真菌脂肪酶的生物信息學(xué)研究

真菌脂肪酶的生物信息學(xué)研究學(xué)號(hào)：姓名：指導(dǎo)教師：背景介紹實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備工作二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與三級(jí)結(jié)構(gòu)建模分子對(duì)接結(jié)論一級(jí)序列相關(guān)信息測(cè)定展示內(nèi)容：背景介紹真菌霉菌酵母覃菌反應(yīng)方程式酯的水解RCOOR1+H2O→RCOOH+R1OH酯的合成RCOOH+R1OH→RCOOR1+H2O酯交換反應(yīng)RCOOR1+R2COOR→R2COOR1+RCOOR醇解反應(yīng)RCOOR1+R2OH→RCOOR2+R1OH酸解反應(yīng)RCOOR1+R2COOH→R2COOR1+RCOOH真菌脂肪酶脂肪酶(EC3.1.1.3.)是分解三脂酰甘油的水解酶類,全稱為三脂酰甘油?；饷浮１尘敖榻B真菌脂肪酶脂肪酶的活性中心是絲氨酸（Ser）殘基，Ser可與天冬氨酸（Asp）、組氨酸（His）、谷氨酸（Glu）中的兩個(gè)組成的三元組催化中心。褶皺假絲酵母的活性中心為His(449)-Ser(209)-Glu(341)，而米黑根毛酶的活性中心則是Ser(144)-His(267)-Asp(203)。脂肪酶已經(jīng)應(yīng)用到了很多領(lǐng)域，如食品、醫(yī)藥、農(nóng)藥、生物傳感器、環(huán)境衛(wèi)生、洗滌、化妝品、香水、皮革等。背景介紹生物信息學(xué)主要研究生物系統(tǒng)中的信息現(xiàn)象、信息流及其相互作用和調(diào)控規(guī)律,是一門理論與實(shí)踐應(yīng)用并重的學(xué)科。生物信息學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)基因組學(xué)生物信息學(xué)應(yīng)用能源領(lǐng)域農(nóng)業(yè)領(lǐng)域食品領(lǐng)域環(huán)境領(lǐng)域生物醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備工作1.安裝軟件及網(wǎng)頁(yè)工具2.下載蛋白質(zhì)信息運(yùn)行環(huán)境Cygwin64、Python3.3準(zhǔn)備工具ChemBio3D2012、ChemBioDraw2012一級(jí)序列測(cè)定BLAST2.2.29+、Bioxm2.6、MEGA4.1、Cobalt、ClustalW2、protscale、NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)二級(jí)結(jié)構(gòu)測(cè)定Sopm三級(jí)結(jié)構(gòu)測(cè)定Swissmodel、Autodock4、MGLTools1.56、PDB數(shù)據(jù)庫(kù)一級(jí)序列相關(guān)信息測(cè)定基本信息提取褶皺假絲酵母圓柱假絲酵母疏棉狀嗜熱絲孢菌沙門柏干酪青霉米黑根毛霉米根霉解脂假絲酵母尖孢鐮刀菌黑曲霉白地霉等電點(diǎn)4.854.945.324.404.777.446.326.854.115.42氨基酸數(shù)目549548291276363392406345297563Ser45282122385123302942His576667137513Asp31341920192425171836Glu13101211163218131420最多的氨基酸種類和數(shù)目Leu59Gly56Gly28Ala30Ser38Ser51Phe31Ala40Ala36Leu54一級(jí)序列相關(guān)信息測(cè)定疏水性預(yù)測(cè)褶皺假絲酵母圓柱假絲酵母疏棉狀嗜熱絲孢菌沙門柏干酪青霉米黑根毛霉米根霉解脂假絲酵母尖孢鐮刀菌黑曲霉白地霉GRAVY值0.0440.129-0.150-0.046-0.061-0.127-0.320-0.1010.111-0.176一級(jí)序列相關(guān)信息測(cè)定Blast對(duì)齊白地霉褶皺假絲酵母圓柱假絲酵母沙門柏干酪青霉疏棉狀嗜熱絲孢菌解脂假絲酵母米根霉黑曲霉尖孢鐮刀菌米黑根毛霉白地霉116441837620.418.1

17.3

17.3褶皺假絲酵母418111884516.918.520.8

16.916.9

圓柱假絲酵母387870111617.317.7

18.1

沙門柏干酪青霉20.416.917.356722765.1106214182122疏棉狀嗜熱絲孢菌17.718.518.122760195.9125290198126解脂假絲酵母

20.8

65.195.985361.271.675.149.7米根霉

18.110612561.2807115110313黑曲霉17.316.9

21429074.3115607195125尖孢鐮刀菌

16.9

19921587.4126209712119米黑根毛霉17.3

12212650.1325124102750一級(jí)序列相關(guān)信息測(cè)定多重序列對(duì)齊一級(jí)序列相關(guān)信息測(cè)定進(jìn)化樹構(gòu)建二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與三級(jí)結(jié)構(gòu)建模二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)α310螺旋πβ折疊β轉(zhuǎn)角彎曲區(qū)域無(wú)規(guī)線團(tuán)模糊區(qū)域其它褶皺假絲酵母29.69%\\21.86%9.11%\39.34%\\圓柱假絲酵母29.74%\\25.18%10.58%\34.49%\\疏棉狀嗜熱絲孢菌31.96%\\22.68%11.00%\34.46%\\沙門柏干酪青霉30.43%\\28.99%10.51%\30.07%\\米黑根毛霉28.37%\\20.39%10.47%\40.50%\\米根霉23.47%\\23.72%11.74%\41.07%\\解脂假絲酵母29.06%\\22.41%8.62%\39.90%\\尖孢鐮刀菌32.75%\\25.51%11.88%\29.86%\\黑曲霉40.07%\\20.54%8.42%\30.98%\\白地霉32.68%\\21.49%9.41%\36.41%\\二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與三級(jí)結(jié)構(gòu)建模三級(jí)結(jié)構(gòu)建模分子對(duì)接準(zhǔn)備工作分子對(duì)接主要操作過(guò)程分子對(duì)接月桂酸的對(duì)接圖分子對(duì)接月桂酸結(jié)合位點(diǎn)分子對(duì)接配體結(jié)合位點(diǎn)分子