SSR分子標記ppt

1、SSRSSR分子標記分子標記 胡玉龍胡玉龍M110107260M110107260SSR標記的簡介及原理SSR標記的步驟及分析SSR標記引物設計SSR分子標記123SSR （simple sequence repeat）SSR標記簡單重復序列（Simple Sequence Repeat ，SSR），指的是基因組中由1-6個核苷酸組成的基本單位重復多次構(gòu)成的一段DNA，廣泛分布于基因組的不同位置，長度一般在200bp以下。 SSR標記是一種通過直接分析遺傳物質(zhì)的多態(tài)性來鑒別生物內(nèi)在的核苷酸排布及其外在狀態(tài)表現(xiàn)規(guī)律的技術(shù)。SSR標記的簡介SSR分子標記的分子學基礎分子標記的分子學基礎微衛(wèi)星在真核

2、生物的基因組中的含量非常豐富，而且常常是隨機分布于核DNA中。微衛(wèi)星中重復單位的數(shù)目存在高度變異，這些變異表現(xiàn)為微衛(wèi)星數(shù)目的整倍性變異或重復整倍性變異或重復單位序列中的序列有可能不完全相單位序列中的序列有可能不完全相同同，因而造成多個位點的多態(tài)性。如果能夠?qū)⑦@些變異揭示出來，就能發(fā)現(xiàn)不同的SSR在不同的種甚至不同個體間的多態(tài)性，基于這一想法，人們發(fā)展了SSR標記。SSR分子標記原理分子標記原理l 根據(jù)兩端序列的保守性，設計引物；進行PCR，電泳分離，染色顯帶以檢測、分析微衛(wèi)星序列多態(tài)性；并確定基因排布序列及表型，最終達到成功鑒定的目的。l 簡而言之，就是通過對樣本就是通過對樣本DNA多態(tài)性的分

3、多態(tài)性的分析，從而來得到樣本析，從而來得到樣本DNA序列以及在遺傳性狀序列以及在遺傳性狀上的調(diào)控和差異。上的調(diào)控和差異。 SSR標記原理示意圖標記原理示意圖SSRSSR分子標記的優(yōu)勢分子標記的優(yōu)勢SSRSSR在真核生物基因組中分布廣在真核生物基因組中分布廣多態(tài)性豐富多態(tài)性豐富其產(chǎn)物進行測序膠電泳分離時單堿基分辨率其產(chǎn)物進行測序膠電泳分離時單堿基分辨率高、遺傳信息量大高、遺傳信息量大SSRSSR通常為共顯性標記通常為共顯性標記，呈孟德爾式遺傳，呈孟德爾式遺傳具有很好的穩(wěn)定性和多態(tài)性具有很好的穩(wěn)定性和多態(tài)性DNADNA用量少用量少PCRPCR擴增的可重復性高擴增的可重復性高 SSRSSR分子標記的

4、劣勢分子標記的劣勢 開發(fā)和合成新的開發(fā)和合成新的SSRSSR引物投入高、難度大引物投入高、難度大 現(xiàn)有的現(xiàn)有的SSRSSR標記數(shù)量有限，不能標記所有的功能標記數(shù)量有限，不能標記所有的功能基因基因 SSRSSR多態(tài)性的檢測和應用很大程度上依賴多態(tài)性的檢測和應用很大程度上依賴PCRPCR擴增擴增的效果的效果 SSRSSR座位突變率高，對變異反應非常敏感座位突變率高，對變異反應非常敏感 相對比較費時等等。相對比較費時等等。SSR分子標記的步驟分子標記的步驟第一步第一步：DNA 提取：提取DNA并用0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA質(zhì)量。第二步第二步：PCR : PCR體系： 模板DNA引物 氯化鎂 4

5、種dNTP混合物 PCR緩沖液 TaqDNA 聚合酶PCR反應程序 ： 變性94 復性（或退火）50-62 延伸72 ，一般30-35個循環(huán)SSR分子標記的步驟分子標記的步驟第三步第三步：瓊脂糖電泳檢測擴增質(zhì)量（1%-2%瓊脂糖凝膠）；擴增產(chǎn)物電泳分離：一般用8%變性聚丙烯凝膠電泳檢測擴增產(chǎn)物 第四步第四步：染色（多采用銀染法）：A.銀染液的配制：固定液(100mL冰乙酸加水稀釋至1000mL)；染色液(1.3gAgNO3、15mL37甲醛，加水稀釋至1000mL)；顯色液(30gNa2CO3、15mL37甲醛02mL 20mg/mlNa2S203，加水稀釋至1000mL)；終止液(10冰乙酸

6、)。SSR分子標記的步驟分子標記的步驟B.銀染法操作： 固定30min去離子水洗滌30s，2次染色30min去離子水洗滌2次(每次不超過30S) 顯色至所要程度去離子水洗30s終止顯影。SSR分子標記的步驟分子標記的步驟第五步第五步：結(jié)果分析圖1為一對引物對多對玉米親本SSR電泳圖引物引物設計設計二三一從有關(guān)數(shù)據(jù)庫（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中查詢使用近緣種的引物構(gòu)建基因組文庫,篩選SSR位點SSRSSR分子標記分子標記引物設計引物設計構(gòu)建基因組文庫構(gòu)建基因組文庫,篩選篩選SSR位點位點5錨定錨定PCR 分離分離SSR標記標記K可以跟任何核苷酸配對，V不能與A配對，R不能與G配對，其他核苷酸均可與它們配對。這樣，VRVRV五個堿基一起構(gòu)成了一個封閉堿基群。在P C R 過 程 中 ， 由 于VRVRV不能與GA配對，該引物與模板DNA結(jié)合的時候，就不會在(GA)n重復區(qū)滑動，只會結(jié)合在如圖1所示的位置上，以保證SSR位點的長度多態(tài)性不會丟失。Thank you !共顯性：說白了就是可以分辨出純合的和雜合的。（如圖示）（如圖示） 對于RAPD是隨機引物，(可以理解只有正向引物，沒有反向引物。)因此，它擴增出來的為引物結(jié)合位點到終點的長度。當然一條鏈上會有很多該引物結(jié)合位點，也就出現(xiàn)了很多