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文檔簡介
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Bioinformatics2.SequenceAnalysis1.Databases3.PhylogeneticanalysisREVIEWSIdentity/SimilarityHomology空位罰分打分矩陣:PAM/Blosum多序列比對REVIEWSBioXM的功能介紹BioXM的功能介紹以SRZ1基因序列為例Motif預(yù)測:什么是Motif?為什么要預(yù)測它?Motif(基序),即氨基酸序列中的一些作用位點(diǎn),比如酶的活性位點(diǎn),修飾位點(diǎn)等.在論文中常常對新蛋白進(jìn)行此類分析,推測其可能的被修飾方式,或者具有什么活性.對我們進(jìn)一步了解它的功能具有指導(dǎo)意義.事實(shí)上,motif預(yù)測依賴于龐大的數(shù)據(jù)庫支持系統(tǒng).說明:Prosite數(shù)據(jù)庫中的motif都是已知功能或特性的.亞細(xì)胞定位:判斷該蛋白可能在細(xì)胞內(nèi)的位置:細(xì)胞核?細(xì)胞質(zhì)?質(zhì)體?線粒體?質(zhì)膜?內(nèi)質(zhì)網(wǎng)?溶酶體?細(xì)胞外間隙……目的:該蛋白功能描述的重要依據(jù).往往在進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證之前進(jìn)行初步分析,為實(shí)驗(yàn)方案提供依據(jù).Softberry的不足:不能給出信號肽的(裂解)位置和核定位信號等序列的特征.因此:我們還采用SignalP和PredictNLS等程序進(jìn)行預(yù)測.查找核定位信號:NLS分析的目的:2)啟動子序列分析:a.可以初步判斷基因的表達(dá)是否有特異性,是否與某個功能相關(guān),為下一步的實(shí)驗(yàn)提供依據(jù);b.為你當(dāng)前的實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行解釋(或討論).比如,你發(fā)現(xiàn)6PGDH基因的啟動子區(qū)存在W-box,推測其可能受WRKY轉(zhuǎn)錄因子的控制,參與植物的生物脅迫應(yīng)答,所以你打算做病原菌誘導(dǎo)的實(shí)驗(yàn);或者,你首先實(shí)驗(yàn)證實(shí)了6PGDH基因受病原菌的誘導(dǎo),進(jìn)而你在啟動子區(qū)域發(fā)現(xiàn)了這樣的cis-element(如W-box),那么推測6PGDH基因受誘導(dǎo)可能通過WRKY因子控制,同時也驗(yàn)證了你的實(shí)驗(yàn)結(jié)果.
分析的目的:2)啟動子序列分析:
所以首先,我們必須得到啟動子序列,一般在TSS之前2000bp內(nèi)(也可以選擇起始密碼子之前2000bp左右)如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?1)軟件預(yù)測,如Softberry;2)搜索EST數(shù)據(jù)庫;3)是否能找到全長cDNA序列.4)如果實(shí)在無法判斷TSS,則將ATG之前2000bp序列進(jìn)行預(yù)測.當(dāng)然也可以配合實(shí)驗(yàn)!確定可能的TSS之后,通過RT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證.分析的目的:2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.首先要找到包含AF486280的基因組序列.分析的目的:2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法一:用FGENESH預(yù)測.TTATAAAAAGGATTGACATTTGTATTCCATTGTTA2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法二:用Fruitfly網(wǎng)站的promoter預(yù)測程序預(yù)測.2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法二:用Fruitfly網(wǎng)站的promoter預(yù)測程序預(yù)測.2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法三:用全長cDNA比對預(yù)測.(搜索nr數(shù)據(jù)庫)ggctgcacgcctttccgcga與fruitfly網(wǎng)站的預(yù)測結(jié)果非常接近!!2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.選擇了大概13kb的包含AF486280的序列方法四:搜索dbEST2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.方法四:搜索dbESTWecare??2)啟動子序列分析:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.方法四:搜索dbESTatcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca與fruitfly的結(jié)果幾乎一致.因此,我們初步認(rèn)為ATC..為TSS2)啟動子序列分析:確定TSS后的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證也是很重要的.可以選擇推測的TSS之前,之后的序列設(shè)計(jì)引物,進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,初步確定TSS.(該步驟也可以不做)下一步:
選擇TSS(orATG)之前的2000bp左右的序列,通過MatInspector程序進(jìn)行分析.1、BLAST檢索NR或基因組數(shù)據(jù)庫,打開檢索結(jié)果,選取基因起始部分拷貝至BioXM軟件,手工查找;2、自動搜索:適合于水稻等基因組公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。2)啟動子序列分析:Selectmorethan2000bpsequenceandcopyitintoBioXM注意是否需要將序列反向互補(bǔ)?查找SRZ1基因的起始序列.藍(lán)色部分即為啟動子序列2)啟動子序列分析:Easyway:直接通過網(wǎng)站查詢某個基因的啟動子序列。2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:2)啟動子序列分析:可以直接將結(jié)果放在論文里發(fā)表.2)啟動子序列分析:Stresspromoter1.02)啟動子序列分析:Stresspromoter1.02)啟動子序列分析:otherchoices:EMBOSS6.3.1:tfscanInClassExercise1.SearchforriceZFP252proteinsequence,predicttheMWandpI(BioXM);2.SubcellularlocalizationpredictionforZFP252(ProtCOMP);3.Motif(MotifScan)predictionforZFP252;4.E
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