蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線軟件

1、蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)分析網(wǎng)址集錦 物理性質(zhì)預(yù)測(cè)：Compute PI/MWSAPS基于組成的蛋白質(zhì)識(shí)別預(yù)測(cè)AACompIdent PROPSEARCH 二級(jí)結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測(cè) nnpredict Predictprotein SSPRED 特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)COILSMacStripe與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步，由于數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)下載到本地檢索和通過(guò)國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。 由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列 可聯(lián)網(wǎng)到：“進(jìn)行檢索。利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列聯(lián)網(wǎng)到："，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋

2、白質(zhì)序列的檢索。 通過(guò)EMAIL進(jìn)行序列檢索當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時(shí)，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點(diǎn)，親水性，和疏水性、信號(hào)肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而 獲得。例如，疏水性圖譜可通知來(lái)預(yù)測(cè)跨膜螺旋。同時(shí)，也有很多短片段被細(xì)胞用來(lái)將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在竣基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的功能。 疏水性分析位于Ex

3、PASy的ProtScale 程序（）可被用來(lái)計(jì)算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計(jì)算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT 數(shù)據(jù)庫(kù)的序列接受號(hào)。需要調(diào)整的只是計(jì)算窗口的大?。?n）該參數(shù)用于估計(jì)每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。 進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí)，也可用一些 windows 下的軟件如，bioedit,dnamana 等?？缒^(qū)分析 有多種預(yù)測(cè)跨膜螺旋的方法，最簡(jiǎn)單的是直接，觀察以 20個(gè)氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域， 但同時(shí)還有多種更加復(fù)雜的、精確的算法能夠預(yù)測(cè)跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主

4、要是基于對(duì)已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數(shù)據(jù)庫(kù)，可通過(guò)匿名 FTP獲彳導(dǎo)（,參見表一資源名稱網(wǎng)址說(shuō)明TMPRED基于對(duì)tmpred 數(shù)據(jù)庫(kù)的統(tǒng)計(jì)分析 PHDhtmtprotein.htmlMEMSAT微機(jī)版本,蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等,從而，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)?；蚯皩?dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所與功能場(chǎng)所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運(yùn)行才能保證生命活動(dòng)的正常進(jìn)行。一般來(lái)說(shuō)，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自

5、身結(jié)構(gòu)中，并通過(guò)與膜上特殊的受體相互作用而得以表達(dá)。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA片段，這個(gè)氨基酸序列就這個(gè)氨基酸序列就是信號(hào)肽序列。含有信號(hào)肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細(xì)胞 外，可能作為重要的細(xì)胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。卷曲螺旋分析另一個(gè)能夠直接從序列中預(yù)測(cè)的功能motif是a-螺旋的卷曲排列方式。在這種結(jié)構(gòu)中，兩種螺旋通過(guò)其疏水性界面相互纏在一起形成一個(gè)十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源資源網(wǎng)址coiled-coil蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)到少有80個(gè)氨基酸長(zhǎng)度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義。最快的工具如 Bla

6、stP能很容易地發(fā)現(xiàn)顯著性片段，而無(wú)需使用十分耗時(shí)的BLITZ軟件?；贜CBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析類似于核酸序列同源性分析，用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(,選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析?；赪U/BLAST2軟件進(jìn)行分析華盛頓大學(xué)的 BLAST軟件(dove.embl-heidelberg.dl/blast2)也可進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的同源性分析?；趍otif、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)功能域數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對(duì)蛋白質(zhì)的功能影響很大，所以對(duì)其的分析也是生物信息學(xué)的一個(gè)部分。同時(shí)，分子進(jìn)化方面的研究表明，蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有不同的進(jìn)化速率，

7、一些氨基酸必須在進(jìn)化過(guò)程中足夠保守以實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù)，第一類是依賴于和一致性序列(consensussequence )或基序各殘基的匹配模式，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù)據(jù)庫(kù)。Motif 數(shù)據(jù)庫(kù)-PROSITE蛋白質(zhì)序列的(profile)分析InterProScan綜合分析網(wǎng)站 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析簡(jiǎn)單模塊構(gòu)架搜索工具( simple modular architecture research tool,SMART) 一個(gè)較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析，所得到的結(jié)構(gòu)域同時(shí)提供相關(guān)的資源的鏈接蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)PDB數(shù)據(jù)

8、庫(kù)蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(PDB,其中有大量工具用于查看PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的2構(gòu)，如 rasmol ,可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)，下載地址：) PDBFinder 數(shù)據(jù)庫(kù)是在PDB、DSSP、 HSSP基礎(chǔ)上建立的二級(jí)庫(kù)，它包含 PDB序列，作者，R因子，分辨率、二級(jí)結(jié)構(gòu)等，這些些信息隨著 PDB庫(kù)每次發(fā)布新版，PDBFinder 在EBI自動(dòng)生成，網(wǎng)址為 “NRL-3D數(shù)據(jù)庫(kù)是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫(kù)，可用于查詢蛋白序列時(shí)行相似性分析以確定其結(jié)構(gòu)ISSD數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，其每個(gè)條目包含一個(gè)基因的編碼序列，同相應(yīng)的氨基酸序列對(duì)比，并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。HSSP數(shù)據(jù)庫(kù)是根據(jù)同源性導(dǎo)

9、出的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，每一條PDB項(xiàng)目都有一個(gè)對(duì)應(yīng)的 HSSP文件，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫(kù)，位于劍橋的站點(diǎn)也提供BLAST檢索服務(wù)MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)是ENTREZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，以 ASN格式反蛾的PDB中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)。NCBI同時(shí)提供一個(gè)配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D,Dali/FSSP 數(shù)據(jù)庫(kù)基于PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動(dòng)結(jié)構(gòu)對(duì)比程序 Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫(kù)。蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)基于序列進(jìn)行蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻(xiàn)描述，本質(zhì)上，這些研究可被分為兩大類：基于單一序列的分析和基

10、于多重序列對(duì)齊的分析。文獻(xiàn)報(bào)道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級(jí)結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種資源。其網(wǎng)址為www.embl-heidel-berg.d tprotein.html蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)同源家庭的分析對(duì)于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測(cè)新蛋白質(zhì)序列的功能有重要意義，同源蛋白質(zhì)(homolog )進(jìn)一步劃分為直系同源( ortholog )和旁系同源(paralog )，前者指不同物種中具有相同功能 和共同起源的基因，后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的a珠蛋白、0珠蛋白和肌紅蛋白。蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù)(ProtoMap )把相關(guān)者聚集分

11、極所得到的數(shù)據(jù)庫(kù)是對(duì)SWISS-PROT 數(shù)據(jù)庫(kù)中的全部蛋白質(zhì)由計(jì)算機(jī)自動(dòng)時(shí)行層次分類, 蛋白質(zhì)序列多重對(duì)齊分析及進(jìn)化分析30% ）那如果發(fā)現(xiàn)一個(gè)未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性(大于 么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員，從而可從分子時(shí)化的角度對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。 常用在線蛋白工具BCM Search Launcher蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)綜合站點(diǎn)，從此出發(fā)，輸入蛋白序列，可以根據(jù)需要，使用各種在線預(yù)測(cè)工具，包括Coils、nnPredict 、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP 、SAPS、TMpred 、SOUSI、Paircoil 、

12、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、SOPM ,使用十分方便。DAS 蛋白跨膜預(yù)測(cè)服務(wù)器、輸入蛋白序列，預(yù)測(cè)跨膜區(qū)域。TopPred 2 斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預(yù)測(cè)服務(wù)器提供的膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)預(yù)測(cè)Topology prediction of membraneproteins 在線工具 SOSUI 東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)( Tokyo University of Agriculture and Technology)提供的膜蛋白分類和二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在線工具。PSIpred - MEMSAT2 本蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器允許你提交一個(gè)蛋白序列，進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)

13、測(cè)與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，并將結(jié)果用EMAIL提供給您。 HMMTOP 預(yù)測(cè)蛋白序列的跨膜螺旋與拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)服務(wù)器TMpred預(yù)測(cè)蛋白序列跨膜區(qū)TMHMM預(yù)測(cè)蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server提供蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)查詢，預(yù)測(cè)蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務(wù)SMART提供蛋白序列，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)中查詢，顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等SPLIT膜蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器PRED-TMR提供基于SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)統(tǒng)計(jì)分析的預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)CoPreThi基于INTERNET 的JAVA程序，預(yù)測(cè)蛋白的跨膜區(qū)TMAP提供預(yù)測(cè)蛋白跨膜片段的服務(wù)multalin蛋白序列對(duì)照服務(wù)器，比較幾條蛋白序列的結(jié)構(gòu)。Protein Sequence Analysis巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在線工具，絕對(duì)精選。PSAProtein Sequence Analysis服務(wù)器