核酸序列分析2

4.2比對分析序列比對（sequencealignment）指將兩個或多個序列排列在一起，標明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線“-”表示）。對應(yīng)的相同或相似的符號（在核酸中是A,T或U,C,G，在蛋白質(zhì)中是氨基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。序列比對常用于研究由共同祖先進化而來的序列，特別是如蛋白質(zhì)序列或DNA序列等生物序列。在比對中，錯配與突變對應(yīng)，而空位與插入或缺失對應(yīng)。4.2.1

BLAST比對BLAST主頁http:///Blast.cgi各個序列比對的詳情4.2.2

雙序列比對舉例：RDGV基因組S8片段的中國廣西分離物（DQ364683）與泰國分離物（NC_009241）序列之間是否相關(guān)？1.打開bl2seq程序http:///Blast.cgi

2.提交序列3.參數(shù)設(shè)置4.比對結(jié)果序列比對的點矩陣示意圖目的序列參考序列比對信息4.2.3

多序列比對多序列比對(MutipleAlignment)軟件：ClustalX1.載入序列note：存儲的文件路徑及名稱不能含有中文。ClustalX載入序列界面2.參數(shù)設(shè)置雙序列比對參數(shù)設(shè)置3.完全比對完成比對輸出設(shè)置4.結(jié)果輸出比對完成界面5.結(jié)果解讀ClustalX比對文件窗口4.3基因結(jié)構(gòu)識別ORF識別啟動子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析重復(fù)序列分析CpGisland3′UTR區(qū)4.3.2

ORF識別及其可靠性驗證開放閱讀框（openreadingframe,ORF）：從mRNA5端起始密碼子AUG到3端終止密碼子之間的核苷酸序列，各個三聯(lián)體密碼連續(xù)排列編碼一個蛋白質(zhì)多肽鏈，稱為開放閱讀框。RDGVS8geneORFFinder主界面1.提交序列RDGVS8gene2.參數(shù)設(shè)置ORF識別網(wǎng)址：http:///projects/gorf/ORFFinder預(yù)測結(jié)果3.預(yù)測結(jié)果選取預(yù)測的ORF4.驗證參數(shù)設(shè)置BLASTP查詢界面5.結(jié)果解讀BLASTP比對結(jié)果總覽圖BLASTP比對結(jié)果描述4.3.2

啟動子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析啟動子（promoter

）：位于基因上游，與RNA聚合酶識別、結(jié)合并起始轉(zhuǎn)錄有關(guān)的DNA序列。轉(zhuǎn)錄因子（transcriptionalfactor,TF）：能識別并結(jié)合啟動子核心序列，直接或間接參與轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合體的形成的蛋白因子。PromoterScan界面啟動子預(yù)測網(wǎng)址：/molbio/proscan/Human78kdalton

glucose-regulated

protein

(GRP78)genePromoterScan預(yù)測結(jié)果啟動子閾值與該啟動子可能結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子考核操作題（四）在NCBI核酸數(shù)據(jù)庫中查找并下載AY999078、AY999077、AY216767三個基因cDNA序列，并進行如下操作（10分）：

1.在命名為基因登錄號.txt的文件中，以FASTA格式分別保存上述三個基因cDNA序列;

2.對上述三個基因