海藻技術(shù)課件

1、海藻技術(shù)海藻技術(shù) 藻類是最簡單的植物，結(jié)構(gòu)簡單,無根、莖、葉分化,一般都具有進行光合作用的色素,屬于自養(yǎng)植物。藻類包含原核的藍藻如原綠藻，真核的紅藻、綠藻、褐藻等。藻類植物跨越了原核和真核兩界,對于了解生物起源、演化及機制意義重大,是生物學(xué)家共同關(guān)注的熱點之一。 基因組是全體基因的總和.其研究目標(biāo)是破譯生物的遺傳信息，建立完整的遺傳信息數(shù)據(jù)庫，只有研究生物的基因組，才能最終闡明生物遺傳和生命現(xiàn)象的奧秘.前言海藻技術(shù)基因組學(xué)研究方法 繪制遺傳圖譜和物理圖譜 AFLP,SSR等分子標(biāo)記促進繪制高精度遺傳圖譜 DNA測序技術(shù)和計算機序列分析隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展,越來越多的物種包括藻類被不同程度地測

2、序：基因組測序和EST；建立了基因文庫中心 (Gen Bank)貯存、分析、處理各種生物的DNA序列、遺傳圖譜海藻技術(shù)完成測序的藻完成測序的藻紅藻紅藻( Cyanidioschyzon merolae )；集胞藻集胞藻(Synechocystis sp.PCC6803）；）；魚腥藻魚腥藻(Anabaenasp.pCC7120)；聚球藻聚球藻(Synechococcus sp.WH8120)；嗜熱聚球藻嗜熱聚球藻(Thermosynechococcus elongates BP-1)；膠菌藻膠菌藻(Gloeobacter violaceus PCC7421)；原綠藻原綠藻(prochloroco

3、ccus marinusMED4; P.marinusMIT9313P.marinusCCMP1375; P.marinusCCMP1986;P.marinusSAR-1)綠藻綠藻 (萊茵衣藻萊茵衣藻Chlamydomonas reinhardtii)、 強壯團藻強壯團藻Volvox carteri、古老的，最小的藻古老的，最小的藻 （Ostreococcustauri、Ostreococcus lucimarinus） 小球藻小球藻Chlorella NC64A 。硅藻硅藻（海鏈藻海鏈藻Thalassiosira pseudonana；三角褐指藻三角褐指藻 Phaeodactylum tri

4、cornutum)。 基因組測序基因組測序海藻技術(shù)正在進行基因組測序正在進行基因組測序, 包括包括 Alexandrium tamarense; Amphidinium operculatum; Aureococcus anophagefferens; Chlorella vulgaris等藻。等藻。 在藻類中除了在藻類中除了基因組基因組序列之外序列之外, 還有大量的還有大量的表達序列標(biāo)簽表達序列標(biāo)簽( EST)已被測序已被測序, 這些序列可從這些序列可從NCB I網(wǎng)站網(wǎng)站 EST 數(shù)據(jù)庫獲得。數(shù)據(jù)庫獲得。EST數(shù)據(jù)來自硅數(shù)據(jù)來自硅藻、綠藻、紅藻、褐藻、金藻和腰鞭毛蟲藻、綠藻、紅藻、褐藻、金藻

5、和腰鞭毛蟲,這些這些EST 序列為全長序列為全長 cDNA 的獲得奠定了基礎(chǔ)。的獲得奠定了基礎(chǔ)。海藻技術(shù)基因組基因組核基因組核基因組線粒體基因組線粒體基因組質(zhì)體基因組質(zhì)體基因組海藻技術(shù) Kuck首次測序了斜生柵列藻(S. obliquus)線粒體全基因組序列(NC_002254）。 Burger等測定了Porphyra purpurea的線粒體全序列,環(huán)形排列的36 753個堿基對中包含了57個緊密排列的基因。 Leblanc結(jié)合紅藻線粒體數(shù)據(jù)分析了線粒體基因組,認(rèn)為線粒體從十億年前到現(xiàn)在結(jié)構(gòu)和功能發(fā)生了很大的變化,植物線粒體龐大且有重排趨勢,真菌、動物則有減少趨勢。線粒體基因組線粒體基因組海

6、藻技術(shù) 質(zhì)體是植物細胞中的光合細胞器,在高等植物及綠藻中稱為葉綠體?；蚪M一般都是閉合環(huán)狀的DNA分子,藻類質(zhì)體基因組大小在73400 kb之間,比高等植物的大。 已建立了20多種藻類質(zhì)體基因組的物理圖譜與部分基因圖譜,有18種已被完全測序。 質(zhì)基因組質(zhì)基因組海藻技術(shù) Glockner于2000年測序分析了單細胞紅藻高溫紅藻(Cyanidium caldarium）的葉綠體基因,發(fā)現(xiàn)了一些特殊的結(jié)構(gòu)特征,例如非遺傳信息區(qū)域的發(fā)夾結(jié)構(gòu),沒有大的重復(fù)單元,并且認(rèn)為這種葉綠體基因組的結(jié)構(gòu)是最原始的 。 萊茵衣藻(Chlamydomonas reinhardttii)是一種單細胞真核綠藻,只含有一個葉

7、綠體,是研究光合作用過程的很好的模型。 海藻技術(shù) Asamizu等從光合自養(yǎng)生長的單細胞萊茵衣藻的均一化、大片段cDNA文庫中篩選了11571個5 端EST Crepineau等分別從掌狀海帶(Laminaria digitata)配子體和孢子體的cDNA文庫中選取了大約500條序列進行EST分析。在配子體的412個EST中有39%與已知序列相似,而孢子體的493個中有48%的相似。 Nikaido等從條斑紫菜配子體的cDNA文庫中建立了10154條EST,比較后發(fā)現(xiàn)其中33.1%的序列與已知序列有相似性,66.9%的EST是首次報道的新序列。藻類的EST研究海藻技術(shù) 壇紫菜絲狀孢子體進行了大

8、規(guī)模測序,隨機挑取克隆測序得到7064個EST原始數(shù)據(jù),經(jīng)過處理最終獲得2535條唯一序列,包括945個contigs和1590個singlets,985條序列被注釋,找到了一些與蛋白的合成、加工及降解相關(guān),與碳代謝、能量代謝相關(guān)的基因 發(fā)現(xiàn)了與細胞信號傳導(dǎo)密切相關(guān)的多種 蛋白質(zhì)及蛋白質(zhì)家族基因,如熱激蛋白家族、鈣調(diào)蛋白、小G蛋白家族的Rho蛋白家族 。此外,紫菜獨特的光合色素 藻膽色素蛋白及其合成過程中的幾個關(guān)鍵酶基因在作者的結(jié)果中也有所發(fā)現(xiàn)海藻技術(shù) EST技術(shù)建立以來,dbEST數(shù)據(jù)庫由2.2537條記錄增加到了現(xiàn)在的5275.9769(2011-12-20)條。搜索的結(jié)果表明藻類的EST數(shù)據(jù)達176,2104 條, 其中對模式生物萊茵衣藻(Chlamydomonasreinhardii)研究最為詳細,