lammps初學者in文件中文解析

Lammps初學者——in文件中文解析（1）初始化Units：Units命令是用來設(shè)定模擬的原子類型。Unitsstyle（lammps現(xiàn)在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron）LJ是硬球模型Real是真實的原子模型Metal是金屬原子模型Si是硅（半導體）原子模型CgsElectron是電子模型Dimension：Dimension命令是用來定義模擬的維度，默認情況為三維。DimensionN（N=2，3）Boundary：Boundary命令是用來設(shè)定模擬的邊界條件。Boundaryxyz（x，y，z=p，s，f，m四種類型中的一種或者兩種）P是周期性邊界條件S是自由邊界條件（但是具有收縮性）F是固定邊界條件M是具有最小值的自由邊界條件（但是具有收縮性）Atom-style：Atom-style定義了模擬體系中的原子屬性。Delete-atoms：Pair-style：Pair-style定義了相互作用力場類型，即勢函數(shù)。（2）原子定義1、Read-data/read-restart：Read-data或read-restart為從data或restart文件中讀取內(nèi)容來定義原子。2、Lattice：lattice是用來原子類型構(gòu)建模型晶格結(jié)構(gòu)。Latticestylescalekeywordvalues...Style表示點陣類型，點陣類型有none、sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。Scale表示構(gòu)建的點陣類型的單位長度Keyword表示后面可以追加0個或者多個關(guān)鍵字，關(guān)鍵字有origin、orient、spacing、a1、a2、a3、basis。各關(guān)鍵字意思為：Region：Create-box：文件中的內(nèi)容。（/doc/thermo_style.html）Thermo_stylestyleargsStyle=one、multi、customArgs=特定的參數(shù)列表Oneargs=noneMultiargs=noneCustomargs=listofattributesPossibleattributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、Evdwl、ecoul、epair、ebond、eangle、edihed、eimp、Emol、elong、etail、Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、Fmax、fnorm、Cella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、c_ID、c_ID[I]、c_ID[I][J]、f_ID、f_ID[I]、f_ID[I][J]、V_nameDump：Dump命令主要是用來輸出計算后單個原子的相關(guān)信息的。DumpIDgroup-IDstyleNfileargsID：自己給這個dump命令定義的一個代號（自定義）group-ID：那些信息需要被輸出的原子群（預先定義好group）Style：類型N：每經(jīng)過多少時間步輸出信息File：輸出名稱Args：相關(guān)參數(shù)（每個類型不同）Restart：（4）運行Run：Minimize：例一unitsmetal#單位為lammps中的metel類型boundaryppp#周期性邊界條件atom_styleatomic#原子模式latticefcc3.61#Cu的晶格常數(shù)3.61regionboxblock040404#x,y,z各方向上的晶胞重復單元數(shù)，也即區(qū)域大小create_box1box#將上述區(qū)域指定為模擬的盒子create_atoms1box#將原子按晶格填滿盒子pair_styleeam#選取Cu的EAM勢作為模型pair_coeff**Cu_u3.eam#EAM勢文件名稱run0#運行0步，僅為啟動lammps的熱力學數(shù)據(jù)計算variableEequalpe#定義變量E為系統(tǒng)總勢能variableNequalatoms#定義變量N為系統(tǒng)總原子數(shù)print"thenumberofatoms&systemenergynoware$N$E"#打印信息create_atoms1single2.452.052.05#在該位置插入一個原子min_stylesd#能量最小化模式，sdminimize1.0e-121.0e-1210001000#能量最小化參數(shù)，指數(shù)越大最小化程度越深print"interstitialintroduced,minimized:$Natoms,energyis$E"fix1allnvt100100100drag0.2#nvt系綜，原子數(shù)、體積和溫度保持不變;T=100Ktimestep0.005#步長0.005fsrun1000#運行1000步print"nvtperformed,temperatureup:$Natoms,totalenergyis$E"fix1allnvt1000.0001100drag0.2#nvt系綜，溫度由100K到0.0001Krun1000#運行1000步print"nvtperformed,temperaturedown:$Natoms,totalenergyis$E"compute3allpe/atom#計算每個原子的勢能compute4allke/atom#計算每個原子的動能compute5allcoord/atom3.0#計算每個原子的近鄰原子數(shù)dump1allcustom1dump.atomidxsyszsc_3c_4c_5#將信息寫入dump.atommin_stylesdminimize1.0e-121.0e-121000010000#再次能量最小化print"thefinalstate:$Natoms,totalenergyis$E"#打印信息~例二boundarypss#邊界條件，拉伸方向是周期性，其余是自由邊界；如果是薄膜拉伸則是兩個周期性，塊體則是三個周期性unitsmetal#單位制定義為metalatom_styleatomic#原子類型自動neighbor2.0bin#截斷半徑相關(guān)的東西neigh_modifydelay1checkyes#鄰近原子列表更新速度#creategeometrylatticefcc3.61#定義晶胞為fcc，晶格常數(shù)3.61Aregionboxblock0300303#定義一個長方體區(qū)域叫box，長30，寬和高是3create_box1box#創(chuàng)建了這樣一個boxcreate_atoms1box#在box里創(chuàng)建了一種原子mass163.546#定義這種原子的質(zhì)量是63.546#potentialspair_styleeam#定義勢函數(shù)是EAMpair_coef**Cu_u3.eam#勢所需要的參數(shù)在此文件里#definegroupsregion1blockINF1INFINFINFINF#定義了一個叫1的區(qū)域groupleftregion1#定義此區(qū)域里的原子叫l(wèi)eftregion2block29INFINFINFINFINF#定義了一個叫2的區(qū)域grouprightregion2#定義此區(qū)域里的原子叫rightgroupboundaryunionleftright#定義left+right=boundarygroupmobilesubtractallleft#定義mobile=all-left#initialvelocitiesvelocityleftset0.00.00.0#設(shè)置原子初速度為0computepallpressurethermo_temp#計算應力，計算結(jié)果記為pvariablepressxequalc_p[1]#定義變量pressx=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一個值variablepressyequalc_p[2]#定義變量pressy=c_p[2],c_p[2]的意思是p里第二個值variablepresszequalc_p[3]#定義變量pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三個值thermo_stylecustomsteptempetotalpressv_pressxv_pressyv_presszvoldump1allatom1000dump.tensile#輸出結(jié)果到dump.tensileminimize1.0e-61.0e-610001000#馳豫fix1leftsetforce0.0NULLNULL#固定左邊的原子fix2allnpt1.01.01.0aniso0.00.0NULLNULLNULLNULL10.0drag1.0thermo1000#每1000步輸出一次結(jié)果timestep0.002#時間步長0.002psrun10000#運行10000步unfix2fix3allnvefix4alltemp/rescale1001.01.051.0fix5alldeform1000xerate0.002unitsbox#設(shè)置沿x方向拉伸，應變率為0.002(1/ps)computesallstress/atom#計算每個原子上的應力，計算結(jié)果記為scomputestreaallreducesumc_s[1]#將s里第一個值求和，計算結(jié)果記為streavariablestressaequalc_strea/vol#定義變量s