檢索課課件-陳外文數(shù)據(jù)庫pubmed

1、外文數(shù)據(jù)庫 pubmed PubMed由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）的國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）開發(fā)的Entrez檢索系統(tǒng) 中最常用數(shù)據(jù)庫，主要用于檢索MedLine。 網(wǎng)址： ；也可由Google搜索引擎鏈接進(jìn)入（搜索詞為PubMed)。正如其名字PubMed=Public+Medicine所暗示，從1997年起完全免費(fèi)。 PubMed是檢索外文醫(yī)藥文獻(xiàn)最主要的題錄數(shù)據(jù)庫。一、PubMed概述Pubmed主頁1.PubMed的由來 1879年 ,Index Medicus(IM) 1964年 ,MEDLARS(Medical Literature Analysis and Retrie

2、val System，醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)分析與檢索系統(tǒng)) 一、PubMed概述20世紀(jì)80年代 ,MEDLINE CD-ROM 20世紀(jì)90年代，PubMed2.文獻(xiàn)收錄范圍及更新 收錄從1947年以來80多個(gè)國家39種語言的約4800種期刊，文獻(xiàn)總量達(dá)到2100多萬篇。約92%是英文刊物，約82%有英文摘要。部分可直接獲取全文(來自PMC及OA期刊）。 每周5天更新數(shù)據(jù)。由于近年來許多出版商通過電子期刊平臺(tái)發(fā)布預(yù)出版的論文（記錄標(biāo)記為Epub 或Epub ahead of print），因此PubMed中的文獻(xiàn)甚至要早于最新出版的紙本期刊。 一、PubMed概述原文是漢語3.學(xué)科范圍 主要收錄生物醫(yī)學(xué)

3、學(xué)科方面的論文，涉及基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、營養(yǎng)衛(wèi)生、藥理和藥劑學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生管理、醫(yī)療保健和情報(bào)科學(xué)等領(lǐng)域. 一、PubMed概述4. 數(shù)據(jù)來源 PubMed中的數(shù)據(jù)來源于以下四個(gè)部分： （1）Medline PubMed的主體部分，記錄末尾標(biāo)有PubMed-indexed for MedLine。 （2）PreMedline 臨時(shí)性的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫，收錄最新出版的文獻(xiàn)，縮短文獻(xiàn)報(bào)道時(shí)差。PreMedline中的記錄每天有進(jìn)有出，新進(jìn)的記錄標(biāo)有PubMed-in process，標(biāo)引好主題詞和文獻(xiàn)類型等字段的記錄轉(zhuǎn)入Medline。一、PubMed概述4. 數(shù)據(jù)來源（3

4、）Publisher Supplied Citations 是出版商直接向PubMed遞送的電子文獻(xiàn)，記錄標(biāo)記：PubMed-as supplied by publisher。（4）OldMEDLINE 目前含有1951-1965年的150多萬條題錄，不含有摘要，保持舊版MeSH詞表的標(biāo)引。記錄標(biāo)記：PubMed-OLDMEDLINE。 注意:以上4種數(shù)據(jù)來源中，只有第(1)和第(4) 來源的記錄標(biāo)引了MeSH詞，因此當(dāng)用主題詞檢索時(shí)可檢索出來，而第(2)和第(3)來源的記錄則未做MeSH詞標(biāo)引（是最新和最近發(fā)表的文獻(xiàn)），因此用主題詞檢索時(shí)不能檢索到。一、PubMed概述5. PMID號(hào) Pu

5、bMed中的每條記錄都有一個(gè)唯一的識(shí)別號(hào)，即PMID(PubMed Unique Identifier)號(hào),用PMID號(hào)可快速檢索到該ID號(hào)對(duì)應(yīng)的文獻(xiàn)。1.檢索區(qū) 位于主頁上方，通過點(diǎn)擊數(shù)據(jù)庫欄列表中PubMed旁邊的下拉菜單，根據(jù)實(shí)際檢索需要可以更改數(shù)據(jù)庫（主要用來檢索的數(shù)據(jù)庫有：all database、PubMed、Protein、Nucleotide、GSS、EST、Structure、Genome等），高級(jí)檢索（Advanced ），點(diǎn)擊Help可查看檢索幫助，在檢索式輸入框中輸入檢索式，點(diǎn)擊“Search”按鈕，可執(zhí)行檢索操作。 二、PubMed主頁簡介二、PubMed主頁簡介1）

6、Using PubMed 主要介紹如何使用PubMed，分為PubMed Quick Start Guide、Full Text Articles、PubMed FAQs、PubMed Tutorials和New and Noteworthy共5個(gè)部分。其中： PubMed Quick Start Guide: 介紹如何快速掌握使用PubMed。 Full Text Articles： 介紹如何獲得電子版全文； PubMed FAQs： 介紹在使用PubMed時(shí)的一些常見問題。 PubMed Tutorials： 詳細(xì)介紹PubMed使用指南。 New and Noteworthy： PubM

7、ed未來更新告示。2）PubMed Tools 包括PubMed Mobile、Single Citation Matcher、Batch Citation Matcher、Clinical Queries和Topic-Specific Queries五個(gè)部分，其中:PubMed Mobile: 是PubMed手機(jī)版。Single Citation Matcher和Batch Citation Matcher: 為單一/批量引文匹配檢索工具，是用不完整的文獻(xiàn)信息為線索來查特定文獻(xiàn)的工具。Clinical Queries: 可實(shí)現(xiàn)將檢索范圍限定為與臨床相關(guān)的診斷、治療、病因和預(yù)后四個(gè)方面。Top

8、ic-Specific Queries: 是指按某一特殊主題來檢索文獻(xiàn)。3）More Resources 包括MeSH Database、Journals in NCBI Databases、Clinical Trials、E-Utilities和LinkOut五個(gè)部分。其中： MeSH Database： 是具有檢索功能的MeSH詞表。可實(shí)現(xiàn)主題詞檢索方式，即通過主題詞組配副主題詞來檢索文獻(xiàn)。 Journals in NCBI Databases： 供查詢PubMed和Entrez其他數(shù)據(jù)庫收錄期刊的信息。 Clinical Trials： 可瀏覽定期更新的有關(guān)政府和私人資助的臨床研究項(xiàng)目信

9、息。 E-Utilities： 可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化大批量的從Entrez數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)。并且提供了幾種常用的程序語言以供選擇，像Perl, Python, Java, 和 C+等。 LinkOut： 是指外部資源鏈接。3.輔助功能區(qū) 包括Getting Started、Resources、Popular、Featured和NCBI Information五個(gè)部分。其中：Getting Started包括了NCBI的幫助指南、NCBI工具書和NCBI的檢索練習(xí)及檢索指南。Resources列出了除PubMed之外的NCBI其他類數(shù)據(jù)庫。Popular列出了比較常用的一些數(shù)據(jù)庫。Featured列出NC

10、BI的特色數(shù)據(jù)庫。NCBI Information包含了NCBI的相關(guān)信息及資源1、詞匯自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能。 2、強(qiáng)制檢索功能。 3、截詞檢索功能。 4、鏈接功能。 三 、PubMed 系統(tǒng)的主要功能 在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入檢索詞，系統(tǒng)將按順序使用如下4種索引，對(duì)檢索詞進(jìn)行轉(zhuǎn)換后再檢索。 （1）MeSH轉(zhuǎn)換表（MeSH Translation Table），包括MeSH詞、參見詞、副主題詞等。如果系統(tǒng)在該表中發(fā)現(xiàn)了與檢索詞相匹配的詞，就會(huì)自動(dòng)將其轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的MeSH詞和Text word詞（題名詞和文摘詞）進(jìn)行檢索。例如：鍵入“Vitamin h，系統(tǒng)將其轉(zhuǎn)換成Biotin MeSH

11、Terms OR Vitamin h Text word后進(jìn)行檢索。詞匯自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能（2）刊名轉(zhuǎn)換表（Journal Tanslation Table），包括刊名全稱、MEDLINE形式的縮寫和ISSN號(hào)。該轉(zhuǎn)換表能把鍵入的刊名全稱轉(zhuǎn)換為MEDLINE縮寫后進(jìn)行檢索。如：在檢索提問框中鍵入：“new england journal of medicine, PubMed將其轉(zhuǎn)換為N Engl J Med后進(jìn)行檢索。 （3）短語表（Phrase list）。該表中的短語來自MeSH、含有同義詞或不同英文詞匯書寫形式的統(tǒng)一醫(yī)學(xué)語言系統(tǒng)和補(bǔ)充概念（物質(zhì)）名稱表。如果PubMed 系統(tǒng)在MeSH和刊名

12、轉(zhuǎn)換表中未發(fā)現(xiàn)與檢索詞相匹配的詞，就會(huì)查找短語表。 詞匯自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能（4）著者索引（Author Index）。如果鍵入的詞語未在上述各表中找到相匹配的詞，或者鍵入的詞是一個(gè)后面跟有12個(gè)字母的短語，PubMed即查著者索引。 如果仍然找不到匹配詞，PubMed就會(huì)把該詞斷開后再重復(fù)上述轉(zhuǎn)換過程，直到找到為止。若仍然沒有匹配詞，單個(gè)詞會(huì)被用AND連在一起，在全部字段中檢索。如：single cell，系統(tǒng)就會(huì)自動(dòng)將其分成兩個(gè)詞：“single“和“cell”檢索，其檢索表達(dá)式為：“single AND cell”。要查驗(yàn)檢索詞的轉(zhuǎn)換情況，可點(diǎn)擊“Details”鍵。詞匯自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能1、PubM

13、ed允許使用雙引號(hào)（“ ”）來強(qiáng)制系統(tǒng)進(jìn)行短語檢索。例如，在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入“Single cell”，并用雙引號(hào)引起來，然后點(diǎn)擊“Go”，系統(tǒng)會(huì)將其作為一個(gè)不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進(jìn)行檢索。2、使用雙引號(hào)檢索，會(huì)自動(dòng)關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功能。 強(qiáng)制檢索功能 1、PubMed 允許使用“*”號(hào)作為通配符進(jìn)行截詞檢索。如：鍵入“bacter*”，系統(tǒng)會(huì)找到那些前一部分是bacter的單詞（如Cia, bacterium, bacteriophage等），并對(duì)其分別進(jìn)行檢索。 2、截詞功能只限于單詞，對(duì)詞組無效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括

14、“infection control”等 3、使用截詞功能時(shí)，PubMed系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功能 截詞檢索功能 鏈接相關(guān)文獻(xiàn)。PubMed系統(tǒng)中的每條文獻(xiàn)記錄均有一個(gè)相關(guān)文獻(xiàn)鏈接，在檢索結(jié)果的顯示狀態(tài)下，每條記錄的右邊均有“Related Articles”超鏈接。點(diǎn)擊該鏈接，系統(tǒng)按文獻(xiàn)的相關(guān)度從高到低顯示相關(guān)文獻(xiàn)。鏈接功能1、詞語（主題）檢索 2、著者檢索 2、刊名檢索 3、布爾邏輯檢索 4、日期或日期范圍檢索5、檢索帶文摘的記錄 四 PubMed 檢索方法1、選擇MESH數(shù)據(jù)庫主題詞檢索2、選擇合適的主題詞主題詞檢索3、先點(diǎn)擊“Add”,在點(diǎn)擊“Search”完成檢索。主題詞檢索1、在

15、提問框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為：著者姓 名字首字母縮寫，例如smith ja，2、如果在著者姓名前后使用雙引號(hào)，并用著者字段標(biāo)識(shí)au加以限定，如“smith ja”au，那么系統(tǒng)只檢索著者字段 著者檢索 1、在提問框中鍵入刊名全稱或MEDLINE簡稱、ISSN號(hào)，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524， 2、如果刊名與MeSH詞表中的詞相同，例如：Gene Therapy、Science或Cell等，PubMed將把這些詞作為MeSH詞檢索。這時(shí)需要用刊名字段標(biāo)識(shí)ta加以限定，如“gene therapy” ta 3、單個(gè)詞的刊名也需要用ta限定，如：Scanningta。否則系統(tǒng)將在全部字段中檢索。 4、若刊名有括號(hào)，錄入時(shí)應(yīng)將括號(hào)省