探究生物信息學(xué)在農(nóng)學(xué)研究領(lǐng)域中的應(yīng)用

1、探究生物信息學(xué)在農(nóng)學(xué)研究領(lǐng)域中的應(yīng)用摘要：本文綜合表達(dá)了生物信息學(xué)對農(nóng)業(yè)科學(xué)研究的影響，介紹了生物信息學(xué)在農(nóng)業(yè)形式植物、種質(zhì)資源優(yōu)化、農(nóng)藥的設(shè)計開發(fā)、作物遺傳育種、生態(tài)環(huán)境、食品平安等研究領(lǐng)域的應(yīng)用概況，闡述了生物信息學(xué)為農(nóng)業(yè)開展效勞的意義。關(guān)鍵詞：生物信息學(xué)農(nóng)業(yè)研究領(lǐng)域應(yīng)用“生物信息學(xué)是英文單詞“biinfratis的中文譯名，其概念是1956年在美國田納西州gatlinburg召開的“生物學(xué)中的信息理論討論會上首次被提出的，由美國學(xué)者li在1991年發(fā)表的文章中首次使用。生物信息學(xué)自產(chǎn)生以來，大致經(jīng)歷了前基因組時代、基因組時代和后基因組時代三個開展階段2。2022年4月14日，美國人類基因

2、組研究工程首席科學(xué)家llinsf博士在華盛頓隆重宣布人類基因組方案huangeneprjet，hgp的所有目的全部實現(xiàn)3。這標(biāo)志著后基因組時代pstgeneera，pge的降臨，是生命科學(xué)史中又一個里程碑。生物信息學(xué)作為21世紀(jì)生物技術(shù)的核心，已經(jīng)成為現(xiàn)代生命科學(xué)研究中重要的組成部分。研究基因、蛋白質(zhì)和生命，其研究成果必將深化地影響農(nóng)業(yè)。本文重點闡述生物信息學(xué)在農(nóng)業(yè)形式植物、種質(zhì)資源優(yōu)化、農(nóng)藥的設(shè)計開發(fā)、作物遺傳育種、生態(tài)環(huán)境改善等方面的最新研究進(jìn)展。1.生物信息學(xué)在農(nóng)業(yè)形式植物研究領(lǐng)域中的應(yīng)用1997年5月美國啟動國家植物基因組方案npgi，旨在繪出包括玉米、大豆、小麥、大麥、高粱、水稻、棉

3、花、西紅柿和松樹等十多種具有經(jīng)濟(jì)價值的關(guān)鍵植物的基因圖譜。國家植物基因組方案是與人類基因組工程hgp并行的龐大工程4。近年來，通過各國科學(xué)家的通力合作，植物基因組研究獲得了重大進(jìn)展，擬南芥、水稻等形式植物已完成了全基因組測序。人們可以使用生物信息學(xué)的方法系統(tǒng)地研究這些重要農(nóng)作物的基因表達(dá)、蛋白質(zhì)互作、蛋白質(zhì)和核酸的定位、代謝物及其調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)等，從而從分子程度上理解細(xì)胞的構(gòu)造和功能5。目前已經(jīng)建立的農(nóng)作物生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫研究平臺有植物轉(zhuǎn)錄本ta集合數(shù)據(jù)庫tigr、植物核酸序列數(shù)據(jù)庫plantgdb、研究玉米遺傳學(xué)和基因組學(xué)的azegdb數(shù)據(jù)庫、研究草類和水稻的graene數(shù)據(jù)庫、研究馬鈴薯的pa數(shù)

4、據(jù)庫，等等。2.生物信息學(xué)在種質(zhì)資源保存研究領(lǐng)域中的應(yīng)用種質(zhì)資源是農(nóng)業(yè)消費(fèi)的重要資源，它包括許多農(nóng)藝性狀如抗并產(chǎn)量、品質(zhì)、環(huán)境適應(yīng)性基因等的等位基因。植物種質(zhì)資源庫是指以植物種質(zhì)資源為保護(hù)對象的保存設(shè)施。至1996年，全世界已建成了1300余座植物種質(zhì)資源庫，在我國也已建成30多座作物種質(zhì)資源庫。種質(zhì)入庫保存類型也從單一的種子形式，開展到營養(yǎng)器官、細(xì)胞和組織，甚至dna片段等多種形式。保護(hù)的物種也從有性繁殖植物擴(kuò)展到無性繁殖植物及頑拗型種子植物等6。近年來，人們越來越多地應(yīng)用各種分子標(biāo)記來鑒定種質(zhì)資源。例如微衛(wèi)星、aflp、ssap、rbip和snp等。由于對種質(zhì)資源進(jìn)展分子標(biāo)記產(chǎn)生了大量的數(shù)

5、據(jù)，因此需要建立生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫和采用分析工具來實現(xiàn)對這些數(shù)據(jù)的查詢、統(tǒng)計和計算機(jī)分析等7。3.生物信息學(xué)在農(nóng)藥設(shè)計開發(fā)研究領(lǐng)域中的應(yīng)用傳統(tǒng)的藥物研制主要是從大量的天然產(chǎn)物、合成化合物，以及礦物中進(jìn)展挑選，得到一個可供臨床使用的藥物要消耗大量的時間與金錢。生物信息學(xué)在藥物研發(fā)中的意義在于找到病理過程中關(guān)鍵性的分子靶標(biāo)、說明其構(gòu)造和功能關(guān)系，從而指導(dǎo)設(shè)計能激活或阻斷生物大分子發(fā)揮其生物功能的治療性藥物，使藥物研發(fā)之路從過去的偶然和盲目中找到正確的研發(fā)方向。生物信息學(xué)為藥物研發(fā)提供了新的手段8，9，導(dǎo)致了藥物研發(fā)形式的改變0。目前，生物信息學(xué)促進(jìn)農(nóng)藥研制已有許多成功的例子。itzstein等設(shè)計出

6、兩種具有與唾液酸酶結(jié)合化合物：4-氨基-neu5a2en和4-胍基-neu5a2en。其中，后者是前者與唾液酸酶的結(jié)合活性的250倍11。目前，這兩種新藥已經(jīng)進(jìn)入臨床試驗階段。tangsy等學(xué)者研制出新一代抗aids藥物saquinavir2。pungp等已經(jīng)設(shè)計出幾種新型高效的抗hiv-1型藥物3。楊華錚等人設(shè)計合成了十多類數(shù)百個除草化合物，經(jīng)生物活性測定，部分化合物的活性已超過商品化光合作用抑制劑的程度4?，F(xiàn)代農(nóng)藥的研發(fā)已離不開生物信息技術(shù)的參與，隨著生物信息學(xué)技術(shù)的進(jìn)一步完善和開展，將會大大降低藥物研發(fā)的本錢，進(jìn)步研發(fā)的質(zhì)量和效率。4.生物學(xué)信息學(xué)在作物遺傳育種研究領(lǐng)域中的應(yīng)用隨著主要農(nóng)

7、作物遺傳圖譜準(zhǔn)確度的進(jìn)步，以及特定性狀相關(guān)分子根底的進(jìn)一步說明，人們可以利用生物信息學(xué)的方法，先從形式生物中尋找可能的相關(guān)基因，然后在作物中找到相應(yīng)的基因及其位點。農(nóng)作物的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)的研究積累了大量的基因序列、分子標(biāo)記、圖譜和功能方面的數(shù)據(jù)，可通過建立生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫來整合這些數(shù)據(jù)，從而比較和分析來自不同基因組的基因序列、功能和遺傳圖譜位置5。在此根底上，育種學(xué)家就可以應(yīng)用計算機(jī)模型來提出預(yù)測假設(shè)，從多種復(fù)雜的等位基因組合中建立自己所需要的表型，然后從大量遺傳標(biāo)記中挑選到理想的組合，從而培育出新的優(yōu)良農(nóng)作物品種。5.生物信息學(xué)在生態(tài)環(huán)境平衡研究領(lǐng)域中的應(yīng)用在生態(tài)系統(tǒng)中，基因流從根本上影

8、響能量流和物質(zhì)流的循環(huán)和運(yùn)轉(zhuǎn)，是生態(tài)平衡穩(wěn)定的根本因素。生物信息學(xué)在環(huán)境領(lǐng)域主要應(yīng)用在控制環(huán)境污染方面，主要通過數(shù)學(xué)與計算機(jī)的運(yùn)用構(gòu)建遺傳工程特效菌株，以降解目的基因及其目的污染物為切入點，通過降解污染物的分子遺傳物質(zhì)核酸dna，以及生物大分子蛋白質(zhì)酶，到達(dá)催化目的污染物的降解，從而維護(hù)空氣6、水源、土地等生態(tài)環(huán)境的平安。美國農(nóng)業(yè)研究中心ars的農(nóng)藥特性信息數(shù)據(jù)庫ppd提供334種正在廣泛使用的殺蟲劑信息，涉及它們在環(huán)境中轉(zhuǎn)運(yùn)和降解途徑的16種最重要的物化特性。日本豐橋技術(shù)大學(xué)tyhashiuniversityftehnlgy多環(huán)芳烴危險性有機(jī)污染物的物化特性、色譜、紫外光譜的譜線圖。美國環(huán)保

9、局綜合風(fēng)險信息系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫iris涉及600種化學(xué)污染物，列出了污染物的毒性與風(fēng)險評價參數(shù)，以及分子遺傳毒性參數(shù)7。除此之外，生物信息學(xué)在生物防治8中也起到了重要的作用。網(wǎng)絡(luò)的普及，情報、信息等學(xué)科的資源共享，勢必會創(chuàng)造出一個環(huán)境微生物技術(shù)信息的高速開展趨勢。6.生物信息學(xué)在食品平安研究領(lǐng)域中的應(yīng)用食品在加工制作和存儲過程中各種細(xì)菌數(shù)量發(fā)生變化，傳統(tǒng)檢測方法是進(jìn)展生化鑒定，但所需時間較長，不能滿足檢驗檢疫部門的要求，運(yùn)用生物信息學(xué)方法獲得各種致病菌的核酸序列，并對這些序列進(jìn)展比對，挑選出用于檢測的引物和探針，進(jìn)而運(yùn)用pr法9、rt-pr法、熒光rt-pr法、多重pr20和多重?zé)晒舛縫r等技術(shù)，

10、可快速準(zhǔn)確地檢測出細(xì)菌及病毒。此外，對電阻抗、放射測量、elisa法、生物傳感器、基因芯片等2-25技術(shù)也是將來食品病毒檢測的開展方向。轉(zhuǎn)基因食品檢測是通過設(shè)計特異性的引物對食品樣品的dna提取物進(jìn)展擴(kuò)增，從而判斷樣品中是否含有外源性基因片段26。通過對轉(zhuǎn)基因農(nóng)產(chǎn)品數(shù)據(jù)庫信息的及時更新，可準(zhǔn)確理解各國新出現(xiàn)和新批準(zhǔn)的轉(zhuǎn)基因農(nóng)產(chǎn)品，便于查找其插入的外源基因片段，以便及時對檢驗方法進(jìn)展修改。目前由于某些通過食品傳播的病毒具有變異特性，以及檢測方法的不完善等因素影響，生物信息學(xué)在食品領(lǐng)域的應(yīng)用還比較有限，但隨著食品平安檢測數(shù)據(jù)庫的不斷完善，相信相關(guān)的生物信息學(xué)技術(shù)將在食品領(lǐng)域發(fā)揮越來越重要的作用。生

11、物信息學(xué)廣泛用于農(nóng)業(yè)科學(xué)研究的各個領(lǐng)域，但是僅有信息資源是不夠的，選出符合自己需求的生物信息就需要情報部門，以及信息中介效勞機(jī)構(gòu)提供相關(guān)效勞，通過出版物、信息共享平臺、數(shù)字圖書館、電子論壇等信息媒介的幫助，科研工作者可快速有效地找到符合需要的信息。目前我國生物信息學(xué)開展還很不平衡，與國際前沿有一定差距，這需要從事信息和科研的工作者們不斷交流，使得生物信息學(xué)可以更好地為我國農(nóng)業(yè)持續(xù)安康開展發(fā)揮作用。參考文獻(xiàn)：1ykeyhp，platzanrp，quastlerh.sypsiuninfratin.theryinbilgy.perganpress，neyrk，lndn，1958.2鄭國清，張瑞玲.生

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