網(wǎng)絡(luò)藥理篩選方法簡介-文檔資料

1、網(wǎng)絡(luò)藥理虛擬篩選方法簡介網(wǎng)絡(luò)藥理虛擬篩選方法簡介劉 培2013-2-252什么是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)？v從系統(tǒng)生物學(xué)和生物網(wǎng)絡(luò)平衡的角度闡釋疾病從系統(tǒng)生物學(xué)和生物網(wǎng)絡(luò)平衡的角度闡釋疾病的發(fā)生發(fā)展過程；的發(fā)生發(fā)展過程；v從改善或恢復(fù)生物網(wǎng)絡(luò)平衡的整體觀角度認識從改善或恢復(fù)生物網(wǎng)絡(luò)平衡的整體觀角度認識藥物與機體的相互作用并指導(dǎo)新藥發(fā)現(xiàn)。藥物與機體的相互作用并指導(dǎo)新藥發(fā)現(xiàn)。 在高通量組學(xué)數(shù)據(jù)分析、計算機模擬計算及在高通量組學(xué)數(shù)據(jù)分析、計算機模擬計算及網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫檢索的基礎(chǔ)上，進行生物網(wǎng)絡(luò)的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫檢索的基礎(chǔ)上，進行生物網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及分析，進而進行藥物作用機制的研究構(gòu)建及分析，進而進行藥物作用機制的研究及創(chuàng)新藥物

2、的發(fā)現(xiàn)及創(chuàng)新藥物的發(fā)現(xiàn)3網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究思路v思路一：根據(jù)公共數(shù)據(jù)庫和公開發(fā)表的已有根據(jù)公共數(shù)據(jù)庫和公開發(fā)表的已有數(shù)據(jù)，建立特定藥物作用機制網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型，數(shù)據(jù)，建立特定藥物作用機制網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型，預(yù)測藥物作用靶點預(yù)測藥物作用靶點/ /機制，從生物網(wǎng)絡(luò)平衡的機制，從生物網(wǎng)絡(luò)平衡的角度解析藥物作用的藥理學(xué)機制；角度解析藥物作用的藥理學(xué)機制；v思路二：利用各種組學(xué)技術(shù)以及高內(nèi)涵利用各種組學(xué)技術(shù)以及高內(nèi)涵/ /高通高通量技術(shù)，觀察藥物對模型量技術(shù)，觀察藥物對模型( ( 分子、細胞、組織分子、細胞、組織或或/ /和動物和動物) ) 的作用或模型對藥物的作用，針的作用或模型對藥物的作用，針對所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)

3、，采用生物信息學(xué)的手段對所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)，采用生物信息學(xué)的手段分析和構(gòu)建藥物分析和構(gòu)建藥物- -靶點靶點- -疾病網(wǎng)絡(luò)，建立預(yù)測模疾病網(wǎng)絡(luò)，建立預(yù)測模型，進而解析所研究藥物的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)機制。型，進而解析所研究藥物的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)機制。4虛擬篩選步驟v一、準(zhǔn)備待篩選分子v二、靶點篩選v三、通路篩選v四、網(wǎng)絡(luò)藥理圖5一 、準(zhǔn)備待篩選分子Chembiooffice2008以上版本作圖，文件格式須為以上版本作圖，文件格式須為sdf6二、二、 靶點篩選靶點篩選1/pharmmapper/點擊此處上傳分子結(jié)構(gòu)，每次只能投入1個分子結(jié)構(gòu)7Jod ID是下載結(jié)果的“密碼”8下載結(jié)果

4、9Fit為分子和靶點的匹配為分子和靶點的匹配度，越高代表越匹配。度，越高代表越匹配。靶點名稱靶點名稱與人類相關(guān)的靶點代碼與人類相關(guān)的靶點代碼10三三 、通路的篩選、通路的篩選 將前面工作中得到的與人類相關(guān)的靶點代碼全部換成類似于P00517 的形式，以投入博奧數(shù)據(jù)庫得到與靶點相關(guān)的通路。以靶點PDPK1_HUMAN 為例：/此為蛋白編號靶點蛋白名稱11將得到靶點編號投入到博奧數(shù)據(jù)庫http:/ / ），也可使用其他作圖軟件。），也可使用其他作圖軟件。18點擊對形狀和背景進行更改節(jié)點連線背景

5、19為了方便對圖進行編輯和更改，我們可以導(dǎo)入attributes。令通路等于2，化合物名稱等于3?？稍诖颂帉Ｒ坏膶衔?、靶點。通路進行更改顏色20也可以專一性的進行形狀的更改21網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與實驗相關(guān)的環(huán)節(jié)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與實驗相關(guān)的環(huán)節(jié)v基于實驗結(jié)果構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)所需基本數(shù)據(jù)的獲取基于實驗結(jié)果構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)所需基本數(shù)據(jù)的獲取v對所建立的網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型進行實驗驗證對所建立的網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型進行實驗驗證 目前網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究在實驗研究水平所目前網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究在實驗研究水平所涉及的相關(guān)技術(shù)除了組學(xué)涉及的相關(guān)技術(shù)除了組學(xué)( ( 基因組、蛋白質(zhì)基因組、蛋白質(zhì)組、代謝組和糖組等組、代謝組和糖組等) ) 技術(shù)外，主要包括技術(shù)外，主要包括3 3 個方面?zhèn)€方面: :高通量高通量/ /高內(nèi)涵技術(shù)、雙高通量基因高內(nèi)涵技術(shù)、