微生物的分類

關(guān)于微生物的分類第1頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第一節(jié)

微生物的分類單元一、種以上的分類單元界、門、綱、目、科、屬、種二、種的概念及命名

微生物的種是一個基本分類單元，它是一大群表型特征高度相似、親緣關(guān)系極其接近、與同屬內(nèi)的其他物種有著明顯差異的一大群菌株的總稱。在微生物中，一個種只能用該種內(nèi)的一個典型菌株當(dāng)作它的具體代表，此菌株維該種的模式種。第2頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三微生物種的學(xué)名表示方法有雙名法和三名法1、雙名法屬名＋種名加詞＋（首次定名人）＋現(xiàn)名定名人＋現(xiàn)名定名年份大腸埃希氏菌

Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmers19192、三名法屬名＋種名加詞＋符號subsp或var＋亞種或變種的加詞蘇云金芽孢桿菌蠟螟亞種

Bacillusthuringiensis(subsp)galleria第3頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三三、種以下的分類單元1、亞種：是進(jìn)一步細(xì)分種時所用的單元，一般指除某一明顯而穩(wěn)定的特征外，其余鑒定特征都與模式種相同的種。2、菌株：它表示任何由一個獨(dú)立分離的單細(xì)胞（或單個病毒粒）繁殖而成的純遺傳型群體及其一切后代。因此微生物的每一不同來源的純培養(yǎng)物均可稱為某菌種的一個菌株。如：E.coliK12、E.coliO-157:H7等

第4頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第二節(jié)

微生物在自然界的地位一、三域?qū)W說及其發(fā)展細(xì)菌域古生菌域真核生物域細(xì)菌、古生菌與真核生物若干重要特征的比較第5頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第6頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)

各大類微生物的分類系統(tǒng)綱要一、《伯杰氏手冊》簡介

1923年美國出版了一部原核生物分類體系的權(quán)威著作，名為《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊》(Bergey’sManualofDeterminativeBacteriology)，此部著作一直再版至今已出版了11個版本，編寫人員由最初的美國學(xué)者D.Bergey等人進(jìn)一步國際化和擴(kuò)大化。1980年代初起，該手冊組織了國際上20余國的300多位專家，合作編寫了4卷本的新手冊，書名改為《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊》(Bergey’sManualofSystematicBacteriology)，此書是目前國際上最為流行的實(shí)用版本。

第7頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)

微生物分類鑒定的方法一、微生物分類鑒定中的經(jīng)典方法1、微生物分類鑒定的工作步驟（1）獲得該微生物的純培養(yǎng)物（2）測定一系列必要的鑒定指標(biāo)（3）查找權(quán)威性的菌種鑒定手冊

第8頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三不同的微生物往往有自己不同的重點(diǎn)鑒定指標(biāo)。如：在鑒定形態(tài)特征較豐富、細(xì)胞體積較大的真菌等微生物時，常以形態(tài)特征為主要指標(biāo)；在鑒定放線菌和酵母菌時，往往形態(tài)特征與生理特征兼用；而在鑒定形態(tài)特征較單調(diào)的細(xì)菌時，須使用較多的生理、生化和遺傳等指標(biāo)；在鑒定屬于非細(xì)胞生物類的病毒時，除使用電子顯微鏡和各種生化、免疫等技術(shù)外，還要使用致病性等一些獨(dú)特的指標(biāo)和方法。第9頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三2、經(jīng)典的鑒定指標(biāo)形態(tài)

個體：細(xì)胞、大小、排列、運(yùn)動性、特殊構(gòu)造和染色反應(yīng)等群體：菌落形態(tài)，在半固體或液體培養(yǎng)基中的生長狀態(tài)營養(yǎng)要求：能源、碳源、氮源、生長因子等酶：產(chǎn)酶種類和反應(yīng)特性等經(jīng)典鑒生理、生化反應(yīng)

代謝產(chǎn)物：種類、產(chǎn)量、顏色和顯色反應(yīng)等定指標(biāo)

對藥物的敏感性生態(tài)特性：生長溫度、與氧、pH、滲透壓的關(guān)系，宿主種類，與宿主關(guān)系等生活史，有性生殖情況血清學(xué)反應(yīng)對噬菌體的敏感性其他第10頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三3、國內(nèi)外常見的自動快速鑒定系統(tǒng)由于致人、畜疾病和植物病害的微生物種類的不斷增加，以及經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，人們對食品、日化、環(huán)境等行業(yè)微生物要求的不斷提高，傳統(tǒng)的用單個試驗(yàn)來鑒定微生物不僅工作量十分浩大，而且對技術(shù)熟練度的要求也很高，因此，出現(xiàn)了以數(shù)值分類為基礎(chǔ)的鑒定系統(tǒng)，使細(xì)菌鑒定簡易化、微量化和快速化。目前，有關(guān)細(xì)菌鑒定的系統(tǒng)應(yīng)用得較多的國外的鑒定系統(tǒng)，主要有法國的API；美國的Biolog；Enterotube等。第11頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三(1)、API（AnalyticProductsInc）鑒定系統(tǒng)由法國生物-梅里埃集團(tuán)（bio-Merieux）生產(chǎn)，設(shè)計了不同的項(xiàng)目與底物組合，ATB是將API鑒定電腦化，該系統(tǒng)有許多種類各有相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫，可鑒定出不同數(shù)目的細(xì)菌，鑒定后可根據(jù)鑒定的可信度（％id）作出評價：％id≥99.9“最佳的鑒定”excellent％id99.0～99.8

“很好的鑒定”

verygood％id90.0～98.9“好的鑒定”

good％id80.0～89.9“可接受的鑒定”acceptable％id79.9以下

“低分辨率”

lowdiscrimination

第12頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三

API系統(tǒng)已為國內(nèi)外微生物學(xué)家所公認(rèn)，并為許多實(shí)驗(yàn)室普遍選用，適用于API系統(tǒng)鑒定的細(xì)菌有700多種，由于具有自動、快速、高效的特點(diǎn)，可廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、臨床、獸醫(yī)、食品、水質(zhì)測定、環(huán)境保護(hù)、藥物生產(chǎn)、發(fā)酵、生物工程、動植物檢疫、生態(tài)學(xué)和土壤學(xué)等研究，特別適合于快速、大量的菌株鑒定。第13頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第14頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第15頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三由美國的Roche公司生產(chǎn)又稱腸管系統(tǒng)，適合于腸道細(xì)菌的鑒定。（2）、“Enterotube”系統(tǒng)第16頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三（3）、Biolog細(xì)菌鑒定系統(tǒng)由美國安普科技中心（ATCUS）生產(chǎn)，可鑒定1千多種微生物。第17頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三二、微生物分類鑒定中的現(xiàn)代方法1、rRNA測序是一種通過分析原核或真核細(xì)胞中最穩(wěn)定的寡核苷酸序列同源性程度，以確定不同生物間的親緣關(guān)系和進(jìn)化譜系的方法。rRNA測序的優(yōu)點(diǎn)：（1）它們普遍存在于一切細(xì)胞內(nèi)，不論是原核生物和真核生物，因此可比較它們在進(jìn)化中的相互關(guān)系；（2）它們的生理功能既重要又恒定；（3）在細(xì)胞中的含量較高、較易提?。唬?）編碼rRNA的基因十分穩(wěn)定；（5）rRNA的某些核苷酸序列非常保守，雖經(jīng)30余億年的進(jìn)化歷程仍能保持其原初狀態(tài)；（6）相對分子質(zhì)量適中。

尤其是16SrRNA和18SrRNA不但核苷酸數(shù)適中，而且信息量大、易于分析，故成了理想的研究材料。第18頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三三、

數(shù)值分類法數(shù)值分類法是依據(jù)數(shù)值分析的原理，對生物按表型性狀的相似性程度進(jìn)行統(tǒng)計、歸類的方法。數(shù)值分類的基本步驟為：（1）計算2菌株間的相關(guān)系數(shù)（2）列出相似度矩陣（3）將矩陣圖轉(zhuǎn)換成樹狀譜

第19頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第20頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三進(jìn)行數(shù)值分類時，首先明確被分類的單位，如菌株、種、屬等，每一個分類單位被稱為“運(yùn)算的分類單位”（OperationalTaxonomicUnits，縮寫為OTU）或操作分類單位，在多數(shù)情況下，OUT是指菌株。而性狀的選擇，是用于確定數(shù)值分類的性狀，包括形態(tài)學(xué)、生理學(xué)、生物化學(xué)以及生態(tài)學(xué)等許多方面的特征。把性狀轉(zhuǎn)化為計算機(jī)所能識別、運(yùn)算的符號，即為性狀編碼,再根據(jù)一定的方法計算各個菌株間的相似值或相似度系數(shù)，再對相似值進(jìn)行聚類，在同一水平的各個OUT總體為一類。因此，事實(shí)上，數(shù)值分類得到的是表觀群或表元。

第21頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第22頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第23頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第十一章

微生物的進(jìn)化、系統(tǒng)發(fā)育和分類鑒定

第24頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第十一章

微生物的進(jìn)化、系統(tǒng)發(fā)育和分類鑒定

第一節(jié)緒論第二節(jié)進(jìn)化的測量指征第三節(jié)細(xì)菌分類第三節(jié)微生物分類鑒定的特征和技術(shù)第25頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第一節(jié)緒論

地球大約是在45億年前形成的。地質(zhì)學(xué)、古生物學(xué)和地球化學(xué)直接或間接證據(jù)都表明：大約在地球形成10億年之后，我們這個星球開始出現(xiàn)生命，主要是些類似簡單桿狀細(xì)菌的原始生物。但在同期的、另外一些被認(rèn)為是由光合微生物與沉積物形成的片層狀化石——疊層石（stromatolites），它們類似于綠硫細(xì)菌和多細(xì)胞絲狀細(xì)菌，這些原始生命大概都是厭氧型的。含有產(chǎn)氧型光合細(xì)菌——藍(lán)細(xì)菌的層疊石則發(fā)現(xiàn)于25-30億年前的地質(zhì)年代中，藍(lán)細(xì)菌的出現(xiàn)，給地球帶來了氧氣。而后，各種真核生物才隨之出現(xiàn)。第26頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第一節(jié)緒論根據(jù)現(xiàn)代生物進(jìn)化論觀點(diǎn)：所謂進(jìn)化（evolution）是生物與其生存環(huán)境相互作用過程中，其遺傳系統(tǒng)隨時間發(fā)生一系列不可逆的改變，在大多數(shù)情況下，導(dǎo)致生物表型改變和對生存環(huán)境的相對適應(yīng)。系統(tǒng)發(fā)育（phylogeny）就指的是研究各類微生物進(jìn)化的歷史。第27頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第一節(jié)緒論科學(xué)家估計有分類紀(jì)錄的各類物種大約有150萬，其中微生物超過10萬種，而且其數(shù)目還在不斷增加。微生物學(xué)工作者要認(rèn)識、研究和利用微生物或控制有害微生物，必須對它們進(jìn)行分類（classification）。第28頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第一節(jié)緒論對生物進(jìn)行分類存在兩種基本的、截然不同的分類原則：

一是根據(jù)表型(phenetic)特征的相似成都分群歸類，這種表型分類重在應(yīng)用，不涉及生物進(jìn)化或不以反映生物親緣關(guān)系為目標(biāo)；第二種分類原則是要按照生物系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)性水平來分群歸類，其目標(biāo)是探尋各種生物之間的進(jìn)化關(guān)系，建立反映生物系統(tǒng)發(fā)育的分類系統(tǒng)。第29頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第一節(jié)緒論因此，以進(jìn)化論為指導(dǎo)思想的分類學(xué)(taxonomy)，其目的已經(jīng)不僅僅是物種的識別和歸類，其主要目標(biāo)是通過追溯系統(tǒng)發(fā)育，推斷進(jìn)化譜系，這樣的分類學(xué)也稱之為生物系統(tǒng)學(xué)(syatematics)。第30頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第一節(jié)緒論分子生物學(xué)的發(fā)展，使我們不僅可以根據(jù)表型特征，而且可以從分子水平上，通過研究和比較微生物乃至整個生物界的基因型特征來探討生物的進(jìn)化、系統(tǒng)發(fā)育和進(jìn)行分類鑒定。第31頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第二節(jié)進(jìn)化的測量指征20世紀(jì)70年代以前，生物類群間的親緣關(guān)系主要是根據(jù)形態(tài)結(jié)構(gòu)、生理生化、行為習(xí)性等表型特征以及少量的化石資料來判斷它們之間的親緣關(guān)系。直到60—70年代，有識之士才清醒地認(rèn)識到：僅依靠表型特征無法解決微生物的系統(tǒng)發(fā)育問題，必須尋找新的特征作為生物進(jìn)化的指征。第32頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一、進(jìn)化指征的選擇

根據(jù)形態(tài)學(xué)特征推斷生物之間的親緣關(guān)系存在兩個突出問題：一是由于微生物可利用的形態(tài)特征少，很難把所有生物放在同一水平上進(jìn)行比較；二是形態(tài)特征在不同類群眾中進(jìn)化速度差異很大，僅根據(jù)形態(tài)推斷進(jìn)化關(guān)系往往不準(zhǔn)確。第33頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一、進(jìn)化指征的選擇20世紀(jì)70年代以后研究為生物的系統(tǒng)發(fā)育，主要是分析和比較生物大分子的結(jié)構(gòu)特征，特別是蛋白質(zhì)、RNA和DNA這些反映生物基因組特征的分子序列，作為判斷各類微生物乃至所有生物進(jìn)化關(guān)系的主要特征。

第34頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一、進(jìn)化指征的選擇為了準(zhǔn)確確定各種生物之間的進(jìn)化關(guān)系，還必須挑選恰當(dāng)?shù)拇蠓肿觼磉M(jìn)行序列研究。在挑選大分子時應(yīng)注意以下幾點(diǎn)：

①它必須普遍存在于所研究的各個生物類群中。如果我們所研究的是整個生命界的進(jìn)化，那么所選擇的分子必須在所有生物中存在，這樣才便于分析和比較。

第35頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一、進(jìn)化指征的選擇

②選擇在各種生物中功能同源的大分子。催化不同反應(yīng)的酶的氨基酸序列或者具有不同功能核酸的核苷酸序列不能進(jìn)行比較，因?yàn)楣δ懿幌嚓P(guān)的分子也意味著進(jìn)化過程中來源不同，對這一類不相關(guān)分子進(jìn)行比較也不期望他們會表現(xiàn)出序列的相似性。所以，大分子進(jìn)化的研究必須從鑒定大分子的功能開始。第36頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一、進(jìn)化指征的選擇

③為了鑒定大分子序列的同源位置或同源區(qū)，要求所選擇的分子序列必須能嚴(yán)格線性排列，以便進(jìn)行進(jìn)一步的分析比較。④還應(yīng)注意根據(jù)所比較的各類生物之間的進(jìn)化距離來選擇適當(dāng)?shù)姆肿有蛄小?/p>

第37頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三二、rRNA作為進(jìn)化的指征

大量的實(shí)驗(yàn)研究表明：在眾多的生物大分子中，最適合于揭示各類生物親緣關(guān)系的是rRNA,尤其是16SrRNA。16SrRNA所以被普遍公認(rèn)是一把好的譜系分析的“分子尺”，這是因?yàn)椋旱?8頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三二、rRNA作為進(jìn)化的指征

①rRNA參與生物蛋白質(zhì)的合成過程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物進(jìn)化的漫長歷程中，其功能保持不變；

②在16SrRNA分子中，即含有高度保守的序列區(qū)域，又有中度保守和高度變化的序列區(qū)域，因而它適用于進(jìn)化距離不同的各類生物親緣關(guān)系的研究；第39頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三二、rRNA作為進(jìn)化的指征

③16SrRNA相對分子質(zhì)量大小適中，便于序列分析；④16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中（真核生物中其同源分子是18SrRNA）。第40頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三三、rRNA的順序和進(jìn)化

rRNA序列測定和分析方法分兩類：寡核苷酸編目法和全序列分析法。

1.

寡核苷酸編目分析法20世紀(jì)80年代以前的研究,主要是采用寡核苷酸編目分析法。第41頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三三、rRNA的順序和進(jìn)化

2.

全序列分析法寡核苷酸編目分析法，只獲得了16SrRNA分子的大約30%的序列資料，加上采用的是一種簡單相似性的計算方法，所以其結(jié)果有可能出現(xiàn)誤差，應(yīng)用上受到一定限制。隨著核算序列分析技術(shù)的發(fā)展，20世紀(jì)80年代末又陸續(xù)發(fā)展了一些rRNA全序列分析方法，其中最常用的是直接序列分析法。這種方法用反轉(zhuǎn)錄酶和雙脫氧序列分析，可以對未經(jīng)純化的rRNA抽提物進(jìn)行直接的序列測定。第42頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三

四、系統(tǒng)發(fā)育樹

在研究生物進(jìn)化和系統(tǒng)分類中，常用一種樹狀分枝的圖型來概括各種（類）生物之間的親緣關(guān)系，這種樹狀分枝的圖型被稱為系統(tǒng)發(fā)育樹（phylogenetictree），簡稱系統(tǒng)樹。通過比較生物大分子序列差異的數(shù)值構(gòu)件的系統(tǒng)樹稱為分子系統(tǒng)樹。圖型中，分枝的末端和分枝的連接點(diǎn)稱為結(jié)（node），代表生物類群，分枝末端的結(jié)代表仍生存的種類。系統(tǒng)樹可能有時間比例，或者用兩個結(jié)之間的分枝長度變化來表示分子序列的差異數(shù)值。第43頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三五、三界生物的主要特征

根據(jù)形態(tài)和生理特征把地球上的生物分為動物界和植物界的理論，統(tǒng)治了生物學(xué)100多年，20世紀(jì)60年代主要根據(jù)細(xì)胞核的結(jié)構(gòu)把生物分為原核生物和真核生物兩大類。第44頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三五、三界生物的主要特征1.生命中的第三種形式將生物分成三界（Kingdom）（后來改稱三個域）：古細(xì)菌、真細(xì)菌（Eubacteria）和真核生物（Eukaryotes）。1990年，他為了避免把古細(xì)菌也看作是細(xì)菌的一類，又把三界（域）改稱為Bacteria（細(xì)菌）、Archaea(古生菌)和Eukarya（真核生物），并構(gòu)建了三界（域）生物的系統(tǒng)樹（圖12-3）。第45頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三五、三界生物的主要特征

2.三（界）域生物的主要特征三界理論雖然是根據(jù)16SrRNA序列的比較提出的，但其他特征的比較研究結(jié)果也在一定程度上支持了三界生物的劃分。第46頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)細(xì)菌分類分類是認(rèn)識客觀事物的一種基本方法。我們要認(rèn)識、研究和利用各種微生物資源也必須對他們進(jìn)行分類。分類學(xué)內(nèi)容涉及三個相互依存又有區(qū)別的組成部分：分類、命名和鑒定。

第47頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)細(xì)菌分類分類（classification）是根據(jù)一定的原則（表型特征相似性或系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)性）對微生物進(jìn)行分群歸類，根據(jù)相似性或相關(guān)性水平排列成系統(tǒng)，并對各個分類群的特征進(jìn)行描述，以便考察和對未被分類的微生物進(jìn)行鑒定；命名（nomenclature）是根據(jù)命名法規(guī)，給每一個分類群一個專有的名稱；第48頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)細(xì)菌分類鑒定（identification或determination）則是指借助于現(xiàn)有的微生物分類系統(tǒng)，通過特征測定，確定未知的、新發(fā)現(xiàn)的或未明確分類地位的微生物所應(yīng)歸屬分類群的過程。第49頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)細(xì)菌分類一.分類單元及其等級

界Kingdom

門Phylum——亞門綱Class——亞綱目Order——亞目科Family——亞科屬Genus

種Species第50頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一.分類單元及其等級常用的細(xì)菌分類術(shù)語培養(yǎng)物（culture),是指一定時間一定空間內(nèi)微生物的細(xì)胞群或生長物。菌株（strain)，從自然界分離得到的任何一種微生物的純培養(yǎng)物都可以稱為微生物的一個菌株；用實(shí)驗(yàn)方法（如通過誘變）所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個新的菌株，以便與原來的菌株相區(qū)別。第51頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一.分類單元及其等級

型（form或type),常指亞種以下的細(xì)分，當(dāng)同種或同亞種不同菌株之間的性狀差異，不足以分為心的亞種時，可以細(xì)分為不同的型。種（species),是生物分類中基本的分類單元和分類等級。第52頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)細(xì)菌分類二.微生物的命名1.分類單元的命名

⑴屬名屬名用一個單數(shù)主格名詞或當(dāng)作名詞用的形容詞來表示，可以是陽性、陰性或中性，首字母要大寫。⑵種名和其他生物一樣，細(xì)菌的種名也用雙名法（binomialnomenclature）命名，即種的學(xué)名由屬名和種名加詞兩部分組合而成。⑶亞種名亞種名為三元式組合，即由屬名、種名加詞和亞種名加詞構(gòu)成。第53頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三二.微生物的命名

2.命名模式及其指定如前所述，由于細(xì)菌分類單元的劃分缺乏一個易于操作的統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，為了減少因采用不同標(biāo)準(zhǔn)界定分類單元所造成的混亂，細(xì)菌系統(tǒng)分類也像其他生物分類一樣采用“模式概念”。即根據(jù)命名法規(guī)要求，正式命名的分類單元應(yīng)指定一個命名模式（簡稱模式）作為該分類單元命名的依據(jù)。第54頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三二.微生物的命名

3.新名稱的發(fā)表根據(jù)細(xì)菌命名法規(guī)的規(guī)定，有效發(fā)表新的細(xì)菌名稱應(yīng)在公開發(fā)行的刊物上進(jìn)行，在菌種目錄、會議記錄、會議論文摘要的均不能視為有效發(fā)表。此外，若新名稱是在國際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜志（IJSB）以外的其他雜志上發(fā)表的，還必須經(jīng)過新名稱的合格化發(fā)表，被認(rèn)為合格后，在該雜志上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否則不算合格發(fā)表，也不能取得國際上的承認(rèn)。發(fā)表新名稱時，應(yīng)在新名稱之后加上所屬新分類等級的縮寫詞，如新目“ord.nov.”、新屬“gen.nov.”、新種“sp.nov.”等。

第55頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第三節(jié)細(xì)菌分類三、細(xì)菌分類和伯杰氏手冊20世紀(jì)60年代以前，國際上不少細(xì)菌分類學(xué)家都曾對細(xì)菌進(jìn)行過全面的分類，提出過一些在當(dāng)代有影響的細(xì)菌分類系統(tǒng)。但70年代以后，對細(xì)菌進(jìn)行全面分類的、影響最大的是《伯杰氏手冊》。所以該書目前已成為對細(xì)菌進(jìn)行分類鑒定的主要參考書。第56頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第四節(jié)微生物分類鑒定的特征和技術(shù)

鑒于微生物體形微小、結(jié)構(gòu)較簡單等特點(diǎn)，微生物分類和鑒定除了像高等生物那樣，采用傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)、生理學(xué)和生態(tài)學(xué)特征之外，還必須尋找新的特征作為分類鑒定的依據(jù)。在這方面微生物分類學(xué)家比動植物分類學(xué)家表現(xiàn)了更高的熱情，他們從不同層次（細(xì)胞的、分子的）、用不同學(xué)科（化學(xué)、物理學(xué)、遺傳學(xué)、免疫學(xué)、分子生物學(xué)等）的技術(shù)方法來研究和比較不同微生物的細(xì)胞、細(xì)胞組分或代謝產(chǎn)物，從中發(fā)現(xiàn)反映微生物類群特征的資料作為微生物分類鑒定的依據(jù)。第57頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第四節(jié)微生物分類鑒定的特征和技術(shù)

一、形態(tài)學(xué)和生理生化特征1．形態(tài)學(xué)特征形態(tài)學(xué)特征始終被用作微生物分類和鑒定的重要依據(jù)之一，其中有兩個重要原因：一是它易于觀察和比較，尤其是在真核微生物和具有特殊形態(tài)結(jié)構(gòu)的細(xì)菌中；二是許多形態(tài)學(xué)特征依賴于多基因的表達(dá)，具有相對的穩(wěn)定性。因此，形態(tài)學(xué)特征不僅是微生物鑒定的重要依據(jù)，而且也往往是系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)性的一個標(biāo)志。常用于原核生物分類鑒定的形態(tài)學(xué)特征第58頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三一、形態(tài)學(xué)和生理生化特征2．生理生化特征

生理生化特征和微生物的酶和調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的本質(zhì)和活性直接相關(guān)，酶及蛋白質(zhì)都是基因的產(chǎn)物。所以，對微生物生理生化特征和比較也是對微生物基因組的間接比較，加上測定生理生化特征比直接分析基因組要容易得多。因此生理生化特征對于微生物的系統(tǒng)分類仍然是有意義的。第59頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第四節(jié)微生物分類鑒定的特征和技術(shù)

二、血清學(xué)試驗(yàn)與噬菌體分型1．血清學(xué)試驗(yàn)細(xì)菌細(xì)胞與病毒等都含有蛋白質(zhì)、脂白蛋、脂多糖等有抗原性的物質(zhì)，由于不同微生物抗原物質(zhì)結(jié)構(gòu)不同，賦予它們不同的抗原特征。一種細(xì)菌的抗原除了可與它自身的抗體起特異性免疫反應(yīng)外，若它與其它種類的細(xì)菌有共同的抗原組分，它們的抗原抗體之間就會發(fā)生交叉反應(yīng)。第60頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三二、血清學(xué)試驗(yàn)與噬菌體分型2.噬菌體分型在原核生物中已普遍發(fā)現(xiàn)有響應(yīng)種類的噬菌體.噬菌體對宿主的感染和列解作用具有高度的特異性,即一種噬菌體往往只能感染或裂解某種細(xì)菌,甚至只裂解種內(nèi)的某些菌株.所以,根據(jù)噬菌體的宿主范圍可將細(xì)菌分為不同的噬菌型和利用噬菌體裂解這樣的特異性進(jìn)行細(xì)菌鑒定.這對于追溯傳染病來源、流行病調(diào)查以及病原菌的檢測鑒定有重要意義.第61頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第四節(jié)微生物分類鑒定的特征和技術(shù)

三、氨基酸的順序和蛋白質(zhì)的分析

蛋白質(zhì)是基因的產(chǎn)物,.蛋白質(zhì)的氨基酸順序直接反映mRNA順序而與編碼基因密切相關(guān).因此,可以通過對某些同源蛋白質(zhì)氨基酸順序的比較來分析不同生物系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,序列相似性越高,其親緣關(guān)系愈近.因此可以根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸序列資料構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹和進(jìn)行分類.第62頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三第四節(jié)微生物分類鑒定的特征和技術(shù)

四、核酸的堿基組成和分子雜交

比較DNA和堿基組成和進(jìn)行核酸分子雜交,是目前通過直接比較基因組進(jìn)行生物分類最常用的兩種方法.1.DNA的堿基組成[(G+C)%]

第63頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三四、核酸的堿基組成和分子雜交DNA分子含有四種堿基：腺嘌呤、鳥胞嘧啶胸腺.DNA的堿基組成和排列順序決定生物的遺傳性狀,所以DNA堿基組成是各種生物的一個穩(wěn)定特征.它不受年齡和突變因素以外的外界條件的影響,即使個別基因突變,堿基組成也不會發(fā)生明顯變化.分類學(xué)上,用G+C占全部堿基的物質(zhì)的量百分?jǐn)?shù)(G+C)%來表示各種生物的DNA堿基組成特征.第64頁，講稿共73頁，2023年5月2日，星期三四、核酸的堿基組成和分子雜交每一種生物都有一定的堿基組成親緣關(guān)系近的生物,它們應(yīng)該具有相似的G+C含量,若不同的生物之間G+C含量差別大表明它們關(guān)系遠(yuǎn).現(xiàn)有數(shù)據(jù)表明:高等植物的G+C含量范圍大約35%～50%之間;原核生物中G+C含量變化幅度寬達(dá)22%～80%;脊椎動物G+C含量約35%～45%之間;原核生物中G+C含量變化幅可達(dá)22%～80%這也足以表明原核生物是一個極其多樣性的類群.第65頁，講稿共73頁，20