生物信息學(xué)表達(dá)序列標(biāo)簽省公開課一等獎(jiǎng)全國(guó)示范課微課金獎(jiǎng)?wù)n件

第6章表示序列標(biāo)簽

ExpressedSequenceTags(EST)1/21一、表示序列與表示序列標(biāo)簽什么是表示序列?

基因組表示為mRNA序列2/21中心法則3/21EST取得技術(shù)路線克隆區(qū)域5‘測(cè)序位置3’測(cè)序位置4/21表示序列標(biāo)簽

（expressedsequencetag,EST）

從已建好cDNA庫(kù)中隨機(jī)取出一個(gè)克隆，從5′末端或3′末端對(duì)插入cDNA片段進(jìn)行一輪單向自動(dòng)測(cè)序，所取得約60-500bp一段cDNA序列。一、表示序列標(biāo)簽5/21二、EST數(shù)據(jù)分析方法隨機(jī)挑取克隆進(jìn)行5′或3′端測(cè)序序列前處理聚類和拼接基因注釋及功效分類后續(xù)分析6/21去除低質(zhì)量序列（如使用Phred）應(yīng)用BLAST、RepeatMasker或Crossmatch屏蔽數(shù)據(jù)組中不屬于表示基因贗象序列(artifactualsequences)

●

載體序列(/repository/vector)

●重復(fù)序列(RepBase，)

●污染序列(如核糖體RNA、細(xì)菌或其它物種基因組DNA等)去除其中嵌合克?。ㄒ唬┬蛄星疤幚?/21EST數(shù)據(jù)預(yù)處理流程8/21聚類目標(biāo)：未來(lái)自同一個(gè)基因或同一個(gè)轉(zhuǎn)錄本含有重合部分(over-lapping)ESTs整合至單一簇(cluster)中聚類作用：

●產(chǎn)生較長(zhǎng)一致性序列(contigs)，用于注釋●降低數(shù)據(jù)冗余，糾正錯(cuò)誤數(shù)據(jù)?！衲軌蛴糜跈z測(cè)選擇性剪切。（二）ESTs聚類9/21（三）序列注釋和分析序列注釋后續(xù)分析10/21三、EST用途基因識(shí)別基因表示譜構(gòu)建發(fā)覺新基因SNP（singlenucleotidepolymorphism）發(fā)覺

電子PCR克隆11/21(一)ESTs與基因識(shí)別在同一物種中搜尋基因家族新組員(paralogs)在不一樣物種間搜尋功效相同基因(orthologs)已知基因不一樣剪切模式搜尋使用適當(dāng)比對(duì)參數(shù)，大于90％已經(jīng)注釋基因都能在EST庫(kù)中檢測(cè)到。12/21(二)ESTs與基因表示譜構(gòu)建表示量比較分析：不一樣組織或發(fā)育階段基因表示量比較EST起源于不一樣組織，那么就能夠?qū)Σ灰粯悠鹪椿虮硎具M(jìn)行比較13/21(三)ESTs與新基因預(yù)測(cè)因?yàn)镋ST起源于cDNA，所以每一條EST均代表了文庫(kù)建立時(shí)所采樣品特定發(fā)育時(shí)期和生理狀態(tài)下一個(gè)基因部分序列。14/21(四)ESTs與SNP位點(diǎn)預(yù)測(cè)來(lái)自不一樣個(gè)體冗余ESTs可用于發(fā)覺基因組中轉(zhuǎn)錄區(qū)域存在SNPs。應(yīng)注意區(qū)分真正SNPs和因?yàn)闇y(cè)序錯(cuò)誤而引發(fā)本身不存在SNPs。處理這一問題能夠經(jīng)過：●提升ESTs分析準(zhǔn)確性?！駥?duì)所發(fā)覺SNPs進(jìn)行試驗(yàn)驗(yàn)證。15/21

（五）電子PCR克隆電子PCR克隆，指利用已經(jīng)有片段進(jìn)行全長(zhǎng)基因序列分析。535316/21四、EST數(shù)據(jù)不足ESTs很短，沒有給出完整表示序列；低豐度表示基因不易取得;因?yàn)橹皇且惠啘y(cè)序結(jié)果，犯錯(cuò)率達(dá)2%～5%；有時(shí)有載體序列和核外mRNA起源cDNA污染或是基因組DNA污染；有時(shí)出現(xiàn)鑲嵌克隆；序列冗余，造成所需要處理數(shù)據(jù)量很大。17/21五、慣用EST數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù)名稱網(wǎng)址說(shuō)明dbEST/dbEST/綜合UniGene/unigene綜合GeneIndices/tgi/綜合18/21（一）dbEST（databaseofEST）

Genbank一部分63,236,621條數(shù)據(jù)（1016）描述：向dbEST提交數(shù)據(jù)按格式編輯數(shù)據(jù)