動力學蒙特卡洛方法(KMC)及相關討論

動力學蒙特卡洛方法(KMC)及相關討論星期二,2010-05-1101:05—\o"瀏覽用戶信息"satchel1979動態(tài)模擬在目前的計算科學中占據(jù)著非常重要的位置。隨著計算能力和第一原理算法的發(fā)展，復雜的動態(tài)參數(shù)（擴散勢壘、缺陷相互作用能等）均可利用第一原理計算得出。因此，部分復雜的體系動態(tài)變化，如表面形貌演化或輻射損傷中缺陷集團的聚合-分解演變等，已可以較為精確的予以研究。KMC——動力學蒙特卡洛方法（kineticMonteCarlo）原理簡單，適應性強，因此在很多情況下都是研究人員的首選。此外，KMC在復雜體系或復雜過程中的算法發(fā)展也非常活躍。本文試圖介紹KMC方法的基礎理論和若干進展。KMC方法基本原理在原子模擬領域內，分子動力學(moleculardynamics,MD)具有突出的優(yōu)勢。它可以非常精確的描述體系演化的軌跡。一般情況下MD的時間步長在飛秒(s)量級，因此足以追蹤原子振動的具體變化。但是這一優(yōu)勢同時限制了MD在大時間尺度模擬上的應用?，F(xiàn)有的計算條件足以支持MD到10ns，運用特殊的算法可以達到10s的尺度。即便如此，很多動態(tài)過程，如表面生長或材料老化等，時間跨度均在s以上，大大超出了MD的應用范圍。有什么方法可以克服這種局限呢？當體系處于穩(wěn)定狀態(tài)時，我們可以將其描述為處于維勢能函數(shù)面的一個局域極小值（阱底）處。有限溫度下，雖然體系內的原子不停的進行熱運動，但是絕大部分時間內原子都是在勢能阱底附近振動。偶然情況下體系會越過不同勢阱間的勢壘從而完成一次“演化”，這類小概率事件才是決定體系演化的重點。因此，如果我們將關注點從“原子”升格到“體系”，同時將“原子運動軌跡”粗化為“體系組態(tài)躍遷”，那么模擬的時間跨度就將從原子振動的尺度提高到組態(tài)躍遷的尺度。這是因為這種處理方法擯棄了與體系穿越勢壘無關的微小振動，而只著眼于體系的組態(tài)變化。因此，雖然不能描繪原子的運動軌跡，但是作為體系演化，其“組態(tài)軌跡”仍然是正確的。此外，因為組態(tài)變化的時間間隔很長，體系完成的連續(xù)兩次演化是獨立的，無記憶的，所以這個過程是一種典型的馬爾可夫過程(Markovprocess)，即體系從組態(tài)到組態(tài)，這一過程只與其躍遷速率有關。如果精確地知道，我們便可以構造一個隨機過程，使得體系按照正確的軌跡演化。這里``正確''的意思是某條給定演化軌跡出現(xiàn)的幾率與MD模擬結果完全一致(假設我們進行了大量的MD模擬，每次模擬中每個原子的初始動量隨機給定)。這種通過構造隨機過程研究體系演化的方法即為動力學蒙特卡洛方法(kineticMonteCarlo,KMC)[1]。指數(shù)分布與KMC的時間步長在KMC模擬中，構造呈指數(shù)分布的隨機數(shù)是一個相當重要的步驟。這一節(jié)中我們對此進行討論。因為體系在勢能面上無記憶的隨機行走，所以任意單位時間內，它找到躍遷途徑的概率不變，設為。因此在區(qū)間內，體系不發(fā)生躍遷的概率為類似的，在區(qū)間內，體系不發(fā)生躍遷的概率為以此類推，當時，在區(qū)間內，體系不發(fā)生躍遷的概率為因此，當趨于時，體系不發(fā)生躍遷的概率為

(1)這一行為類似于原子核的衰變方程。從方程(1)我們可以得到單位時間內體系躍遷概率。從方程(1)的推導過程可以看出體系的躍遷概率是一個隨時間積累的物理量，因此對時間積分到某一時刻必然等于，也即。因此我們立即可以得到[1]

(2)是體系處于態(tài)時所有可能的躍遷途徑的速率之和，即

(3)對于每個具體的躍遷途徑，上述討論均成立。因此，我們可以定義單位時間內體系進行躍遷的概率為

(4)

單位時間內體系的躍遷概率呈指數(shù)分布這一事實說明KMC的時間步長也應是指數(shù)分布。因此我們需要產(chǎn)生一個指數(shù)分布的隨機數(shù)序列。這一點可以非常容易的通過一個(0,1]平均分布的隨機數(shù)序列轉化得到：從而

(5)最后一步是因為和的分布相同。也可以通過上述步驟從方程(4)得到。計算躍遷速率過渡態(tài)理論(TST)決定了KMC模擬的精度甚至準確性。為避開通過原子軌跡來確定的做法(這樣又回到了MD的情況)，一般情況下采用過渡態(tài)理論(transitionstatetheory,TST)進行計算[2]。在TST中，體系的躍遷速率決定于體系在鞍點處的行為，而平衡態(tài)(勢阱)處的狀態(tài)對其影響可以忽略不計。如果大量的相同的體系組成正則系綜，則在平衡狀態(tài)下體系在單位時間內越過某個垂直于躍遷途徑的縱截面的流量即為。簡單起見，假設有大量相同的一維雙組態(tài)(勢阱)體系，平衡狀態(tài)下鞍點所在的假想面(對應于流量最小的縱截面)為，則TST給出該體系從組態(tài)A遷出到B的速率為[5,6]

(6)方程(6)中表示在組態(tài)A所屬態(tài)空間里對正則系綜的平均。表示只考慮體系從組態(tài)A遷出而不考慮遷入A的情況(后一種情況體系也對通過縱截面的流量有貢獻)。根據(jù)普遍公式設體系的哈密頓量為，即可分解為動能和勢能，同時設粒子坐標時體系處于組態(tài)A。則方程(6)可寫為

(7)上式中無限小量是為了將函數(shù)全部包含進去。最后一項對于函數(shù)的系綜平均可以直接通過MetropolisMonteCarlo方法計算出來：計算粒子落在范圍內的次數(shù)相對于Metropolis行走總次數(shù)的比例。方程(7)最后等于

(8)將上述討論擴展到3維情況非常直接，這里只給出結果，詳細討論請參閱文獻[5]:

(9)其中是縱截面方程，代表3維情況中粒子流動方向與截面法向不平行對于計數(shù)的影響。簡諧近似下的過渡態(tài)理論(hTST)雖然上一節(jié)已經(jīng)給出了TST計算躍遷速率的方法，但是在具體工作中，更多地是利用簡諧近似下的過渡態(tài)理論(harmonicTST,hTST)通過解析表達式給出。根據(jù)TST，躍遷速率為[3]

(10)其中為在躍遷中體系在鞍點和態(tài)處的自由能之差將上式代入方程(10)，可以得到

(11)hTST認為體系在穩(wěn)態(tài)附近的振動可以用諧振子表示，因此其配分函數(shù)是經(jīng)典諧振子體系的配分函數(shù)。分別寫出體系在態(tài)和鞍點處的配分函數(shù)和：

根據(jù)Boltzmann公式，

(12)并將配分函數(shù)代入，則方程(11)得

(13)方程(13)在通常的文獻上經(jīng)常可以見到。聲子譜可以通過Hessian矩陣對角化或者密度泛函微擾法(DFPT)求出，而就是的勢壘，可以通過NEB或者drag方法求出。因此，方程(13)保證了可以通過原子模擬(MD或者DFT方法)解析地求出。事實上這個方程有兩點需要注意。首先雖然方程(10)中出現(xiàn)了普朗克常數(shù)，但是在最終結果中被抵消了。這是因為TST本質上是一個經(jīng)典理論，所以充分考慮了統(tǒng)計效應后不會出現(xiàn)[1]。其次，方程(13)表明對于每一個躍遷過程，鞍點處的聲子譜應該單獨計算。這樣會大大增加計算量，因此在絕大部分計算中均設前置因子為常數(shù)，不隨躍遷過程而變化。具體數(shù)值取決于體系，對于金屬而言，一般取Hz。KMC幾種不同的實現(xiàn)算法

點陣映射

到目前為止，進行KMC模擬的所有理論基礎均已具備。但是前面所進行的討論并沒有聯(lián)系到具體的模型。KMC在固體物理中的應用往往利用點陣映射將原子與格點聯(lián)系起來。從而將躍遷(事件)具象化為原子格點關系的變化。比如空位(團)/吸附原子(島)遷移等等。雖然與實際情況并不完全一致，但這樣做在很多情況下可以簡化建模的工作量，而且是非常合理的近似。很多情況下體系中的原子雖然對理想格點均有一定的偏離，但是并不太大()，因此這種原子點陣映射是有效的。這種做法的另一個好處是可以對躍遷進行局域化處理。每條躍遷途徑只與其近鄰的體系環(huán)境有關，這樣可以極大的減少躍遷途徑的數(shù)目，從而簡化計算[1]。需要指出的是，這種映射對于KMC模擬并不是必須的。比如化學分子反應爐或者生物分子的生長等等，這些情況下根本不存在點陣。無拒絕方式

KMC的實現(xiàn)方法有很多種，這些算法大致可以分為拒絕(rejection)和無拒絕(rejection-free)兩種范疇。每種范疇之下還有不同的實現(xiàn)方式。本文只選擇幾種最為常用的方法加以介紹。I.直接法直接法(directmethod)是最常用的一種KMC算法，其效率非常高。每一步只需要產(chǎn)生兩個在之間平均分布的隨機數(shù)和。其中被用來選定躍遷途徑，確定模擬的前進時間。設體系處于態(tài)，將每條躍遷途徑想象成長度與躍遷速率成正比的線段。將這些線段首尾相連。如果落在線段中，這個線段所代表的躍遷途徑就被選中，體系移動到態(tài)，同時體系時間根據(jù)方程(5)前進?？偨Y其算法如下：根據(jù)方程(4)計算體系處于態(tài)時的總躍遷速率；選擇隨機數(shù)；尋找途徑，滿足；體系移動到態(tài)，同時模擬時間前進；重復上述過程。需要指出的是，雖然一般步驟4中的根據(jù)方程(5)生成，但是如果將其換為并不會影響模擬結果。在文獻[5]和[6]中均采用這種方式。II.第一反應法第一反應法(firstreactionmethod,FRM)在思路上比直接法更為自然。前面說過，對于處于穩(wěn)態(tài)的體系而言，它可以有不同的躍遷途徑可以選擇。每條途徑均可以根據(jù)方程(4)給出一個指數(shù)分布的"發(fā)生時間"，也即從當前算起第一次發(fā)生的時間。然后從中選出最小值(最先發(fā)生的"第一反應")，體系躍遷到相應的組態(tài)，模擬時間相應地前進?？偨Y其算法如下：設共有條反應途徑，生成個隨機數(shù)；根據(jù)公式，給出每條路徑的預計發(fā)生時間；找出的最小值；體系移動到態(tài)，同時模擬時間前進；重復上述過程?？梢钥闯?，這種算法的效率比直接法低下，因為每一步KMC模擬需要生成個隨機數(shù)。通常情況下KMC模擬需要步來達到較好的統(tǒng)計性質，如果每一步都需要生成個隨機數(shù)，則利用這種方法需要一個高質量的偽隨機數(shù)發(fā)生器，這一點在比較大時尤為重要。III.次級反應法次級反應法(nextreactionmethod,NRM)是FRM方法的一種衍生方法，其核心思想是假設體系的一次躍遷并不會導致處于新態(tài)的體系對于其他躍遷途徑的舍棄(比如充滿可以發(fā)生種化學反應的分子，第一種反應發(fā)生并不會造成別的反應物的變化)，這樣體系還可以選擇中的次小值，從而躍遷到態(tài)，模擬時間前進。如果這次躍遷還可以滿足上述假設條件，再重復上述過程。理想情況下，平均每一步KMC模擬只需要生成1個隨機數(shù)。這無疑會大大提高效率以及時間跨度。但是實際上NRM的假設條件很難在體系每次躍遷之后都得到滿足，在固體物理的模擬中尤其如此，因此其應用范圍集中于研究復雜化學環(huán)境下的反應過程。試探-接受/拒絕方式

這一大類算法雖然在效率上不如直接法，但是它們所采用的試探-接受/拒絕在形式上更接近MetropolisMC方法，而且可以很方便的引入恒定步長，即固定。因此有必要進行詳細的介紹。IV.選擇直接法選擇直接法在決定體系是否躍遷方面和MetropolisMC方法形式上非常相像，均是通過產(chǎn)生隨機數(shù)和預定的閾值比較決定事件是否被采納。具體算法如下：設共有條反應途徑，選擇反應速率最大值，設為。生成在均勻分布的隨機數(shù)；設；如果<，則體系躍遷至新態(tài)，否則保持在態(tài)；模擬時間前進；重復上述過程。這種方法的長處在于每一步只需要生成一個隨機數(shù)。但是缺點也很明顯，對于反應速率相差太大，尤其是只有一個低勢壘途徑(與其他途徑相比過大)的體系來講，這種方法的效率會非常低下。某些情況下，這種低效率問題可以通過如下方法改進：將全部途徑按照的大小分為幾個亞組，每個亞組選定一個上限。但是這一步驟在整個KMC模擬過程中可能需要重復很多次，因此并不能完全解決問題。事實上低勢壘在KMC中是個普遍的問題。這一點在后面還要簡要提及。V.恒定步長法與上述四種方法不同，恒定步長法(constanttimestepmethod,CTSM)中體系的前進時間是個給定的參數(shù)\cite{dawnkaski}。在理想情況下，CTSM與直接法效率相同，每一步只需產(chǎn)生兩個隨機數(shù)。具體算法如下：給定恒定時間步長；將所有途徑(共有個)設為長度恒為的線段，生成在均勻分布的隨機數(shù)，選擇途徑；生成在均勻分布的隨機數(shù)，如果<，則體系躍遷至新態(tài)，否則保持在態(tài)；模擬時間前進；重復上述過程。實際模擬中，需要滿足(1)小于(見"第一反應法")，以及(2)對于最大的途徑，接受率大致在0.5。其中第一個條件保證了所有的遷移途徑發(fā)生概率都小于1，第二個條件則保證體系演化的效率不會過于低下。CTSM是非常行之有效的一類KMC算法，但是選擇時需要特別的注意以保證效率。決定于具體體系以及模擬溫度。這在一定程度上增加了CTSM的實現(xiàn)及使用難度。低勢壘問題前面已經(jīng)指出，低勢壘的途徑需要特別注意。如果體系在演化過程中一直存在著勢壘較其他途徑低很多的一個或幾個途徑，會對模擬過程產(chǎn)生不利的影響。這個問題被稱之為低勢壘問題。低勢壘途徑對于KMC模擬最直接的影響就是大大縮短了模擬過程所涵蓋的時間跨度。這一點可以從方程(5)中看出。更為深刻的影響在于，這些由低勢壘的途徑聯(lián)系起來的組態(tài)會組成一個近似于封閉的族。體系會頻繁的訪問這些態(tài)，而其他的對于體系演化更為重要的高勢壘途徑被選擇的概率非常低，這顯然會降低KMC的模擬效率。例如，吸附原子在高指數(shù)金屬表面擴散，其沿臺階的遷移所對應的勢壘要遠低于與臺階分離的移動。這樣，KMC模擬的絕大部分時間內吸附原子都在臺階處來回往復，而不會選擇離開臺階在平臺上擴散。這顯然不是我們希望看到的情形。一種解決辦法是人為地將這些低勢壘加高以降低體系訪問這些組態(tài)的幾率，但是無法預測這種干擾是否會造成體系對于真實情況的嚴重偏離。另一種選擇是利用NRM或者CTSM進行模擬，但是其效果如何尚待檢測。如果考察體系的勢能面，這類低勢壘的途徑一般處在一個"超勢阱"之中。體系在這個超勢阱中可以很快的達到熱平衡，所需時間要短于從其中逸出的時間。如果可以明確的知道超勢阱所包含的組態(tài)以及從超勢阱逸出的所有途徑，我們就可以按照Boltzmann分布合理的選擇其中一條途徑，使得體系向前演化。但是如何確定哪些組態(tài)包含在超勢阱之中以及體系是否已在其中達到熱平衡本身就是兩個難題。對于第一點，Mason提出可以利用Zobrist密鑰法標定訪問過于頻繁的組態(tài)[7]；Novotny則提出通過建立及對角化一個描述體系在這些組態(tài)間演化的傳遞矩陣來解決第二點[8]。對這個問題的詳細討論已超出了本文的討論范圍，請參閱文獻[7]以及[8]。實體動力學蒙特卡洛方法OKMC上述的KMC都假設任何時候原子均處于其理想點陣格子上。但是很多情況下這種點陣映射是無效的，比如間隙原子或者位錯。這類結構缺陷的運動在材料的輻射損傷和老化過程中扮演著非常重要的角色。而且與單個原子或者空位的運動相比，這類缺陷的運動時間跨度更長，也更為復雜，比如間隙原子團和空穴的湮沒，間隙原子團的解構/融合，或者位錯的攀移/交滑移等等。傳統(tǒng)的KMC算法很難有效的處理這類問題，一方面是因為時間跨度太大，另一方面這類缺陷各自均可視為獨立的實體(object)，其運動更近似于系統(tǒng)激發(fā)，因此單個或幾個原子運動的積累效果很多情況下并不能有效地反應這些實體的整體運動。實體動力學蒙特卡洛方法(ObjectkineticMonteCarlo,OKMC)就是為了處理這類問題而被提出的。OKMC在算法上與普通的KMC完全一樣。需要注意的地方是在OKMC中并不存在原子點陣。所有的實體在一個真空的箱子中按照其物理實質離散化運動，比如位錯環(huán)的最小移動距離是其Burgers矢量大小，方向則為Burgers矢量方向；空位的移動距離為第一近鄰或第二近鄰的原子間距，等等。模擬過程中我們需要追蹤該實體的形心，從而決定其位置、移動距離等等。此外，OKMC中對于躍遷速率的確定也和普通的KMC有所區(qū)別。本文前面已經(jīng)指出，可以表達為的形式。普通的KMC假定為常數(shù)，不同途徑的由決定。但是在OKMC的模擬中，的直接確定非常困難，因此一般的策略是對于特定的事件(包括實體自身的運動以及不同實體間的反應等)，躍遷勢壘保持恒定，而將前置因子視為實體規(guī)模(所包含的原子/空位數(shù)目)的函數(shù)，通過MD模擬得出，一般而言可以表示為形如的表達式，其中和是擬合參量，是實體規(guī)模。最后需要注意的是在OKMC的模型中，實體有空間范圍，因此需要一個額外的參數(shù)來表征其空間半徑(假設為球形分布，否則的數(shù)目多于一個)。在模擬不同實體間的反應時，需要特別考慮其形心的間距，如果小于"反應距離"，即，反應一定進行，否則認為兩個實體互相獨立。Domain利用OKMC研究了Fe-Cu合金的輻射損傷[9]，在模擬中考慮了間隙原子(空位)的聚合、間隙原子(空位)團的發(fā)射、間隙原子-空位湮沒、空位團對雜質的捕獲、表面對于空位(團)的捕獲、甚至輻射轟擊引起的間隙原子(空位)萌生、增殖等等事件。從中可以看出，對于OKMC，一個棘手的問題是需要預先想到所有的事件。此外，OKMC所需要的所有參量基本上不可能通過原子模擬直接獲得，人為的設定參數(shù)不可避免。這些參數(shù)會在多大程度上決定OKMC的準確程度無法預先得知。需要根據(jù)現(xiàn)有的實驗數(shù)據(jù)進行修改、調試。這些困難都限制了OKMC的普及。但是如前所述，這種方法可以有效地進行大尺度的時間(天)和空間模擬(m以上)，而且對于缺陷的描述更為直接和符合直觀，因此在材料研究中同樣占有重要的地位。KMC的若干進展等時蛙跳算法(-leapKMC)

引入這類算法前，我們先簡要介紹兩個常用的離散分布：泊松分布(PoissonDistribution,PD)以及二項式分布(BinomialDistribution,BD)。泊松隨機數(shù)定義為給定事件發(fā)生率以及觀測時間下事件發(fā)生的數(shù)目。如果用代表給定的發(fā)生數(shù)目，則恰好等于的概率是一個泊松分布：

(14)也即如果產(chǎn)生一個泊松隨機數(shù)序列，則這個序列符合泊松分布PD。需要指出，是無界的，范圍是任意非負整數(shù)。與其類似，二項式隨機數(shù)定義為重復次獨立的成功率均為的伯努利實驗的成功數(shù)。如果給定成功數(shù)，則恰好等于的概率是一個二項式分布：

(15)為了和本文中的標號一致，我們將躍遷的成功率表示為，將方程(15)重新寫為

(16)與PD不同，BD中的是有界的，為0到之間的任意整數(shù)?？梢钥闯?，如果將這兩種隨機數(shù)理解為給定躍遷路徑(發(fā)生率為)在一定的時間步長()內發(fā)生的次數(shù)，則可以立即運用于粒子數(shù)空間內的KMC中，其時間范圍可以得到很大提高。這就是等時蛙跳算法-leapKMC[10,11]。-leapKMC方法最早由Gillespie提出，通過PD[方程(14)]，在給定時間步長下決定每個躍遷途徑發(fā)生的次數(shù)，然后將體系移到這些躍遷累計發(fā)生后產(chǎn)生的新態(tài)。因為每一步模擬體系不止發(fā)生一次躍遷，所以模擬的速度可以大大加快。我們以多種反應物在化學反應爐中的演化為例加以詳細說明。設在爐內共有種分子，在時刻各自的個數(shù)為，則在粒子數(shù)空間中構成一個矢量，或稱為一個組態(tài)?？偣灿蟹N反應路徑。對于給定的，反應速率是占據(jù)態(tài)的函數(shù)。此外，我們單獨定義一個矢量

，其中由通過反應而得，即。因此的元素代表反應所引起的種分

子的數(shù)目變化。由此建立算法如下：VI.PD--leapKMC[10]給定恒定時間步長；對于每條反應途徑按照方程(14)生成泊松隨機數(shù)序列，按照模擬步數(shù)從序列中找出每種反應發(fā)生的次數(shù)；按照更新體系；模擬時間前進；重復上述過程。Gillespie仔細考慮了的選擇條件，稱為蛙跳條件(leapcondition)：

(17)其中

如前所述，沒有上限，因此即使?jié)M足方程(17)，在模擬過程中也可能會出現(xiàn)某種分子總數(shù)為負數(shù)的情況，這顯然不符合實際，也是PD--leapKMC的一個弱點。Tian和Burrage提出可以用二項式分布BD取代PD，因為有上限，所以可以有效的解決這個問題。此外，他們對于某種分子參與多種反應的情況也進行了考慮，從而提高了-leapKMC的穩(wěn)定性和普適性。其算法如下：VII.BD--leapKMC[11]

給定恒定時間步長，滿足；對于每條反應途徑按照方程(16)生成二項式隨機數(shù)序列，按照模擬步數(shù)從序列中找出每種反應發(fā)生的次數(shù)；如果有某種分子同時參與了和，則首先生成然后通過確定的發(fā)生次數(shù)；按照更新體系；模擬時間前進；重復上述過程。步驟1、2中出現(xiàn)的是參與反應的各類分子的個數(shù)的最小值，即此外Gillespie，Tian和Burrage還考慮用預測時刻體系狀態(tài)的方法來進一步提高精度。具體請參閱文獻[10,11]。如果-leap算法和OKMC結合起來可以進一步加大模擬的時間尺度，但是目前還沒有這方面工作的介紹?；诩磿r動態(tài)分析的KMC方法(on-the-flyKMC)到目前為止，所有的KMC都是在模擬之前建立好所有可能的躍遷途徑。但是實際上"所有"是很難達到的目標。因為很多途徑遠離一般的直覺，而且在演化過程中體系有可能尋找到新的途徑。因此，躍遷途徑應該隨著體系的演化而不斷更新，是動態(tài)的過程。Henkelman和J?nsson將途徑搜索和KMC結合起來，提出了即時動態(tài)的KMC方法on-the-flyKMC[12]：在每一個穩(wěn)態(tài)(勢阱)處，選定一個激活原子(一般是近鄰不飽和的原子)，在以其為中心的局部區(qū)域內引入呈高斯分布的隨機位移，即加入擾動，然后利用dimer方法[13]尋找所有可能的躍遷途徑。建立起即時的途徑庫之后再通過普通KMC算法進行模擬。顯然，這種方法的計算量非常大，需要一個有效的標識方法來識別所有已經(jīng)遇到過的途徑以避免重復計算。Trushin提出可以利用包括至激活原子第三殼層的所有格點(順時針排列)的占據(jù)與否(分別標記為1和0)來構建二進制數(shù)，從而根據(jù)始態(tài)和終態(tài)的標號來唯一地標識某條途徑[14]，例如，激活原子標為"1"，其第一殼層的原子標記為"2","3",,""，依此類推，然后將原子的標號""作為二進制的數(shù)位，這樣，每一個穩(wěn)態(tài)都有唯一的一個二進制數(shù)與之對應。雖然仍不完善，但是這種方法具有非常清晰的邏輯結構，具有良好的擴展性。和KMC方法一般情況下KMC的大部分時間花費在選擇途徑上。如果采用普通的方法，即循環(huán)疊加直至從而選擇，這種情況下計算用時與途徑數(shù)目呈線性增長，即算法。按照二叉樹安排不同數(shù)目的之和可以改進到[15]：

將所有作為樹葉(不足2整數(shù)次冪的葉子由0填補)，每兩片葉子之和作為父節(jié)點，依次類推直至樹根。一株二叉樹構建完畢后，生成一個隨機數(shù)，由樹根開始尋找，若不大于左子節(jié)點，沿左分支向下尋找；否則設，沿右分支向下尋找，直至樹葉，體系按途徑演化。Slepoy和Thompson等進一步提出分流-拒絕(composition-rejection,CR)方法以實現(xiàn)搜索用時與途徑總數(shù)無關的算法[16]：(1)先找出和，按照()將條途徑分為個組，，(2)然后生成隨機數(shù)，按照上述二叉樹尋找所落入的組別，(3)再生成兩個隨機數(shù)和，設，其中為該組中包含的途徑數(shù)，，如果，則選擇途徑，否則重復步驟(3)，直至有一條途徑被選中為止。可以看出，CR算法雖然搜索速度很快，但是每一步KMC需要產(chǎn)生至少4個隨機數(shù)(用于確定前進時間)，因此需要高質量的隨機數(shù)發(fā)生器。不過對于躍遷途徑復雜的體系演化而言，CR的效率無疑是很有吸引力的。

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[16]A.Slepoy,A.P.ThompsonandS.J.Plimpton,J.Chem.Phys.128,205101(2008).資料來源量子化學網(wǎng)/content/%E5%8A%A8%E5%8A%9B%E5%AD%A6%E8%92%99%E7%89%B9%E5%8D%A1%E6%B4%9B%E6%96%B9%E6%B3%95kmc%E5%8F%8A%E7%9B%B8%E5%85%B3%E8%AE%A8%E8%AE%BA附錄資料：不需要的可以自行刪除教你如何保護筆記本HYPERLINK""一、每天關機前要做的清洗:雙擊“我的電腦”——右鍵點C盤——點“屬性”——點“磁盤清理”——點“確定”——再點“是”——再點“確定”。清理過程中，您可看得到未經(jīng)您許可（您可點“查看文件”看，就知道了）進來的“臨時文件”被清除了，盤的空間多了。對D，E，F(xiàn)盤也要用這法進行。二、隨時要進行的清理:打開網(wǎng)頁——點最上面一排里的“工具”——點“Internet選項”——再點中間的“Internet臨時文件”中的“刪除文件”——再在“刪除所有脫機內容”前的方框里打上勾——再點“確定”——清完后又點“確定”。這樣，可為打開網(wǎng)和空間提高速度。三、一星期進行的盤的垃圾清理:點“開始”——用鼠標指著“所有程序”，再指著“附件”，再指著“系統(tǒng)工具”，再點“磁盤粹片整理程序”——點C盤，再點“碎片整理”（這需要很長時間，最好在您去吃飯和沒用電腦時進行。清理中您可看到您的盤里的狀況，可將清理前后對比一下）——在跳出“清理完成”后點“關閉”。按上述，對D，E，F(xiàn)盤分別進行清理。電腦系統(tǒng)越來越慢，怎么刪除臨時文件啊1.關閉"休眠"方法:打開[控制面板]→[電源選項]→[休眠],把"啟用休眠"前面的勾去掉說明:休眠是系統(tǒng)長時間一種待機狀態(tài),使您在長時間離開電腦時保存操作狀態(tài),如果您不是經(jīng)常開著電腦到別處去的話,那就把它關了吧!☆立即節(jié)省:256M2.關閉"系統(tǒng)還原"方法:打開[控制面板]→[系統(tǒng)]→[系統(tǒng)還原],把"在所有驅動器上關閉系統(tǒng)還原'勾上說明:系統(tǒng)還原是便于用戶誤操作或產(chǎn)生軟件問題時的一種挽救手段,可以回復到誤操作以前的狀態(tài).不建議初級用戶使用.當然,它采用的是跟蹤手段,需要記錄大量信息,所消耗的資源也要很大的.☆立即節(jié)省:數(shù)百M(根據(jù)還原點的多少而不同)您也可以在不關閉系統(tǒng)還原的前提下,相應的減少系統(tǒng)還原所占的磁盤空間,這只會減少可用還原點的數(shù)目,一般還原點有一兩個就夠了吧.方法:...[系統(tǒng)還原]-選擇一個"可用驅動器"-[設置]-調整"要使用的磁盤空間"3.關閉"遠程管理"方法:打開[控制面板]→[系統(tǒng)]→[遠程],把"允許從這臺計算機發(fā)送遠程協(xié)助邀請"前面的勾去掉.說明:誰會經(jīng)常用到這種功能呢?它占用的不是磁盤空間,但是會影響系統(tǒng)運行速度.☆提高系統(tǒng)性能4.關閉"自動更新"方法:打開[控制面板]→[自動更新]→選"關閉自動更新"說明:系統(tǒng)更新占用的也不是磁盤空間,您可以在有可用更新時到微軟的更新頁面上更新,而不是總需要一個進程監(jiān)視那是不是有可用更新.☆提高系統(tǒng)性能5.關閉"索引服務"方法:[開始]→[運行]→輸入"msconfig"→[服務]去掉indexingservise前面的勾說明:索引服務是提高系統(tǒng)搜索速的的,誰沒事總在系統(tǒng)里搜來搜去啊☆提高系統(tǒng)性能6.減少開機加載的啟動項方法:[開始]→[運行]→輸入"msconfig"→[啟動]去掉不必要的啟動項說明:必要的啟動項一般"系統(tǒng)盤\windows\system32下的最好不要去掉;而肯定能去掉的有TINTSETPIMJPMIGIMSCMIGQQ等☆加快開機速度7.合理設置虛擬內存方法:打開[控制面板]→[系統(tǒng)]→[高級]-[性能]設置-[高級]-[虛擬內存]更改-在"自定義大小"中填入數(shù)值說明:一般的最小值是物理內存的1.5倍,最大值是物理內存的3倍;如果您經(jīng)常運行大型軟件的話最小值應該設為(物理內存*1.5*0.2+物理內存*1.5),最大值應為(物理內存*3*0.2+物理內存*3)☆提高系統(tǒng)性能8.取消系統(tǒng)失敗時的日志文件和詢問打開[控制面板]→[系統(tǒng)]→[高級]→[啟動和故障恢復]→[系統(tǒng)失敗]去掉"將事件寫入系統(tǒng)日志""發(fā)送錯誤警報"☆提高系統(tǒng)性能9.刪除無用的文件方法:打開[控制面板]→[文件夾選項]→[查看]→[顯示所有文件和文件夾]C:\DocumentsandSettings\用戶名\Cookies\除index文件外的所有文件(瀏覽網(wǎng)頁產(chǎn)生的記錄文件)C:\DocumentsandSettings\用戶名\LocalSettings\Temp\下的所有文件（用戶臨時文件）C:\DocumentsandSettings\用戶名\LocalSettings\TemporaryInternetFiles\下的所有文件(瀏覽網(wǎng)頁記錄的多媒體信息,加速以后瀏覽)C:\DocumentsandSettings\用戶名\LocalSettings\History\下的所有文件（訪問歷史紀錄）C:\DocumentsandSettings\用戶名\Recent\下的所有文件（最近瀏覽文件的快捷方式）C:\WINDOWS\Temp\下的所有文件（臨時文件）C:\WINDOWS\ServicePackFiles下的所有文件（升級sp1或sp2后的備份文件）C:\WINDOWS\DriverCache\i386下的壓縮文件(驅動程序的備份文件)C:\WINDOWS\SoftwareDistribution\download下的所有文件(未完成的軟件下載)C:\Windows\下以$u...開頭的隱藏文件(微軟更新安裝文件備份)☆立即節(jié)省:數(shù)百M10.磁盤碎片整理下面該做的就是磁盤碎片整理了,只有整理之后才能獲得更多的空間哦^_^方法:[開始]→[程序]→[附件]→[系統(tǒng)工具]→[磁盤碎片整理]...(記得先"分析"后"整理")二。發(fā)信人:liushafeng(終結者),信區(qū):Hardware標題:減少WinXP資源占用的八大技巧發(fā)信站:紫金飛鴻(SunJun416:25:482006)WindowsXP被微軟稱為其歷史上最優(yōu)秀的操作系統(tǒng)，有讓你眼花繚亂的各種功能、更快的速度，當然這一切都對計算機的硬件提出了更高的要求，如果你希望WindowsXP能夠盡可能少地占用你有限的雖然WindowsXP被微軟自稱為有史以來最穩(wěn)定、功能最強大的Windows操作系統(tǒng)，并且運行速度飛快——啟動速度甚至比同樣配置的Win2000還要快許多，你可能依然不滿足于此，希望一、使用樸素界面XP安裝后默認的界面包括任務欄、開始選單、桌面背景、窗口、按鈕等都采用的是XP的豪華、炫目的風格，但缺點顯而易見，它們將消耗掉不少系統(tǒng)資源，但實用意義不大。[方法]鼠標右鍵單擊桌面空白處，在彈出選單點擊“屬性”進入顯示屬性設置窗口，將“主題、外觀”都設置為“Windows經(jīng)典”，將桌面背景設置為“無”，按確定保存退出。二、減少啟動時加載項目許多應用程序在安裝時都會自作主張?zhí)砑又料到y(tǒng)啟動組，每次啟動系統(tǒng)都會自動運行，這不僅延長了啟動時間，而且啟動完成后系統(tǒng)資源已經(jīng)被吃掉不少![方法]選擇“開始”選單的“運行”，鍵入“msconfig”啟動“系統(tǒng)配置實用程序”，進入“啟動”標，在此窗口列出了系統(tǒng)啟動時加載的項目及來源，仔細查看你是否需要它自動加載，否則清除項目前的復選框，加載的項目愈少，啟動的速度自然愈快。此項需要重新啟動方能生效。三、優(yōu)化視覺效果[方法]選擇“系統(tǒng)屬性”中的“高級”標簽進入“性能選項”界面，其中“視覺效果”中可供選擇的包括:自動設置為最佳、最佳外觀、最佳性能、自定義。選中的效果越多則占用的系統(tǒng)資源越多，選定“最佳性能”項將關閉列表中列出諸如淡入淡出、平滑滾動、滑動打開等所有視覺效果。四、關閉系統(tǒng)還原默認情況下系統(tǒng)還原功能處于啟用狀態(tài)，每個驅動器約被占用高達4%～12%的硬盤空間，并且系統(tǒng)還原的監(jiān)視系統(tǒng)會自動創(chuàng)建還原點，這樣在后臺運行就會占用較多的系統(tǒng)資源。[方法]鼠標右鍵點擊桌面“我的電腦”中的“屬性”進入“系統(tǒng)屬性”設置窗口，選擇“系統(tǒng)還原”標簽，將“在所有驅動器上關閉系統(tǒng)還原”置為選中狀態(tài)五、加快選單顯示速度[方法]運行注冊表編輯器，進入“HKEY_CURRENT_USERControlPanelDesktop”，將名稱為MenuShowDelay的數(shù)據(jù)值由原來默認的400修改為0，修改后XP的開始選單、甚至應用軟件的選單顯示速度都會明顯加快。六、啟用DMA傳輸模式所謂DMA，即直接存儲器存儲模式，指計算機周邊設備(主要指硬盤)可直接與內存交換數(shù)據(jù)，這樣可加快硬盤讀寫速度，提高速據(jù)傳輸速率。[方法]選擇“系統(tǒng)屬性”中的“硬件”標簽，打開“設備管理器”，其中“IDE控制器”有兩項“PrimaryIDEChannel”及“SecondaryIDEChannel”，依次進入“屬性→高級設置”，該對話框會列出目前IDE接口所連接設備的傳輸模式，點擊列表按鈕將“傳輸模式”設置為“DMA(若可用七、移動臨時文件儲存路徑多數(shù)應用軟件在運行時都會產(chǎn)生臨時文件，而且這些臨時文件都默認保存于啟動分區(qū)C盤，長時間頻繁讀寫C盤極易產(chǎn)生大量文件碎片，從而影響C盤性能，而C盤又是儲存系統(tǒng)啟動核心文件的分區(qū)，C盤的性能直接影響到系統(tǒng)的穩(wěn)定性與運行效率。應盡量將應用軟件安裝于啟動盤以外的分區(qū)并定期對硬盤進行整理，此舉可最大程度避免產(chǎn)生磁盤碎片，將啟動或讀寫速度保持在最佳狀態(tài)。InternetExplorer臨時文件夾[方法]在IE主窗口中，依次進入“工具→Internet選項→常規(guī)”標簽，打開“Internet臨時文件”設置界面，點擊“移動文件夾”按鈕將原來保存于C盤的臨時目錄移動至C盤以外的驅動器中，如果你使用的是寬帶，可將“臨時文件夾”使用空間設置為最小值1M刻錄時產(chǎn)生的臨時文件[方法]文件在刻錄之前都會保存于C盤的刻錄臨時文件夾中，進入資源管理器，選擇刻錄機盤符并單擊鼠標右鍵選單的“屬性”項，在“錄制”標簽下可將此臨時文件夾安置于其它驅動器。我的文檔[方法]鼠標右鍵點擊“我的文檔”，在屬性設置項中可將“我的文檔”默認的保存路徑修改至其它盤符。八、增加虛擬內存[方法]進入“性能選項”的“高級”設置窗口，首先將“處理器計劃”及“內存使用”都調整為“程序”優(yōu)化模式。點擊“更改”按鈕進入虛擬內存設置窗口，若你的內存大于256M，建議你禁用分頁文件。默認的分頁文件為物理內存的1.5倍。禁用系統(tǒng)緩存需重新啟動系統(tǒng)。如果你的內存低于256M，請勿禁用分頁文件，否則會導致系統(tǒng)崩潰或無法再啟動XP!三windows使用時間長了，自然就會產(chǎn)生這樣那樣的臨時文件，影響系統(tǒng)速度，讓人煩心。對于老鳥來說，可以通過修改注冊表、手動優(yōu)化系統(tǒng)性能來提高速度，而對新手來說比較困難。這里我們可以下載一些專門的系統(tǒng)優(yōu)化軟件，進行一些簡單的設計，就能達到我們想要的效果。這里我推薦一些常用又好使的軟件：WINDOWS優(yōu)化王、優(yōu)化大師、超級兔子等。其中WINDOWS優(yōu)化王非常好用，一看就會、功能全面、省時省心。完全清理[毒]垃圾藏在XP中的一個秘密武器，可以完整清除垃圾文件藏在XP中的一個秘密武器，可以完整清除垃圾文件你有用過Windows內置的清理磁盤功能嗎？它并不能完全地清洗Windows內不需要的檔案，因為它的功能被隱藏了，本篇將會把它被封印了的功能完全打開。適用的窗口板本除了Win95及Win98外這個方法階適用于Win98se、Win2000、WinME、WinXP現(xiàn)在介紹兩個「清理磁盤」工具的指令：SAGESET及SAGERUN首先在「開始」>「執(zhí)行」然后輸入cleanmgr/sageset:99設定:特別模式「清理磁盤」工具會執(zhí)行，你會發(fā)覺多了很多清理選擇，選擇你想要清理的檔案，通常全部都可以刪除，完成你的選擇后再按「確定」。然后再打開「開始」>「運行」輸入：cleanmgr/SAGERUN:99殺毒1這種情況往往表現(xiàn)在打開IE時，在IE界面的左下框里提示：正在打開網(wǎng)頁，但老半天沒響應。在任務管理器里查看進程，（進入方法，把鼠標放在任務欄上，按右鍵—任務管理器—進程）看看CPU的占用率如何，如果是100%，可以肯定，是感染了病毒，這時你想運行其他程序簡直就是受罪。這就要查查是哪個進程貪婪地占用了CPU資源．找到后，最好把名稱記錄下來，然后點擊結束，如果不能結束，則要啟動到安全模式下把該東東刪除，還要進入注冊表里，（方法：開始—運行，輸入regedit）在注冊表對話框里，點編輯—查找，輸入那個程序名，找到后，點鼠標右鍵刪除，然后再進行幾次的搜索，往往能徹底刪除干凈。殺毒2今天在這里為大家提供兩則小技巧，以便幫你強行殺死頑固病毒進程。根據(jù)進程名查殺這種方法是通過WinXP系統(tǒng)下的taskkill命令來實現(xiàn)的，在使用該方法之前，首先需要打開系統(tǒng)的進程列表界面，找到病毒進程所對應的具體進程名。接著依次單擊“開始→運行”命令，在彈出的系統(tǒng)運行框中，運行“cmd”命令；再在DOS命令行中輸入“taskkill/imaaa”格式的字符串命令，單擊回車鍵后，頑固的病毒進程“aaa”就被強行殺死了。比方說，要強行殺死“conime。exe”病毒進程，只要在命令提示符下執(zhí)行“taskkill/imconime。exe”命令，要不了多久，系統(tǒng)就會自動返回結果。根據(jù)進程號查殺上面的方法，只對部分病毒進程有效，遇到一些更“頑固”的病毒進程，可能就無濟于事了。此時你可以通過Win2000以上系統(tǒng)的內置命令——ntsd，來強行殺死一切病毒進程，因為該命令除System進程、SMSS。EXE進程、CSRSS。EXE進程不能“對付”外，基本可以對付其它一切進程。但是在使用該命令殺死病毒進程之前，需要先查找到對應病毒進程的具體進程號?？紤]到系統(tǒng)進程列表界面在默認狀態(tài)下，是不顯示具體進程號的，因此你可以首先打開系統(tǒng)任務管理器窗口，再單擊“查看”菜單項下面的“選擇列”命令，在彈出的設置框中，將“PID(進程標志符)”選項選中，單擊“確定”按鈕。返回到系統(tǒng)進程列表頁面中后，你就能查看到對應病毒進程的具體PID了。接著打開系統(tǒng)運行對話框，在其中運行“cmd”命令，在命令提示符狀態(tài)下輸入“ntsd-cq-pPID”命令，就可以強行將指定PID的病毒進程殺死了。例如，發(fā)現(xiàn)某個病毒進程的PID為“444”，那么可以執(zhí)行“ntsd-cq-p444”命令，來殺死這個病毒進程。殺毒3Windows任務管理器是大家對進程進行管理的主要工具，在它的“進程”選項卡中能查看當前系統(tǒng)進程信息。在默認設置下，一般只能看到映像名稱、用戶名、CPU占用、內存使用等幾項，而更多如I/O讀寫、虛擬內存大小等信息卻被隱藏了起來?？蓜e小看了這些被隱藏的信息，當系統(tǒng)出現(xiàn)莫名其妙的故障時，沒準就能從它們中間找出突破口。1.查殺會自動消失的雙進程木馬前段時間朋友的電腦中了某木馬，通過任務管理器查出該木馬進程為“system.exe”，終止它后再刷新，它又會復活。進入安全模式把c:＼windows＼system32＼system.exe刪除，重啟后它又會重新加載，怎么也無法徹底清除它。從此現(xiàn)象來看，朋友中的應該是雙進程木馬。這種木馬有監(jiān)護進程，會定時進行掃描，一旦發(fā)現(xiàn)被監(jiān)護的進程遭到查殺就會復活它。而且現(xiàn)在很多雙進程木馬互為監(jiān)視，互相復活。因此查殺的關鍵是找到這“互相依靠”的兩個木馬文件。借助任務管理器的PID標識可以找到木馬進程。調出Windows任務管理器，首先在“查看→選擇列”中勾選“PID（進程標識符）”，這樣返回任務管理器窗口后可以看到每一個進程的PID標識。這樣當我們終止一個進程，它再生后通過PID標識就可以找到再生它的父進程。啟動命令提示符窗口，執(zhí)行“taskkill/imsystem.exe/f”命令。刷新一下電腦后重新輸入上述命令，可以看到這次終止的system.exe進程的PID為1536，它屬于PID為676的某個進程。也就是說PID為1536的system.exe進程是由PID為676的進程創(chuàng)建的。返回任務管理器，通過查詢進程PID得知它就是“internet.exe”進程。找到了元兇就好辦了，現(xiàn)在重新啟動系統(tǒng)進入安全模式，使用搜索功能找到木馬文件c:＼windows＼internet.exe，然后將它們刪除即可。前面無法刪除system.exe，主要是由于沒有找到internet.exe（且沒有刪除其啟動鍵值），導致重新進入系統(tǒng)后internet.exe復活木馬。2.揪出狂寫硬盤的P2P程序單位一電