SNP與人類(lèi)疾病

1、回顧理論課內(nèi)容回顧理論課內(nèi)容單核苷酸多態(tài)性及相關(guān)概念常用的SNP分型技術(shù)基于SNP的復(fù)雜疾病遺傳定位方法12重要的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)資源341第1頁(yè)/共40頁(yè)2實(shí)習(xí)課內(nèi)容實(shí)習(xí)課內(nèi)容1. 利用HapMart網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)提取中國(guó)漢族人群基因IL8上的SNP，并列出這些SNP各自所處的功能區(qū)域2. 試結(jié)合第一章中對(duì)NCBI等重要的序列數(shù)據(jù)資源知識(shí)介紹，選取適當(dāng)?shù)南拗菩云伍L(zhǎng)度多態(tài)性方法用于IL8基因上SNP分型的內(nèi)切酶第2頁(yè)/共40頁(yè)3實(shí)習(xí)課內(nèi)容實(shí)習(xí)課內(nèi)容3. 從本章給出的Haploview網(wǎng)絡(luò)地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式4. 在Haploview中導(dǎo)入Hapma

2、p格式IL8基因上的SNP基因型，從中提取能覆蓋整個(gè)基因的最少量的TagSNP第3頁(yè)/共40頁(yè)4 為了培養(yǎng)大家獨(dú)立操作的能力，老師給大家演示例子時(shí)用IL10基因，大家做習(xí)題的時(shí)候用IL8基因！第4頁(yè)/共40頁(yè)51. 利用HapMart網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)提取中國(guó)漢族人群基因IL10上的SNP，并列出這些SNP各自所處的功能區(qū)域?qū)嵙?xí)題實(shí)習(xí)題1 1/（1）開(kāi)打網(wǎng)頁(yè)第5頁(yè)/共40頁(yè)（2）輸入設(shè)置：選擇CHB、 在GENE FILTERS框中輸入IL106第6頁(yè)/共40頁(yè)（3）輸出設(shè)置：選擇感興趣的輸出信息7第7頁(yè)/共40頁(yè)3. 結(jié)果導(dǎo)出：以界面和文件形式

3、輸出限定條件下IL10上的SNP位置、基因型、群體頻率等信息8第8頁(yè)/共40頁(yè)9實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題2 22. 試結(jié)合第一章中對(duì)NCBI等重要的序列數(shù)據(jù)資源知識(shí)介紹，選取適當(dāng)?shù)南拗菩云伍L(zhǎng)度多態(tài)性方法用于IL8基因上SNP分型的內(nèi)切酶第9頁(yè)/共40頁(yè)限制性?xún)?nèi)切酶（restriction enzyme），能識(shí)別雙鏈DNADNA中的特定堿基序列，并切割雙鏈DNA的核酸酶。常用于重組DNA技術(shù)的一類(lèi)限制酶的識(shí)別位點(diǎn)為回文對(duì)稱(chēng)結(jié)構(gòu)，它們的結(jié)合和切割都在這一特定的對(duì)稱(chēng)結(jié)構(gòu)內(nèi)10同一物種不同個(gè)體的DNA分子，用同一種限制性?xún)?nèi)切酶完全酶切后，出現(xiàn)分子量不同的同源等位基因片段，稱(chēng)為限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（restric

4、tion fragment length polymorphism，RFLP） 第10頁(yè)/共40頁(yè)內(nèi)切酶酶切示例BbuI GCATGCCGTACGGCATGC3端突出NotIGCGGCCGCCGCCGGCGGCCGCCGG5端突出HpaIGTTAACCAATTGGTT AACCAA TTG平末端名稱(chēng)識(shí)別位點(diǎn)切割后分子末端類(lèi)型555555333333粘性末端11第11頁(yè)/共40頁(yè)12TTTCCC249 bp254 bp503 bp電泳圖模擬第12頁(yè)/共40頁(yè)13第13頁(yè)/共40頁(yè)優(yōu)點(diǎn)：1.方法簡(jiǎn)單；2.容易操作；3.經(jīng)費(fèi)要求不高缺點(diǎn)：1.樣品純度要求較高和用量大；2.過(guò)分依賴(lài)于限制性?xún)?nèi)切酶的種類(lèi)

5、和數(shù)量；3.分析步驟繁瑣、工作量大；4.分型容易出錯(cuò)、通量較小RFLP方法優(yōu)缺點(diǎn)14第14頁(yè)/共40頁(yè)15/index.html直接以IL8為例演示第15頁(yè)/共40頁(yè)16第16頁(yè)/共40頁(yè)17第17頁(yè)/共40頁(yè)18第18頁(yè)/共40頁(yè)19第19頁(yè)/共40頁(yè)20選取一個(gè)要研究的區(qū)域第20頁(yè)/共40頁(yè)21利用軟件分析該區(qū)域的限制性?xún)?nèi)切酶位點(diǎn)第21頁(yè)/共40頁(yè)22設(shè)計(jì)引物PCR擴(kuò)增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝膠檢測(cè)第22頁(yè)/共40頁(yè)23C 等位EcoRI不能識(shí)別第23頁(yè)/共40頁(yè)24T 等位EcoRI切割第24頁(yè)/共40頁(yè)25實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題3 33. 從

6、本章給出的Haploview網(wǎng)絡(luò)地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式/mpg/Haploview/index.php第25頁(yè)/共40頁(yè)26實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題4 44. 在Haploview中導(dǎo)入Hapmap格式IL10基因上的SNP基因型，從中提取能覆蓋整個(gè)基因的最少量的TagSNP第26頁(yè)/共40頁(yè)27/第27頁(yè)/共40頁(yè)Haploview軟件直接分析基因的tagSNPIL10: Chr1,205,007,571-205,012,462 Chr1,20500

7、7 kb-205,012 kb28第28頁(yè)/共40頁(yè)在Haploview軟件界面輸入相應(yīng)信息29第29頁(yè)/共40頁(yè)30第30頁(yè)/共40頁(yè)依據(jù)連鎖不平衡（LD），基因內(nèi)block情況31第31頁(yè)/共40頁(yè)Tagger: 尋找基因內(nèi)的tagSNP32第32頁(yè)/共40頁(yè)tagSNP33第33頁(yè)/共40頁(yè)34/大家要是有時(shí)間的話(huà)，可以嘗試在dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行SNP檢索dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)檢索SNP第34頁(yè)/共40頁(yè)結(jié)果顯示，點(diǎn)擊 GeneView輸入查詢(xún)35第35頁(yè)/共40頁(yè)選in gene region, 顯示IL10內(nèi)所有的SNP；選cSNP,顯

8、示編碼區(qū)域的SNP36第36頁(yè)/共40頁(yè)注意：dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中SNP數(shù)量很大，有的沒(méi)有經(jīng)過(guò)驗(yàn)證，研究時(shí)僅作參考想想red、green區(qū)域的區(qū)別？37第37頁(yè)/共40頁(yè)rs12276917, missense, Val Ile38第38頁(yè)/共40頁(yè)思考題 結(jié)合本章的介紹和前幾章的知識(shí)，設(shè)計(jì)一個(gè)基于SNP的通路與疾病相關(guān)性的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，并分析其可行性39第39頁(yè)/共40頁(yè)THANKS！40第40頁(yè)/共40頁(yè)41第19頁(yè)/共40頁(yè)42選取一個(gè)要研究的區(qū)域第20頁(yè)/共40頁(yè)43實(shí)習(xí)題實(shí)習(xí)題3 33. 從本章給出的Haploview網(wǎng)絡(luò)地址下載并安裝最新的Haploview軟件版本，研究一下可以輸入的數(shù)據(jù)格式/mpg/Haploview/index.php第25頁(yè)/共40頁(yè)44/大家要是有時(shí)間的話(huà)，可以嘗試在dbSNP數(shù)據(jù)