【健康創(chuàng)新項目案例學(xué)習(xí)】中國乳腺癌二代測序法分子診斷產(chǎn)品的研發(fā)和應(yīng)用課件

1、中國乳腺癌二代測序法分子診斷產(chǎn)品的研發(fā)和應(yīng)用【健康產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新】名稱：中國乳腺癌二代測序法分子診斷產(chǎn)品的研發(fā)和應(yīng)用主要產(chǎn)品和服務(wù)：女性相關(guān)腫瘤分子診斷產(chǎn)品研發(fā)和應(yīng)用 年銷售額：項目簡介： 在國際相關(guān)產(chǎn)品研發(fā)基礎(chǔ)上開發(fā)的一種基于二代測序的基因表達譜檢測方法，用于乳腺癌的分子分型、復(fù)發(fā)風(fēng)險評估及免疫指數(shù)評估。首次在國內(nèi)采用二代測序技術(shù)進行分子分型診斷，在國際上首次將免疫相關(guān)基因引入分子分型當中，并發(fā)現(xiàn)了傳統(tǒng)五種亞型外的第六種亞型免疫增強型亞型，分型能力和復(fù)發(fā)風(fēng)險預(yù)測能力大大提高。目前普瑞泰乳腺癌分子分型技術(shù)已在中國和美國取得專利保護，是國內(nèi)第一個有自主知識產(chǎn)權(quán)、處于國際領(lǐng)先的乳腺癌分子分型技術(shù)。 項目

2、介紹創(chuàng)新項目特色：創(chuàng)新背景研發(fā)背景和意義 乳腺癌占我國婦女惡性腫瘤發(fā)病的第一位，近10年來以每年3-4%左右的速度逐年增加，已漸漸成為對都市女性威脅最大的惡性腫瘤。最新調(diào)查結(jié)果顯示：2010年中國新發(fā)乳腺癌病例20.8萬，2012年猛增至27.3萬，并且還在以3-4%的比率在上升，預(yù)計2016年我國乳腺癌的新發(fā)病人數(shù)在31.8萬。 乳腺癌具有高度的異質(zhì)性。美國2013年數(shù)據(jù)顯示，I期乳腺癌的生存率到達100%，2期達到93%，3期達到72%，1990-2007年期間，美國乳腺癌的死亡率以每年2.2%的速度下降，與此同時，中國的乳腺癌死亡率卻上升了155%。導(dǎo)致這個差距的重要原因之一是美國80%

3、的乳腺癌診斷于早期，而中國只有大約20%的乳腺癌患者診斷于早期。此外，精準的治療手段也是美國乳腺癌死亡率低的重要原因。針對高危人群的科普教育、早篩查早治，以及對乳腺癌患者的個性化管理，將是提升乳腺癌患者生存率的幾大關(guān)鍵點。 基于基因表達譜和分子生物學(xué)特征為基礎(chǔ)提出的乳腺癌分子生物學(xué)分型，能較好地反映腫瘤的生物學(xué)行為，具有重要的臨床意義。創(chuàng)新解決方案研發(fā)主要內(nèi)容 本產(chǎn)品在國際相關(guān)產(chǎn)品研發(fā)基礎(chǔ)上，應(yīng)用基因轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法，采用二代測序技術(shù)，檢測乳腺癌組織中的72個基因的RNA表達水平，其中包括乳腺癌亞型相關(guān)基因、細胞周期相關(guān)基因、細胞增殖相關(guān)基因和免疫相關(guān)基因。根據(jù)基因表達檢測結(jié)果，對乳腺癌進行精準分

4、子分型、免疫功能評估及復(fù)發(fā)風(fēng)險預(yù)測，指導(dǎo)包括ER陽性和ER陰性中國乳腺癌患者進行個體化的精準的臨床治療。幫助病人和醫(yī)生決定手術(shù)后是否需要化療以及針對不同亞型如何制定最為適合的治療方案，提高乳腺癌的治療效果、生存時間和質(zhì)量，節(jié)約醫(yī)療資源。 該產(chǎn)品首次在國內(nèi)采用二代測序技術(shù)進行分子分型診斷，在國際上首次將免疫相關(guān)基因引入分子分型當中，并發(fā)現(xiàn)了傳統(tǒng)五種亞型外的第六種亞型免疫增強型亞型，分型能力和復(fù)發(fā)風(fēng)險預(yù)測能力大大提高。目前普瑞泰乳腺癌分子分型技術(shù)已在中國和美國取得專利保護，是國內(nèi)第一個有自主知識產(chǎn)權(quán)、處于國際領(lǐng)先的乳腺癌分子分型技術(shù)。創(chuàng)新成果發(fā)明專利授權(quán)專利類型：發(fā)明專利專利名稱：一組評估乳腺癌分

5、子分型基因群及其檢測試劑盒專利號：ZL201410353809.2專利所有人：上海善準生物科技有限公司授權(quán)公告日：2016.7.6發(fā)展規(guī)劃項目產(chǎn)品化的具體進度安排、階段目標及主要工作內(nèi)容 本項目計劃實施期限為3年，具體執(zhí)行期為2016年9月至2019年8月。 目前項目已經(jīng)完成基因測試組合的設(shè)計、部分漢人數(shù)據(jù)（主要為臺灣人群）的驗證以及檢測方法的建立與優(yōu)化。項目完成時能夠建立可用于適合于中國乳腺癌患者的分子診斷體系，并將其全面應(yīng)用于臨床。具體進度安排：（一）2016年9月-12月 中國乳腺癌驗證起始階段1. 委托有臨檢資質(zhì)的第三方檢測實驗室，與相關(guān)醫(yī)院建立科研合作，開展中國乳腺癌病例的檢測與驗證

6、。2. 節(jié)點目標：完成200例乳腺癌樣本的檢測，開始建立中國乳腺癌分子分型數(shù)據(jù)庫。（與復(fù)旦大學(xué)附屬上海腫瘤醫(yī)院和上海美吉醫(yī)學(xué)檢驗有限公司已進入合作狀態(tài)）發(fā)展規(guī)劃（二）2016年12月-2017年12月 驗證擴展及數(shù)據(jù)庫積累及試劑盒制備階段1. 與有臨檢資質(zhì)的第三方檢測中心合作，在全國范圍內(nèi)完成1000例乳腺病例檢測，同時開始檢測試劑盒的研發(fā)與制備。2. 節(jié)點目標：建立中國乳腺癌分子檢測數(shù)據(jù)庫；完成國產(chǎn)試劑盒設(shè)計，替代進口試劑；發(fā)表高水平SCI論文1篇；申請發(fā)明專利1項。（三）2018年1月-2018年6月 檢測業(yè)務(wù)擴展階段1. 在全國范圍內(nèi)與三甲醫(yī)院及腫瘤專科醫(yī)院建立合作，積極參加相關(guān)學(xué)術(shù)會議

7、，推廣產(chǎn)品。2. 節(jié)點目標：完成2000例檢測，開始試劑盒cFDA申報。（四）2018年7月-2019年8月 全面市場推廣階段1. 建立完善的銷售團體，積極開展醫(yī)院合作及市場推廣。進行試劑盒申報的臨床試驗，包括三家三甲醫(yī)院中的1000例檢測。2. 節(jié)點目標：完成10000例病例檢測；發(fā)表SCI文章2篇；完成cFDA報批。創(chuàng)新性分析 隨著二代測序技術(shù)的快速發(fā)展，已經(jīng)可以通過對RNA拷貝數(shù)的測定來檢測基因表達譜，并且在分子水平上更為精確 (Howald, Tanzer et al; Kandpal, Rajasimha et al; Sultan, Dokel et al; Wu, Wang et

8、 al.) 。二代測序與基因芯片、定量PCR和 Nanostring nCounter 技術(shù)相比有獨特優(yōu)勢。與基因芯片和定量PCR不同，二代測序技術(shù)可以計數(shù)每個基因的分子數(shù)并去除非特異性序列。 我們所采用的基于Illumina的MiSeq 測序方法“ RASL-seq ”原來是為大規(guī)模研究測序完整RNA而設(shè)計的 (Li, Qiu et al.)。但是當石蠟包埋樣本的RNA有部分降解時，由于RASL-seq方法所檢測的序列只有50bp，因此仍可以準確地檢測相關(guān)基因的表達。此外，RASL-seq的重復(fù)性非常可靠且與定量PCR結(jié)果高度相關(guān)。 工藝創(chuàng)新點創(chuàng)新性分析 目前國內(nèi)乳腺癌的分子分型的開展處于起

9、步階段，主要是模仿Genomic Health的Oncotype Dx (21基因)定量PCR的檢測方法，但并沒有相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫支持結(jié)果的分析，對于結(jié)果的報告和預(yù)后的預(yù)測帶有一定盲目性。此外，21基因檢測僅適用于ER陽性且無淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移患者，而我們的產(chǎn)品則彌補了ER陰性以及已有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移患者的檢測部分部分的不足。免疫指數(shù)的應(yīng)用更是可以對高復(fù)發(fā)風(fēng)險的兩種亞型HER2富集型和基底細胞型提供良好的復(fù)發(fā)預(yù)測價值并進而指導(dǎo)個體化治療方案的制定。本項目首次采用二代測序法，并在數(shù)千例驗證過的病例數(shù)據(jù)庫基礎(chǔ)上，進行乳腺癌分子分型、評分和預(yù)后治療，用于指導(dǎo)乳腺癌的個體化治療。不僅可以極大提高乳腺癌治療的效率、減少不

10、必要的化療所造成的毒副反應(yīng)，同時可以使有限的醫(yī)療資源得到更加合理的利用。 應(yīng)用創(chuàng)新點實踐性分析 與目前國際上最為流行的Oncotype Dx (21基因)相比，我們的產(chǎn)品：彌補了21基因只針對ER陽性病例的不足，增加了對ER陰性病例的評估方法。具有乳腺癌分子亞型分型功能，并首次發(fā)現(xiàn)乳腺癌免疫增強型亞型，完善了乳腺癌亞型分析體系。將免疫指數(shù)應(yīng)用到乳腺的預(yù)后評估當中，增加了對高危乳腺癌亞型的評價手段，對HER2富集型和基底細胞型亞型乳腺癌的預(yù)后與治療提供新的指導(dǎo)原則。采用二代測序檢測基因表達提高檢測精確度，且在大規(guī)模樣本檢測中具有高效的優(yōu)勢。對中國的乳腺癌患者更有針對性。本項目產(chǎn)品在基因表達檢測技

11、術(shù)上無論是檢測的敏感度還是拷貝數(shù)檢測的能力均好于目前市場上其他產(chǎn)品。二代測序可極大降低檢測成本，與國外同類產(chǎn)品相比價格上有很大競爭優(yōu)勢。 推廣性分析 由于本項目開發(fā)的產(chǎn)品具有自己的知識產(chǎn)權(quán)和核心技術(shù)，因而具有定價權(quán)。開發(fā)的產(chǎn)品覆蓋范圍包括每年30萬以上的新發(fā)病例，以及近200萬的生存病例。 此外，國內(nèi)沒有正規(guī)的同類產(chǎn)品競爭。 該類產(chǎn)品的研發(fā)目標主要瞄準國內(nèi)外市場，但其中免疫指數(shù)的檢測已申請美國專利，在國內(nèi)市場充分開發(fā)后，將會進一步開發(fā)美國市場，直接創(chuàng)造外匯入。 產(chǎn)品對象主要針對每年的新發(fā)乳腺癌患者。產(chǎn)品一經(jīng)推出，期望在國內(nèi)市場占據(jù)主導(dǎo)地位，3年內(nèi)期望能達到年檢測1萬例，銷售額1億元人民幣。 后

12、續(xù)的產(chǎn)品開發(fā)，包括卵巢癌、宮頸癌和子宮內(nèi)膜癌的分子診斷也在進行當中。 上海善準生物科技有限公司成立于2015年7月，位于國家上海生物醫(yī)藥科技產(chǎn)業(yè)基地-張江生物醫(yī)藥基地（張江藥谷），在美國北卡州三角科技園（RTP）設(shè)有辦事處，是國內(nèi)首家專業(yè)從事女性相關(guān)腫瘤分子診斷產(chǎn)品研發(fā)和應(yīng)用的生物醫(yī)藥公司。 主要業(yè)務(wù)包括：1.婦科腫瘤分子診斷產(chǎn)品研發(fā)與應(yīng)用。采用基因轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法，通過基因表達譜對腫瘤進行精準分子分型、免疫指數(shù)檢測及復(fù)發(fā)風(fēng)險評估，指導(dǎo)腫瘤臨床治療。目前已與復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院、上海疾病預(yù)防控制中心、鞍鋼集團總醫(yī)院、美國北卡大學(xué)癌癥中心和美國生物先導(dǎo)國際合作公司等多家國內(nèi)外臨床、科研機構(gòu)和生物技術(shù)公司展開合作。乳腺癌腫瘤分子診斷已獲發(fā)明專利授權(quán)，并正在申報美國專利一項。正在研發(fā)的分子診斷產(chǎn)品還包括卵巢癌、宮