MEGA軟件的使用0001

1、MEGA軟件的使用Mega是一款操作十分簡便的遺傳學(xué)分析軟件，其界面十分友好，即使初學(xué) 者也很易上手。1、數(shù)據(jù)的錄入及編輯Mega軟件能夠接受多種數(shù)據(jù)格式，如 FASTA格式、Phylip格式、PAUP數(shù) 據(jù)格式等等。而且Mega軟件專門提供了把其他格式的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換位 Mega數(shù)據(jù)格 式的程序。首先，打開Mega程序，有如下圖所示的操作界面：單擊工具欄中的“File按鈕,會(huì)出現(xiàn)如下圖所示的菜單: 力 從上圖可以看出，下拉菜單有“Open Data（打開數(shù)據(jù)）、“Reopen Data（開 曾經(jīng)打開的數(shù)據(jù)，一般會(huì)保留新近打開的幾個(gè)數(shù)據(jù)）、“Close Data （關(guān)閉數(shù)據(jù)）、 “Export Da

2、ta（導(dǎo)出數(shù)據(jù)）、“Conver To MEGA Format（將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為 MEGA 格 式）、“TextEditor ”（數(shù)據(jù)文本編輯卜“PrinterSetup（啟動(dòng)打?。ⅰ癊xit（退出 MEGA程序）.單擊“Open Dat維項(xiàng)，會(huì)彈出如下菜單：瀏覽文件，選擇要分析的數(shù)據(jù)打開，單擊 打開按鈕，會(huì)彈出如下操作界面:此程序操作界面，提供了三種選擇數(shù)據(jù)選擇 :Nucleotide Sequences（核甘酸 序列）、Protein Sequences（蛋白質(zhì)序列）、Pairwise Distance （遺傳距離矩陣）.根據(jù) 輸入數(shù)據(jù)的類型，選擇一種，點(diǎn)擊“OK即可。如果選擇“Pairwi

3、se Distance,則操 作界面有所不同；如下圖所示：根據(jù)遺傳距離矩陣的類型，如果是下三角矩陣，選擇 Lower Left Matrix即” 可；如果是上三角矩陣，選擇 UpperRight Matrix ”即可。點(diǎn)擊“OK按鈕，即可 導(dǎo)入數(shù)據(jù)。如果是核甘酸數(shù)據(jù)，則讀完之后，會(huì)彈出如下對(duì)話框:如上圖，如果是編碼蛋白質(zhì)的核甘酸序列，則選擇“Ye散鈕；如果是不編碼 蛋白質(zhì)的核甘酸序列，則點(diǎn)擊 “Nc鈕.之后，會(huì)彈出如下操作窗口：此作界面的名稱是 “SequencData Explorer 在其最上方是工具欄“Data”“Display、” “Highlight等；然后是一些數(shù)據(jù)處理方式的快捷按

4、鈕，在操作界面的 左下方是每個(gè)序列的名稱。顯示序列占了操作界面的絕大部分，與第一個(gè)序列相同的核甘酸用：”表示，發(fā)生變異的序列則直接顯示。2、遺傳距離的計(jì)算點(diǎn)擊Mega操作主界面的“Distance按鈕，會(huì)彈出一個(gè)下拉菜單。如下圖所從上圖易知，此菜單包括如下選項(xiàng)：“Choose Model選降模型，即選擇計(jì)算遺傳距離的模型）、“Compute Pairwise （計(jì)算遺傳配對(duì)差異）、“Compute OverallMead（計(jì)算包括所 有樣本在內(nèi)的平均遺傳距離）、“ComputeW讓h GroupMeans（計(jì)算組內(nèi)平均遺傳距離）、“Compute Between Groups MeanW算機(jī)間

5、平 均遺傳距離）、“Compute Net Between Groups MeadS訐算組間平均凈遺傳距離）、 “Compute Sequence Diversity（計(jì)算序列分歧度）?！?Compute Sequence Diversit選項(xiàng)包括四個(gè)子菜單： “ Mean Diversity Within Subpopulations 亞群 體內(nèi)部平均序 列多態(tài)性）、“MeanDiversity for Entire Population整個(gè)人群平均序列多態(tài)性）、“Meannterpopulaional Diversity （群 體內(nèi)部平均序列多態(tài)性）、“Coefficient of Dif

6、ferentiation （遺傳變異系數(shù)）。點(diǎn)擊“Choose Mode項(xiàng)，會(huì)彈出如下操作界面：從上述操作界面可以看出，通過此對(duì)話框可以選擇計(jì)算遺傳距離的模型等.“Data Typ顯示數(shù)據(jù)的類型：Nucleotide（Coding）（編碼蛋白質(zhì)的DNA序列）、 Nucleotide （不編碼蛋白質(zhì)的 DNA序列）、Amino Acid （氨基酸序列）。通過“Mode選項(xiàng)可以選擇，計(jì)算遺傳距離的距離模型.點(diǎn)擊“Modell行末端的按鈕會(huì)彈出一選擇欄Mucl e o 11 deSyn-lioRsynonymAmin* kt idHo. o Di f fererLceEKimura 2-Far理ne

7、：ter TR ima-NeiTarn-ura 3-=郵比 T迪叱曠Iki （Taniijgra Kketi ar ）如上圖所示，對(duì)于非編碼的核甘酸序列Mega程序提供了八種距離模型：“ Numberof Difference （核甘酸差異數(shù)）、-distance P 距離模型）、 “Jukes Cantor ” （JSkeCantor距離模型）、“Kimura -ParameterKimura 雙參 數(shù)模型）、“TajimaNefTajima和 Nei 距離模型）、“Tamura 3paramete（rTamura 三參數(shù)模型）、“Tamu-Nei （Tamura 和 Nei 距離模型）、“

8、LogDet（Tamurakumar) ”對(duì)數(shù)行列式距離模型).對(duì)于編碼的核甘酸序列，其遺傳距離模型如下圖所示:Nncleoti deUei-Gaj obor i llethoiModifi ITti-GojofcoriffensyitonyinGus ,Minn Aci dLi-Vu-Lno MethodFifTiilimehL- Li M比thoARun 領(lǐng) M e lh.o d如上圖所示，對(duì)于編碼蛋白質(zhì)的DNA序列,Mega程序提供了一下幾種模型：“Nei Gojobori Method， Modified Nei-Gojobori Methoed、 “Li Wu-Luo Method、

9、“Pamilo Bianchi-Li Method 7 Kumar Method其中 NeiGojobori 方 法和修正的NeiGojobori方法都包含三種距離模型： Number of Differences“-distance、Jukes Cantor寸于氨基酸序列，Mega所提供的遺傳距離模型如 下圖所示： NucLeotideSyn-Nonsynonymous AfiiitQ Acid甌lifftrenstsFrisson Correction Equal InputE鯽I Matrix: (Jla.yhofE)JTT Matrix (JonesTaylor-Thornt on)如

10、上圖所示，對(duì)于氨基酸序列，Mega程序提供了一下六種遺傳距離模型：“Number of Difference 氨基酸差異數(shù))、-distance (距離模型)、“Poisson Correction (泊松校正距離模型 卜“Equal Input等量輸入距離模型)、“PAM Matrix (Dayhoff) ”(PAM 距離矩陣模型 / JTT Matrix( Jones-Taylor-Thornton) ”(JTT 距離矩陣模型)。在 “Analysis Preferenc臊作界面中，Pattern Among Lineag故提供了一個(gè) 選項(xiàng)：“Samedomogenous)” 也就是說樣本

11、之間是有一定同源性的。Rates amongsites 提供了兩個(gè)選項(xiàng)：“Uniform Rates和 “Different(GammaDistributed) ”。“Uniform Rates意味著所有序列的所有位點(diǎn)的進(jìn)化速率是相同的。選擇 “Different(mma Distributed) ”意味著序列位點(diǎn)之間的進(jìn)化速率是不相同的， 可 以利用Gamma參數(shù)來校正，系統(tǒng)提供了四個(gè)數(shù)值可供選擇：2。0、1。0、0.5、0。25;軟件使用者也可以自行決定 Gamma參數(shù)的大小。設(shè)置完畢后，在此界面中 點(diǎn)擊“OK按鈕，即可返回Mega操作主界面。選擇主操作界面“Distance邙勺“Comp

12、ute Pairwis進(jìn)項(xiàng)，可以計(jì)算樣本之間的遺傳距離的大小，具操作界面如下圖所示:“Data Type示數(shù)據(jù)的類型，圖中為 “Nucleotide“Analysis示計(jì)算分分析的類型，圖中為“Pairwise Distance Calculation配 對(duì)差異距離計(jì)算）.“Computed示所要運(yùn)行的對(duì)象，又兩個(gè)選項(xiàng)：“Distance onlyR訐算遺傳距 離）和“Distance&Std.Err（計(jì)算遺傳距離和其標(biāo)準(zhǔn)誤）?！癐nclude Sites示利用哪些位點(diǎn)來計(jì)算，如果數(shù)據(jù)類型是不編碼蛋白質(zhì)的核 甘酸序列，則全部參與計(jì)算，如果是編碼蛋白質(zhì)的核甘酸序列，則可以選擇哪些位點(diǎn)（如密碼子的

13、第2位等）來參與運(yùn)算。Substitution Mode是替代的模型，在下邊“Model中可以進(jìn)行選擇Substitutions to IncluedS擇哪些替代類型（如下圖所示）被用于運(yùn)算,d選項(xiàng) 將轉(zhuǎn)換和顛換全部包括在內(nèi)，s選項(xiàng)僅包括轉(zhuǎn)換,v選項(xiàng)僅包括顛換，R為轉(zhuǎn)換和顛 換的比值，L為所有有效的普通位點(diǎn)的個(gè)數(shù)。IE縣二與制|工加5 1疝山員刈勵(lì)刈m*即肛3 XL商 憶:山口4 打叩力 片孫陽口2mL w Iq I u / I ， I 才。 I 而1 I 巾 I b I H! rwr由35IrtrOj萬弱星E陋*12 mmwowiwmrwj m54g owl 和 mwoOiLOU 特期n OrMg血3h iX3/現(xiàn)皿：修!第但1皿肝g (4201由玷線01 Hl TNUM甲/口幾川印用,中丁1 QMr，H曰胤評(píng)二1ECEF mSESEFSJSM需1 0CWP 口訴刑 口國贓 值日代工KT步為 WFMyilriEfrMM 陋制 mujil 因搬迷 SWI 幅MJ*DldCJj &ra2iil mWiXh缶汨 DCEttJ?的世兇工司 但二家 MKtjjiijTijLimu的可用姆I肘