植物基因組的RAPD分析

實(shí)驗(yàn)九

植物基因組的RAPD分析1、了解常用的分子標(biāo)記；2、掌握RAPD標(biāo)記的分析方法。一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康膹V義的分子標(biāo)記（molecularmarker）：可遺傳的并可檢測(cè)的DNA序列或蛋白。包括蛋白質(zhì)標(biāo)記和DNA標(biāo)記（狹義的分子標(biāo)記）。蛋白質(zhì)標(biāo)記包括動(dòng)植物蛋白、同工酶及等位酶。理想的分子標(biāo)記：1.高多態(tài)性2.共顯性遺傳3.能明確辨別等位基因4.遍布整個(gè)基因組5.無基因多效性6.檢測(cè)手段簡(jiǎn)單快速7.成本低廉8.重復(fù)性好二、實(shí)驗(yàn)原理RPADRAPD

randomamplifiedpolymorphicDNA

1990年，由美國杜邦公司的科學(xué)家Williams推出。原理：任意序列的8-10個(gè)堿基的寡核苷酸片段隨機(jī)引物擴(kuò)增;引物結(jié)合區(qū)域發(fā)生DNA片段插入、缺失或堿基突變導(dǎo)致PCR產(chǎn)物增加、缺少或發(fā)生分子量變化。RAPD實(shí)驗(yàn)流程

DNA提取 PCR擴(kuò)增 產(chǎn)物檢測(cè) 數(shù)據(jù)記錄 0.2kb0.5kb0.3kb0.2kb0.5kb0.3kb×0.2kb0.3kb0.5kb品系1品系2RAPD的特點(diǎn)不需DNA探針簡(jiǎn)單快速,多態(tài)性高少量DNA樣品,成本較低優(yōu)點(diǎn)缺點(diǎn)顯性遺傳重復(fù)性不太高在共遷移問題三、儀器與材料材料：不同小麥DNA樣品。試劑：MgCl2、引物、10XBuffer、dNTP、Taq酶、瓊脂糖凝膠，EB，溴酚蘭等。器具：移液槍，槍頭，離心管，電泳儀，電泳槽等。四、實(shí)驗(yàn)程序（1）配制RAPD反應(yīng)體系總體積：25μl物質(zhì)H2O引物模板10XBuffer（含MgCl2）dNTPTaq酶濃度5μM20ng/μl25mM5U/μl體積(μl)12.81.542.52.00.2（2）RAPD擴(kuò)增程序預(yù)變性：94oC5min變性：94oC30s退火：37oC1min30個(gè)循環(huán)延伸：72oC1min最后一個(gè)循環(huán)結(jié)束后在72oC延伸10min（3）PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用1.2％的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)（溴化乙錠染色）。電泳結(jié)果在UV紫外凝膠系統(tǒng)上照相觀測(cè)。結(jié)果利用DPS數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)處理結(jié)果。[實(shí)驗(yàn)注意事項(xiàng)]：配制PCR反應(yīng)體系過程中所用試劑的量一定要準(zhǔn)確；所有的配制操作都應(yīng)該在冰