基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患兒脂肪組織的表達(dá)及生物信息學(xué)分析

1、.新基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患兒脂肪組織的表達(dá)及生物信息學(xué)分析高春林 劉光陵 夏正坤 邱潔 高遠(yuǎn)賦 樊忠民 伏潔 任獻(xiàn)國 徐敏 郭錫熔 摘要：目的 肥胖呈現(xiàn)全球流行趨勢(shì).目前,已基本證實(shí)其為一種多基因遺傳病,先前研究小組篩選獲得肥胖相關(guān)的新基因6次跨膜表位抗原(six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4,STEAP4)在肥胖患兒脂肪組織中差異表達(dá),旨在進(jìn)一步驗(yàn)證其在肥胖兒童脂肪組織中的表達(dá),并初步探討STEAP4的生物信息學(xué)特征.方法 采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(Realtime-qPCR)技術(shù)驗(yàn)證肥胖與健康兒童脂肪組織中STE

2、AP4基因的表達(dá)差異,應(yīng)用DNA Star、Blast、ProtParam、SOPMA、TargetP、TMHMM、ProtScale、Interpro Scan 和SMART等軟件或數(shù)據(jù)庫分析STEAP4的核苷酸基本特征、蛋白質(zhì)理化性質(zhì)、信號(hào)肽、跨膜結(jié)構(gòu)域、疏水性/親水性、結(jié)構(gòu)域及亞細(xì)胞定位等.結(jié)果 STEAP4基因是一個(gè)功能未知的基因,低表達(dá)于肥胖患兒脂肪組織中,生物信息學(xué)分析該基因cDNA全長4454bp,開放閱讀框(open reading frame,ORF)長1380bp,編碼459個(gè)氨基酸,預(yù)測(cè)相對(duì)分子質(zhì)量51981.2,定位在胞膜,蛋白序列分析顯示為6次跨膜螺旋結(jié)構(gòu),為可溶的親

3、水性蛋白,蛋白結(jié)構(gòu)域分析顯示具有黃素蛋白跨膜成分(三鐵還原酶結(jié)構(gòu)域),NAD(P)結(jié)合結(jié)構(gòu)域,NADP氧化還原酶(依賴輔酶F420)和血紅素蛋白保守位點(diǎn).結(jié)論 STEAP4基因是一低表達(dá)于肥胖患兒脂肪組織中的基因,高度提示該蛋白與肥胖及其相關(guān)的胰島素抵抗的發(fā)生存在相關(guān)性,值得進(jìn)一步研究證實(shí).關(guān)鍵詞：肥胖癥;STEAP;基因表達(dá);計(jì)算生物學(xué)分類號(hào)：Q786文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：1008-8199(2011)02-0117-05A novel gene six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4: Expression in th

4、e adipose tissue of obese children and bioinformatic analysis GAO Chun-lin LIU Guang-ling XIA Zheng-kun QIU Jie GAO yuan-fu FAN Zhong-min FU Jie REN Xian-guo XU Min GUO Xi-rong 基金項(xiàng)目：國家自然科學(xué)基金(30772364);江蘇省醫(yī)學(xué)領(lǐng)軍人才培養(yǎng)經(jīng)費(fèi)(LJ200624)作者單位：高春林（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科;210008,南京,南京醫(yī)科大學(xué)附屬南京兒童醫(yī)院普外科）劉光陵（210002,南京,南京軍

5、區(qū)南京總醫(yī)院兒科）夏正坤（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）邱潔（210008,南京,南京醫(yī)科大學(xué)附屬南京兒童醫(yī)院普外科）高遠(yuǎn)賦（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）樊忠民（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）伏潔（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）任獻(xiàn)國（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）徐敏（210002,南京,南京軍區(qū)南京總醫(yī)院兒科）郭錫熔（210004,南京,南京醫(yī)科大學(xué)附屬南京婦幼保健院）參考文獻(xiàn)：1Hellstrom L,Reynisdottir S.Influence of heredity for obesity on adipoc

6、yte lipolysis in lean and obese subjectsJ.Int J Obes Relat Metab Disord,2000,24(3):340-344.2Millon-Fremillon A,Bouvard D,GrichineA,et al.Cell adaptive response to extracellularmatrix density is controlled by ICAP-1-dependent beta 1-integrin affinityJ.J Cell Biol,2008,180 (2):427-441.3陳小慧,趙亞萍,高春林,等.S

7、TEAP4基因在人前體脂肪細(xì)胞誘導(dǎo)分化過程中的表達(dá)J.實(shí)用兒科臨床雜志,2010,25(7):473-475.4JoyceMB,de Chalain TM.Treatment of recalcitrant idiopathic muscular torticollis in infantswith botulinum toxin type AJ.J Craniofac Surg,2005,16 (2):321-327.5黃嵐,鄒大進(jìn).青少年腹型肥胖與代謝綜合征危險(xiǎn)因素的相關(guān)性分析J.醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào),2009,22(2):173-175.6Katada T,Ishiguro H,Kuwabar

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9、That Is Highly Induced by Tumor Necrosis Factor and Adipose ConversionJ.J Biol Chem,2001,276(36):33938-33946.9Nickel W.The mystery of nonclassical protein secretion.A current view on cargo proteins and potential export routesJ.Eur J Biochem,2003,270(10):2109-2119.10Gao L,Mann GE.Vascular NAD(P)H oxi

10、dase activation in diabetes:A double-edged sword in redox signallingJ.Cardiovasc Res,2009,82(1):9-20.11Dzyakanchuk AA,Balázs Z,Nashev LG,et al.11beta-Hydroxysteroid dehydrogenase 1 reductase activity is dependent on a high ratio of NADPH/NADP(+) and is stimulated by extracellular glucoseJ.Mol C

11、ell Endocrinol,2009,301(1-2):137-141.12Ohgami RS,Campagna DR,McDonald A,et al.The Steap proteins are metalloreductasesJ.Blood,2006,108(4):1388-1394.收稿日期：2010年9月8日修稿日期：2010年10月12日出版日期：2011年2月20日PPAR-基因?qū)χ|(zhì)代謝調(diào)控機(jī)制的生物信息學(xué)分析摘要：過氧化物酶體增殖激活受體（PPAR-）是具有重要生物學(xué)功能的轉(zhuǎn)錄因子，可調(diào)控脂肪細(xì)胞分泌的多種蛋白質(zhì)因子基因的表達(dá)，促進(jìn)脂肪細(xì)胞分化。它與肥胖、型糖尿病、心血管疾病、癌癥的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)聯(lián)。研究基于TRANSFAC數(shù)據(jù)庫信息，利用MEMEMAST方法對(duì)PPAR-進(jìn)行全基因組范圍的靶基因生物信息學(xué)定位，并對(duì)獲得的靶基因進(jìn)行