基于雜交方法：化學(xué)識別測序，分子信標(biāo)，循環(huán)探針其他方法：PCR-SSRP，DGGE，CFLP，DHPLC，DASH基于結(jié)構(gòu)，構(gòu)象：DNA聚合酶，連接酶，RNaseH基于酶法(Deletion-insertionploymorphism)InDel概念：指的是在人類基因組中，有一個或幾個堿基對長度的插入或缺失?？捎肈NA芯片技術(shù)和ASO技術(shù)，在SNP附近檢測到75%長度為1或者2個堿基對的DIP。寡核苷酸探針特異雜交(ASO)設(shè)計中包含SNP位置的特異的寡核苷酸順序，通過嚴(yán)格控制雜交和洗脫條件，同時設(shè)置對照，進(jìn)行雜交時將SNP通過ASO雜交區(qū)分出來。(CopyNumberPolymorphism)CNV概念：指在人類基因組中廣泛存在的，從1000bp到數(shù)百萬bp范圍內(nèi)的缺失、重復(fù)和復(fù)雜多位點(diǎn)的變異CNPs與一些復(fù)雜疾病表型有關(guān)，但數(shù)據(jù)不足使得當(dāng)前CNVs發(fā)現(xiàn)技術(shù)的發(fā)現(xiàn)率遠(yuǎn)低于CNP

核型分析熒光原位雜交（FISH）二代測序基因芯片分辨率低低高高檢測范圍只能檢測大于5-10Mb突變只能檢測已知位點(diǎn)，通量較小覆蓋全基因組覆蓋全基因組雜合性缺失（LOH）/單親二倍型（UPD）不能檢測不能檢測能檢測能檢測針對FFPE樣本FFPE

失敗率高FFPE失敗率高FFPE樣本運(yùn)行測序困難有專門針對存放時間較長的FFPE樣本的芯片產(chǎn)品優(yōu)缺點(diǎn)染色體處理過程對操作者技術(shù)要求高，不同人員操作可能會導(dǎo)致完全不同的展帶效果定制進(jìn)口探針，價格昂貴成本昂貴一張芯片，多種數(shù)據(jù)，快速、準(zhǔn)確、高性價比1.已知炎綜合鋤征及頑一些銹病例燥數(shù)據(jù)叔庫：De柳ci努ph密er2.正常殖人拷蔥貝數(shù)魚數(shù)據(jù)同庫：DG牌V3.病例絨數(shù)據(jù)禮庫含賤很多檢中心李上提顆的芯六片數(shù)適據(jù)及章部分戰(zhàn)資料求：IS廢CA4.辟U塊CS秩C上可鼓以看桶到以隊上數(shù)角據(jù)庫帳的內(nèi)容叢，用浮來查詢福某特顧定區(qū)瞧域或眉基因生是否憑存在CN監(jiān)V等等(P討os知it悟io劃na嶺l累Cl玻on吵in罩g)定位慨克隆概念：圖位克隆(Map-basedcloning)又稱定位克隆(positionalcloning)用該方法分離基因是根據(jù)目的基因在染色體上的位置進(jìn)行的，無需預(yù)先知道基因的DNA順序，也無需預(yù)先知道其表達(dá)產(chǎn)物的有關(guān)信息。定位克隆宜的步粗驟：PrimarymappingFinemappingCandidategeneComplementationtestFunctionalanalysis(G樂en犬om持e蜘Wi銀de濤A浸ss揭oc黎ia辨ti筐onSt提ud糾ie呼s)GW職AS概念揮：全享基因逐組關(guān)濕聯(lián)研糧究是鐘一種完檢測膽特定毀物種涂中不哨同個授體間暑的全俘部或捐大部既分基胞因，拼從而指了解紫不同淘個體喬間的遵基因等變化獨(dú)有多凡大的壟一種調(diào)方法傲。不搶同的畫變化上帶來諒不同搭的性泊狀，萍如各條種疾寸病的不同。利用價全基欄因組盟范圍短內(nèi)篩矩選出高密排度的框分子六標(biāo)記對所衣研究越的群籃體進(jìn)租行掃棋描，饞