pubmed學(xué)習(xí)教程課件

2023/2/61醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫

MEDLINEIE6.0以下版本，應(yīng)用火狐瀏覽器

（下載網(wǎng)址及軟件）2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室22023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室3一、數(shù)據(jù)庫概況（一）編制單位：美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)。（二）收錄學(xué)科內(nèi)容：主要收錄生物醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健以及生命科學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)。包括行為科學(xué)、健康專業(yè)所需要的化學(xué)、生物工藝學(xué)，基礎(chǔ)研究和臨床、護(hù)理、公共衛(wèi)生、衛(wèi)生政策發(fā)展或相關(guān)教育活動的內(nèi)容。2000年起增加了生物、環(huán)境科學(xué)、海洋生物、植物和動物學(xué)、生物物理學(xué)和生物化學(xué)等生命科學(xué)方面的研究內(nèi)容。2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室5二、MEDLINE的檢索平臺廣域網(wǎng)免費(fèi)平臺：NCBI-PubMed（含非MEDLINE數(shù)據(jù)）2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室6校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺（IP控制）：OvidSP（含非MEDLINE數(shù)據(jù)）WebofKnowledgeEBSCOOCLCFirstSearch二、MEDLINE的檢索平臺2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室7校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺的Medline2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室9（一）開發(fā)機(jī)構(gòu)：NCBI（美國國立生物技術(shù)信息中心）

NCBI的任務(wù):

建立基于計(jì)算機(jī)信息處理的分子生物學(xué)、生物化學(xué)、遺傳學(xué)知識的自動存儲和分析系統(tǒng)，并開展相關(guān)先進(jìn)方法的研究。促進(jìn)生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。促進(jìn)全世界范圍內(nèi)生物技術(shù)信息收集的合作。一、PubMed簡介2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室10NCBI網(wǎng)站2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室11NCBI提供的數(shù)據(jù)庫檢索大分子生物學(xué)數(shù)據(jù)獲取GenBank,EMBL等數(shù)據(jù)庫的核酸序列；獲取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白質(zhì)序列，從核酸序列翻譯到蛋白質(zhì)的序列；獲取基因和染色體圖譜；蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)及大分子模式（MMDB）等其他生物信息數(shù)據(jù)庫檢索。PubMed等文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室13MDENLINEIndexed 1966toprensent的MEDLINE已標(biāo)引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：[PubMed-indexedforMEDNLINE]

OldMDENLINE 1949-1965年間的MEDLINE數(shù)據(jù)，無MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：[PubMed-OLDMDENLINEforPre1966]

（三）PubMed收錄數(shù)據(jù)2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室14MDENLINEInprocess

最新的MDENLINE處理中數(shù)據(jù)，未標(biāo)引，無MeSH字段。每條記錄標(biāo)有：[PubMed-inprocess]。Publisher-Supplied

出版商提供的電子文獻(xiàn)題錄，每條記錄標(biāo)有: [PubMed-assuppliedbypublisher]，分為兩類：

MEDLINE收錄，逐步轉(zhuǎn)為InProcess,Indexed狀態(tài)。

NotMEDLINE：PubMed收錄，MDELINE不收錄，一直標(biāo)注[PubMed-assuppliedbypublisher]或[PubMed]（三）PubMed收錄數(shù)據(jù)2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室15二、PubMed的檢索功能基本檢索輸入框檢索限制高級檢索檢索指南檢索工具：特定文獻(xiàn)檢索臨床查詢專題查詢其他資源：規(guī)范詞數(shù)據(jù)庫期刊數(shù)據(jù)庫臨床試驗(yàn)等個(gè)人空間2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室17檢索欄可輸入布爾邏輯運(yùn)算式：如：OmeprazoleAND(analogsORderivatives)字段限定符：[]，空格按詞組匹配如：Stemcelltransplantation[ti]（空格=詞組運(yùn)算）如：Omeprazole[ti]pharmacology[ti]（空格=“and”運(yùn)算）三、PubMed基本檢索規(guī)則2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室18字段限定

stemcelltransplantation[ti]2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室192023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室19stemcell[ti]ANDtransplantation[ti]比空格多檢出400篇2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室21著者檢索：姓全稱在前，名首字母在后，[au]。 如:smithab[au]“paulsene”[au]三、PubMed基本檢索規(guī)則邏輯運(yùn)算式輸入：PaulsenE撰寫的蘆薈治療牛皮癬的文章2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室22刊名檢索：全稱或MEDLINE認(rèn)可的標(biāo)準(zhǔn)縮寫,[so]

如：Journalofinvestigativedermatology[so] Jinvestdermatol[so]三、PubMed基本檢索規(guī)則輸入刊名檢索發(fā)表在該刊上的文獻(xiàn)（限定出處字段SO）2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室23PubMed記錄字段說明文摘第一著者單位地址出版商提供文獻(xiàn)識別號著者群版權(quán)說明參考評論文獻(xiàn)合著者文獻(xiàn)參考評論定稿版校樣版輸入日期輸入完成日期電子出版日期2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室25最后修訂日期規(guī)范詞表詞規(guī)范詞確立日期系統(tǒng)組織的文摘版權(quán)擁有者題錄提供機(jī)構(gòu)的識別號病史相關(guān)與原始記錄其他關(guān)鍵詞提供其他關(guān)鍵詞的機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)提供者機(jī)構(gòu)文章總頁數(shù)出版商提供數(shù)據(jù)時(shí)間期刊出版國數(shù)據(jù)庫文獻(xiàn)編號2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室26作為主題詞的個(gè)人姓名出版狀態(tài)文獻(xiàn)類型出版模式（紙張或電子）參考文獻(xiàn)數(shù)已撤回的文獻(xiàn)酶或化學(xué)物質(zhì)代碼正在撤消中的文章初版文獻(xiàn)修訂和再版的文章子專題文檔太空署提供的數(shù)據(jù)二次文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫以及文章討論的分子序列訪問號原文來源引用了病例的文獻(xiàn)內(nèi)部處理代碼標(biāo)準(zhǔn)期刊縮寫文獻(xiàn)標(biāo)題翻譯標(biāo)題更新文獻(xiàn)文獻(xiàn)正在更新期刊卷號2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室29自動轉(zhuǎn)換匹配檢索詞： 對常用醫(yī)學(xué)名詞自動在規(guī)范詞索引（主題詞、副主題詞、物質(zhì)名稱）中轉(zhuǎn)換、并在所有記錄字段中匹配。

如：tonguecancer"tongueneoplasms"[MeSHTerms]OR("tongue"[AllFields]AND"neoplasms"[AllFields])OR"tongueneoplasms"[AllFields]OR("tongue"[AllFields]AND"cancer"[AllFields])OR"tonguecancer"[AllFields]三、PubMed基本檢索規(guī)則2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室30結(jié)果顯示頁右側(cè)Details顯示系統(tǒng)自動匹配轉(zhuǎn)換的檢索詞2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室31自動轉(zhuǎn)換匹配檢索詞：

如：hypertensiontherapy

Details: ("hypertension"[MeSHTerms]OR "hypertension"[AllFields])AND ("therapy"[Subheading]OR"therapy"[AllFields]OR"therapeutics"[MeSHTerms]OR"therapeutics"[AllFields])三、PubMed基本檢索規(guī)則2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室32四、PubMed檢索限制：LimitsPubMed主頁、結(jié)果顯示頁、高級檢索界面均有Limits鏈接。2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室33全文、免費(fèi)全文、摘要限定出版日期限定文獻(xiàn)類型限定語種限定研究對象人/動物限定性別限定年齡限定各種專題的子數(shù)據(jù)庫限定2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室34五、PubMed高級檢索功能一個(gè)網(wǎng)頁中集多種功能于一體基本檢索檢索細(xì)節(jié)檢索式編制檢索歷史其他檢索資源檢索詞索引結(jié)果預(yù)覽2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室35SearchBuilder（檢索式編制）：檢索框中只能輸入檢索詞，不能輸入檢索式。多個(gè)字段檢索要分多次輸入。SearchHistory（檢索歷史）：檢索歷史中顯示歷次檢索式、時(shí)間和檢出篇數(shù)。可組配檢索式，如：#1OR#2，#1ANDchild點(diǎn)擊編號可對檢索式進(jìn)行刪除、保存等操作。Preview（結(jié)果預(yù)覽）：在History中快速顯示檢索式與檢出篇數(shù)Details（檢索詞匹配細(xì)節(jié)）：顯示轉(zhuǎn)換規(guī)范詞及運(yùn)算的詳細(xì)過程，可確定規(guī)范詞五、PubMed高級檢索規(guī)則2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室36六、PubMed其他資源1.MeshDatabase（規(guī)范化主題詞表）功能：確定規(guī)范化主題詞查看主題詞詞義注釋、樹狀結(jié)構(gòu)表選擇副主題詞、擴(kuò)展下位主題詞、指定主要主題詞進(jìn)入途徑：MeSHDatabase鏈接：PubMed主頁，AdvancedSearch界面MeSH選項(xiàng)：基本檢索框前Search下拉菜單的2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室37進(jìn)入MeSH2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室38MeSH詞檢索例1：2006-10年關(guān)于舌根癌藥物治療的文獻(xiàn)。課題分析：舌根癌的不同表達(dá)形式（OR）：

tonguebasecancer、 cancer/carcinoma/tumoroftonguebase、 cancerofthebaseoftongue…藥物治療的不同表達(dá)形式（OR）：

drugtherapy/treat/treatment兩個(gè)概念之間：舌根癌AND藥物治療2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室39輸入檢索詞，查找規(guī)范詞未匹配到規(guī)范詞改用上級概念“舌癌”匹配2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室40只查重點(diǎn)論述的文獻(xiàn)2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室41輸入舌根的自由詞檢索式，進(jìn)行AND運(yùn)算。2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室42初步結(jié)果，未限定年份2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室432023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室44設(shè)定的限制2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室45輸入(tonguebase[ti]AND(cancer*[ti]ORcarcinoma*[ti]ORtumor*[ti]))AND(therapyORtreatORtreatment)自由詞檢索最新文獻(xiàn)2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室462023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室47加工中，無MeSH詞2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室48比MeSH多3篇2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室49排序方式選擇Abstract格式提供全文鏈接、規(guī)范詞等信息2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室50點(diǎn)擊標(biāo)題顯示文摘增強(qiáng)格式文獻(xiàn)歸類功能免費(fèi)全文鏈接2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室51文摘增強(qiáng)格式相關(guān)論文MeSH詞、物質(zhì)名、文獻(xiàn)類型等信息LinkOut外部資源鏈接全文鏈接，我校訂購的數(shù)據(jù)庫可鏈全文，需在校園網(wǎng)內(nèi)設(shè)免費(fèi)代理相關(guān)的網(wǎng)上免費(fèi)醫(yī)學(xué)指南信息全文鏈接2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室522023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室53輸出方式選擇2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室54輸出方式選擇（sendto）File：保存檢索結(jié)果為文本文件Clipboard剪貼板，多次檢索，可暫存每次檢索需下載的記錄，最后一起保存。最多允許存儲500條，保留8小時(shí)。Email:通過郵件發(fā)送Collections：將檢索結(jié)果存到MyNCBI中Order：全文傳遞服務(wù)，需帳號、收費(fèi)。2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室542023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室55訂閱最新結(jié)果點(diǎn)擊后點(diǎn)“XML”按鈕2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室56需IE7.0以上版本2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室57定期點(diǎn)擊鏈接，接收課題最新相關(guān)論文2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室58MeSH詞檢索例2：2003-09年期間關(guān)于霉酚酸酯治療腎衰竭療效觀察的文獻(xiàn)。課題分析：MeSH匹配規(guī)范詞：mycophenolatemofetilMeSH匹配規(guī)范詞：

renalfailure,treatmentefficacy（AND）匹配副主題詞：

drugtherapy2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室59補(bǔ)充概念（規(guī)范詞）：MeSH主題詞未涵蓋的藥物、物質(zhì)名稱、疾病名、方案。無副主題詞選項(xiàng)2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室602023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室612023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室622023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室632023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室64MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞:

如：renal/kidneyfailure;tonguecancer/tumor…查全子概念:

如：chronic/acutekidneyfailure,ATN2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室65查全子概念：自動擴(kuò)展檢索下位詞勾選后不擴(kuò)展下位詞樹形結(jié)構(gòu)上位詞MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室66MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)根據(jù)樹形結(jié)構(gòu)調(diào)整檢索詞縮?。翰粩U(kuò)展下位詞，或選用某個(gè)下位詞；擴(kuò)大：選用上位詞，或選用多個(gè)同位詞；了解同一概念的同義詞、近義詞，供自由詞檢索參考款目詞：規(guī)范詞所替代的不同表達(dá)形式的自由詞2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室67MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)提高文獻(xiàn)相關(guān)度標(biāo)有MeSH詞的都是文章的主題，篩去非主題的文章MajorTopicHeadings（加權(quán)，重點(diǎn)論述的主題）帶*的是文獻(xiàn)重點(diǎn)論述的主題2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室68MeSH檢索的缺陷人工標(biāo)引費(fèi)時(shí)，近6個(gè)月左右的論文還未標(biāo)MeSH詞（InProcess），用MeSH會漏檢。Medline不收錄的文獻(xiàn)，Suppliedbypublisher的文獻(xiàn)，不標(biāo)MeSH詞。新詞、一些很專指的概念沒有對應(yīng)的規(guī)范詞。如：SARS（03年詞表中沒有），舌根癌查上述類型的文獻(xiàn)需結(jié)合自由詞檢索2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室69六、PubMed其他資源2.JournalsinNCBIDatabase（期刊信息庫）通過輸入刊名全稱或縮寫、ISSN號等瀏覽期刊出版社等詳細(xì)信息。提供期刊：在PMC中的免費(fèi)全文鏈接相關(guān)的其他期刊……2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室70輸入待檢期刊名期刊詳細(xì)信息全文等鏈接2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室71

GoPubmed文獻(xiàn)分析2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室72GoPubmed——文獻(xiàn)分析工具GoPubMed是德國Transinsight公司和德國德累斯頓大學(xué)合作開發(fā)，對PubMed檢索結(jié)果進(jìn)行篩選、分析的工具。智能搜索、交互式篩選找出重要論文。2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室73GoPubMed的功能包括生物醫(yī)學(xué)所有概念及其語義關(guān)系GO基因詞庫MeSH主題詞表PRO蛋白質(zhì)詞庫2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室74

GoPubMed可以告訴我們4W

WhatWhoWhereWhen2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室752023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室76自動顯示備選主題詞鼠標(biāo)移動至主題詞可顯示注解、同義詞等2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室77最近檢索歷史2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室78四個(gè)“W”查看發(fā)表文獻(xiàn)最多的作者2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室79著者關(guān)系圖2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室802023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室81案例分析H1N1流感的研究進(jìn)展利用GoPubMed查找相關(guān)文獻(xiàn)，并了解以下四個(gè)“W”：What，Who，Where，When；了解涉及甲流病毒研究的文章；查找中國（不含省港澳）關(guān)于甲流病毒的研究文章2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室82輸入規(guī)則同PubMed2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室83分析功能2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室84時(shí)間分析國家分析2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室85城市分析刊物分析2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室86地區(qū)分布圖2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室87主題分析作者分析2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室88研究人員關(guān)系網(wǎng)線條越多，線形越多，地位越重要2023/2/6復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室89課題發(fā)展趨勢2023/