轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)講解之表達(dá)定量和差異及功能分析

轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)講解之表達(dá)定量和差異及功能分析第1頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月步驟四：表達(dá)值的定量定量策略&工具步驟五：差異分析差異分析工具步驟六：功能注釋附錄：運(yùn)行命令第2頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月3轉(zhuǎn)錄組分析的通用套路定量鑒定差異功能有多少RNARNA的表達(dá)量結(jié)構(gòu)、表達(dá)量、比例的變化功能注釋第3頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月測序數(shù)據(jù)和參考基因組比對測序評估及低質(zhì)量過濾編碼基因表達(dá)注釋轉(zhuǎn)錄本重構(gòu)長非編碼鑒定長非編碼表達(dá)注釋編碼基因差異(特異)表達(dá)GO功能顯著性富集Pathway顯著性富集功能富集網(wǎng)絡(luò)圖長非編碼差異表達(dá)GO功能顯著性富集Pathway顯著性富集功能富集網(wǎng)絡(luò)圖FusionsJunctionsGenomeBrowser可視化轉(zhuǎn)錄組第五講測序中國-測序?qū)W堂轉(zhuǎn)錄組第三講轉(zhuǎn)錄組第四講轉(zhuǎn)錄組第六講第4頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月步驟三：轉(zhuǎn)錄本的構(gòu)建（Cufflinks/Scripture）構(gòu)建流程詳解基因存儲文件:Gtf,Bed格式文件Cuffmerge/cuffcompare合并轉(zhuǎn)錄本轉(zhuǎn)錄本構(gòu)建效果評估多外顯子比率、已知覆蓋程度步驟四：長非編碼RNA的鑒定鑒定流程詳解關(guān)鍵:如何判斷編碼或是非編碼基因工具：CNCI，CPC,PhyloCSF上期回顧第5頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月6一個測序?qū)嵗樱和砥诟伟┎∪说母谓M織(共4個)癌旁組織(N)原發(fā)灶(P)轉(zhuǎn)移灶(M)門脈血栓轉(zhuǎn)移灶(V)一組時間序列上的4個點(diǎn)的取樣第6頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月步驟四：表達(dá)值的定量定量策略&工具步驟五：差異分析差異分析工具步驟六：功能注釋附錄：運(yùn)行命令第7頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月8轉(zhuǎn)錄組分析的通用套路定量鑒定差異功能有多少RNARNA的表達(dá)量結(jié)構(gòu)、表達(dá)量、比例的變化功能注釋鑒定完成后的分析步驟第8頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月9定量策略FPKMexpectednumberoffragmentsperkilobaseoftranscriptsequencepermillionsbasepairssequencedTPMtranscriptpermillionRPKMreadsperkilobasepermillionmappedreads第9頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月10定量工具：Cufflinks(FPKM)Cuffdiff(FPKM)推薦RSEM(TPM)推薦Range(RPKM)第10頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月FPKM定量計算工具：cufflinks輸出結(jié)果transcripts.gtfisoforms.fpkm_trackinggenes.fpkm_tracking轉(zhuǎn)錄本定量？基因定量？定量：cufflinks-Gref.gtf–ooutdirtophat_outdir_N/accept_hits.bam第11頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月長編碼RNA表達(dá)定量藍(lán)線：長非編碼基因黑線：非編碼基因NPMV第12頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月步驟四：表達(dá)值的定量定量策略&工具步驟五：差異分析差異分析工具步驟六：功能注釋附錄：運(yùn)行命令第13頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月14差異分析差異分析工具：DeseqHypothesistestingH0:nodifferencebetweentowconditions.NegativeBinomialforreadscountCuffdiffTestA.FPKM-B.FPKMwithnormaldistributionSAMseqNonparametricmethodsMann-WhitneystatisticNeedmanysamples/replicatesinconditionsEBseqEmpiricalBayesianmode(forTPM)第14頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月Cuffdiff輸出結(jié)果isoforms_exp.diffgenes_exp.diffsplicing.difftherelativecontributionofdifferentisoformsissignificantlydifferent

tissue1is80/20fortwoisoformsandtissue2is50/50tss.diff第15頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月表達(dá)差異分析結(jié)果P/N∪M/N∪V/N=342codinggenesP/N∪M/N∪V/N=312lincRNAgenes第16頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月17動態(tài)變化分析(特異性分析)JSscorerangingfrom0to1;Jensen-Shannon(JS)ScoreAperfecttissue-specificpatternwillbescoredasJS=1第17頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月18動態(tài)變化分析(特異性)第18頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月步驟四：表達(dá)值的定量定量策略&工具步驟五：差異分析差異分析工具步驟六：功能注釋附錄：運(yùn)行命令第19頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月20功能注釋工具：DavidGo(Forcodinggenes)/./ncFANs(forlincRNAs)/ncfansv2/第20頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月DavidGO:數(shù)據(jù)上傳第21頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月DavidGO:注釋數(shù)據(jù)庫選擇GOTERM_BP_FATKEGG_PATHWAY第22頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月DavidGO:FunctionalAnnotationClustering第23頁，課件共26頁，創(chuàng)作于2023年2月DavidGO:FunctionalA