Swissmodel蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

Swiss-model預(yù)測(cè)蛋白三維結(jié)構(gòu)LHCGR基因NM_000233，c.547G>A，p.G183R蛋白三維結(jié)構(gòu)模型預(yù)測(cè)比較建模法

比較建模又稱(chēng)同源建模，原理簡(jiǎn)單，是基于計(jì)劃相關(guān)的序列具有相似的三維結(jié)構(gòu)且進(jìn)化過(guò)程中三維結(jié)構(gòu)比序列保守的原理，利用計(jì)劃相關(guān)模板結(jié)構(gòu)信息建模。

基本步驟：1)將目標(biāo)序列作為查詢序列，在已知蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)中搜索，確定和識(shí)別出一個(gè)同源模板。2)將目標(biāo)序列和模板結(jié)構(gòu)進(jìn)行比對(duì)。3)以模板結(jié)構(gòu)骨架為模型，建立目標(biāo)蛋白質(zhì)骨架模型。4)對(duì)模型結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)，確定模板的實(shí)用性。蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法概覽NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)：/查找蛋白序列LHCGR基因，NM_000233;exon14；c.547G>A(p.G183R)；699aa打開(kāi)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)，選擇gene標(biāo)簽，輸入基因名稱(chēng)，下拉找到對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本編號(hào)，點(diǎn)擊后面的NP_氨基酸編號(hào)查找蛋白序列復(fù)制氨基酸序列。SWISS-MODEL同源建模法--swiss-model:目前應(yīng)用最廣泛的比較建模法蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具，將獲得的氨基酸序列粘貼僅SWISS-MODEL數(shù)據(jù)庫(kù)https://swissmodel.expasy.org查詢到的氨基酸序列復(fù)制到輸入框，開(kāi)始建模輸入蛋白全序列構(gòu)建模型，共2個(gè)結(jié)果頁(yè)面解讀：（1）首先看搜到的模板是否覆蓋當(dāng)前變異位點(diǎn)；（2）檢查搜到的模板與輸入序列一致度是否>30%（2）如果可用，再看swissmodel評(píng)分高低情況。

GMQE：可信度范圍為0-1，值越大表明質(zhì)量越好

QMEAN4：區(qū)間-4-0，越接近0，評(píng)估待測(cè)蛋白與模板蛋白的匹配度越好。模型下載，選擇PDB格式下載后的蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)模型可以用Swiss-pdbviewer查看將模型導(dǎo)入Swiss-pdbviewer軟件，在window窗口下調(diào)出controlPanelATCG用Swiss-pdbviewer打開(kāi)pdb模型文件，在controlpanel里去掉氨基酸骨架和side顯示，添加ribn顯示在controlpanel的colR里選擇添加ribbon（colR->ribbon）。Color欄下選擇SecondaryStructureSuccession根據(jù)二級(jí)機(jī)構(gòu)進(jìn)行著色進(jìn)行著色。在controlpanel中顯示關(guān)注的突變位點(diǎn)及其側(cè)鏈、標(biāo)注。用Display->RenderinSolid3D使呈現(xiàn)3D效果。用MoveAll區(qū)域的按鈕分別進(jìn)行大小、位置、角度的調(diào)整如需關(guān)注氫鍵，用Tools->ComputeH-Bonds工具顯示氫鍵，查看關(guān)注位點(diǎn)氨基酸與附近氨基酸有無(wú)氫鍵構(gòu)建突變型氨基酸：點(diǎn)擊Mutant按鈕，點(diǎn)擊蛋白結(jié)構(gòu)突變的位點(diǎn)，下拉菜單選擇突