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1、PCR引物設計軟件引物設計軟件primer Premier 5.0 運用簡介運用簡介溫州醫(yī)學院附屬第一醫(yī)院檢驗科溫州醫(yī)學院附屬第一醫(yī)院檢驗科陶志華陶志華一. 引物設計的根本原那么 引物長度primer length 產(chǎn)物長度product length 序列Tm值 (melting temperature) G值(internal stability) 引物二聚體及發(fā)夾構造 duplex formation and hairpin 錯誤引發(fā)位點false priming site 引物及產(chǎn)物GC含量composition 1. 引物的長度 普通為15-30bp，常用的是18-27bp，但不能大

2、于38，由于過長會導致其延伸溫度大于74，即Taq酶的最適溫度2. 引物3端的序列 引物3端的堿基普通不用A，由于A在錯誤引發(fā)位點的引發(fā)效率相對比較高 引物間3端的互補、二聚體或發(fā)夾構造也能夠?qū)е翽CR反響失敗 3. 引物的GC含量 普通為40-60%，過高或過低都不利于引發(fā)反響。上下游引物的GC含量不能相差太大。4. 引物所對應模板序列的Tm值 最好在72左右5. G值(自在能) ， 反映了引物與模板結(jié)合的強弱程度。普通情況下，引物的G值最好呈正弦曲線外形，即5端和中間G值較高，而3端G值相對較低6. 引物二聚體及發(fā)夾構造的能量 普通不要超越4.5，否那么容易產(chǎn)生引物二聚體帶而且會降低引物濃度從而導致PCR正常反響不能進展二. Primer Premier 5.0 引物設計軟件簡介 Primer Premier 5.0用途： 引物分析評價功能； 引物的自動搜索功能 Premier的主要功能：Premier 的主要功能分四大塊， 其中有三種功能較常用，即引物設計()，限制酶切點分析()，基元查找()。另個功能是同源性分析（） ，并非Premier 的特長，

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