劉艷北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館信息咨詢部liucy@libmueducn

1、劉春艷北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館信息咨詢部pubmed生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索方法與技巧主要內(nèi)容qpubmedpubmed概況 qpubmed數(shù)據(jù)來源qpubmed檢索機(jī)制qpubmed檢索運算符qpubmed檢索方法q結(jié)果的顯示、打印、保存q其他輔助功能1. pubmed概況p創(chuàng)建機(jī)構(gòu)：美國國家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心(ncbi)n1997年6月開始向全球開放p特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費獲得全文。2. pubmed數(shù)據(jù)來源pmedline： pubmed-indexed for medlinepin process citation

2、s：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。pubmed-in processppublisher-supplied citations：由出版商提供的電子文獻(xiàn)，每條記錄標(biāo)有pubmed-as supplied by publisher。3. pubmed檢索機(jī)制n自動轉(zhuǎn)換匹配功能n(automatic term mapping)n對于輸入的檢索詞，pubmed先按一定的詞表順序進(jìn)行對照匹配和轉(zhuǎn)換，再進(jìn)行檢索。詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是：nmesh表 all fields n如果在以上2個表中都找不到相匹配的詞，pubmed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過程，檢索時各個詞之間是and邏輯關(guān)系。如果

3、仍找不到相匹配的詞，則用單個詞在所有字段查找，各個詞之間也是and邏輯關(guān)系。3.1 自動轉(zhuǎn)換匹配功能自動轉(zhuǎn)換匹配功能nleukemianleukaemiaall fields or leukemiamesh terms or leukemiaall fields人重組三葉因子（human recombinant trefoil factor）n(humansmesh terms or humansall fields or humanall fields) and recombinantall fields and (trefoil factorsupplementary concept or

4、 trefoil factorall fields)4. pubmed檢索運算符n邏輯運算符邏輯運算符n邏輯“與”運算and： 檢索式寫成a and b，表示文獻(xiàn)中同時包含檢索詞a和檢索詞b的文獻(xiàn)才是命中文獻(xiàn)。 aids and therapy n邏輯“或”運算or： 檢索式寫成a or b，表示包含檢索詞a的文獻(xiàn)或者包含檢索詞b的文獻(xiàn)或者同時包含檢索詞a和b的文獻(xiàn)為命中文獻(xiàn)。 aids or acquired immunodeficiency syndromen邏輯“非”運算not： 檢索式寫成a not b，表示包含檢索詞a同時不包含檢索詞b的文獻(xiàn)為命中文獻(xiàn)。 hepatitis not

5、animalnip地址：pubmed 網(wǎng)址基本檢索高級檢索主題檢索臨床咨詢 5. pubmed檢索方法n5.1 基本檢索n5.2 高級檢索n5.3 主題檢索n5.4 臨床咨詢5.1 基本檢索默認(rèn)檢索字段為主題、作者、期刊關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語： 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、lung cancer； 帶有雙引號” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； 帶有連接號”-”作為一個詞組檢索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancerti作者：smith j 、 僅知道作者姓，則必須加上字段標(biāo)識，如： smithau

6、2002年以后的文獻(xiàn)若文中有作者全稱可用全稱檢索如：joshua lederberg5.1 基本檢索期刊刊名： 可用期刊全稱：gene therapyta； 可用期刊簡稱：jamata；(the journal of the american medical association) 復(fù)雜表達(dá)式：liver cancer and aflatoxin帶有摘要文獻(xiàn)的檢索 ：liver cancer and hasabstract5.1 基本檢索n分析該檢索課題，包含兩個方面： n肝癌：liver cancer；n酒精：alcoholn兩個主題之間的邏輯關(guān)系是and，即nliver cancer a

7、nd alcohol 基本檢索舉例：肝癌和酒精的關(guān)系基本檢索舉例：肝癌和酒精的關(guān)系輸入：liver cancer and alcohol“肝癌和酒精的關(guān)系”的基本檢索結(jié)果基本檢索練習(xí)n脊柱后凸（ kyphosis ）引起遲發(fā)性癱瘓（ late-onset paralysis ）5.2 高級檢索高級檢索5.2 高級檢索n分析該檢索課題，包含兩個方面： n作者為：馬大龍（ma dl）；n作者單位為： 北京大學(xué)（peking university）。 高級檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)高級檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)輸入：ma dlpeking university高級

8、檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn)高級檢索練習(xí)nhcv基因型（ genotype ）與t細(xì)胞反應(yīng)的相關(guān)性5.3 主題檢索n根據(jù)medline數(shù)據(jù)主題標(biāo)引的規(guī)范性，利用主題詞進(jìn)行的研究，對提高查全率、查準(zhǔn)率會有相當(dāng)?shù)膸椭｜c擊mesh database打開主題檢索界面高級檢索主題檢索基本檢索5.3 主題檢索主題詞(headings)：n直接、準(zhǔn)確表達(dá)主題概念的詞或詞組。每個概念只能用一個主題詞表達(dá)如：腫瘤ncancer ncarcinomantumornneoplasmnneoplasmn副主題詞：用于對主題詞的某一特定方面加以限定，強調(diào)主題概念的某些專指方面。n如：治療（therap

9、y）、外科學(xué)（surgery）、n 代謝（metabolism）、 診斷（diagnosis）n主題詞與副主題詞之間的組配檢索，起到對主題詞的限定作用，是主題詞具有更高的專指性，縮小檢索范圍，保證檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性。n如：白血病的藥物治療n leukemia/drug therapyn但并不是每個副主題詞和任何主題詞都能進(jìn)行組配使用，每個副主題詞具有一定的專指性，其使用范圍僅限于它后面括號內(nèi)的類目。副主題詞(subheadings)：nti - bisoprolol: opportunities in the treatment of hypertension.nab - bisoprolol

10、(bisoprolol fumarate) - -cardioselective blocker, does not possessn intrinsic sympathomimetic and membrane stabilizing activity. the main indicationsn for bisoprolol are arterial hypertension (ah) and heart failure. this articlen provides an overview of the literature on the potential uses of bisopr

11、olol in then treatment of hypertension. the features of the pharmacokinetics of the drug. the n data on the effectiveness of bisoprolol in hypertension and tolerability inn patients with concomitant disorders.nau - minushkina lonso - kardiologiia. 2012;52(6):80-5.nmh - adrenergic beta-1 receptor ant

12、agonists/administration & dosage/adversen effects/pharmacokineticsnmh - biological availabilitynmh - *bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokineticsnmh - comorbiditynmh - *coronary disease/complications/drug therapy/physiopathologynmh - *drugs, generic/economics/pharmaco

13、kineticsnmh - *heart failure/complications/drug therapy/physiopathologynmh - humansnmh - *hypertension/complications/drug therapy/physiopathologynmh - perioperative care/methodsnmh - therapeutic equivalencynmh - treatment outcomenmh - adrenergic beta-1 receptor antagonists/administration & dosag

14、e/adversen effects/pharmacokineticsnmh - biological availabilitynmh - *bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokineticsnmh - comorbiditynmh - *coronary disease/complications/drug therapy/physiopathologynmh - *drugs, generic/economics/pharmacokineticsnmh - *heart failure/compli

15、cations/drug therapy/physiopathologynmh - humansnmh - *hypertension/complications/drug therapy/physiopathologynmh - perioperative care/methodsnmh - therapeutic equivalencynmh - treatment outcome主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)n分析該檢索課題，有2個概念：長春新堿（vincristine ） 、白血?。╨eukemia）：n對長春新堿來說是利用其治療

16、疾病，故其應(yīng)組配副主題詞“治療應(yīng)用（therapeutic use）”；n對白血病來說是利用藥物來治療，故其應(yīng)組配副主題詞“藥物療法（drug therapy）”。n同時這兩個概念之間是and的關(guān)系。主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用副主題詞主要主題詞不擴(kuò)展下位樹主題檢索舉例：長春新堿

17、（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長春新堿（vincristine

18、）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)第2步：檢索白血病/藥物療法主題檢索舉例：長春新堿（vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn)主題詞檢索練習(xí)n西布曲明（sibutramine）的副作用5.4 臨床咨詢和系統(tǒng)評價n可以使用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻(xiàn)，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等；n也可以用它來檢索臨床實踐過程中遇到的一些具體問題，如系統(tǒng)性綜述、元分析、臨床試驗、循證醫(yī)學(xué)、實踐指導(dǎo)以及有關(guān)遺傳學(xué)方面的問題等。 5.4 臨床咨詢和系統(tǒng)評價臨床咨詢系統(tǒng)評價檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究方面的文獻(xiàn)6. 結(jié)果的顯示、打印、保存n顯示n保存、打印6.1 結(jié)果的顯示n顯示格式：

19、系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下4種：n（1）summary：為默認(rèn)顯示格式。顯示的信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題、著者、出處、pmid、綜述出版類型、非英文文獻(xiàn)的原文語種等。n（2）abstract：顯示信息除了文獻(xiàn)標(biāo)題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻(xiàn)詳細(xì)內(nèi)容。n（3）medline：以medline數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括pmid、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、mesh、文獻(xiàn)id、出版狀態(tài)等。6.1 結(jié)果的顯示6.1 結(jié)果的顯示n保存記錄n在“send to”下拉菜單中選擇“file”，可完成將記錄保存為文件。n選擇“e-

20、mail”，則可將結(jié)果發(fā)送至郵箱。n在檢索結(jié)果顯示頁面可將某一次檢索的全部記錄或標(biāo)記記錄保存；而“clipboard”頁面可用于保存一次或多次檢索的結(jié)果記錄。6.2 檢索結(jié)果的保存 6.2 檢索結(jié)果的保存 7 其他輔助功能n7.1 檢索策略的存儲和調(diào)用n7.2 全文鏈接n7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接7.1 檢索策略的存儲和調(diào)用n使用my ncbi(cubby)n首先要登記注冊n保存檢索策略n定期瀏覽新的檢索結(jié)果7.2 全文鏈接-摘要格式顯示7.2 全文鏈接-打開單篇詳細(xì)頁面7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接7.3 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接綜合檢索實例n腹痛的并發(fā)癥 n檢索課題中包含兩個主要概念：腹痛、并發(fā)癥n采用主題詞途徑和基本途徑相結(jié)合方法進(jìn)行檢索。