生物樣本庫信息化中的新技術(shù)－劉雷

第七屆中國生物樣本庫標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè)與應(yīng)用研討會(huì)2015年3月26-28日上海生物樣本庫信息化中的新技術(shù)復(fù)旦大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院上海生物信息技術(shù)研究中心樣本庫信息化管理的現(xiàn)狀庫信息化管理的初衷。當(dāng)樣本量積累到一定程，理可以合理有效地規(guī)劃儲(chǔ)存空間，大大提高空間的利用2)冰箱3)液氮4)凍存架5)抽屜6)凍存盒7)不同類型樣本樣本庫信息化管理的現(xiàn)狀?流程管理實(shí)時(shí)、自動(dòng)化、可追蹤本的狀態(tài),使管理自動(dòng)化，并X新的識(shí)別技術(shù)?數(shù)據(jù)查詢、樣本檢索快速便捷管理系統(tǒng)應(yīng)提供簡便的查詢與檢索功能,能夠快速準(zhǔn)確地找本和相關(guān)數(shù)據(jù)。查詢應(yīng)提供多字段查找,可以從樣本索,特別是可根據(jù)任意臨床數(shù)據(jù)字段及字段組合進(jìn)行息、臨床資料(含病理和影像學(xué)資料及隨訪)，用戶皆可以通過樣本庫信息化管理系統(tǒng)的功能模塊醫(yī)生信息科(VIEW)樣本庫信息化管理系統(tǒng)的功能模塊醫(yī)生信息科(VIEW)醫(yī)院HISLIS數(shù)據(jù)抽取ce據(jù)?通過數(shù)據(jù)庫視圖(VIEW)實(shí)時(shí)抽取數(shù)據(jù)的方式。?通過EXCEL數(shù)據(jù)導(dǎo)入的方式。?通過WEBSERVICE的方式進(jìn)行數(shù)據(jù)的實(shí)時(shí)提取。?將醫(yī)院的HIS和LIS信息數(shù)據(jù)導(dǎo)入至樣本庫軟件中。?相關(guān)的成功案例有：東方肝膽的HIS和檢測報(bào)告數(shù)據(jù)實(shí)時(shí)提取、北京胸科的EXCEL導(dǎo)入、以及廈門等幾家醫(yī)院。?樣本庫報(bào)告的擁有者、樣本源類型、樣本組的分類來分體情況。生物樣本庫的樣本數(shù)量及臨床資料信息會(huì)隨時(shí)間推移，爆炸式軟件系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫設(shè)計(jì)充分考慮百萬級(jí)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)，優(yōu)化數(shù)據(jù)存儲(chǔ)方式，建立全庫索引，真正實(shí)現(xiàn)用戶請(qǐng)求的毫秒響應(yīng)。樣本庫信息化管理系統(tǒng)的技術(shù)架構(gòu)究論壇，2015年1月22日，上海?系統(tǒng)采用瀏覽器/服務(wù)器結(jié)構(gòu)(BS結(jié)構(gòu))，用戶無需安裝任1.隨訪人員或采集樣本的人員外出攜帶移動(dòng)設(shè)備或者筆記本電腦進(jìn)行數(shù)據(jù)信息的記錄。2.研究人員可以在任何具備瀏覽器的和網(wǎng)絡(luò)的設(shè)備上查閱樣本信息，申請(qǐng)出庫。3.便于快速搭建起樣本庫管理信息系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)化管理平臺(tái)。4.兼容性好，便于之后的維護(hù)和升級(jí)。TissueBank樣本庫信息化管理新趨勢(shì)TissueBank?支持多中心聯(lián)合，促進(jìn)樣本信息共享統(tǒng)B統(tǒng)B樣本庫系統(tǒng)Galaxy平臺(tái)系統(tǒng)統(tǒng)PortaltaandWebServicese.g.GEO,NCBI,PubMed,GeneGoCompliantAuditableTraceable CatalogofOntology&TerminologyTranslationalMedicinePlatformingureTranSMARTsTranSMARTUBIOPREDTranSMARTPharmaTranSMARTstionalDataSourcesSemanticnormalisationTranSMARTPortaltaandWebServicese.g.GEO,NCBI,PubMed,GeneGoCompliantAuditableTraceable CatalogofOntology&TerminologyTranslationalMedicinePlatformingureTranSMARTsTranSMARTUBIOPREDTranSMARTPharmaTranSMARTstionalDataSourcesSemanticnormalisationTranSMARTectionsticsalysistatranSMARTa?GIS(fromHammersmith?TothillandTCGAarecancercases.nbetweentheprimarytumorandperitonealdeposits?Tumorstageandresidualdiseaseissignificantlyassociatedwithoverallsurvival.fexpressionofgenesofinterestinmultipledatasets樣本庫信息管理的功能