生物信息學(xué)方法在科研設(shè)計(jì)中的

生物信息學(xué)方法在科研設(shè)計(jì)中的應(yīng)用中國(guó)醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)教研室趙雨杰醫(yī)學(xué)科研課題特點(diǎn)探索生命和疾病的現(xiàn)象，闡明健康和疾病之間的關(guān)系，建立有效的防病治病的方法，這就是醫(yī)學(xué)科學(xué)研究。具有如下特點(diǎn)：（一）研究對(duì)象特殊（二）研究方法困難（三）研究?jī)?nèi)容復(fù)雜課題概述專業(yè)設(shè)計(jì)：指運(yùn)用專業(yè)理論知識(shí)和技術(shù)進(jìn)行設(shè)計(jì),主要是解決研究的可行性、創(chuàng)新性和科學(xué)性,以回答、解決科學(xué)問題，驗(yàn)證專業(yè)假說。統(tǒng)計(jì)學(xué)設(shè)計(jì)：運(yùn)用數(shù)理統(tǒng)計(jì)學(xué)理論和方法進(jìn)行設(shè)計(jì),包括資料的收集、整理、分析全過程的統(tǒng)計(jì)學(xué)設(shè)想和科學(xué)安排，以保證樣本的代表性和樣本間的可比性,以最少的調(diào)查、實(shí)驗(yàn)觀察例數(shù)進(jìn)行高效率的統(tǒng)計(jì)分析，得出準(zhǔn)確的結(jié)果和可靠的結(jié)論。醫(yī)學(xué)科學(xué)研究的類型一、根據(jù)研究性質(zhì)分：基礎(chǔ)研究；應(yīng)用研究二、根據(jù)研究對(duì)象與場(chǎng)地分：實(shí)驗(yàn)研究；臨床研究；調(diào)查研究三、根據(jù)創(chuàng)新程度、認(rèn)識(shí)的深度、研究方式、研究范疇等又可分為很多類。醫(yī)學(xué)科學(xué)研究的一般方法選題定題建立假說科研設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)觀察數(shù)據(jù)處理論文形成成果應(yīng)用科研設(shè)計(jì)(researchdesign)一項(xiàng)科研工作，經(jīng)過選題和定題兩個(gè)階段之后，便會(huì)形成一套比較成熟的全面設(shè)想。將這一設(shè)想加以條理化，系統(tǒng)的說明研究者對(duì)此問題的認(rèn)識(shí)，擬進(jìn)行何種實(shí)驗(yàn)或觀察，具體做法如何，預(yù)期的目標(biāo)是什么，用多長(zhǎng)時(shí)間來完成，需要給予哪些幫助和支持等，按照一定的格式編寫成的文字資料，即為科研設(shè)計(jì)?？蒲性O(shè)計(jì)的主要內(nèi)容一、立題二、前言三、立題依據(jù)四、國(guó)內(nèi)外現(xiàn)狀五、研究?jī)?nèi)容、研究目標(biāo)、擬解決的關(guān)鍵問題六、擬采取的研究方案及技術(shù)路線七、可行性分析八、本項(xiàng)目的特色與創(chuàng)新九、研究計(jì)劃十、預(yù)期研究結(jié)果及應(yīng)用前景十一、前期工作基礎(chǔ)一、纏立題亦稱額命題苗，即惕為一土研究?jī)H課題釋擬定立一個(gè)青最適左當(dāng)?shù)目痤}目殘，做漫為該艦項(xiàng)研型究的路課題凝名稱草。這漢個(gè)題藏目是報(bào)科研枝設(shè)計(jì)額的總就綱或椒其指去導(dǎo)中怠心，逆也可丑以說撞設(shè)計(jì)鋒中的卸全部絕內(nèi)容懷皆由姿此而視發(fā)，址假說雄、實(shí)閥驗(yàn)、凍措施詳?shù)冉云綖榇斯O(shè)土，因幸此它墊必須疼是整蔥個(gè)科渠學(xué)研及究設(shè)燥想與碰過程物的高回度濃張縮物鈴。一個(gè)晌好的震課題圖名稱臥，能毛使人括對(duì)該托項(xiàng)研廊究工蘆作一盾目了景然、撓不僅蘭可知丑其目輛的、乓內(nèi)容干和主真要方闊法，滋甚至傳透過脹題目嶄還能收看出由其假由說的造科學(xué)岡性。略欲達(dá)該此目量的，烏立題拌必須咳力爭(zhēng)耳做到備鮮明掛、具暈體、追確切師，若巨能同無時(shí)反帽映出順“立痛意新扒穎”鉗則更柄為理補(bǔ)想。有些薄科研叉設(shè)計(jì)慎的立逢題尚歷不夠蛙理想?yún)?，其罵中最預(yù)常見轟的毛載病，唯不是洗題目咐過大筍就是多籠統(tǒng)云模糊仿，有草的甚認(rèn)至使活人觀舍后不榆解其劃意或速者文陜題不溝盡符正合。立題處理醉因素背（具梁體而坐不含崇糊）受試瘡對(duì)象霉（明鍬確而布不省哥略）預(yù)期斗效應(yīng)粘（限幫定而聰不籠按統(tǒng)）工作份定性但（適鮮當(dāng)表姥達(dá)留稅有余森地）從宏難觀出具發(fā)制膨定一煉項(xiàng)大滅的科讀研計(jì)忽劃，垃其題吳目必伸然也布會(huì)很鋸大；吸此類掉題目胸屬于擴(kuò)戰(zhàn)略興性的臭，其全下一慕系列痛分題濁仍需泉要各雙有一釋戰(zhàn)術(shù)買性的灰題目侍名稱成。戰(zhàn)鄉(xiāng)豐略性挎題目專是總屋的探競(jìng)索方罰向，譽(yù)戰(zhàn)術(shù)飄性的廳題目率則是扛一個(gè)貞個(gè)具企體的邪進(jìn)攻廉目標(biāo)冤。Hu俱R與mi困R-類88劑8拮抗棚調(diào)控CD潤(rùn)C(jī)7在非章小細(xì)貴胞肺尼癌發(fā)載生及鄭轉(zhuǎn)移飾中的如機(jī)制柄研究TE絞RT基因肝區(qū)域隨功能影性遺壁傳變恨異的漫鑒定政及其昨與非豈小細(xì)苗胞肺鄰癌發(fā)礙病風(fēng)艙險(xiǎn)的暮相關(guān)情性研泰究IL床-3排5/紙IR醒AK神-M途徑賀介導(dǎo)歪中性酷粒細(xì)盤胞免陷疫應(yīng)哭答功定能低央下：MR腥SA肺部貌感染準(zhǔn)及免托疫逃冤逸的扎一種捷潛在橡機(jī)制二、殊前言有的竹科研循設(shè)計(jì)裝書專記門設(shè)謝有這恥一項(xiàng)沉，許歲多科壘研設(shè)骨計(jì)書稍內(nèi)雖紋無此罪項(xiàng)要義求，仁設(shè)計(jì)促者也慚常主妻動(dòng)加惕上一茫段，剛稱為永前言暴、引逆言、驚序言日或緒拆言。沉這一恨小段典文字種主要嚷是引秩導(dǎo)文旋章開拼端，屯起“階破題害”作影用，屋在一汪段文蹦章中身往往異是不棒可少鉗的，尼但在輪科研般設(shè)計(jì)政書中(特別如是填寫寫式怒的)若無惑此項(xiàng)曠目則縫完全錫可以揉不要椅，可絨直接欺入手兩一開瞎頭就尋寫“分立題囑依據(jù)曲”。三、且立題化依據(jù)要求掩回答姓“為僻什么棉要研刊究這梯個(gè)課霞題”漠，應(yīng)膏該著灘重說赤明選仗定這誰一課洋題的圖出發(fā)恭點(diǎn)以迎及主塊觀與侍客觀艇的條亦件是繭什么縫，選惑題的怨獨(dú)創(chuàng)統(tǒng)性、皮完成坡的可遭能性燙及其拐實(shí)際投意義延（實(shí)咐用性刃）如向何。煙必要蹈時(shí)尚陶需進(jìn)且一步乘說明中，這嚇個(gè)問成題是好根據(jù)柿什么出臨床擋經(jīng)驗(yàn)頑、動(dòng)狠物實(shí)飛驗(yàn)或茂其他磨間接看經(jīng)驗(yàn)捐提出材來的庭。情劉報(bào)調(diào)卵研的俘情況株和預(yù)家試驗(yàn)糖的初狀步結(jié)桃果亦躁應(yīng)在貌本項(xiàng)縱中反跡映出羽來，鼻以增泛加確屋立這證一選拒題的早依據(jù)勁性。情報(bào)刃調(diào)研一、《中文擾科技犧資料戒目錄》醫(yī)學(xué)貨與《外目》醫(yī)學(xué)二、《醫(yī)學(xué)常索引》（IN蛇DE鋪X倡ME捷DI首CU辮S，簡(jiǎn)撿稱IM）三、《醫(yī)學(xué)共文摘》（EX躍CE多RP騰TA饞M盟ED仔IC涂A，簡(jiǎn)練稱EM）四、《生物百學(xué)文率摘》（Bi處ol畏og望ic企al舟A烤bs混tr慢ac昆ts，簡(jiǎn)扯稱BA）五、《化學(xué)松文摘》（Ch剃em約ic祝al蠶A秩bs顧tr屈ac速ts，簡(jiǎn)到稱CA）六、Pu鄙bM叢ed醫(yī)學(xué)醬數(shù)據(jù)漿庫在陳政述客俗觀對(duì)略解決切這一塊問題宇的需鼻要情煎況時(shí)訂，應(yīng)負(fù)該實(shí)樸事求僵是，勉而不嚴(yán)要用寺主觀美臆斷鍵來代給替客饒觀事?lián)鷮?shí)。聚幾乎長(zhǎng)任何罰人都余不會(huì)董說自餃己研粒究的誓課題師客觀啟上不裁需要熱，但饒也不僅要?jiǎng)由孑m就凳把“嚴(yán)迫切槐需要秘”或調(diào)“急其待解燦決”愉之類厚的詞絹匯拿辨來作雀為“盟依據(jù)殿”?；萑藗兡砍３\會(huì)對(duì)襖這些跨空洞模的說炒法提弓出疑拴問，針其可略信程挖度究子竟有敢多大績(jī)？因育此，陡最好草的辦皆法就撿是具色體而詞不抽鄉(xiāng)豐象，撒擺出謝事實(shí)贏，言膠之有如據(jù)，元令人逗信服踐。四、抵國(guó)內(nèi)義外現(xiàn)廊狀國(guó)外側(cè)現(xiàn)狀凝與國(guó)索內(nèi)現(xiàn)穩(wěn)狀應(yīng)搏分別姨敘述描，不原要忽惠外忽稠內(nèi)攪敘在一秋起。針重點(diǎn)恨是介燙紹有篇關(guān)這塞一問恒題最醒近幾接年的脂研究振進(jìn)展格和目光前狀截況。把握幫好本滾項(xiàng)內(nèi)懷容的韻關(guān)鍵圓在于鉤“全它”和議“新竹”兩虛個(gè)字南。即鴉全面跌掌握蠢情況廁，除分日常遠(yuǎn)所見倍到的膀一些體資料沃之外咳，更亞重要誦的是命在定敬題之果前要掃進(jìn)行仆一次深系統(tǒng)止的文鋒獻(xiàn)查六閱并斥廣泛寧收集臉信息尚。一旦粗有人唉指出絮：“壟該問樓題早販已有年了結(jié)橫論，秤請(qǐng)閱及某年度某期瓦某刊喊某文荒”，的這樣竹一來漁不僅春現(xiàn)狀廉“失回真”拐，整賄個(gè)課磚題設(shè)謹(jǐn)計(jì)就戚等于患一張稻廢紙帳。目前雷水平戒與發(fā)上展趨共勢(shì)要求穩(wěn)陳述招自己各的主籌觀見釣解。讀因此蠟，重農(nóng)點(diǎn)是害對(duì)最路近的海一些廟同類演研究褲成果忙進(jìn)行斗綜合畜性評(píng)腹價(jià)，送并在陷此基論礎(chǔ)上驚推測(cè)筋將要艘出現(xiàn)扯的勢(shì)餡頭和密指出壩未來造的方尚向。跌例如捧，有掃關(guān)這蛋一課融題的網(wǎng)研究鼓已經(jīng)尖達(dá)到很了什突么樣號(hào)的地膏步，境當(dāng)前枯在同悲類研矩究中乘有何駱不足臨之處嘗，有吊無相帳互矛赴盾的典研究南結(jié)果沖或結(jié)獅論，遠(yuǎn)有待陶進(jìn)一餓步闡璃明或唱解決晉的問驅(qū)題是旦什么醒，知?jiǎng)h識(shí)的闖空白輸點(diǎn)在見哪里婦，推俊進(jìn)或脅發(fā)展避此一逐問題體的關(guān)溉鍵是岸什么各，等得等。五、御研究扮內(nèi)容酒、研捆究目恢標(biāo)、粥擬解橡決的劍關(guān)鍵趨問題包括抬階段鮮的和厲最終渾目標(biāo)梳，即謀該項(xiàng)或研究顏工作霸的段存落和麥終點(diǎn)椒。因大此，劃在此蔥項(xiàng)中他應(yīng)著江重說襪明這脫一研即究課所題最歷后要怖解決涉一個(gè)捷什么茄樣的彼問題孤。為橋了解勉決這言個(gè)問倉題，橫在研傭究中捐將分個(gè)作幾按個(gè)步徐驟，添都需予要做浴些什隱么，劃擬從死何處哥入手國(guó)，重罩點(diǎn)研達(dá)究哪刮個(gè)側(cè)楚面，先主攻丸方向豬是什疫么，嘴到達(dá)局哪一疫步或詢什么搏程度販算是的完成摔，將乳出現(xiàn)牲什么塘樣的件預(yù)期港效果添等。在研秀究中勇需要裹和能蒸解決男的技陶術(shù)、里理論輕問題。已明育確基延因研刮究目視標(biāo)的樣課題謝設(shè)計(jì)姜分析1、了解瓜基因哈及其賀編碼同蛋白肝的序虧列和畝功能2、GO分析仍基因風(fēng)編碼油蛋白3、分淋析蛋嘩白相破互作飛用通標(biāo)路4、建息立假樹說為了兔了解EG芹FR需要沸檢索脈基因滋，登沃陸NC撞BI檢索蛋白禽質(zhì)一甩級(jí)結(jié)賭構(gòu)分互析蛋白牌質(zhì)二霉級(jí)結(jié)更構(gòu)分有析蛋白旬跨膜剃結(jié)構(gòu)輕分析蛋白房誠質(zhì)三慌級(jí)結(jié)憑構(gòu)分堤析蛋白域質(zhì)GO分析分析閱蛋白麻相互丹作用鍋通路修（KE核GG）分析洋預(yù)測(cè)屆蛋白攻的相手互作徹用（ST乓RI尚NG）如果歪沒有背備選濱基因渡，探爽索備避選基落因利用輕別人敏的研綠究結(jié)判果探售討備秀選基浩因利用劃網(wǎng)上前資源迎：基垮因表西達(dá)譜煎數(shù)據(jù)基因峽富集倚分析揚(yáng)軟件GS汁EA分析季已有走的基田因表幼達(dá)數(shù)山據(jù)ce統(tǒng)ll裙c點(diǎn)yc叨le萍g成en衣es囑(析E2絮F1綱,翠-2積,政CD摩C2啟,啊-6雁)物an造d好DN泡A叫re唯pl從ic其at嚷io華n-珠re架la萄te薄d疏ge譯ne我s繼(M濫CM過4,脅-辯5,蠻-膝6,存-尚7)泥,鉤mo砌st蝴o養(yǎng)f騾wh蜜ic廚h沒ar靈e蕉as偉so婚ci彈at仆ed釣w邁it刃h享ea敬rl休y杰lu犯ng規(guī)d忙ev沈el飽op趴me單nt股a植nd束p言oo館r張pr怠og概no什si癥s.候I積n慎ad授di屋ti轉(zhuǎn)on包,酷me吐ta付bo云li竄c智ge捏ne旺s陣su布ch狗a嗎s揪AL醫(yī)DH院1A背3朋(a濾c將an籠di蜂da尤te查m哪ar信ke包r金fo摟r殺lu針ng涉c誘an遵ce付r稈ce吩ll肥s爬wi襖th融C宰SC裳-l渾ik勞e全pr敏op含er單ti甘es同)跡we椒re貝i腦de抗nt腰if控ie峰d.六、者擬采走取的速研究鏡方案?jìng)浼凹记菩g(shù)路愚線這是懲科研硬設(shè)計(jì)快中一召個(gè)重?zé)o要的苦核心遮部分釀，全臨部?jī)?nèi)恰容都聲旨在墾說明些“如熔何具京體地各進(jìn)行辱研究軍”，榜因此劇這一仍項(xiàng)實(shí)彼際上凈就是臥通常泛所說殊的實(shí)愈驗(yàn)設(shè)濫計(jì)。實(shí)驗(yàn)塘設(shè)計(jì)羞是指捉導(dǎo)整危個(gè)實(shí)形驗(yàn)過厲程的移重要枕依據(jù)黎，是悟達(dá)到期研究師目的躍的一宮項(xiàng)重偶要保夜證。幣實(shí)驗(yàn)真設(shè)計(jì)趙要為撤驗(yàn)證孟假說授選擇優(yōu)一種肺最佳攔方案最；在朱正確勿的實(shí)孟驗(yàn)設(shè)庭計(jì)指糕導(dǎo)下作，可樓使實(shí)墨驗(yàn)誤寨差減弊少到拿最低桑限度皮，取單得更織多的乏數(shù)據(jù)偷資料禾，保值證實(shí)忌驗(yàn)結(jié)堆果的注可靠禮性。實(shí)驗(yàn)類設(shè)計(jì)障方案鼻的類運(yùn)型有房誠多種建，采臘用哪即一種壯最合鴿適，差主要擁取決吸于研番究的渡內(nèi)容匆與目糞的。凱不論取采用派哪一搭種方怠案，寄均應(yīng)圍重點(diǎn)控說明宵受試被對(duì)象嚼的種交類、辣選用戀標(biāo)準(zhǔn)場(chǎng)、抽仗樣方誦法、眾樣本洞含量斜、對(duì)繪照分習(xí)組，馬處理口因素沫的性驅(qū)質(zhì)、什質(zhì)量氧、強(qiáng)暴度、身施加床方法安，效惰應(yīng)觀邀察的騾項(xiàng)目歉或指儉標(biāo)、折檢測(cè)潛方法喬、判掀斷標(biāo)帝準(zhǔn)，禍以及寇數(shù)據(jù)饞資料考的收旱集方仔法和刻統(tǒng)計(jì)求學(xué)處曉理方浮法等妙。為使實(shí)驗(yàn)狂所制歐定的縱操作總規(guī)程幟和記嗚錄表銀格，漿亦應(yīng)餡在本盲項(xiàng)內(nèi)兔容中鍋加以畫說明踩，具職體的興條文辱和格直式可她附于征科研仆設(shè)計(jì)仁書之身后。研究嚼方法堂或其翠實(shí)驗(yàn)住設(shè)計(jì)制，就臨是針閑對(duì)題勁意并未遵循顧科研謀三原極則（斬重復(fù)計(jì)、對(duì)照脫，隨器機(jī)化餅），新對(duì)科渣研三芒要素糕（對(duì)剖象、蹈因素歸、效歇應(yīng)）麻進(jìn)行法合理耀安排滴的一汽個(gè)過桿程。實(shí)驗(yàn)掃技術(shù)器方法費(fèi)的選逐擇生物那大分繪子制貞備和促分析沾常用疏技術(shù)貢、蛋吳白質(zhì)謎與核扛酸的納提取棵與分裳離、PC田R技術(shù)符、分機(jī)子雜松交與虎印跡彼技術(shù)臺(tái)、分悔子克象隆技扭術(shù)、馳外源尾基因需轉(zhuǎn)移索技術(shù)越、基釘因敲帶除技銳術(shù)、府蛋白憑質(zhì)表賄達(dá)技閣術(shù)、嗓分子忘標(biāo)記序技術(shù)妨、分挎子改訓(xùn)造技芳術(shù)、否測(cè)序憤及人吐工合途成技撐術(shù)、圖基因幸組學(xué)獎(jiǎng)技術(shù)奴、蛋釣白質(zhì)詢組學(xué)厲技術(shù)歇、生男物芯附片技岸術(shù)、高生物已信息獵學(xué)技圍術(shù)、RN