真菌脂肪酶的生物信息學研究

真菌脂肪酶的生物信息學研究學號：姓名：指導教師：背景介紹實驗準備工作二級結(jié)構(gòu)預測與三級結(jié)構(gòu)建模分子對接結(jié)論一級序列相關(guān)信息測定展示內(nèi)容：背景介紹真菌霉菌酵母覃菌反應方程式酯的水解RCOOR1+H2O→RCOOH+R1OH酯的合成RCOOH+R1OH→RCOOR1+H2O酯交換反應RCOOR1+R2COOR→R2COOR1+RCOOR醇解反應RCOOR1+R2OH→RCOOR2+R1OH酸解反應RCOOR1+R2COOH→R2COOR1+RCOOH真菌脂肪酶脂肪酶(EC3.1.1.3.)是分解三脂酰甘油的水解酶類,全稱為三脂酰甘油?；饷?。背景介紹真菌脂肪酶脂肪酶的活性中心是絲氨酸（Ser）殘基，Ser可與天冬氨酸（Asp）、組氨酸（His）、谷氨酸（Glu）中的兩個組成的三元組催化中心。褶皺假絲酵母的活性中心為His(449)-Ser(209)-Glu(341)，而米黑根毛酶的活性中心則是Ser(144)-His(267)-Asp(203)。脂肪酶已經(jīng)應用到了很多領(lǐng)域，如食品、醫(yī)藥、農(nóng)藥、生物傳感器、環(huán)境衛(wèi)生、洗滌、化妝品、香水、皮革等。背景介紹生物信息學主要研究生物系統(tǒng)中的信息現(xiàn)象、信息流及其相互作用和調(diào)控規(guī)律,是一門理論與實踐應用并重的學科。生物信息學蛋白質(zhì)組學基因組學生物信息學應用能源領(lǐng)域農(nóng)業(yè)領(lǐng)域食品領(lǐng)域環(huán)境領(lǐng)域生物醫(yī)學實驗準備工作1.安裝軟件及網(wǎng)頁工具2.下載蛋白質(zhì)信息運行環(huán)境Cygwin64、Python3.3準備工具ChemBio3D2012、ChemBioDraw2012一級序列測定BLAST2.2.29+、Bioxm2.6、MEGA4.1、Cobalt、ClustalW2、protscale、NCBI數(shù)據(jù)庫二級結(jié)構(gòu)測定Sopm三級結(jié)構(gòu)測定Swissmodel、Autodock4、MGLTools1.56、PDB數(shù)據(jù)庫一級序列相關(guān)信息測定基本信息提取褶皺假絲酵母圓柱假絲酵母疏棉狀嗜熱絲孢菌沙門柏干酪青霉米黑根毛霉米根霉解脂假絲酵母尖孢鐮刀菌黑曲霉白地霉等電點4.854.945.324.404.777.446.326.854.115.42氨基酸數(shù)目549548291276363392406345297563Ser45282122385123302942His576667137513Asp31341920192425171836Glu13101211163218131420最多的氨基酸種類和數(shù)目Leu59Gly56Gly28Ala30Ser38Ser51Phe31Ala40Ala36Leu54一級序列相關(guān)信息測定疏水性預測褶皺假絲酵母圓柱假絲酵母疏棉狀嗜熱絲孢菌沙門柏干酪青霉米黑根毛霉米根霉解脂假絲酵母尖孢鐮刀菌黑曲霉白地霉GRAVY值0.0440.129-0.150-0.046-0.061-0.127-0.320-0.1010.111-0.176一級序列相關(guān)信息測定Blast對齊白地霉褶皺假絲酵母圓柱假絲酵母沙門柏干酪青霉疏棉狀嗜熱絲孢菌解脂假絲酵母米根霉黑曲霉尖孢鐮刀菌米黑根毛霉白地霉116441837620.418.1

17.3

17.3褶皺假絲酵母418111884516.918.520.8

16.916.9

圓柱假絲酵母387870111617.317.7

18.1

沙門柏干酪青霉20.416.917.356722765.1106214182122疏棉狀嗜熱絲孢菌17.718.518.122760195.9125290198126解脂假絲酵母

20.8

65.195.985361.271.675.149.7米根霉

18.110612561.2807115110313黑曲霉17.316.9

21429074.3115607195125尖孢鐮刀菌

16.9

19921587.4126209712119米黑根毛霉17.3

12212650.1325124102750一級序列相關(guān)信息測定多重序列對齊一級序列相關(guān)信息測定進化樹構(gòu)建二級結(jié)構(gòu)預測與三級結(jié)構(gòu)建模二級結(jié)構(gòu)預測α310螺旋πβ折疊β轉(zhuǎn)角彎曲區(qū)域無規(guī)線團模糊區(qū)域其它褶皺假絲酵母29.69%\\21.86%9.11%\39.34%\\圓柱假絲酵母29.74%\\25.18%10.58%\34.49%\\疏棉狀嗜熱絲孢菌31.96%\\22.68%11.00%\34.46%\\沙門柏干酪青霉30.43%\\28.99%10.51%\30.07%\\米黑根毛霉28.37%\\20.39%10.47%\40.50%\\米根霉23.47%\\23.72%11.74%\41.07%\\解脂假絲酵母29.06%\\22.41%8.62%\39.90%\\尖孢鐮刀菌32.75%\\25.51%11.88%\29.86%\\黑曲霉40.07%\\20.54%8.42%\30.98%\\白地霉32.68%\\21.49%9.41%\36.41%\\二級結(jié)構(gòu)預測與三級結(jié)構(gòu)建模三級結(jié)構(gòu)建模分子對接準備工作分子對接主要操作過程分子對接月桂酸的對接圖分子對接月桂酸結(jié)合位點分子對接配體結(jié)合位點分子