銀河群星高性能計(jì)算服務(wù)系統(tǒng)YHStarW10T技術(shù)方案 用戶手冊(cè) 國家超級(jí)計(jì)算長沙中心

國家超級(jí)計(jì)算長沙中心

用戶手冊(cè)如何使用中心資源申請(qǐng)賬號(hào)首先進(jìn)入中心網(wǎng)站主頁面，了解中心能提供的基本資源和服務(wù)，然后在“上機(jī)服務(wù)--》文檔培訓(xùn)”中下載并填寫《用戶申請(qǐng)表》，經(jīng)單位領(lǐng)導(dǎo)簽字加蓋公章后送到中心才能完成最后注冊(cè)。中心對(duì)《用戶申請(qǐng)表》進(jìn)行審查后，為用戶開通賬號(hào)，用戶即可使用中心資源了。如何使用中心資源三種使用模式遠(yuǎn)程登錄：采用Xwindows或Telnet,putty等遠(yuǎn)程登錄工具直接登錄到機(jī)群上使用資源；高性能計(jì)算門戶：利用瀏覽器使用中心的資源，登錄中心首頁；應(yīng)用軟件的客戶/服務(wù)方式：客戶端軟件安裝在用戶桌面上，直接使用中心資源

機(jī)群基本操作遠(yuǎn)程登錄

step1:利用putty進(jìn)入登錄服務(wù)器(以node68（）為例):機(jī)群基本操作step2:點(diǎn)擊open后進(jìn)入以下界面:機(jī)群基本操作step3:輸入你的用戶名及密碼:機(jī)群基本操作

用戶登錄服務(wù)器后,默認(rèn)進(jìn)入到與用戶名同名的目錄下,5萬億次進(jìn)入到/vol/user_name,10萬億次進(jìn)入到/vol5/home/user_name

機(jī)群基本操作基本操作

1)進(jìn)入目錄:cd2)建文件夾:mkdir3)查看目錄信息:lsll4)刪除文件:rm文件名5)拷貝文件:cpoptionssource

dest6)改變文件/目錄屬性:chmod7)設(shè)置文件/目錄擁有者:chown8)搜索文件:find,grep9)進(jìn)程管理:pstopwwho10)壓縮解壓縮:tar,gzip11）修改密碼：passwd機(jī)群基本操作

vi編輯器Vi提供三種操作模式:命令模式、插入模式、末行模式，三種模式可通過ESC鍵進(jìn)行相互轉(zhuǎn)換。：q!離開vi，并放棄剛在緩沖區(qū)內(nèi)編輯的內(nèi)容：wq

將緩沖區(qū)內(nèi)的資料寫入磁盤中，并離開vi：x同wq

：w將緩沖區(qū)內(nèi)的資料寫入磁盤中，但并不離開vi：q離開vi，若文件被修改過，則會(huì)被要求確認(rèn)是否放棄修改的內(nèi)容,機(jī)群基本操作：setnu設(shè)定資料的行號(hào)。：setnonu取消行號(hào)設(shè)定。

：10,20wtest將第10行至第20行的資料寫入test文件。：10,20w>>test將第10行至第20行的資料加在test文件之后。刪除、復(fù)制及搬移：10,20d刪除第10行至第20行的資料。：10d刪除第10行的資料。：%d刪除整個(gè)編輯緩沖區(qū)。：10,20co30將第10行至第20行的資料復(fù)制至第30行之后。：10,20mo30將第10行至第20行的資料搬移至第30行之后。用戶作業(yè)管理作業(yè)提交基本流程

Step1：用戶準(zhǔn)備數(shù)據(jù)輸入與作業(yè)腳本文件；

Step2:ftp上傳數(shù)據(jù)文件至用戶目錄；用戶可用任意ftp工具將數(shù)據(jù)上傳或下載數(shù)據(jù),用戶名密碼即為你登錄機(jī)群時(shí)使用的用戶名和密碼用戶作業(yè)管理Step3：登錄機(jī)群服務(wù)器，用yhinfo命令查看節(jié)點(diǎn)的信息:用戶作業(yè)管理

yhinfo可以顯示節(jié)點(diǎn)的一些信息，具體說明如下:（1）PARTITION:表示節(jié)點(diǎn)的分組情況；默認(rèn)的組會(huì)有組名前加上*號(hào)，例如：以上情況下，work就是默認(rèn)的組，若不指定，作業(yè)會(huì)自動(dòng)加載到默認(rèn)組中的節(jié)點(diǎn)，如需要到將作業(yè)加載到特殊的組別需要添加相應(yīng)參數(shù)；（2）AVAIL：表示節(jié)點(diǎn)默認(rèn)的狀態(tài)，up表示可用；（3）NODE：表示作業(yè)占用的節(jié)點(diǎn)數(shù)；（4）STATE：表示節(jié)點(diǎn)目前的狀態(tài)；（5）NODELIST：表示作業(yè)占用的節(jié)點(diǎn)列表；用戶作業(yè)管理狀態(tài)含義備注down節(jié)點(diǎn)故障,不可用用戶切記不要在登錄節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行作業(yè).alloc節(jié)點(diǎn)已分配,不可用idle節(jié)點(diǎn)空閑,可用下表是節(jié)點(diǎn)狀態(tài)的具體信息：用戶作業(yè)管理Step4:編譯,調(diào)試作業(yè);集群上安裝了包括gcc,icc等常用的編譯器，用戶可以根據(jù)自身的需要進(jìn)行選擇。如果是并行程序，編譯命令應(yīng)使用以下命令：mpicc:用于對(duì)c語言寫的并行程序；Mpicxx:用于使用c++語言編寫的并行程序；Mpif77，mpif90:用于使用fortran語文編寫的程序；后綴的選擇與你使用的fortran語言版本有關(guān)；具體命令(以C語言程序?yàn)槔?：mpicc–ocpi（編譯后的可執(zhí)行代碼）cpi.c(原程序)用戶作業(yè)管理Step5:利用命令yhrun/yhbatch提交作業(yè):提交作業(yè)命令：yhrun,常用參數(shù)如下:-n,--ntasks=ntasks指定提交作業(yè)的任務(wù)數(shù)-N,--nodes=N指定作業(yè)需要占用的節(jié)點(diǎn)數(shù)；

-x,--exclude=hosts...指定作業(yè)在除某個(gè)節(jié)點(diǎn)外的節(jié)點(diǎn)運(yùn)行；

-wnode[…]指定作業(yè)在某些節(jié)點(diǎn)運(yùn)行-p,partitionname組名用戶作業(yè)管理

-i,--input=in標(biāo)準(zhǔn)輸入重載

-o,--output=out標(biāo)準(zhǔn)輸出重載

-e,--error=err標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤重載例：%yhrun/yhbatch–n4my_program

提交作業(yè)my_program，任務(wù)數(shù)為4，由系統(tǒng)指定節(jié)點(diǎn)。

%yhrun/yhbatch-N2my_program

指定作業(yè)my_program在兩個(gè)節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行,具體節(jié)點(diǎn)不指定。

%yhrun/yhbatch–n2–wnode6my_program

提交作業(yè)my_program在node6上運(yùn)行。%yhrun/yhbatch-n8–N1–wnode1-ptestmyprogram

提交作業(yè)my_program在test組中的node1上運(yùn)行作業(yè).用戶作業(yè)管理yhbatch是提交批處理作業(yè)的命令,使作業(yè)在后臺(tái)運(yùn)行,作用yhbatch命令提交時(shí),用戶需要確認(rèn)提交的作業(yè)為批處理格式的作業(yè)腳本,具體使用yhbatch方法為如下：（1）進(jìn)行用戶作業(yè)所在的目錄并編寫可運(yùn)行批處理作業(yè)的腳本：#cdpath(用戶作業(yè)所在的目錄)#vitask(用戶根據(jù)需要自行命名)#！/bin/sh/usr/local/yhrms2.0/bin/yhrun/path/job_name(path為用戶作業(yè)的全路徑)（2）將作業(yè)腳本的屬性改為可執(zhí)行#chmod+xtask（3）用yhbatch方式發(fā)作業(yè)：#yhbatch–n16–N2–wnode[1-2]./task（4）如果提交成功，系統(tǒng)會(huì)在屏幕上出現(xiàn)與以下內(nèi)容相似的提示：yhbatch:Submittedbatchjob23371,同時(shí)，系統(tǒng)會(huì)在當(dāng)前目錄下生成一個(gè)類似于slurm-23371.out的文件，系統(tǒng)會(huì)將擬輸出到屏幕的內(nèi)容保存到這個(gè)文件中，其中23371是作業(yè)ID號(hào)。用戶作業(yè)管理注意:

任務(wù)數(shù)n=節(jié)點(diǎn)數(shù)N*單個(gè)節(jié)點(diǎn)的CPU核數(shù).yhrun-N1-n8-wnode4job_name

用戶在提交作業(yè)時(shí)，一定要指明所需的節(jié)點(diǎn)數(shù)，即在命令行設(shè)置參數(shù)-N,以防作業(yè)提交出錯(cuò).用戶作業(yè)管理作業(yè)提交后,可用命令yhqueue查看作業(yè)是否提交成功:用戶作業(yè)管理當(dāng)用戶需要在作業(yè)運(yùn)行時(shí)結(jié)束作業(yè),可以利用yhcancel命令,但用戶只能刪除自己的作業(yè),無法對(duì)其他用戶的作業(yè)進(jìn)行操作.%yhcancel15578

結(jié)束作業(yè)號(hào)為15578的作業(yè).如果需要將作業(yè)放到后臺(tái)運(yùn)行,可以使用命令:yhbatch,主要的參數(shù)與yhrun相同.用戶作業(yè)管理用戶如果因?yàn)樽陨硇枰荒苡米鳂I(yè)管理器提交作業(yè)（如起圖形界面、需要登錄到計(jì)算結(jié)點(diǎn)運(yùn)行一些測(cè)試程序）時(shí)，請(qǐng)先使用以下命令占住你需要使用的結(jié)點(diǎn)，然后再使用這些結(jié)點(diǎn)運(yùn)行你自己的程序。如用testzj用戶運(yùn)行以下命令：

yhalloc-n16-N2-wnode[4-5]-pfluent

運(yùn)行成功后會(huì)出現(xiàn)以下的提示：

yhalloc:Grantedjoballocation43786用yhinfo查看：

JOBIDPARTITIONNAMEUSERSTTIMENODESNODELIST(REASON)43786fluentbashtestzjR0:022node[4-5]

用戶作業(yè)管理用戶使用yhalloc命令后不要退出當(dāng)前的shell，否則，占用的結(jié)點(diǎn)會(huì)被釋放掉，即會(huì)出現(xiàn)以下提示：

yhalloc:Relinquishingjoballocation43786如果程序完成后，需要停止占用結(jié)點(diǎn)，可以使用yhcancel

jobid

命令或yhalloc作業(yè)停止。

yhcancel43786

屏幕上會(huì)出現(xiàn)：

yhalloc:Joballocation43786hasbeenrevoked.

這表示你占用的結(jié)點(diǎn)已經(jīng)退出，其它用戶可以使用這些結(jié)點(diǎn)了。

中心軟件的使用方法Fluent:使用方式:

(1)圖形界面:

a.用戶可雙擊打開Xstart,點(diǎn)擊new,新建一個(gè)用戶會(huì)話窗口，并自定義一個(gè)窗口名，在Host欄輸入你要登錄的機(jī)器的IP地址，在Protocal欄選擇SSH,在UserName欄輸入你的用戶名，在Password欄輸入你登錄的密碼，在ExecutionCommand選擇xterm(Linux:type1)或xterm(Linux:type2),點(diǎn)擊Run,即可進(jìn)入登錄節(jié)點(diǎn)（如下圖）；中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法b.運(yùn)行以下命令：yhinfo，查看是否有空閑節(jié)點(diǎn)可供用戶使用：中心軟件的使用方法c.運(yùn)行以下命令，占住你所需要的空閑節(jié)點(diǎn)：

yhalloc–N1–n8–wnode1–pcae

注意：占用節(jié)點(diǎn)后，不要退出登錄界面，否則占用的節(jié)點(diǎn)也會(huì)同時(shí)釋放。中心軟件的使用方法d.進(jìn)入其中的一個(gè)節(jié)點(diǎn)，在計(jì)算節(jié)點(diǎn)上起圖形界面：

ssh–Xnode1/vol/Fluent.Inc/bin/fluent3d–pnet(其中3d是指version，你可以根據(jù)自己的需要進(jìn)行調(diào)整為其它version)注意：因?yàn)槠饒D形界面比較占用資源，我們推薦用戶不要在mds上起圖形界面以免影響其他用戶使用資源。中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法對(duì)并行環(huán)境進(jìn)行配置:1、在Parallel標(biāo)簽中配置，點(diǎn)擊network->configure中心軟件的使用方法2、在Hostname里輸入節(jié)點(diǎn)名，在Username里輸入用戶名，點(diǎn)擊Add，根據(jù)自己的需要添加節(jié)點(diǎn)中心軟件的使用方法3、選中你所需的節(jié)點(diǎn)，在SpawnCount輸入處理器個(gè)數(shù)，點(diǎn)擊Spawn鍵中心軟件的使用方法4、讀入.cas、.dat文件中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法5、進(jìn)行并行計(jì)算：點(diǎn)擊solve->Iterate,設(shè)置需要計(jì)算的步數(shù)其他參數(shù)后，點(diǎn)擊Iterate進(jìn)行計(jì)算中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法(2)命令行方式:a.首先編寫一個(gè)可自動(dòng)執(zhí)行的命令文件.vifluent_testfile/read-casesample.casfile/read-datsample.datit10file/write-casesample_end.casfile/write-datsample_end.datexit

中心軟件的使用方法(2)命令行方式:b.編輯machinefilevimachinefilenode1-bnode1-bnode1-bnode1-bnode1-bnode1-b

中心軟件的使用方法c.編寫作業(yè)運(yùn)行腳本vitask#!/bin/shexportIBA_MPIRUN=/usr/local/mvapich_zm/bin/mpirun_rshexportIBA_MPILIB=/usr/local/mvapich_zm/lib/shared中心軟件的使用方法/vol/Fluent.Inc/bin/fluent2d–t8-mpi=mvapich-pib-ssh-cnf=machinefile-g-ifluent_test中心軟件的使用方法d.運(yùn)行作業(yè)腳本yhrun–N1–wnode1./task注：如果在運(yùn)行過程中不需要交互,則可以考慮使用yhbatch命令將作業(yè)提交到后臺(tái)運(yùn)行.viyhtask#!/bin/sh/usr/local/yhrms1.4/bin/yhrun/vol/zj119/example2/task保存退出,運(yùn)行以下命令:yhbatch–N1–wnode1./yhtaskAnsys:使用情況:使用次數(shù)不多;使用方式:

主要有圖形方式和命令行方式兩種.

中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法圖形方式Step1:用xmanager登錄，占住所需要的節(jié)點(diǎn)，并進(jìn)入其中一個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)（方法同使用fluent時(shí)一樣）Step2:進(jìn)入ansys配置界面:#cd/vol/Ansys11/v110/ansys/bin#./launcher110中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法Step2:配置環(huán)境1、在CustomizationPreference標(biāo)簽中配置：a)在SimulationEnvironment中選ANSYSb)在License中選ANSYSMultiPhysics2、在FileManagement標(biāo)簽中配置：在WorkingDirectory：中設(shè)置用戶ansys程序所在路徑，如:/zj119/ansys/work/3、在HighPerformanceComputingSetup標(biāo)簽中配置：

a)選擇RundistributedANSYS; UseDistributedANSYSb)在selectedhosts中用NewHost添加運(yùn)算節(jié)點(diǎn)，注意添加第一個(gè)節(jié)點(diǎn)必須是控制節(jié)點(diǎn)mds。中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法Step3:點(diǎn)擊“run”,出現(xiàn)：“ANSYSMultiphysicsUtilityMenu”界面中心軟件的使用方法step4：開始執(zhí)行ANSYS程序

1）打開用戶ansys原程序在菜單file->Resumefrom,出現(xiàn)ResumeDatabase對(duì)話框。在filter中輸入用戶工作目錄：/vol/zj119/Ansys11/work則在右邊的窗口中顯示該目錄下的所有文件。選擇ansys_520.db(ansys_520.db為用戶ansys原程序)

中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法中心軟件的使用方法2）在ANSYSMainMenu中選Solution->Solve->CurrentLS.就開始并行運(yùn)行用戶程序了。中心軟件的使用方法

命令行方式