Chem3D常用功能使用教程_第1頁
Chem3D常用功能使用教程_第2頁
Chem3D常用功能使用教程_第3頁
Chem3D常用功能使用教程_第4頁
Chem3D常用功能使用教程_第5頁
已閱讀5頁,還剩101頁未讀, 繼續(xù)免費(fèi)閱讀

下載本文檔

版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡介

Chem3D介紹提供功能制作結(jié)構(gòu):立體旋轉(zhuǎn);讀取chemDraw結(jié)構(gòu);進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算進(jìn)行量化結(jié)構(gòu);并和數(shù)種量子化學(xué)軟件結(jié)合在一起。chem3D是一個(gè)三維分子結(jié)構(gòu)演示軟件1現(xiàn)在是1頁\一共有106頁\編輯于星期日Chem3D起始界面2現(xiàn)在是2頁\一共有106頁\編輯于星期日主界面Chem3D起始界面3現(xiàn)在是3頁\一共有106頁\編輯于星期日工具欄模型窗口模型類型三維視圖ChemDraw切換圖標(biāo)工具欄模型數(shù)據(jù)窗口擴(kuò)大(縮?。┐翱谙⒋翱跔顟B(tài)欄4現(xiàn)在是4頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇軌跡球單鍵雙鍵三鍵虛鍵文本橡皮大小調(diào)整5現(xiàn)在是5頁\一共有106頁\編輯于星期日顯示設(shè)置6現(xiàn)在是6頁\一共有106頁\編輯于星期日視頻設(shè)置模型顯示設(shè)置立體顯示彈出信息配體顯示結(jié)構(gòu)顯示原子標(biāo)記原子顯示色彩選項(xiàng)7現(xiàn)在是7頁\一共有106頁\編輯于星期日顯示設(shè)置屬性ModelType線狀模型棒狀模型球棍模型圓柱鍵模型比例模型8現(xiàn)在是8頁\一共有106頁\編輯于星期日帶狀模型9現(xiàn)在是9頁\一共有106頁\編輯于星期日結(jié)構(gòu)不同顯示方式View/Setting/ModelDispaly菜單或F6鍵:五種WireFrameSticksBall-SticksCylindricalBondsSpaceFilling

10現(xiàn)在是10頁\一共有106頁\編輯于星期日帶狀模型常用于生物分子11現(xiàn)在是11頁\一共有106頁\編輯于星期日代表用紅藍(lán)兩種色彩的立體顯示代表用深色顯示模型,就是對于模型的部分按觀察者的角度不同著色代表顯示兩個(gè)立體結(jié)構(gòu)完全相同的模型代表模擬現(xiàn)實(shí)的角度觀察模型,使模型更接近真實(shí)代表顯示模型的時(shí)候?qū)⒑竺娴牟糠忠躁幱靶问奖硎?,這樣模型的立體感更強(qiáng)。12現(xiàn)在是12頁\一共有106頁\編輯于星期日13現(xiàn)在是13頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇【單鍵】工具,在模型窗口向右按動(dòng)圓柱鍵模型1.利用鍵工具建立模型建立3D模型14現(xiàn)在是14頁\一共有106頁\編輯于星期日線狀模型15現(xiàn)在是15頁\一共有106頁\編輯于星期日棒狀模型16現(xiàn)在是16頁\一共有106頁\編輯于星期日球棍模型17現(xiàn)在是17頁\一共有106頁\編輯于星期日比例模型18現(xiàn)在是18頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇【軌跡球】工具,使分子模型在模型窗口沿X、Y軸旋轉(zhuǎn)X、Y軸旋轉(zhuǎn)指示19現(xiàn)在是19頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇【軌跡球】工具并按“Alt”鍵,使分子模型在模型窗口沿Z軸旋轉(zhuǎn)Z軸旋轉(zhuǎn)指示20現(xiàn)在是20頁\一共有106頁\編輯于星期日模型結(jié)構(gòu)信息光標(biāo)位于原子上,自動(dòng)顯示原子信息21現(xiàn)在是21頁\一共有106頁\編輯于星期日工具欄顯示原子的符號(hào)和標(biāo)號(hào)22現(xiàn)在是22頁\一共有106頁\編輯于星期日光標(biāo)位于鍵上,自動(dòng)顯示鍵信息模型結(jié)構(gòu)信息23現(xiàn)在是23頁\一共有106頁\編輯于星期日模型的進(jìn)一步信息顯示鍵長變化顯示鍵角變化顯示二面角顯示所有沒有相鄰的原子的距離24現(xiàn)在是24頁\一共有106頁\編輯于星期日模型的鍵長數(shù)據(jù)25現(xiàn)在是25頁\一共有106頁\編輯于星期日模型的鍵長和鍵角數(shù)據(jù)26現(xiàn)在是26頁\一共有106頁\編輯于星期日乙烯模型中的雙鍵信息27現(xiàn)在是27頁\一共有106頁\編輯于星期日鍵級改動(dòng)28現(xiàn)在是28頁\一共有106頁\編輯于星期日顯示氫及孤對電子29現(xiàn)在是29頁\一共有106頁\編輯于星期日不顯示氫及孤對電子的環(huán)己烷原子名稱及序數(shù)30現(xiàn)在是30頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇工具,雙擊原子,按順序改變原子序號(hào)31現(xiàn)在是31頁\一共有106頁\編輯于星期日隱藏或顯示其它原子居中移動(dòng)到色彩調(diào)節(jié)顯示元素符號(hào)顯示元素編號(hào)顯示實(shí)心球顯示點(diǎn)陣表面調(diào)整鍵長破壞鍵調(diào)整鍵級就近結(jié)合添加質(zhì)心顛倒調(diào)整矩陣隱藏所選部分隱藏非選部分顯示所有原子顯示鄰近原子顯示背面定義基團(tuán)32現(xiàn)在是32頁\一共有106頁\編輯于星期日利用【鍵】工具建立的結(jié)構(gòu),鍵角及鍵長可能不正常,應(yīng)【整理結(jié)構(gòu)】33現(xiàn)在是33頁\一共有106頁\編輯于星期日環(huán)己烷的椅式構(gòu)象34現(xiàn)在是34頁\一共有106頁\編輯于星期日使用【文本】工具輸入結(jié)構(gòu)式2.利用文本工具建立模型35現(xiàn)在是35頁\一共有106頁\編輯于星期日按【Enter】自動(dòng)轉(zhuǎn)化為模型36現(xiàn)在是36頁\一共有106頁\編輯于星期日括號(hào)表示支鏈37現(xiàn)在是37頁\一共有106頁\編輯于星期日38現(xiàn)在是38頁\一共有106頁\編輯于星期日整理結(jié)構(gòu)39現(xiàn)在是39頁\一共有106頁\編輯于星期日簡單優(yōu)化觀察分子變化40現(xiàn)在是40頁\一共有106頁\編輯于星期日4-甲基-2-戊醇模型41現(xiàn)在是41頁\一共有106頁\編輯于星期日建立1,2-雙甲基環(huán)戊烷模型42現(xiàn)在是42頁\一共有106頁\編輯于星期日43現(xiàn)在是43頁\一共有106頁\編輯于星期日整理結(jié)構(gòu)44現(xiàn)在是44頁\一共有106頁\編輯于星期日建立Ibuprofen(布洛芬)模型45現(xiàn)在是45頁\一共有106頁\編輯于星期日46現(xiàn)在是46頁\一共有106頁\編輯于星期日建立十肽菌素模型47現(xiàn)在是47頁\一共有106頁\編輯于星期日48現(xiàn)在是48頁\一共有106頁\編輯于星期日建立十二丙氨酸醇分子模型49現(xiàn)在是49頁\一共有106頁\編輯于星期日50現(xiàn)在是50頁\一共有106頁\編輯于星期日改變顯示方式模型類型窗口:51現(xiàn)在是51頁\一共有106頁\編輯于星期日設(shè)為線狀模型52現(xiàn)在是52頁\一共有106頁\編輯于星期日53現(xiàn)在是53頁\一共有106頁\編輯于星期日設(shè)為帶狀模型54現(xiàn)在是54頁\一共有106頁\編輯于星期日a-螺旋模型55現(xiàn)在是55頁\一共有106頁\編輯于星期日使用子結(jié)構(gòu)建立模型3.利用子結(jié)構(gòu)建立模型56現(xiàn)在是56頁\一共有106頁\編輯于星期日子結(jié)構(gòu)模型庫57現(xiàn)在是57頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇所需的子結(jié)構(gòu),然后復(fù)制58現(xiàn)在是58頁\一共有106頁\編輯于星期日粘貼復(fù)制結(jié)果59現(xiàn)在是59頁\一共有106頁\編輯于星期日在子結(jié)構(gòu)上進(jìn)行編輯60現(xiàn)在是60頁\一共有106頁\編輯于星期日4.使用模板建立模型61現(xiàn)在是61頁\一共有106頁\編輯于星期日62現(xiàn)在是62頁\一共有106頁\編輯于星期日ChemDraw中畫出的分子結(jié)構(gòu)復(fù)制粘貼到Chem3D中5.ChemDraw和Chem3D信息轉(zhuǎn)換63現(xiàn)在是63頁\一共有106頁\編輯于星期日Chem3D中畫出的分子模型復(fù)制粘貼到ChemDraw中64現(xiàn)在是64頁\一共有106頁\編輯于星期日(1)查找原子的范德瓦爾斯半徑【View】【AtomTypes.TBL】窗口,找到各種元素在不同環(huán)境的半徑計(jì)算功能演示65現(xiàn)在是65頁\一共有106頁\編輯于星期日66現(xiàn)在是66頁\一共有106頁\編輯于星期日67現(xiàn)在是67頁\一共有106頁\編輯于星期日(2)觀察分子的大小建立苯模型。執(zhí)行【View】【ConnollyMolecular】彈出Suface對話框;【solid】選項(xiàng)可以選擇分子表面的類型;【Resolution】滑動(dòng)到右邊,其值為10068現(xiàn)在是68頁\一共有106頁\編輯于星期日69現(xiàn)在是69頁\一共有106頁\編輯于星期日70現(xiàn)在是70頁\一共有106頁\編輯于星期日71現(xiàn)在是71頁\一共有106頁\編輯于星期日72現(xiàn)在是72頁\一共有106頁\編輯于星期日View/SolventAccessible菜單甲苯結(jié)構(gòu)73現(xiàn)在是73頁\一共有106頁\編輯于星期日(3)計(jì)算分子體積建立苯模型。執(zhí)行【Analyze】【ComputeProperties】在【AvailableProperties】選框中雙擊【ConnollySolvent-ExcludedVolumeSVE-ChemPropStd】選項(xiàng),使之加入到【SelectedProperties】框中。單擊ok,74現(xiàn)在是74頁\一共有106頁\編輯于星期日75現(xiàn)在是75頁\一共有106頁\編輯于星期日76現(xiàn)在是76頁\一共有106頁\編輯于星期日77現(xiàn)在是77頁\一共有106頁\編輯于星期日78現(xiàn)在是78頁\一共有106頁\編輯于星期日79現(xiàn)在是79頁\一共有106頁\編輯于星期日(4)檢查結(jié)構(gòu)能量80現(xiàn)在是80頁\一共有106頁\編輯于星期日模型旋轉(zhuǎn)對位交叉81現(xiàn)在是81頁\一共有106頁\編輯于星期日總能量計(jì)算82現(xiàn)在是82頁\一共有106頁\編輯于星期日空間位阻能:0.977kcal/mol計(jì)算結(jié)果83現(xiàn)在是83頁\一共有106頁\編輯于星期日模型的二面角數(shù)據(jù)84現(xiàn)在是84頁\一共有106頁\編輯于星期日數(shù)據(jù)與模型對應(yīng)85現(xiàn)在是85頁\一共有106頁\編輯于星期日顯示原子符號(hào)及序號(hào)86現(xiàn)在是86頁\一共有106頁\編輯于星期日按動(dòng)旋轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)相應(yīng)改變87現(xiàn)在是87頁\一共有106頁\編輯于星期日(5)分子軌道(HOMO及LUMO)首先用雙鍵畫出乙烯分子88現(xiàn)在是88頁\一共有106頁\編輯于星期日顯示軌道時(shí)必須選擇89現(xiàn)在是89頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇分子軌道90現(xiàn)在是90頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇HOMO軌道HOMO軌道顯示軌道選項(xiàng)HOMO和LUMO各6個(gè)能量隨所選軌道不同而不同實(shí)心顯示(絲網(wǎng)顯示圓點(diǎn)顯示半透明顯示)91現(xiàn)在是91頁\一共有106頁\編輯于星期日乙烯分子的HOMO軌道92現(xiàn)在是92頁\一共有106頁\編輯于星期日選擇LUMO軌道LUMO軌道顯示93現(xiàn)在是93頁\一共有106頁\編輯于星期日乙烯分子的LUMO軌道94現(xiàn)在是94頁\一共有106頁\編輯于星期日95現(xiàn)在是95頁\一共有106頁\編輯于星期日96現(xiàn)在是96頁\一共有106頁\編輯于星期日97現(xiàn)在是97頁\一共有106頁\編輯于星期日98現(xiàn)在是98頁\一共有106頁\編輯于星期日99現(xiàn)在是99頁\一共有106頁\編輯于星期日100現(xiàn)在是100頁\一共有106頁\編輯于星期日101現(xiàn)在是101頁\一共有106頁\編輯于星期日其他計(jì)算從頭算程序:GamessGaussian需另外安裝這兩個(gè)程序。半經(jīng)驗(yàn)或分子力學(xué)計(jì)算MechanicsMopac(Am1,Mindo/3,Mndo,PM3)計(jì)算方式:計(jì)算性質(zhì),最小能,過渡態(tài)優(yōu)化,光譜分析102現(xiàn)在是102頁\一共有106頁\編輯于星期日模型的輸入和輸出:以NaCl晶體為例:【File】【Template】選擇【NaClCrystal.C3T】選擇以【Spacefilling】顯示模型??杀4娑喾N格式,默認(rèn)格式.c3t??纱鏋閖pg等。還有

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 人人文庫網(wǎng)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論