用于抗原-受體的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的制作方法

用于抗原-受體的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的制作方法摘要本文介紹了一種用于抗原-受體的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的制作方法。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一種研究細(xì)胞中基因表達(dá)的技術(shù)，它可以幫助我們理解細(xì)胞內(nèi)部的基因調(diào)控過程以及不同細(xì)胞類型之間的功能差異。本文詳細(xì)介紹了該制作方法的步驟和所需材料，并提供了相關(guān)的實驗操作說明。引言抗原-受體的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一種新興的技術(shù)，通過對細(xì)胞中的所有RNA分子進(jìn)行高通量測序，我們可以獲得準(zhǔn)確的細(xì)胞內(nèi)基因表達(dá)圖譜。這對我們深入了解細(xì)胞的功能和調(diào)控機(jī)制具有重要意義。該制作方法可以有助于我們研究免疫系統(tǒng)、癌癥和神經(jīng)系統(tǒng)等領(lǐng)域的細(xì)胞功能。以下是該方法的詳細(xì)步驟和所需材料：材料和試劑細(xì)胞樣品（包括受體細(xì)胞和抗原細(xì)胞）RLT緩沖液RNeasyPlusMiniKitRNase-FreeDNaseSetTris-HClEDTAUltrapure水RNaseInhibitorSuperScriptIVReverseTranscriptaseOligo(dT)20primerRNaseHdNTPsRNaseHbufferRNase-freewater2xSYBRGreenPCRMasterMix方法1.樣品準(zhǔn)備1.1收集所需的細(xì)胞樣品，包括受體細(xì)胞和抗原細(xì)胞。1.2使用PBS緩沖液洗滌細(xì)胞樣品，以去除細(xì)胞表面的雜質(zhì)。2.細(xì)胞裂解和RNA提取2.1向收集到的細(xì)胞樣品中加入適量的RLT緩沖液，破壞細(xì)胞膜并釋放細(xì)胞內(nèi)的RNA。2.2將樣品轉(zhuǎn)移到離心管中，并離心10分鐘以沉淀細(xì)胞碎片。2.3將上清液轉(zhuǎn)移到新的離心管中，并加入適量的乙醇混合均勻。2.4將混合液轉(zhuǎn)移至RNeasyspincolumn中，并進(jìn)行離心，以捕獲RNA。2.5使用RW1緩沖液洗滌RNA，然后使用RPE緩沖液進(jìn)行進(jìn)一步洗滌。2.6最后，使用RNase-Free水進(jìn)行洗滌，將RNA溶解至適當(dāng)?shù)臐舛取?.RNA純化和降解DNA3.1使用RNase-FreeDNaseSet對純化后的RNA進(jìn)行DNA降解，以去除樣品中的DNA污染物。3.2向純化后的RNA樣品中加入DNaseI消化緩沖液，并孵育15-30分鐘。3.3加入DNaseInactivationReagent，混合均勻，并離心以沉淀DNA降解產(chǎn)物。3.4將上清轉(zhuǎn)移至新的離心管中，并加入等體積的冷乙醇。3.5進(jìn)行離心以沉淀RNA，然后使用RNase-Free水溶解RNA。4.RNA的逆轉(zhuǎn)錄4.1準(zhǔn)備逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系：將RNA樣品與Oligo(dT)20引物、dNTPs、RNaseInhibitor和RNase-Free水混合均勻。4.2將混合液加熱至65°C，并立即暴露在冰上，以產(chǎn)生單鏈DNA模板。4.3在加熱的樣品中加入5xRT緩沖液、25mMMgCl2、0.1MDTT、SuperScriptIV逆轉(zhuǎn)錄酶，并進(jìn)行反應(yīng)，生成cDNA。4.4加入RNaseH，以去除模板RNA。4.5將逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進(jìn)行純化，去除未完全逆轉(zhuǎn)錄的RNA和其他雜質(zhì)。5.qPCR檢測基因表達(dá)5.1準(zhǔn)備PCR反應(yīng)體系：將cDNA樣品與適量的SYBRGreenPCRMasterMix和引物混合均勻。5.2在陰涼暗處進(jìn)行PCR反應(yīng)，檢測不同基因的表達(dá)水平。5.3記錄熒光信號，并計算相對表達(dá)水平。結(jié)論本文介紹了一種用于抗原-受體的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的制作方法。通過該方法，可以獲得準(zhǔn)確的基因表達(dá)圖譜，幫助我們了解細(xì)胞內(nèi)基因調(diào)控的機(jī)制以及不同細(xì)胞類型之間的差異。該方法的步驟簡單明了，并且使用了