SNP與人類疾病

1、回顧理論課內(nèi)容回顧理論課內(nèi)容單核苷酸多態(tài)性及相關(guān)概念常用的SNP分型技術(shù)基于SNP的復(fù)雜疾病遺傳定位方法12重要的SNP數(shù)據(jù)庫資源341第1頁/共40頁2實(shí)習(xí)課內(nèi)容實(shí)習(xí)課內(nèi)容1. 利用HapMart網(wǎng)絡(luò)平臺提取中國漢族人群基因IL8上的SNP，并列出這些SNP各自所處的功能區(qū)域2. 試結(jié)合第一章中對NCBI等重要的序列數(shù)據(jù)資源知識介紹，選取適當(dāng)?shù)南拗菩云伍L度多態(tài)性方法用于IL8基因上SNP分型的內(nèi)切酶第2頁/共40頁3實(shí)習(xí)課內(nèi)容實(shí)習(xí)課內(nèi)容3. 從本章給出的Haploview網(wǎng)絡(luò)地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式4. 在Haploview中導(dǎo)入Hapma

2、p格式IL8基因上的SNP基因型，從中提取能覆蓋整個基因的最少量的TagSNP第3頁/共40頁4 為了培養(yǎng)大家獨(dú)立操作的能力，老師給大家演示例子時用IL10基因，大家做習(xí)題的時候用IL8基因！第4頁/共40頁51. 利用HapMart網(wǎng)絡(luò)平臺提取中國漢族人群基因IL10上的SNP，并列出這些SNP各自所處的功能區(qū)域?qū)嵙?xí)題實(shí)習(xí)題1 1/（1）開打網(wǎng)頁第5頁/共40頁（2）輸入設(shè)置：選擇CHB、 在GENE FILTERS框中輸入IL106第6頁/共40頁（3）輸出設(shè)置：選擇感興趣的輸出信息7第7頁/共40頁3. 結(jié)果導(dǎo)出：以界面和文件形式

3、輸出限定條件下IL10上的SNP位置、基因型、群體頻率等信息8第8頁/共40頁9實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題2 22. 試結(jié)合第一章中對NCBI等重要的序列數(shù)據(jù)資源知識介紹，選取適當(dāng)?shù)南拗菩云伍L度多態(tài)性方法用于IL8基因上SNP分型的內(nèi)切酶第9頁/共40頁限制性內(nèi)切酶（restriction enzyme），能識別雙鏈DNADNA中的特定堿基序列，并切割雙鏈DNA的核酸酶。常用于重組DNA技術(shù)的一類限制酶的識別位點(diǎn)為回文對稱結(jié)構(gòu)，它們的結(jié)合和切割都在這一特定的對稱結(jié)構(gòu)內(nèi)10同一物種不同個體的DNA分子，用同一種限制性內(nèi)切酶完全酶切后，出現(xiàn)分子量不同的同源等位基因片段，稱為限制性片段長度多態(tài)性（restric

4、tion fragment length polymorphism，RFLP） 第10頁/共40頁內(nèi)切酶酶切示例BbuI GCATGCCGTACGGCATGC3端突出NotIGCGGCCGCCGCCGGCGGCCGCCGG5端突出HpaIGTTAACCAATTGGTT AACCAA TTG平末端名稱識別位點(diǎn)切割后分子末端類型555555333333粘性末端11第11頁/共40頁12TTTCCC249 bp254 bp503 bp電泳圖模擬第12頁/共40頁13第13頁/共40頁優(yōu)點(diǎn)：1.方法簡單；2.容易操作；3.經(jīng)費(fèi)要求不高缺點(diǎn)：1.樣品純度要求較高和用量大；2.過分依賴于限制性內(nèi)切酶的種類

5、和數(shù)量；3.分析步驟繁瑣、工作量大；4.分型容易出錯、通量較小RFLP方法優(yōu)缺點(diǎn)14第14頁/共40頁15/index.html直接以IL8為例演示第15頁/共40頁16第16頁/共40頁17第17頁/共40頁18第18頁/共40頁19第19頁/共40頁20選取一個要研究的區(qū)域第20頁/共40頁21利用軟件分析該區(qū)域的限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)第21頁/共40頁22設(shè)計引物PCR擴(kuò)增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝膠檢測第22頁/共40頁23C 等位EcoRI不能識別第23頁/共40頁24T 等位EcoRI切割第24頁/共40頁25實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題3 33. 從

6、本章給出的Haploview網(wǎng)絡(luò)地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式/mpg/Haploview/index.php第25頁/共40頁26實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題4 44. 在Haploview中導(dǎo)入Hapmap格式IL10基因上的SNP基因型，從中提取能覆蓋整個基因的最少量的TagSNP第26頁/共40頁27/第27頁/共40頁Haploview軟件直接分析基因的tagSNPIL10: Chr1,205,007,571-205,012,462 Chr1,20500

7、7 kb-205,012 kb28第28頁/共40頁在Haploview軟件界面輸入相應(yīng)信息29第29頁/共40頁30第30頁/共40頁依據(jù)連鎖不平衡（LD），基因內(nèi)block情況31第31頁/共40頁Tagger: 尋找基因內(nèi)的tagSNP32第32頁/共40頁tagSNP33第33頁/共40頁34/大家要是有時間的話，可以嘗試在dbSNP數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行SNP檢索dbSNP數(shù)據(jù)庫檢索SNP第34頁/共40頁結(jié)果顯示，點(diǎn)擊 GeneView輸入查詢35第35頁/共40頁選in gene region, 顯示IL10內(nèi)所有的SNP；選cSNP,顯

8、示編碼區(qū)域的SNP36第36頁/共40頁注意：dbSNP數(shù)據(jù)庫中SNP數(shù)量很大，有的沒有經(jīng)過驗(yàn)證，研究時僅作參考想想red、green區(qū)域的區(qū)別？37第37頁/共40頁rs12276917, missense, Val Ile38第38頁/共40頁思考題 結(jié)合本章的介紹和前幾章的知識，設(shè)計一個基于SNP的通路與疾病相關(guān)性的實(shí)驗(yàn)設(shè)計，并分析其可行性39第39頁/共40頁THANKS！40第40頁/共40頁41第19頁/共40頁42選取一個要研究的區(qū)域第20頁/共40頁43實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題3 33. 從本章給出的Haploview網(wǎng)絡(luò)地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式/mpg/Haploview/index.php第25頁/共40頁44/大家要是有時間的話，可以嘗試在dbSNP數(shù)據(jù)