胃腸腫瘤科會(huì)幻燈版

1、Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.Nanjing TorontoStanford保密Strictly Private & ConfidentialToronto Stanford Nanjing多倫多斯坦福 南京NGS在胃腸道腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療的應(yīng)用世和基因胃腸腫瘤基因檢測(cè)產(chǎn)品介紹2016年8月12世和基因胃腸腫瘤基因檢測(cè)產(chǎn)品介紹 世和技術(shù)優(yōu)勢(shì) 病例分享目錄Table of Contents 世和基因介紹12Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights r

2、eserved. NGS在胃腸道腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療中的應(yīng)用23453Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.世和基因公司介紹世和具有國(guó)際視野 來(lái)自北美的個(gè)體化醫(yī)療先鋒A Global GENESEEQ Pioneer in Personalized Treatment4Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.世和北美總部 多倫多，加拿大2008年世和團(tuán)隊(duì)開(kāi)始致力于下一代高通量 (NGS) 基因測(cè)序在個(gè)體化醫(yī)療領(lǐng)域的研究世和北美總部位于加拿

3、大多倫多MaRS高新區(qū)，是高新區(qū)重點(diǎn)科技示范企業(yè)。世和北美團(tuán)隊(duì)15人，其中研發(fā)14人生物研發(fā)核心團(tuán)隊(duì)由6名北美名校博士組成世和核心技術(shù)流程研發(fā)在北美進(jìn)行，與當(dāng)?shù)囟嗉覈?guó)際知名醫(yī)院合作MaRS世和北美分部 斯坦福，美國(guó)斯坦福大學(xué)世和生物信息平臺(tái)研發(fā)實(shí)驗(yàn)室坐落于斯坦福大學(xué)，核心團(tuán)隊(duì)成員為斯坦福及Dana-Farber研究所4名博士北美高通量測(cè)序平臺(tái)國(guó)際頂級(jí)的科研合作伙伴 A Global GENESEEQ World Class International Partnerships5Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserve

4、d.國(guó)際合作項(xiàng)目包括：高通量測(cè)序在實(shí)體腫瘤分子診斷的臨床應(yīng)用Genome Canada多倫多大學(xué)醫(yī)院聯(lián)盟加拿大瑪格麗特公主腫瘤醫(yī)院罕見(jiàn)遺傳病：視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤（RB）分子基因診斷加拿大Impact Genetics高通量測(cè)序 大數(shù)據(jù)生物信息學(xué)分析應(yīng)用斯坦福大學(xué) 2006年諾貝爾醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)Andrew Fire實(shí)驗(yàn)室合作世和中國(guó)總部已落戶南京A Global GENESEEQ Nanjing, China Headquarter6Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.世和中國(guó)總部 南京世和基因中國(guó)中心落戶中國(guó)南京高新區(qū)

5、，并得到省市區(qū)三級(jí)政府大力扶持:全新實(shí)驗(yàn)中心3000平方米診斷試劑車間1500平方米轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心10,000平方米擁有Illumina全系列高通量測(cè)序平臺(tái)（MiSeq、NextSeq500、HiSeq4000）國(guó)家“百人計(jì)劃”、“321”人才計(jì)劃重點(diǎn)項(xiàng)目、科技創(chuàng)業(yè)家上市公司北陸藥業(yè)（300016，市值逾百億）作為世和基因戰(zhàn)略投資者，擁有強(qiáng)大的上市公司資本運(yùn)作平臺(tái)南京實(shí)驗(yàn)室 國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)經(jīng)過(guò)近五年的科研開(kāi)發(fā)投入，世和基因在北美完成了技術(shù)開(kāi)發(fā)，從北美引進(jìn)回國(guó)已經(jīng)和全國(guó)100+家頂級(jí)三級(jí)甲等醫(yī)院和腫瘤?？漆t(yī)院開(kāi)展科研合作國(guó)內(nèi)頂級(jí)的科研合作伙伴 A Global GENESEEQ First Tier D

6、omestic Partnerships7Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.已經(jīng)和全國(guó)100+家頂級(jí)三級(jí)甲等醫(yī)院和腫瘤?？漆t(yī)院開(kāi)展科研合作世和作為政府重點(diǎn)戰(zhàn)略扶持企業(yè)A Global GENESEEQ A Rising Star Supported by Government 8Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.南京市衛(wèi)生局局長(zhǎng)調(diào)研世和作為戰(zhàn)略新型企業(yè)得到了省市區(qū)三級(jí)政府的大力支持高新區(qū)管委會(huì)主任考察江蘇省省委書(shū)記調(diào)研南

7、京市市長(zhǎng)考察國(guó)際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心：南京International Precision Medicine Centre9Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.世和基因和南京高新區(qū)政府共建國(guó)際轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心1. 第三方獨(dú)立醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所3. 創(chuàng)新性藥物研發(fā)中心2. 人類基因組研究中心全套國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)的分子診斷平臺(tái)：投資逾千萬(wàn)建設(shè)分子診斷平臺(tái)、多套高通量測(cè)序平臺(tái)及大數(shù)據(jù)分析服務(wù)器系統(tǒng)全套臨床標(biāo)準(zhǔn)的SOP及管理：世和基因正在申請(qǐng)CLIA和CAP系統(tǒng)，該系統(tǒng)為CLIA和CAP國(guó)際評(píng)審專家Dr. Brenda Gallie設(shè)計(jì)世和基因在

8、多倫多有自己的全套科研實(shí)驗(yàn)室和研發(fā)團(tuán)隊(duì)現(xiàn)有的頂級(jí)海外醫(yī)院和科研資源：多倫多綜合醫(yī)院（加拿大最大的綜合醫(yī)院）、瑪格麗塔公主腫瘤中心（世界前五的癌癥研究中心）、 Impact Genetics（頂級(jí)罕見(jiàn)病研究機(jī)構(gòu)）世和基因積累了大量寶貴的腫瘤患者基因大數(shù)據(jù)，已超5000例頂級(jí)腫瘤靶向藥物研發(fā)機(jī)構(gòu)合作共同開(kāi)發(fā)新型靶向藥物和新藥的臨床試驗(yàn)篩選國(guó)際精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心：南京International Precision Medicine Centre10Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.南京市副市長(zhǎng)胡萬(wàn)進(jìn)和高新區(qū)管委會(huì)主任王

9、磊共同為“南京高新精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所”揭牌政府搭臺(tái)行業(yè)引導(dǎo)第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)行業(yè)作為園區(qū)重點(diǎn)發(fā)展的產(chǎn)業(yè)為“江北新區(qū)” 搭建生命健康領(lǐng)域高科技成果轉(zhuǎn)化渠道和平臺(tái)結(jié)合企業(yè)強(qiáng)大的技術(shù)專業(yè)優(yōu)勢(shì)、醫(yī)療市場(chǎng)資源和海外資源以市場(chǎng)化的獨(dú)立法人形式規(guī)范運(yùn)營(yíng)引入社會(huì)資本世和基因高通量測(cè)序通過(guò)國(guó)家衛(wèi)生部質(zhì)評(píng)11Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.2015年12月由國(guó)家衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中心組織的全國(guó)腫瘤診斷與治療高通量測(cè)序檢測(cè)室間。世和基因順利獲得質(zhì)評(píng)合格證書(shū)，此次測(cè)評(píng)中，世和基因是全國(guó)獲批可檢測(cè)基因數(shù)目（體細(xì)胞突變）最多最全面的機(jī)構(gòu)，包括覆

10、蓋377個(gè)基因的單堿基突變、缺失和插入，以及覆蓋14個(gè)基因的融合突變。行業(yè)領(lǐng)導(dǎo)者：世和基因的四大優(yōu)勢(shì)7Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.國(guó)內(nèi)檢測(cè)病例最多自2013年來(lái)檢測(cè)樣本超過(guò)10000例液態(tài)活檢推出最早三年研發(fā)，檢測(cè)臨床樣本超過(guò)2000例技術(shù)底蘊(yùn)最深厚最早推出全血陰性對(duì)照并包含種系突變目標(biāo)基因捕獲探針單獨(dú)合成14輪優(yōu)化全國(guó)市場(chǎng)覆蓋最廣2016年覆蓋3個(gè)大區(qū)、24個(gè)省市13Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.NGS在胃腸

11、道腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療中的應(yīng)用中國(guó)消化道腫瘤發(fā)病現(xiàn)狀中國(guó)排名前十腫瘤病種的發(fā)病率和死亡率其中胃癌、結(jié)直腸癌、肝癌都是發(fā)病率與死亡率極高的癌種2013年中國(guó)和全球腫瘤發(fā)病率和死亡率解析14Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.14Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.胃腸腫瘤中靶向藥物I15腸癌消化道腫瘤靶向藥物在國(guó)內(nèi)外上市越來(lái)越多，目前國(guó)內(nèi)上市的藥物有6種，此外還有大量靶向藥物在國(guó)外上市或處于臨床階段英文藥名中文藥名藥敏基因或相關(guān)基因消

12、化道腫瘤適應(yīng)癥Bevacizumab貝伐單抗VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3等結(jié)直腸癌（中國(guó)）Apatinib阿帕替尼VEGFR2胃癌（中國(guó)）Cetuximab西妥昔單抗EGFR, KRAS, NRAS, BRAF, PI3K,PTEN,MET,ALK, ROS1, ERBB2等結(jié)直腸癌(美國(guó)、歐洲、日本、中國(guó)）Trastuzmab赫賽汀 ERBB2胃癌（中國(guó)）Sunitinib索坦KIT, PDGFRB,VEGFR1,VEGFR2,VEGFR3等胃腸道間質(zhì)瘤（中國(guó)）Imatinib格列衛(wèi)KIT, PDGFRB,VEGFR1,VEGFR2,VEGFR3等胃腸道間質(zhì)瘤（中國(guó)）15Co

13、pyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.胃腸腫瘤中靶向藥物II16英文藥名中文藥名藥敏基因備注Aflibercept阿柏西普VEGFR1，VEGFR2，VEGFR3等結(jié)腸癌Ramucirumab雷莫盧單抗VEGFR2胃癌、結(jié)直腸癌Nimotuzumab尼妥珠單抗EGFR, KRAS, NRAS, BRAF, PI3K,PTEN,MET,ALK, ROS1, ERBB2等結(jié)直腸癌Panitumumab帕尼單抗EGFR, KRAS, NRAS, BRAF, PI3K,PTEN,MET,ALK, ROS1, ERBB2等結(jié)

14、直腸癌Regorafenib瑞哥菲尼KIT,PDGFRB,VEGFR1,VEGFR2,VEGFR3等結(jié)腸癌、胃腸道間質(zhì)瘤T-DM1賀癌寧ERBB2胃癌期臨床階段Lapatinib泰克泊ERBB2，HER2胃癌期臨床階段Sorafenib多吉美KIT,PDGFRB,VEGFR1,VEGFR2,VEGFR3等結(jié)直腸癌期臨床階段消化道腫瘤靶向藥物在國(guó)外上市越來(lái)越多，還存在更多靶向藥物處于臨床階段16Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.新增：若診斷時(shí)存在轉(zhuǎn)移性疾病，則務(wù)必確認(rèn)已檢測(cè)HER217HER2常見(jiàn)激活形式為擴(kuò)

15、增(13.4%)，除了擴(kuò)增還有20外顯子突變，也可以激活HER2蛋白胃癌需檢測(cè)ERBB2基因擴(kuò)增和激活突變突變基因患者數(shù)量突變頻率突變類型對(duì)赫賽汀影響PIK3CA119.2%點(diǎn)突變耐藥NF175.9%點(diǎn)突變耐藥ERBB365.0%點(diǎn)突變耐藥PTEN54.2%點(diǎn)突變耐藥BRAF43.4%點(diǎn)突變耐藥EGFR43.4%點(diǎn)突變耐藥ERBB232.5%點(diǎn)突變敏感ERBB2 amp1613.4%擴(kuò)增敏感CCNE1 amp1210.1%擴(kuò)增耐藥CCND1 amp108.4%擴(kuò)增耐藥NOTCH1 amp97.6%擴(kuò)增耐藥EGFR amp86.7%擴(kuò)增耐藥MET amp65.0%擴(kuò)增耐藥17世和基因數(shù)據(jù)，基于1

16、20例胃癌患者的統(tǒng)計(jì)結(jié)果2015年ASCO對(duì)腸癌EGFR單抗使用條件的更新檢測(cè)從傳統(tǒng)的KRAS第2外顯子擴(kuò)展到KRAS第2/3/4外顯子和NRAS第2/3/4外顯子14Allegra CJ, et al. JCO.2015.63.9674Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.182016 NCCN：全RAS/RAF突變?yōu)榻Y(jié)直腸癌重要預(yù)后指標(biāo)Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.NCCN指南明確提出結(jié)直腸癌患者使用EGFR單抗藥物

17、（西妥昔單抗、帕尼單抗）前，需要檢測(cè)KRAS基因和NRAS基因突變狀態(tài)，同時(shí)BRAF基因V600E突變同樣可能影響藥物療效。KRAS及NRAS基因2、3、4外顯子突變均可導(dǎo)致西妥昔耐藥Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.基因外顯子 突變 突變頻率KRAS2G12A, G12D, G12R, G12V, G12C, G12S41.4%G13D, G13V, G13A ,G13S, G13C, G13R3A59E, A59G, A59T2.5%Q61H, Q61L, Q61R4K117N, K117R, K117

18、E3.2%A146T, A146P, A146VNRAS2G12D, G12C, G12S,2.3%G13R, G13V, G13D, G13V3A59D, A59T2.2%Q61H, Q61L, Q61K, Q61R4K117NA146T0.2%注：紅色突變是目前市場(chǎng)上全RAS檢測(cè)的位點(diǎn)152021Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved. 西妥昔單抗 或 帕尼單抗傳統(tǒng)檢測(cè)結(jié)果為野生型KRAS，其中一些其實(shí)是有低豐度KRAS突變的低豐度KRAS突變使用EGFR單抗或化療，預(yù)后均不如野生型 需要用更精準(zhǔn)的方法來(lái)檢出

19、低豐度的KRAS突變。不同豐度患者（ctDNA檢測(cè)）從EGFR單抗獲益不同，且預(yù)后與豐度密切相關(guān) 體現(xiàn)高通量測(cè)序的優(yōu)勢(shì)（ASCO上另一報(bào)告）2015年ASCOKRAS基因檢測(cè)靈敏度與豐度的故事 CPT-11/FOLFIRI/FOLFOX 化療病癥和診斷曾用藥2015年1月確診分結(jié)腸癌IV期，直腸有轉(zhuǎn)移。哥哥69歲腸息肉，做病理發(fā)現(xiàn)有癌變。奧沙利鉑、氟尿嘧啶、尼妥珠單抗、伊立替康KRAS罕見(jiàn)激活突變實(shí)例22Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.22患者信息和診斷 結(jié)腸癌姓名：WZC出生日期：1957.02.02性

20、別：男樣本來(lái)源：南通大學(xué)附屬醫(yī)院主治醫(yī)生：樣本組織：血液，腫瘤組織樣本類型：EDTA抗凝血，石蠟塊（腸鏡采樣）采樣日期：2015.06. 08（血液） 2015年01月05日（腫瘤組織）收樣日期：2015.06.09KRAS罕見(jiàn)激活突變實(shí)例23Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.23高通量全景癌癥基因檢測(cè)展現(xiàn)了完整的突變信息，不漏過(guò)任何罕見(jiàn)突變患者腫瘤組織樣本檢測(cè)到KRAS基因第3、4外顯子單堿基置換引起的A59T和K147E突變，豐度分別約為1%和5%；其中A59T曾多次在結(jié)直腸癌及胃癌中報(bào)道，K147E也

21、曾在心面皮膚綜合征中有報(bào)道。同時(shí)，KRAS激活突變可能降低腫瘤細(xì)胞對(duì)EGFR、ERBB2靶向藥物及依維莫司的敏感性，以及增加MEK抑制劑如司美替尼的敏感性?；颊邽镵RAS突變型，不適和采取抗EGFR治療（如西妥昔單抗），并且預(yù)后較差。KRAS常見(jiàn)驅(qū)動(dòng)基因突變有G12A, G12D, G12R, G12V, G12C, G12S，G13D，突變頻率占到41.4%，然而此患者為第三第四外顯子罕見(jiàn)突變，在傳統(tǒng)檢測(cè)上容易發(fā)生漏檢，除此之外還應(yīng)該檢測(cè)NRAS與HRAS。無(wú)法獲得組織的胃腸道腫瘤患者可以通過(guò)ctDNA檢測(cè)獲益24Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc

22、. All rights reserved.62例胃腸道腫瘤ctDNA突變陽(yáng)性陰性總數(shù)腫瘤組織突變陽(yáng)性501060陰性112總數(shù)511162一致性 83.928例胃癌患者ctDNA突變陽(yáng)性陰性總數(shù)腫瘤組織突變陽(yáng)性24327陰性101總數(shù)25328一致性 85.7在62例送檢ctDNA與組織取樣時(shí)間相同*的胃腸道腫瘤患者分析ctDNA與組織匹配度23例腸癌患者ctDNA突變陽(yáng)性陰性總數(shù)腫瘤組織突變陽(yáng)性19423陰性000總數(shù)19423一致性 82.6 晚期胃腸道腫瘤患者無(wú)法進(jìn)行手術(shù)，從而無(wú)法獲取組織樣本進(jìn)行活檢指導(dǎo)腫瘤治療 胃腸道腫瘤中ctDNA檢測(cè)與組織樣本匹配度接近85%，可以作為組織活檢的

23、有效補(bǔ)充，為無(wú)法獲取組織的胃腸道患者提供用藥指導(dǎo) ctDNA無(wú)創(chuàng)動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)可用于胃腸道腫瘤用藥療效監(jiān)測(cè)及耐藥機(jī)制探究注：*表示ctDNA取樣與組織取樣時(shí)間間隔低于一周，且間隔期未進(jìn)行治療干預(yù)世和基因數(shù)據(jù)什么是微衛(wèi)星不穩(wěn)定性微衛(wèi)星（microsatellites，MS）：一串連續(xù)重復(fù)的短DNA序列，通常為1-6個(gè)堿基對(duì)的核心單位，重復(fù)5-50次不等。人類基因組中有成百上千的MS存在，并具有人群中高突變率和高多樣性的特點(diǎn)。微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instability，MSI）：是指MS重復(fù)序列由于重復(fù)單位的插入或缺失而造成的MS長(zhǎng)度的高變異性。其產(chǎn)生機(jī)制是由于DNA錯(cuò)配修復(fù)（

24、MMR）機(jī)制受損，包括MMR相關(guān)基因的失活突變或通過(guò)表觀遺傳學(xué)抑制MMR基因的表達(dá)。臨床應(yīng)用：MSI在腸癌中最為常見(jiàn)，約15%的腸癌病例具有MSI特性，其中早發(fā)腸癌中MSI比例高達(dá)30%。根據(jù)MSI的狀態(tài)，腸癌病人被分為高M(jìn)SI（MSI-H), 低MSI（MSI-L)和穩(wěn)定MS（MSS）三個(gè)亞群。臨床數(shù)據(jù)顯示，MSI-H病人的預(yù)后要比MSI-L和MSS好。因而，MSI狀態(tài)是腸癌中很好的預(yù)后指標(biāo)。relapse-free survivaloverall survivalJournal of the National Cancer Institute 104, 1635-1646 (2012)25

25、Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.25252525PD-1單抗在MMR缺陷的結(jié)直腸癌患者中療效更好26Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.MMR缺陷結(jié)直腸癌(n=28)MMR正常結(jié)直腸癌(n=25)CR3 (11%)0%PR13 (46%)0%ORR16 (57%)0%DCR25 (89%)16%PFSNot reached 2.3 mosOSNot reached5.98 mos臨床II期試驗(yàn)，共83位進(jìn)展期轉(zhuǎn)移性癌癥患

26、者入組，包括結(jié)直腸癌與非結(jié)直腸癌傳統(tǒng)MSI檢測(cè)方法Multiplex PCR擴(kuò)增正常人穩(wěn)定MSI標(biāo)記，用毛細(xì)管電泳法分析PCR產(chǎn)物的大小缺點(diǎn)： 只能同時(shí)檢測(cè)有限的幾個(gè)MSI標(biāo)記 （如目前唯一商品化的Promega檢測(cè)試劑盒只包括5個(gè)MSI標(biāo)記）。使用毛細(xì)管電泳法分析PCR產(chǎn)物大小，檢測(cè)的靈敏度存在局限性，特別是當(dāng)樣品中腫瘤含量較低時(shí)。 NR-21 BAT-26 BAT-25 NR-24 Mono-27F1506093313MSI-H（MLH1基因截短突變）K562 cell lineMSS controlF1504132491MSS（無(wú)MMR基因突變）Data generated by Gen

27、eseeq using Promega MSI test kit27Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.27NGS技術(shù)通過(guò)22個(gè)微衛(wèi)星區(qū)域檢測(cè)MSI狀態(tài)28Copyright 2013. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.上表中MSI-target-1到MSI-target-22為檢測(cè)的22個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，檢測(cè)值為1表示該微衛(wèi)星不穩(wěn)定，0為穩(wěn)定；22個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，9個(gè)為陽(yáng)性，MSI score = 9/22（0.409）；根據(jù)結(jié)果判定患者為MSI-H型。F

28、1506093313HB10(control)MSI-target-2NGS檢測(cè)22個(gè)MSI狀態(tài)統(tǒng)計(jì)檢測(cè)結(jié)果分析MSI-target-11MSI-target-50MSI-target-91MSI-target-130MSI-target-171MSI-target-211Unstable loci9MSI-target-21MSI-target-60MSI-target-100MSI-target-141MSI-target-181MSI-target-220Passing loci22MSI-target-30MSI-target-70MSI-target-110MSI-target-15

29、0MSI-target-190MSI score0.409MSI-target-40MSI-target-80MSI-target-121MSI-target-160MSI-target-201MSI statusPOSITIVENGS檢測(cè)微衛(wèi)星區(qū)域檢測(cè)陽(yáng)性/陰性示例NGS與多重PCR驗(yàn)證：MSI-H患者1樣本號(hào)： F1506093313年齡：58性別：男臨床診斷：結(jié)腸癌4期家族病史：哥哥60歲腸息肉做病理發(fā)現(xiàn)有癌變MMR基因突變： MLH1基因E227X截短突變Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.4229N

30、GS與多重PCR驗(yàn)證：MSI-H患者194/103108/115125/125128/131147/152K562F1506093313103/103114/114131/131152/152124/124 NR-21 BAT-26 BAT-25 NR-24 Mono-27多重PCR結(jié)果為MSI-H（4/5）。5個(gè)（ NR-21、BAT-26、BAT-25、NR-24、Mono-27 ）微衛(wèi)星位點(diǎn)中4個(gè)（NR-21、BAT-26、NR-24、Mono-27）為陽(yáng)性。+K562為陰性對(duì)照Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights res

31、erved.4330NGS與多重PCR驗(yàn)證：MSI-H患者1PositionF1506093313unstable_loci9passing_loci22msing_score0.4091msi statusPOSITIVEmsi-target-11msi-target-21msi-target-30msi-target-40msi-target-50msi-target-60msi-target-70msi-target-80msi-target-91msi-target-100msi-target-110msi-target-121msi-target-130msi-target-141m

32、si-target-150msi-target-160msi-target-171msi-target-181msi-target-190msi-target-201msi-target-211msi-target-220患者1的NGS檢測(cè)結(jié)果為MSI-H：22個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，9個(gè)為陽(yáng)性，MSI score = 9/22（0.409）。右表中msi-target-1到msi-target-22為檢測(cè)的22個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，檢測(cè)值為1表示該微衛(wèi)星不穩(wěn)定，0為穩(wěn)定。F1506093313HB10(control)msi-target-2上圖為患者在msi-target-2微衛(wèi)星，IGV截圖。上為患者FF

33、PE樣本，下為陰性對(duì)照樣本。黑色線條表示堿基缺失。Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.443132基因涉及藥物藥物反應(yīng)CDA吉西他濱A70T的單倍型*3使吉西他濱的清除減少，在使用包含鉑類或5-FU方案中使中性粒細(xì)胞減少的發(fā)生率增加CYP2D6他莫昔芬弱代謝型與他莫昔芬的療效降低有關(guān)，而強(qiáng)代謝型與不良反應(yīng)的發(fā)生相關(guān)DPYD5-FU，卡培他濱突變純合子對(duì)5-FU致死，雜合子有較強(qiáng)毒副作用ERCC1鉑類Cys118Thr多態(tài)性可增加對(duì)鉑類的敏感性GSTM1紫杉醇，鉑類突變型對(duì)紫杉醇和順鉑治療后有較好的生存時(shí)間GS

34、TP1鉑類突變型有利于患者在化療中生存MTHFR5-FU，鉑類氨甲葉酸對(duì)于突變型純合子的患者有較強(qiáng)的毒副作用TP53鉑類Arg72Pro多態(tài)性對(duì)含鉑化療有更好的療效TPMT巰嘌呤突變純合子對(duì)于巰嘌呤類藥物有很強(qiáng)的造血細(xì)胞毒副作用，雜合子有中度毒性TYMS5-FU，培美曲塞3R/3R純合子降低5-FU及培美曲塞療效，減少生存獲益UGT1A1伊立替康突變型純合子和雜合子都有較嚴(yán)重的毒副作用XPC鉑類多態(tài)性與鉑類化療耐藥相關(guān)XRCC1鉑類多態(tài)性與鉑類化療敏感性相關(guān)經(jīng)一次檢測(cè)還可以全面、準(zhǔn)確地展現(xiàn)化療相關(guān)基因情況，及時(shí)制定高效低毒的最優(yōu)化療方案避免盲目使用化療藥物，減少嚴(yán)重毒副反應(yīng)的發(fā)生，幫助患者爭(zhēng)取

35、寶貴的治療時(shí)間常見(jiàn)腫瘤化療療效及毒副反應(yīng)相關(guān)基因Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.3233Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.種系突變與遺傳風(fēng)險(xiǎn) 種系突變種系突變主要是指他所攜帶的突變來(lái)源于他的上一輩，并非他本人在成長(zhǎng)過(guò)程中產(chǎn)生的基因組突變，是有遺傳根源的。體系突變體系突變是指他本來(lái)不攜帶突變，但是在成長(zhǎng)過(guò)程中受環(huán)境或自身原因的影響，其某部位的基因組產(chǎn)生突變，而導(dǎo)致器官發(fā)生了病變。即“腫瘤特有突變” 腫瘤細(xì)胞基因組常存在多

36、個(gè)突變，這些突變可能是遺傳的，也可以是后天出現(xiàn)的。檢測(cè)到種系突變有何意義？綜合征遺傳性非息肉性結(jié)直腸癌綜合征(Lynch Syndrome)家族性黏膜皮膚色素沉著胃腸道息肉病(Peutz-Jeghers Syndrome)幼年性息肉病綜合征(Juvenile Polyposis Syndrome)家族性腺瘤性息肉病(Familial Adenomatous Polyposis)MUTYH相關(guān)性息肉(MUTYH-associated polyposis) 基因患癌風(fēng)險(xiǎn)MLH1,MSH2MSH6PMS2STK11(LKB1)BMPR1A, SMAD4APCMUTYH結(jié)腸癌40-80% (7-15倍

37、)10-22%(2-4倍)15-20% (3-4倍)39%(7倍)40-50%(7-10倍)+小腸癌3-6%(3-6倍)未報(bào)道+13%(13倍)較低+胃癌1-13%(1-13倍)3%(3倍)+29%(29倍)21%(21倍)未報(bào)道未報(bào)道卵巢癌4-24%(2.5-15倍)1-11%(1-7倍)+18-21% (11-13倍)未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道乳腺癌未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道45-50%未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道子宮內(nèi)膜癌25-60%(9-22倍)16-26%(6-10倍)15%(6倍)9% (3倍)未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道胰腺癌1-6%(1-6倍)未報(bào)道未報(bào)道11-36%(11-36倍)較低未報(bào)道未報(bào)道肝膽管癌1.4

38、-4%(1.4-4倍)未報(bào)道+未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道尿道癌1-4%(1-4倍)1% (1倍)+未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道腦/中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤1-3%(1-3倍)未報(bào)道+未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道脂肪瘤1-9%(1-9倍)未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道34遺傳相關(guān)基因 以結(jié)直腸癌為例Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.胃腸道腫瘤具有較高的遺傳風(fēng)險(xiǎn)NGS通過(guò)檢測(cè)種系突變提示胃腸道遺傳風(fēng)險(xiǎn)提前預(yù)防35Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights rese

39、rved.綜合征遺傳性非息肉性結(jié)直腸癌綜合征家族性黏膜皮膚色素沉著胃腸道息肉幼年性息肉病綜合征家族性腺瘤性息肉MUTYH相關(guān)性息風(fēng)險(xiǎn)基因MLH1, MSH2MSH6PMS2STK11(LKB1)BMPR1A, SMAD4APCMUTYH結(jié)腸癌風(fēng)險(xiǎn)(與正常人相比倍數(shù))40-80% (7-15倍)10-22%(2-4倍)15-20% (3-4倍)39% (7倍)40-50%(7-10倍)+小腸癌風(fēng)險(xiǎn)(與正常人相比倍數(shù))3-6%(3-6倍)未報(bào)道+13%(13倍)較低+胃癌風(fēng)險(xiǎn)(與正常人相比倍數(shù))1-13%(1-13倍)3%(3倍)+29% (29倍)21%(21倍)未報(bào)道未報(bào)道胰腺癌風(fēng)險(xiǎn)(與正常人

40、相比倍數(shù))1-6%(1-6倍)未報(bào)道未報(bào)道11-36%(11-36倍)較低未報(bào)道未報(bào)道肝膽管癌(與正常人相比倍數(shù))1.4-4%(1.4-4倍)未報(bào)道+未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道未報(bào)道胃腸道腫瘤遺傳風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)綜合征種系突變匯總-基于世和1250例臨檢患者的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)36Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.NCCN指南中腸癌高發(fā)種系突變多為MMR等DNA修復(fù)相關(guān)基因等，世和基因數(shù)據(jù)顯示MLH1/CHEK2種系突變?cè)谀c癌高發(fā)，與NCCN指南相統(tǒng)一突變頻率(165例)(123例)(42例)世和基因數(shù)據(jù)種系突變匯總-基于世和125

41、0例臨檢患者的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)37Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.胃癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)基因突變頻率111例胃癌患者中有12%檢出遺傳性患癌風(fēng)險(xiǎn)基因種系突變突變頻率(111例)(81例)(30例)世和基因數(shù)據(jù)健康管理 高危人群患癌風(fēng)險(xiǎn)預(yù)警篩查：研究顯示：乳腺癌、胃癌、結(jié)腸癌、子宮內(nèi)膜癌、前列腺癌、肺癌等成年病人，其直系親屬發(fā)生同種癌癥風(fēng)險(xiǎn)比一般人群高3倍兒童的白血病、腦瘤、軟組織肉瘤等，其同胞發(fā)生同樣腫瘤的機(jī)會(huì)比一般兒童高4倍。有些癌癥，如乳腺癌、結(jié)腸癌、胚胎性腫瘤等，若發(fā)病年齡早，腫瘤是雙側(cè)或多發(fā)性的，患者的直系親屬則比

42、一般人群高20-30倍。這顯示了腫瘤其實(shí)具有家族聚集現(xiàn)象，其現(xiàn)象主要包括兩種類型，一種是在一個(gè)家族中有較多成員發(fā)生一種或幾種部位相同的腫瘤，這種類型稱為“癌家族”，另一種是“家族性癌”，即在一個(gè)家庭內(nèi)有多個(gè)成員患同一種癌癥。38Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.癌癥風(fēng)險(xiǎn)預(yù)警做到早預(yù)防、早診斷、早治療38世和基因胃腸腫瘤基因檢測(cè)產(chǎn)品介紹腸癌45基因套餐英泰康 (I/II)腸癌45基因套餐英泰康 (II/II)GIST 39基因套餐吉士康 (I/II)GIST 39基因套餐吉士康(II/II)胃癌50基因套餐斯

43、達(dá)康(I/II)胃癌50基因套餐斯達(dá)康 (II/II)46Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.公司技術(shù)優(yōu)勢(shì)世和基因高通量測(cè)序的特點(diǎn)檢測(cè)全面精準(zhǔn)度高周期短樣本需求少全自動(dòng)化的大數(shù)據(jù)分析方法時(shí)時(shí)更新的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)高通量單次檢測(cè)中同時(shí)發(fā)現(xiàn)多個(gè)基因的多種突變 包括單堿基突變、堿基缺失、堿基插入和基因融合單次反應(yīng)只能針對(duì)一種突變進(jìn)行檢測(cè)，并只能檢測(cè)一種突變類型同時(shí)對(duì)416個(gè)致癌基因 進(jìn)行測(cè)序展現(xiàn)所有突變每次反應(yīng)只檢測(cè)單個(gè)基因一種突變世和的技術(shù)在單次檢測(cè)中對(duì)每個(gè)堿基覆蓋600次以上，杜絕假陽(yáng)/陰性結(jié)果技術(shù)局限，假陽(yáng)/陰性錯(cuò)

44、誤率高只需一次微量 腫瘤樣本，并且可以檢測(cè)手術(shù)樣本，血液/積液樣本，F(xiàn)FPE石蠟樣本等多次檢測(cè)導(dǎo)致樣本量大、價(jià)格高、耗時(shí)長(zhǎng)實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析的算法優(yōu)化和分析自動(dòng)化，快速處理海量病人數(shù)據(jù)，杜絕人為錯(cuò)誤技術(shù)局限無(wú)法及時(shí)有效處理海量病人數(shù)據(jù)以FDA逾三萬(wàn)份臨床數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，報(bào)告切實(shí)有用，有效幫助醫(yī)生和病人選擇高敏感性的藥物不同實(shí)驗(yàn)室的各種報(bào)告而造成的信息重復(fù)或混亂，無(wú)法保證臨床數(shù)據(jù)庫(kù)的完善性和時(shí)效性檢測(cè)流程高度自動(dòng)化，7天 提供全面準(zhǔn)確報(bào)告多次反復(fù)測(cè)試，造成耗時(shí)長(zhǎng)，而且由于技術(shù)局限無(wú)法提供全面的報(bào)告上一代傳統(tǒng)基因檢測(cè)完勝傳統(tǒng)檢測(cè)，國(guó)內(nèi)首家，國(guó)際領(lǐng)先, 一次檢416個(gè)基因多種突變，展現(xiàn)腫瘤全景47Copyri

45、ght 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.世和的優(yōu)勢(shì)來(lái)自于步步優(yōu)化，精益求精48Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成世和的優(yōu)勢(shì)來(lái)自于步步優(yōu)化，精益求精49Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成優(yōu)勢(shì)在于每步優(yōu)化！QC步驟世和技術(shù)流程 自主研發(fā)極其精

46、細(xì)復(fù)雜幾大優(yōu)勢(shì)50Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved. 樣本種類和需求量石蠟包埋、石蠟切片(3-5張，包括已染色的)、新鮮腫瘤、穿刺組織各類體液細(xì)胞離心及游離DNA提取雙管齊下（包括保存不當(dāng)?shù)葘?dǎo)致腫瘤細(xì)胞大量裂解的體液）ctDNA檢測(cè)所需血液僅為8ml極低樣本需求量和高檢測(cè)靈敏度，樣本最低癌細(xì)胞含量至1-3%即可7個(gè)工作日出報(bào)告 其它公司檢測(cè)所需樣本量蠟塊、切片(25張以上)、體液、穿刺組織ctDNA檢測(cè)所需血液為10ml蠟塊、新鮮組織、切片(10張以上)2013年6月起：世和檢測(cè)樣本數(shù)超過(guò)15,000例，9

47、5%樣本有外周血陰性對(duì)照ctDNA檢測(cè)樣本數(shù)超過(guò)5,000例，100%樣本有外周血陰性對(duì)照不可或缺的“陰性對(duì)照”國(guó)內(nèi)首家提出全血陰性對(duì)照概念同時(shí)檢測(cè)白細(xì)胞和腫瘤DNA 分辨腫瘤特有突變和驅(qū)動(dòng)突變 杜絕假陽(yáng)性結(jié)果 種系突變揭示家族遺傳腫瘤風(fēng)險(xiǎn)樣本收集兩小時(shí)之內(nèi)分離血漿51Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成收到血樣后2小時(shí)內(nèi)分離血漿血漿多種運(yùn)輸條件實(shí)驗(yàn)室模擬不能輸在起跑線上！運(yùn)輸全血至總部再分離血漿季節(jié)地域溫差大，影響質(zhì)量直接影響檢出率世和基因其他公司S

48、ci Transl Med. Aug 26, 2015; 7(302): 302ra1332小時(shí)內(nèi)收集血漿是臨床試驗(yàn)、高分論文金標(biāo)準(zhǔn)！分離全血收集血漿，時(shí)間精至分鐘！DNA提取I血漿ctDNA富集小片段ctDNA，去除干擾52Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成DNA提取小片段含腫瘤特異突變大片段不含腫瘤特異突變血漿DNA經(jīng)過(guò)大小片段分離有效富集小片段ctDNA！更豐富的起始原料世和基因數(shù)據(jù)DNA提取II石蠟組織自主研發(fā)基于qPCR的樣本質(zhì)控率先使用熒

49、光定量PCR法用于FFPE樣本質(zhì)控自主設(shè)計(jì)引物，經(jīng)過(guò)8個(gè)參數(shù)計(jì)算模型， 確保通過(guò)QC樣本測(cè)序質(zhì)量避免交聯(lián)過(guò)于嚴(yán)重的石蠟樣本進(jìn)入流程53Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成DNA提取0.5測(cè)序質(zhì)量好測(cè)序質(zhì)量差世和基因數(shù)據(jù)，基于100例臨床病人石蠟樣本測(cè)序結(jié)果樣本建庫(kù)不計(jì)成本的大量反應(yīng)條件優(yōu)化54Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分

50、析報(bào)告生成樣本建庫(kù)上百種反應(yīng)條件反復(fù)搭配優(yōu)化極大提升建庫(kù)效率靶向富集I基因捕獲探針Mass spec質(zhì)控單獨(dú)合成55Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.靶向富集樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成基因靶向富集15000余個(gè)探針探針庫(kù)反復(fù)優(yōu)化14次，歷時(shí)3年，保證每個(gè)基因每個(gè)外顯子覆蓋探針單個(gè)合成，Mass Spec保證質(zhì)量7項(xiàng)核心專利探針單獨(dú)合成質(zhì)譜分析純化世和探針庫(kù)剪切探針庫(kù)芯片大規(guī)模合成芯片合成探針的缺點(diǎn)：大規(guī)模一次合成多個(gè)探針統(tǒng)一剪切探針的完整性等品質(zhì)無(wú)任何保證大部分探針都不完整，導(dǎo)致基因

51、捕獲效率大大降低芯片合成探針的缺點(diǎn)反復(fù)15000次靶向富集II為什么一定要“好”探針？56Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.靶向富集樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成什么是探針的均一性（Uniformity）？探針覆蓋不均一探針覆蓋均一ALK19內(nèi)含子測(cè)序數(shù)據(jù)的重要參數(shù)，除了測(cè)序深度，還有探針均一程度換句話說(shuō)，如果EGFR覆蓋3000X，而ALK只覆蓋300X，將會(huì)嚴(yán)重影響檢測(cè)敏感性檢測(cè)靈敏度是由覆蓋最低的基因決定的如不均一，等于沒(méi)測(cè)！上樣測(cè)序Illumina Hiseq4000/Miseq

52、與國(guó)際接軌57樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成上樣測(cè)序世和基因IlluminaHiseq4000/Miseq其他測(cè)序公司IlluminaNextseq500HiSeqNextSeq包含熒光種類四色熒光判別ATCG四種堿基二色熒光判別ATCG照相機(jī)類型激光超高分辨率照相機(jī)LED照相機(jī)是否被批準(zhǔn)用于臨床 Miseq為首個(gè)FDA批準(zhǔn)臨床的高通量測(cè)序儀否通量650-750Gb100-120Gb總結(jié)靈敏度與準(zhǔn)確率更高， 國(guó)際NGS高分文章，絕大多數(shù)使用Hiseq平臺(tái)準(zhǔn)確率和靈敏度較差 主要用于產(chǎn)前檢測(cè)HiSeq vs NextSeq 測(cè)序質(zhì)量（Q20、Q30）對(duì)比58NextSeq 5

53、00 (PE150)Hiseq (PE75)SampleQ20Q30Q20Q30ct-B 93%88%98%97%ct-C 94%89%99%97%P 93%88%98%97%P 93%87%98%97%P 93%88%98%97%P 93%88%98%97%P 93%87%98%96%P 94%88%99%97%P 93%87%98%97%P 93%87%98%97%P 93%88%98%97%P 94%88%99%97%P 94%89%99%97%P 93%88%98%97%P 93%88%98%96%average93%88%98%97%數(shù)據(jù)來(lái)源：世和基因相同樣本不同平臺(tái)檢測(cè)結(jié)果對(duì)比實(shí)驗(yàn)

54、Nextseq測(cè)序位點(diǎn)突變情況59KRAS : p.A11KRAS : p.A146NextSeq測(cè)序結(jié)果中，由于隨機(jī)誤讀同一位點(diǎn)有大量的、不同的突變，不容易判斷突變的真假，降低了檢測(cè)的靈敏度與準(zhǔn)確率。Hiseq測(cè)序手動(dòng)查看位點(diǎn)突變情況60KRAS : p.A11KRAS : p.A146HiSeq 4000測(cè)序結(jié)果中，由于測(cè)序質(zhì)量較高，同一位點(diǎn)的突變較少，很容易判斷突變的真假，檢測(cè)的靈敏度與準(zhǔn)確率高于NextSeq。數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成I生信分析和突變分析的完美結(jié)合61樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成生信分析各類型突變反復(fù)研討數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)最終突變列表ABC報(bào)告止于”一鍵生

55、成”？報(bào)告初稿審核報(bào)告終稿終審/打印/發(fā)送協(xié)助醫(yī)生進(jìn)行臨床突變研判 基本信息 突變解讀 突變初篩A突變初篩B突變初篩C近40人臨床突變分析團(tuán)隊(duì)數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成II為什么不能“一鍵出報(bào)告”？62Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成臨床測(cè)序數(shù)據(jù)涉及到病人用藥方案需要人工排除假突變需要人工驗(yàn)證真突變除常見(jiàn)突變外需要查找文獻(xiàn)MD Anderson、Foundation Medicine等國(guó)際領(lǐng)先的中心機(jī)構(gòu)，突變?nèi)啃枰斯ず瞬椋　凹偻蛔儭保篟B1基因16內(nèi)含子

56、重復(fù)區(qū)域低豐度突變： 1%的EGFR T790MPTEN基因5外顯子C124S突變，是PTEN磷酸酶催化結(jié)構(gòu)域內(nèi)的活性位點(diǎn)，在脫磷酸化過(guò)程中，C124位點(diǎn)在攻擊底物的磷酸基團(tuán)，并形成一個(gè)硫代磷酸酯中間體。有研究表明，PTEN C124SA突變可導(dǎo)致PTEN蛋白的脂質(zhì)磷酸酶和蛋白磷酸酶的雙失活，進(jìn)而可能激活PI3K/AKT信號(hào)通路罕見(jiàn)失活突變： PTEN C124S數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成III突變研判，分層報(bào)道63Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.樣本收集DNA提取樣本建庫(kù)靶向富集上樣測(cè)序數(shù)據(jù)分析報(bào)告生成NCCN/

57、FDA/CFDA涵蓋基因突變能夠直接指導(dǎo)用藥或提供預(yù)后信息在其他癌種已獲NCCN/FDA/CFDA批準(zhǔn)及本癌種II/III期臨床試驗(yàn)中相關(guān)突變臨床前研究數(shù)據(jù)中涵蓋基因突變不能直接用來(lái)指導(dǎo)用藥和預(yù)后Class I目前突變意義不明Class IIClass IIIClass IVCopyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.病例分享64Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.病例一：患者信息65病癥和診斷曾用藥2013-12-12 手術(shù)發(fā)現(xiàn)右

58、側(cè)卵巢實(shí)性增大，約66.56cm;左側(cè)卵巢部分囊性、部分實(shí)性，約676.5cm?？焖俨±硖崾荆河〗浼?xì)胞，考慮胃腸道轉(zhuǎn)移可能。探查上腹部，胃底大彎部組織質(zhì)硬，大網(wǎng)膜觸及直徑約2cm大小結(jié)節(jié)，網(wǎng)膜區(qū)多發(fā)腫大淋巴結(jié)。后查PET-CT示多發(fā)溶骨性骨質(zhì)破壞，考慮胃癌全身多發(fā)轉(zhuǎn)移。Her-2(-),C-Met(-).14年1月：艾奕+艾恒”方案化療2周期，聯(lián)合順鉑腹腔灌注化療2次，療效評(píng)定：PD14年3月：艾素+艾力”雙周方案化療2周期，期間多次評(píng)價(jià)療效：PD14年6月：培美曲塞+VP-16+復(fù)方環(huán)磷酰胺”方案化療3周期，療效評(píng)價(jià)：PD14年10月：復(fù)方環(huán)磷酰胺口服聯(lián)合DC-CTL細(xì)胞”治療1周期，療效評(píng)

59、價(jià):PD期間還多次進(jìn)行過(guò)定向放療患者信息和診斷 胃癌女，32歲，2013 年12月12 日確診胃癌4 期家族病史： 爺爺54 歲確診胃癌、外公55歲確診食道癌65病例一：首次腫瘤組織及ctDNA檢測(cè)結(jié)果（2014-12-05）基因突變FFPE(1y)新鮮穿刺組織ctDNAMET基因擴(kuò)增1倍18倍13.4倍APCR216X 25.81%58.99%CDKN1BP137fs 53.47%63.60%TP53L111R 42.79%62.06%單拷貝數(shù)缺失1倍0.6倍0.4倍66Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.

60、新鮮穿刺組織及ctDNA均檢測(cè)出MET基因高倍擴(kuò)增Crizotinib抑癌基因APC、CDKN1B及TP53 出現(xiàn)失活突變病例一： ctDNA實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè) Crizotinib治療效果Crizotinib治療1月后：CT示腹腔實(shí)質(zhì)性包塊在有明顯縮小，胸腔積液亦明顯減少；ctDNA檢測(cè)見(jiàn)患者血液中ctDNA濃度及MET基因擴(kuò)增倍數(shù)急劇下降；CA125及CA724含量急劇下降。67Copyright 2016. GENESEEQ Technology Inc. All rights reserved.ctDNA檢測(cè)：MET擴(kuò)增倍數(shù)與疾病進(jìn)程密切相關(guān)；ctDNA檢測(cè)結(jié)果與影像學(xué)及腫瘤標(biāo)志物檢測(cè)吻合度高；