ChemDraw用法

1、1化學繪圖軟件化學繪圖軟件 ChemDraw ChemWindow ISIS Draw ChemSketch 主要功能：繪制二維和三維化學結構式、主要功能：繪制二維和三維化學結構式、化學反應方程式、化工流程圖、實驗裝置化學反應方程式、化工流程圖、實驗裝置圖以及相關文本的編輯圖以及相關文本的編輯 商業(yè)軟件 免費軟件 一一. 概述概述2 ChemDraw：當前最常用的結構式編輯軟件，當前最常用的結構式編輯軟件，除了以上所述的一般功能外，其ultra版本還可以預測分子的常見物理化學性質如：熔點、生成熱等；對結構按IUPAC原則命名；預測質子及碳13化學位移等。 ChemWindow：最突出的特點是與

2、光譜結合最突出的特點是與光譜結合，它的6.5 Spectroscopy 版本包括了一個約五萬張13C NMR 的數(shù)據(jù)庫(達250兆)，因而其預測更加精確；除了根據(jù)化合物的結構預測13C NMR化學位移外，還能預測紅外圖譜、質譜等，更可以讀入標準格式的NMR、IR、Raman、UV及色譜圖。 3 ChemSketch：功能沒有功能沒有ChemDraw和ChemWindow強大，但操作方便、界面友善。 ISIS Draw：老牌繪圖軟件。界面簡單，老牌繪圖軟件。界面簡單，操作方便。操作方便。4軟件選擇 簡單化學結構-4個軟件都能滿足需要 復雜化學結構- ChemDraw或 ChemSketch 處理

3、光譜和色譜-DrawIt或ChemWindow 3D模型- ChemDraw+ Chem3D ChemOffice功能強大 ChemSketch部分版本免費5美國美國CambridgeSoft公司的重要產(chǎn)品之一公司的重要產(chǎn)品之一專業(yè)的集成化學桌面辦公軟件專業(yè)的集成化學桌面辦公軟件標準界面的菜單簡明，易于操作；方便快捷標準界面的菜單簡明，易于操作；方便快捷具有化學計算、化學分析和化學建模等實用功具有化學計算、化學分析和化學建模等實用功能能二二. ChemOffice (1)ChemDraw是一個化學結構繪圖軟件，可繪制和編輯高質量的化學結構圖，識別和顯示立體結構，將結構和名稱進行轉換。 (2)c

4、hem3D是一個用于設計化學模型的應用軟件，可將二維平面的有機分子結構圖形轉化成三維的空間結構，可輔助計算分子半徑的幾何構象和單個點的能量以及相關的性質，例如優(yōu)化模型、構象搜索、分子動力學和計算分子的單點能量等。 (3)ChemInfo是基于國際互聯(lián)網(wǎng)絡技術開發(fā)的智能型數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)?？梢越⒎肿咏Y構的數(shù)據(jù)庫。 (4)chemFinder是一個化學信息管理系統(tǒng)，可以用它來管理化學信息。7ChemOffiee的安裝的安裝 89Chemdraw 簡介簡介 Chemdraw是一個方便快捷的化學繪圖工具，可以迅速畫出各種各樣的化學結構及化學反應式，以及與化學有關的其它圖形表示。 具有多種輸入輸出功能，可

5、以直接將所繪制的圖片等以常見的格式輸出,可由word等文字處理器識別的，便于一般的文檔處理10Chemdraw 簡介簡介 具有計算1H NMR和13C NMR(核磁共振)譜圖的功能，不僅可以生成圖譜，還可以直接計算出各個峰的位置和面積(高度)，為化學研究帶來了極大的方便。 CheroDraw已經(jīng)成為化學工作者撰稿和進行學術交流公認的化學結構輸入軟件。 化學軟件的泰斗 11 ChemDraw Ultra 80(超級版) ChemDraw Pro 80(標準版) ChemDraw Std 80(專業(yè)版) ChemDraw Ltd 8.0 （受限版） 四種版本功能由強到弱。 12ChemDraw 起

6、始界面13圖形工具板狀態(tài)/信息欄編輯區(qū)滾動欄菜單欄工具欄1415套索實鍵雙鍵虛鍵切割鍵切割楔鍵黑體鍵黑體楔鍵空心楔鍵波浪鍵表格長鏈環(huán)丙烷環(huán)環(huán)戊烷環(huán)環(huán)庚烷環(huán)環(huán)己烷椅式環(huán)戊二烯環(huán)蓬罩橡皮文本筆箭頭軌道繪圖元素基元化學符號弧形原子反應模板環(huán)丁烷環(huán)環(huán)己烷環(huán)環(huán)辛烷環(huán)環(huán)己烷椅式苯環(huán)1617鍵工具模板工具箭頭工具軌道工具畫圖工具基元工具符號工具弧形工具原子反應工具18具體用法為：用鼠標左鍵點中所選擇的工具箱中的工具，具體用法為：用鼠標左鍵點中所選擇的工具箱中的工具，然后在右邊用鼠標拖動，至到畫出你所需要的碳鏈然后在右邊用鼠標拖動，至到畫出你所需要的碳鏈畫碳鏈19便捷地畫出各種各樣的環(huán)狀結構便捷地畫出各種各樣

7、的環(huán)狀結構20模板按鈕模板按鈕氨基酸氨基酸(Amino Acids)， 芳族芳族(Aromatics)，雙環(huán)雙環(huán)(Bicyclics)， 生物與膠體生物與膠體(Bioart)，儀器儀器1(Clipware, part 1) 儀器儀器2(Clipaware, part 2)構型構型(Conformers)， 五元環(huán)五元環(huán)(Cp Rings)，環(huán)烴環(huán)烴(Cycloalkanes)， DNA(Templates)，功能團功能團(Functional Groups)， 雜環(huán)雜環(huán)(Hexoses)，苯環(huán)苯環(huán)(Ph Rings)， 多方體多方體(Polyhedra)，RNA(Templates)， 立體異

8、構體立體異構體(Stereocenters)，超分子超分子( Supramolecules ) 21模板工具氨基酸模板工具17類22模板工具芳香化合物模板工具23模板工具雙環(huán)模板工具24模板工具生物模板工具25模板工具玻璃儀器模板工具(I)26模板工具玻璃儀器模板工具(II)27模板工具構象異構體模板工具28模板工具環(huán)戊二烯模板工具29模板工具脂環(huán)模板工具30模板工具DNA模板工具31模板工具官能團模板工具32模板工具己糖模板工具33模板工具苯環(huán)模板工具34模板工具多面體模板工具35模板工具RNA模板工具36模板工具特殊符號模板工具立體中心模板工具3738394041424344快捷鍵命令灰色

9、表示命令未激活小三角表示子菜單省略號表示新對話框45文檔設置頁面規(guī)劃46頁眉頁腳47繪圖48標題49原子標記NOH50顏色設置背景顏色51優(yōu)選項52優(yōu)選項顯示設置錯誤警告53優(yōu)選項打開/存盤默認路徑默認打開文件格式默認存盤文件格式54國外化學刊物默認文檔格式55元素周期表5657符號窗口58符號窗口59打開文件不同文件格式60文件格式介紹1 CD Template(*.ctp, *.ctr)用于保存模板文檔2 ChemDraw (*.cdx)ChemDraw原本格式，是一個公共標記 的文件格式，易被其它程序建立和解釋。常用格式常用格式3 ChemDraw Steyl Sheet(*.cds)用

10、于存儲文件設置和其它物體4 Connection Table(*.ct)一種實例格式，存儲關于原子與元素、 系列編號、X和Y軸、鍵序、鍵類型等的連接和聯(lián)系的列表。是 用于多類應用程序間互換信息的通用格式615 DARC-F1 (*.fld)Questel DARC系統(tǒng)中存儲結構的原本文件 格式7 ISIS Reaction(*.rxn)MDL開發(fā)的格式，用于存儲元素反應信息8 ISIS Sketch(*.skc)在Windows或Macintosh環(huán)境下，存儲并傳輸 到另外的ISIS應用程序中6 DARC-F1 Query(*.flq)Questel DARC系統(tǒng)中存儲查詢的原本 文件格式62

11、9 MDL MolFile (*.mol)MDL(分子設計有限公司) MolFile文件 格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix環(huán)境下的化學 數(shù)據(jù)庫和繪畫應用軟件11 Jcamp Spectra(*.jdx，*.dx)圖譜文件格式，可讀入紫外、 質譜、紅外、核磁等數(shù)據(jù)文件12 MSI ChemNote(*.msm)一種ASCII文本文件，可以用于像 ChemNote一類的應用程序10 Galactic Spectra(*.spc)銀河圖譜文件格式6313 SMD 4.2 (*.smd)ASCII文本文件，一般用于檢索化學文摘 數(shù)據(jù)庫14 Windows Metafile

12、(*.wmf)圖片文件格式，可以將ChemDraw 圖片傳輸?shù)狡渌鼞贸绦蛑?，如Word。WMF 文件格式含有中 ChemDraw的結構信息，可被ChemDraw早期版本編輯64點位：移動鼠標直到鼠標的光標放到所要進行操作的位置， 如果選擇的位置在圖形結構中的鍵、原子、線等的上面， 一般出現(xiàn)黑方塊，稱之為光標塊，選擇塊或操作塊。 光標塊常用術語65單擊：快速按下鼠標鍵(左或右鍵)，然后快速抬起；雙擊：快速操作兩次單擊；拖動：由三部分動作組成按下鼠標左鍵選擇對象， 移動鼠標，將被選的對象移動到指定位置后抬起鼠標；選擇：用鼠標的光標選中某種選擇，使對象產(chǎn)生光標。選擇對 象并不意味著動作，只是標記要

13、操作的對象和點位；66“鍵單擊”：按下特殊的鍵和單擊鼠標鍵同時進行。 如，“Shift單擊”意思是按下”Shift”鍵和單擊鼠標鍵；“鍵拖動”：按下特殊的鍵和鼠標鍵，移動鼠標。 如，“Shift拖動”意思是按下”Shift”鍵和拖動鼠標光標。67示例1：阿司匹林的結構OOHOO68 優(yōu)化結構Clean Up Structure； 旋轉和縮放； 圖形存盤；粘貼至word 或ppt； 檢查結構錯誤Check StructureOOHOO69示例2：根據(jù)化合物名稱得到結構式 Structure/Convert Name to Structure-Insert Structure 輸入：阿司匹林可輸入

14、2-acetoxybenzoic acid 或 aspirin EDTA; 嗎啡morphine70示例3：根據(jù)結構得出化合物命名 繪制腎上腺素的結構式， 選中結構，執(zhí)行【sturucture】/【convert structure to name】HOHOOHNH4-(1-hydroxy-2-(methylamino)ethyl)benzene-1,2-diol71將名稱轉化成結構72NNH HNOOOO2-(1,3-dioxo-1,7a-dihydro-1H-isoindol-2(7aH)-yl)-N1,N3-diphenylmalonamide示例： 三肽分子的繪制73示例4：預測核磁共

15、振化學位移 ONHOH1-(isopropylamino)-3-(naphthalen-1-yloxy)propan-2-ol心得安結構式741HNMR預測1HNMR位移751HNMR預測結果76預測結果Protocol of the H-1 NMR Prediction:Node Shift Base + Inc. Comment (ppm rel. to TMS) CH2 3.12 1.37 methylene 0.63 1 alpha -C=C 1.12 1 alpha -C(=O)-C CH2 3.71 1.37 methylene 1.22 1 alpha -1:C*C*C*C*C*

16、C*1 1.12 1 alpha -C(=O)-C CH 7.06 7.26 1-benzene -0.20 1 -C CH 7.14 7.26 1-benzene -0.12 1 -C CH 7.07 7.26 1-benzene -0.19 1 -C CH 7.14 7.26 1-benzene -0.12 1 -C CH 7.06 7.26 1-benzene -0.20 1 -C CH3 3.76 0.86 methyl 2.90 1 alpha -OC(=O)-C=C H 5.97 5.25 1-ethylene 0.80 1 -C(=O)O-R gem -0.08 1 -CC=O

17、cis H 7.12 5.25 1-ethylene 1.18 1 -C(=O)O-R cis 0.69 1 -CC=O gem7713CNMR預測13CNMR位移7813CNMR預測結果79部分預測結果80ONHOH7.357.367.668.177.297.236.644.22;3.973.962.83;2.582.02.971.052.01.05ChemNMR H-1 EstimationEstimation Quality: blue = good, magenta = medium, red = roughProtocol of the H-1 NMR Prediction:Node

18、 Shift Base + Inc. Comment (ppm rel. to TMS) CH 7.35 7.32 1-naphthalene 0.03 1 -OC CH 7.36 7.32 1-naphthalene 0.04 1 -OC CH 7.66 7.67 1-naphthalene -0.01 1 -OC CH 8.17 7.67 1-naphthalene 0.50 1 -OC CH 7.29 7.67 1-naphthalene -0.38 1 -OC CH 7.23 7.32 1-naphthalene -0.09 1 -OC CH 6.64 7.32 1-naphthale

19、ne -0.68 1 -OC CH2 4.22;3.97 1.37 methylene 2.61 1 alpha -O-1:C*C*C*C*C*C*1 0.15 1 beta -O -0.04 1 beta -C CH 3.96 1.50 methine 1.73 1 alpha -O 0.50 1 beta -O-1:C*C*C*C*C*C*1 0.23 1 beta -N CH2 2.83;2.58 1.37 methylene 1.22 1 alpha -N-C 0.15 1 beta -O -0.04 1 beta -C NH 2.0 2.00 amine CH 2.97 1.50 m

20、ethine 0.34 2 alpha -C 1.13 1 alpha -N CH3 1.05 0.86 methyl 0.14 1 beta -N 0.05 1 beta -C OH 2.0 2.00 alcohol CH3 1.05 0.86 methyl 0.14 1 beta -N 0.05 1 beta -C012345678PPMONHO H1 2 5 . 41 2 6 . 61 2 7 . 61 3 4 . 51 2 7 . 41 2 2 . 21 2 0 . 41 2 6 . 11 0 4 . 31 5 6 . 87 1 . 76 9 . 44 9 . 74 9 . 02 3

21、. 82 3 . 8C h e m N M R C - 1 3 E s t i m a t i o nE s t im a t io n Q u a lit y : b lu e = g o o d , m a g e n t a = m e d iu m , r e d = r o u g hP r o t o c o l o f t h e C - 1 3 N M R P r e d i c t i o n :N o d e S h i f t B a s e + I n c . C o m m e n t ( p p m r e l . t o T M S ) C H 1 2 5 . 4

22、 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a l e n e - 0 . 9 1 - O - C 0 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 6 . 6 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a l e n e 0 . 3 1 - O - C 0 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 7 . 6 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e - 0 . 7 1 - O - C 0 . 3 g e n e r a l c o r r

23、 e c t i o n s C 1 3 4 . 5 1 3 3 . 6 1 - n a p h t h a l e n e 0 . 8 1 - O - C 0 . 1 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C 1 2 7 . 4 1 3 3 . 6 1 - n a p h t h a l e n e - 8 . 1 1 - O - C 1 . 9 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 2 . 2 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e - 6 . 1 1 - O - C 0 .

24、 3 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 0 . 4 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e - 7 . 9 1 - O - C 0 . 3 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 2 6 . 1 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a l e n e - 0 . 2 1 - O - C 0 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 1 0 4 . 3 1 2 5 . 9 1 - n a p h t h a

25、 l e n e - 2 2 . 3 1 - O - C 0 . 7 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C 1 5 6 . 8 1 2 8 . 0 1 - n a p h t h a l e n e 2 7 . 3 1 - O - C 1 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 2 7 1 . 7 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 4 9 . 0 1 a l p h a - O 9 . 3 1 b e t a - 1 : C * C * C * C

26、 * C * C * 1 9 . 4 1 b e t a - C 1 0 . 1 1 b e t a - O - 5 . 1 1 g a m m a - N 0 . 4 1 d e l t a - C * C 0 . 3 1 d e l t a - C - 8 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 6 9 . 4 - 2 . 3 a l i p h a t i c 1 8 . 2 2 a l p h a - C 4 9 . 0 1 a l p h a - O 1 0 . 1 1 b e t a - O 1 1 . 3 1 b e t a - N

27、 - 2 . 6 1 g a m m a - 1 : C * C * C * C * C * C * 1 - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 6 2 d e l t a - C - 1 2 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 2 4 9 . 7 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 2 8 . 3 1 a l p h a - N 1 8 . 8 2 b e t a - C 1 0 . 1 1 b e t a - O - 5 . 0 2 g a m m a - C -

28、 6 . 2 1 g a m m a - O 0 . 3 1 d e l t a - 1 : C * C * C * C * C * C * 1 - 3 . 4 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 4 9 . 0 - 2 . 3 a l i p h a t i c 1 8 . 2 2 a l p h a - C 2 8 . 3 1 a l p h a - N 9 . 4 1 b e t a - C - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 3 1 d e l t a - C 0 . 3 1 d e l t a - O - 2 . 7 g

29、 e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 3 2 3 . 8 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 9 . 4 1 b e t a - C 1 1 . 3 1 b e t a - N - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 3 1 d e l t a - C - 1 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s C H 3 2 3 . 8 - 2 . 3 a l i p h a t i c 9 . 1 1 a l p h a - C 9 . 4 1 b

30、 e t a - C 1 1 . 3 1 b e t a - N - 2 . 5 1 g a m m a - C 0 . 3 1 d e l t a - C - 1 . 5 g e n e r a l c o r r e c t i o n s020406080100120140160PPMH-NMRC-NMR81示例5：分析結構估計性質8283分析結果窗口分子式精確質量分子量質譜分析元素分析結果粘貼兩位小數(shù)質譜圖84示例6：顯示分子化學性質8586“View/Show Chemical Properties Window” 菜單菜單87OOHOOH2-propanone2mol4-Hydro

31、xy-4-methyl-pentan-2-one1mol示例6：反應方程式88選擇點位拖動定位單擊單擊定位單擊生成雙鍵拖動生成雙鍵反應方程式89雙擊生成文本框輸入字母按Ctrl鍵拖動復制反應方程式90反應方程式定位單擊生成一單鍵再定位連續(xù)單擊生成三單鍵定位雙擊后輸入OH91反應方程式用套索或蓬罩進行部分選擇92反應方程式按Ctrl鍵拖動復制生成獨立的兩個分子93反應方程式選擇反應箭頭在兩個分子中單擊生成一反應箭頭94反應方程式箭頭上方建立文本框輸入反應條件95反應方程式選擇電荷定位添加負電荷96反應方程式選擇居中分子下方建立文本框97反應方程式依次輸入文本信息98反應方程式選擇陰影框將反應方程

32、式全部罩上99OHNH2OHNH2COONaOHNH2COOHNaHCO3,CO2H2SO430C練習：繪制化學反應式100OOH示例7：繪制中間體結構101繪制中間體結構選擇環(huán)己烷以建立六員環(huán)模型選擇橡皮，擦去六員環(huán)一部102繪制中間體結構選擇單鍵定位連續(xù)單擊生成新的單鍵單擊單鍵中央，生成雙鍵103繪制中間體結構在原子上定位建立標記104繪制中間體結構選擇筆工具在曲線菜單中選擇箭頭位于末端105繪制中間體結構定位拖動鼠標左鍵定位單擊生成曲線箭按Esc鍵退出繪制模式106單擊箭頭繪制中間體結構用小手形光標移動造另一虛線107小手形光標選中虛線柄繪制中間體結構拖動改變虛線箭形狀按Esc鍵108C

33、HO示例8：復雜環(huán)結構109示例8：復雜環(huán)結構選擇環(huán)己烷；并添加第一個環(huán)添加第二個環(huán)110復雜環(huán)結構橡皮擦去多余部分111復雜環(huán)結構選擇鍵工具；單擊生成新的單雙鍵112復雜環(huán)結構在原子上定位建立標記113示例9：Fischer葡萄糖結構圖CHOCH2OHOHHHHOHOHHOH114Fischer葡萄糖結構圖選擇鍵工具；連續(xù)單擊生成五連鍵115Fischer葡萄糖結構圖建立與五連鍵垂直的水平鍵116Fischer葡萄糖結構圖在原子上定位建立標記117OOHOHOHOHCH2OH示例10：透視圖形118透視圖形選擇環(huán)己烷旋轉環(huán)己烷在原子上定位建立標記旋轉指示箭頭119透視圖形添加垂直鍵按Alt鍵，任意鍵長120透視圖形選擇套索工具，陰影右下腳按Shift鍵向上按動，垂直壓縮50121透視圖形在原子上定位建立標記122透視圖形選擇黑體楔鍵單擊下部兩側鍵的中央123透視圖形選擇黑體鍵單擊底鍵的中央124六、Newman結構125六、Newman結構選擇鍵工具；連續(xù)單擊生成三鍵對稱結構按Ctrl鍵拖動復制126六、Newman結構選擇鍵工具；按住Alt鍵，連接兩