系統(tǒng)生物學(xué)-基因組研究進(jìn)展

近年來基因組學(xué)研究重大進(jìn)展新一代基因組學(xué)DNA測序速度在過去30年中以幾何級數(shù)遞增

二代DNA

測序-焦磷酸芯片光點測序參見：Metzker

ML,

Genetics，2010

，11:31-46.Illumina測序系統(tǒng)生物學(xué)的飛速發(fā)展1)2)3)4)海量化:立體化:

DNA,

MeDNA,

mRNA,蛋白質(zhì)全程化:不同發(fā)育階段網(wǎng)絡(luò)化:整合兩份私人基因組圖問世2007年5月31日，在美國休斯敦貝勒醫(yī)學(xué)院舉行的一場儀式上，沃森收到了一張記載著自己基因組數(shù)據(jù)的光盤。為DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)者之一沃森測序的活動是由454生命科學(xué)公司和貝勒醫(yī)學(xué)院共同發(fā)起的。這是“首個以少于100萬美元的費用測定的個人基因組”?；蚪M測序的先驅(qū)CraigVenter的個人基因組也已經(jīng)測序.他們兩人的基因組數(shù)據(jù)都已存入公開的基因數(shù)據(jù)庫GenBank中。人類個體基因差異遠(yuǎn)超預(yù)期馬里蘭洲JC.文特爾研究所的研究人員將文特爾

個人的基因組順序與已發(fā)表的兩份人類基因組

圖比較發(fā)現(xiàn),文特爾的基因組草圖有410萬個位

點不同于”參照”的圖譜,遠(yuǎn)高于預(yù)期.文特爾說:”在分析我的基因編碼后,就連我的眼

睛是不是藍(lán)色都不能100%肯定.我們原以為這

很簡單”.研究發(fā)現(xiàn),文特爾有三個據(jù)信可降低心臟病風(fēng)險

的基因,但也有增大心臟病風(fēng)險的變異基因.

----美國<<科學(xué)公共圖書館生物學(xué)>>,

2007,

92008年啟動國際千人基因組測序計劃The

1000

Genomes

Project,

launched

in

January

2008,

is

an

international

research

effort

to

establish

by

far

the

most

detailed

catalogue

of

human

genetic

variation.

Scientists

plan

to

sequence

the

genomes

of

at

least

one

thousand

anonymous

participants

from

a

number

of

different

ethnic

groups

within

the

next

three

years,

using

newly

developed

faster

and

less

expensive

sequencing

technologies.

The

project

unites

multidisciplinary

research

teams

from

institutes

around

the

world,

including

Britain,

China

and

the

UnitedStates.

Each

will

contribute

to

the

enormous

sequence

dataset

and

to

a

refined

human

genomemap,

which

will

be

freely

accessible

through

public

databases

to

the

scientific

community

and

the

general

public

alike./千人測序計劃研究人員找出了１０００多萬個大大小小的基因變種，其中約８００萬個都是前所未知的。對于人群攜帶率在１％以上的基因變種，本次研究的覆蓋率達(dá)到９５％以上，得出了迄今最詳盡的基因多態(tài)性圖譜。這一成果在醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域有很高的應(yīng)用價值，比如通過參照圖譜，可以方便地找出致病的基因變種。研究人員驗證了在大型基因研究中綜合使用多種基因測序手段的可行性。由于基因測序成本目前仍很高昂，如果能在“精測”一些基因序列的同時，對另一些基因序列只需“粗測”就能保證最終結(jié)果的準(zhǔn)確性，將可以大幅降低基因測序研究的成本。TheUK10KConsortiumKlaudiaWalter,JosineL.Min,JieHuang,LucyCrooks,YasinMemari,ShaneMcCarthy,JohnR.B.Perry,ChangJiangXu,MartaFutema,DanielLawson,ValentinaIotchkova,StephanSchiffels,AudreyE.Hendricks,PetrDanecek,RuiLi,JamesFloyd,LouiseV.Wain,InêsBarroso,SteveE.Humphries,MatthewE.Hurles,EleftheriaZeggini,JeffreyC.Barrett,VincentPlagnol,J.BrentRichards,CeliaM.T.Greenwood,NicholasJ.Timpson,RichardDurbin&NicoleSoranzoPCSK9

前蛋白轉(zhuǎn)化酶枯草溶菌素92015年7月24日，美國FDA批準(zhǔn)賽諾菲與再生元制藥的Praluent（Alirocumab）注射液，這是在美國獲批的首個前蛋白轉(zhuǎn)化酶枯草溶菌素9（PCSK9）抑制劑類降膽固醇治療藥物2015年9月30日賽諾菲/再生元的降膽固醇藥物Praluent獲歐洲藥品管理局批準(zhǔn)，用于降低某些對他汀類藥物不敏感或不耐受患者的膽固醇水平。2015-08-31，F(xiàn)DA批準(zhǔn)安進(jìn)PCSK9抑制劑RepathaPCSK9是一種分泌型絲氨酸蛋白酶，其可導(dǎo)致肝細(xì)胞表面LDL受體（LDL-R）減少，進(jìn)而使肝細(xì)胞對LDL-C顆粒清除能力下降。2003年，法國研究者在膽固醇升高與早發(fā)心臟病家族中發(fā)現(xiàn)了PCSK9。這些家族均存在PCSK9基因突變，導(dǎo)致PCSK9蛋白過度表達(dá)，使患者的LDL-C排出量遠(yuǎn)低于非突變?nèi)巳骸＜蚁笛芯勘砻?，PCSK9基因增益突變可導(dǎo)致LDL-C大幅度升高和冠心病性死亡；而PCSK9基因無效突變則使LDL-C降低28%，15年內(nèi)心血管事件死亡和心肌梗死的危險降低88%。英國推進(jìn)“十萬基因組計劃”有望終結(jié)化療迄今為止，化療仍是治療癌癥的主要途徑，但副作用較大，因此有必要找到對人體傷害較小的替代療法。繪制基因組圖譜有助于將來順利找到癌癥的替代療法，而正確掌握基因組圖譜也有利于癌癥以及其他疑難病癥的診斷、預(yù)防和治療。癌癥基因測序方面已經(jīng)有所收獲，目前已經(jīng)研制出多款專門針對某一種特定癌癥的藥物，譬如治療乳腺癌的赫賽汀等。新“十萬基因組計劃”的推進(jìn)和實施，有望使癌癥研究實現(xiàn)進(jìn)一步突破。如果該計劃能全面深入實行下去，并取得重大成功，化療將成為歷史。有專家預(yù)計，20年后，化療將退出歷史舞臺。癌癥基因組計劃1)

2006年8月，由美、加、英等國發(fā)起的癌癥基因組計劃在美國宣布啟動。通過大規(guī)模的測序來建立腫瘤全基因組的突變譜，從而闡明各類腫瘤的基因組變異規(guī)律和發(fā)病機(jī)制的關(guān)系。2)

2008年4月29日，多國科學(xué)家參與的國際癌癥

基因組協(xié)作組(ICGC)組織成立.該組織計劃

通過統(tǒng)籌各國和地區(qū)專家的合作，用10年時

間，針對50種癌癥,化費10億美金,繪制較為

完整的致癌基因突變圖譜。GENIE

基因組、證據(jù)、腫瘤形成、信息和交流已有7家研究中心加入進(jìn)來，包括MSKCC、波士頓達(dá)納—法伯癌癥研究所、巴爾的摩約翰斯·霍普金斯大學(xué)以及加拿大和歐洲的3家機(jī)構(gòu)。GENIE將使研究人員得以分享這些罕見的治療案例，并且達(dá)到他們作出明確結(jié)論所需的數(shù)據(jù)。該項目還會揭示影響患者預(yù)后的突變?；蚪M計劃的意義基因組學(xué)已經(jīng)成為現(xiàn)代生命科學(xué)的核心領(lǐng)域,

催生了許多新興的生命科學(xué)的分支學(xué)科與交叉學(xué)科:1)

所有生命現(xiàn)象的基本原因均與基因組的結(jié)構(gòu)與順序組成有關(guān).2)

基因組的結(jié)構(gòu)與順序組成決定了基因的表達(dá)與調(diào)控的模式.3)

基因組順序的多態(tài)性是生物進(jìn)化與生物多樣性產(chǎn)生的根源.4)

基因組結(jié)構(gòu)與功能的解讀可為醫(yī)學(xué),

健康,

農(nóng)

業(yè),

林業(yè),

畜牧業(yè),

醫(yī)藥工業(yè)的發(fā)展和技術(shù)創(chuàng)

新提供理論依據(jù).遺傳性疾病健康風(fēng)險用藥安全遺傳特征北極熊基因組通過比較北極熊和棕熊的基因組，揭示出北極熊是比以前認(rèn)為的要更年輕的一個物種，其與棕熊在不到50萬年前發(fā)生了分歧。分析結(jié)果還揭示出了與北極熊能夠極端適應(yīng)北極地區(qū)生活相關(guān)的幾個基因。這一物種在其生命的大多數(shù)時候都生活在海冰上，它主要靠食用海洋哺乳動物一類富含脂肪的食物為生。北極熊擁有一些基因，使得它們能夠靠脂肪過量的飲食生存——而無需擔(dān)心這種食譜所伴隨的那些人類疾病。北極熊與毛色相關(guān)的基因發(fā)生了變異。事實上，發(fā)生變異的基因區(qū)域與一種叫做契-東綜合癥的人類疾病有關(guān)，該疾病會導(dǎo)致皮膚和眼睛中的色素缺失。該研究準(zhǔn)確地指出了與脂肪酸代謝和心血管功能相關(guān)的一些基因，或許能夠解釋北極熊可以處理高脂飲食，避免形成動脈脂肪斑塊以及心血管疾病的能力。而高脂飲食的人類常飽受心血管疾病的折磨。這些基因或許能夠提供一些關(guān)于如何保護(hù)人類避免高脂飲食不良影響的見解?；蚪M學(xué)的進(jìn)展正在改變基因的傳統(tǒng)定義thedefinitionofagene:ageneisaunionofgenomicsequencesencodingacoherentsetofpotentiallyoverlappingfunctionalproducts.什么是基因:基因組中一段連續(xù)的序列,它們編碼一

組順序彼此重疊的具有潛在功能的產(chǎn)物,稱為聯(lián)合

基因。Genome

Res.

17:669-681,

2007聯(lián)合基因的結(jié)構(gòu)人工生命—artificial

life2007年6月美國科學(xué)家克雷格?文特爾和他領(lǐng)導(dǎo)的研究小組宣布，他們首次實現(xiàn)了完整的基因組在物種間的移植，這一成功為首個「人造生命」的降生奏響了序曲。

文特爾說，這次成功讓他向著制造出首個「人造生命」又邁進(jìn)一步，他將在幾個月內(nèi)利用人工合成的基因組展開類似的移植試驗，實現(xiàn)科研史上零的突破。如果試驗成功，文特爾就能宣布他造出全球第一個「合成生命」形式。2010年5月20日J(rèn).CraigVenterInstitute(JCVI),anot-for-profitgenomicresearchorganization,publishedresultstodaydescribingthesuccessfulconstructionofthefirstself-replicating,syntheticbacterialcell.Theteamsynthesizedthe1.08millionbasepair(1080kb)chromosomeofamodifiedMycoplasmamycoidesgenome.ThesyntheticcelliscalledMycoplasmamycoidesJCVI-syn1.0andistheproofofprinciplethatgenomescanbedesignedinthecomputer,chemicallymadeinthelaboratoryandtransplantedintoarecipientcelltoproduceanewself-replicatingcellcontrolledonlybythesyntheticgenome.ThisresearchwillbepublishedbyDanielGibsonetalintheMay20theditionofScienceExpressandwillappearinanupcomingprintissueofScience.Genome

transplantation

in

bacteria:

changing

one

species

to

another天然完整基因組種間轉(zhuǎn)移:

As

a

step

toward

propagation

of

synthetic

genomes,

we

completely

replaced

the

genome

of

a

bacterial

cell

with

one

from

another

species

by

transplanting

a

whole

genome

as

naked

DNA.

Intact

genomic

DNA

from

Mycoplasma

mycoides（蕈狀支

原體）large

colony

(LC),

virtually

free

of

protein,

was

transplanted

into

Mycoplasma

capricolum（山羊支原體）

cells

by

polyethylene

glycol(PEG)-

mediated

transformation.

Cells

selected

for

tetracycline

resistance,

carried

by

the

M.

mycoides

LC

chromosome,

contain

the

complete

donor

genome

and

are

free

of

detectable

recipient

genomic

sequences.

These

cells

that

result

from

genome

transplantation

are

phenotypically

identical

to

the

M.

mycoides

LC

donor

strain

as

judged

by

several

criteria.---

Science.

2007

Aug

3;

317:632-8合成基因組---Science論文Science

2

July

2010:

Vol.

329.

no.

5987,

pp.

52

-

56Creation

of

a

Bacterial

Cell

Controlled

by

a

ChemicallySynthesized

GenomeDaniel

G.

Gibson,1

John

I.

GlassetalWereportthedesign,synthesis,andassemblyofthe1.08–mega–basepairMycoplasma

mycoidesJCVI-syn1.0genomestartingfromdigitizedgenomesequenceinformationanditstransplantationintoaM.capricolumrecipientcelltocreatenewM.

mycoidescellsthatarecontrolledonlybythesyntheticchromosome.TheonlyDNAinthecellsisthedesignedsyntheticDNAsequence,including"watermark"sequencesandotherdesignedgenedeletionsandpolymorphisms,andmutationsacquiredduringthebuildingprocess.Thenewcellshaveexpectedphenotypicpropertiesandarecapableofcontinuousself-replication.合成生命的關(guān)鍵步驟FirstSelf-ReplicatingSyntheticBacterialCell20-May-2010

1)合成供體的基因組DNA：首先，將蕈狀支原體的全基因組測序，并按照該序列信息將其合成為1078條平均長度為1080bp的DNA片段。這些片段兩兩間具有80bp的部分重疊，所有片段拼接起來構(gòu)成蕈狀支原體的全長基因組。值得注意的是這些合成的片段較天然基因組略有一些改動，包括去除了14個不重要的基因、為阻斷基因而設(shè)計的兩個插入序列、27處單核苷酸多態(tài)性(其中19處在意料之中)以及4條用來區(qū)分于天然序列模本的“水印”標(biāo)記(Watermark)，這些改動都不影響細(xì)胞正常的生命活動。該過程涉及到計算機(jī)對合成序列的精密計算。2)合成DNA片段的拼接：將以上合成的1078條DNA片段分別連接到載體，使其能在酵母細(xì)胞中通過同源重組拼接起來。于是，平均1080bp的DNA片段，10個一組拼接為大約10kb的片段(109個)，然后將這些連接有目的基因片段的載體從酵母中分離出來，轉(zhuǎn)入大腸桿菌E.coli中進(jìn)行擴(kuò)增，以限制酶篩選出陽性克??；之后再將陽性克隆質(zhì)粒中的這109條10kb左右的片段按同樣的方法每組10個拼接成100kb的片段(11個)；這11條片段最終拼接成完整的總共1077947bp的基因組(由于攜帶太大片段的載體在E.coli中不能穩(wěn)定傳代，因此后兩步拼接中采用多重PCR來篩選陽性克隆)。此過程除了2個銜接反應(yīng)是在體外用酶處理構(gòu)建，其余所有的片段都是在酵母細(xì)胞內(nèi)依靠同源重組拼接而成。3)人工基因組的甲基化修飾：由于供體細(xì)胞(蕈狀支原體)和受體細(xì)胞(山羊支原體)共用同一套限制酶系統(tǒng)，而天然的供體基因組是經(jīng)甲基化修飾的。因此，拼接完成的基因組DNA還需在體外用甲基化酶(從蕈狀支原體或山羊支原體提取物中純化)進(jìn)行修飾，以避免受體細(xì)胞限制酶系統(tǒng)的阻礙。4)人工基因組移植入受體細(xì)胞：將構(gòu)建好的人工合成基因組移植入山羊支原體內(nèi)。細(xì)胞經(jīng)過不斷分裂傳代，具有人造基因組的細(xì)胞在含抗生素的培養(yǎng)基中篩選出來，同時含有天然DNA的細(xì)胞逐漸消失殆盡。最終只剩下含有山羊支原體細(xì)胞質(zhì)但由合成DNA控制的人工嵌合體細(xì)胞。雖然蕈狀支原體和山羊支原體在基因組上75%是同源的，但該人造細(xì)胞明顯表現(xiàn)出蕈狀支原體的生長特性。合成生命操作圖解

取名

Synthia:人造兒創(chuàng)造這個可復(fù)制的試驗性單細(xì)胞生物花費了4,000萬美元人工合成基因組中的水印Thesecretaminoacidmessagescontainedin"watermarks"thatwereembeddedintheworld’sfirstmanmadebacterialgenome.NCBIcheckedintothegeneticsequencesubmittedbyVenter’sInstituteandfoundthewatermarkshiddeninplainsight.ThefivecodedmessagesthatwillgodowninhistoryasembeddedinthefirstsyntheticgenomeVENTERINSTITVTECRAIGVENTERHAMSMITHCINDIANDCLYDEGLASSANDCLYDE代表5個作者:CraigVenter,HamiltonSmith,JohnGlass,ClydeHutchison人工基因組組裝與檢測合成基因組結(jié)構(gòu)圖非編碼RNA的組成及其功能過去數(shù)年研究表明，所有經(jīng)研究的真核生物基因組轉(zhuǎn)錄的比

率遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出預(yù)期，達(dá)到60%以上.隨之產(chǎn)生了數(shù)量相當(dāng)龐大

的非編碼RNA（ncRNA)(注:不編碼蛋白質(zhì)的mRNA).這些

ncRNA中的許多分子都具有調(diào)節(jié)功能。研究發(fā)現(xiàn)ncRNA對真核細(xì)胞基因表達(dá)及細(xì)胞生物學(xué)功能的調(diào)控涉及多種水平:dsRNA,雙鏈RNA；HMT,組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶；HP1,異染色質(zhì)蛋白1；PAR,啟動子相關(guān)RNA；PcG,

Polycomb群蛋白質(zhì)；RISC,

RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體RITS,

RNA誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄基因沉默；siRNA,小干擾RNA；TFIIB,轉(zhuǎn)錄因子IIB；UCE,超保守元件。Cell

130,

September

7,

2007ENCODE：人類基因組計劃的后時代ENCODE是“DNA組成元素百科全書”的縮寫，是繼人類基因組計劃之后的又一大型國際合作項目。來自英國、美國、西班牙、新加坡和日本32個研究機(jī)構(gòu)的442名科學(xué)家歷時5年，耗資1.5億美元，獲得了迄今最詳細(xì)的人類基因組分析數(shù)據(jù)ncRNA的功能圖解

神經(jīng)細(xì)胞

如何分化?

miR-124

控制一個

龐大的基

因表達(dá)調(diào)

節(jié)網(wǎng)絡(luò)（A）在非神經(jīng)元細(xì)胞或神經(jīng)祖細(xì)胞中，miR-124不表達(dá)或低表達(dá)，因此阻遏神經(jīng)元特異的轉(zhuǎn)

錄和選擇性剪切的因子得以有效表達(dá)，非神經(jīng)元的基因群也同樣處于表達(dá)狀態(tài)。（B）在正處于分化狀態(tài)的神經(jīng)元細(xì)胞中，miR-124的表達(dá)量增加，受其調(diào)控的阻遏因子的表

達(dá)量因此發(fā)生下調(diào)，相應(yīng)的神經(jīng)元特異蛋白得以表達(dá)，非神經(jīng)元基因群此時在miR-124的直接調(diào)控下表達(dá)量下調(diào)。見:NatureNeuroscience12,399-408(2009)絕大多數(shù)ncRNA的調(diào)控只起微弱的作用Thousands

of

proteins

affected

by

miRNAsBut

the

most

intriguing

finding

from

the

studies

isthat

the

effects

of

miRNAs

on

proteins

areusually

quite

modest,

changing

their

expressionlevels

by

less

than

twofold.The

data

paint

a

picture

of

miRNAs

as

regulators

that

fine-tune

protein

expression

in

complex

and

overlapping

patterns.

That

could

complicatehe

picture

for

drug

developers,

because

most

miRNAs

have

so

many

different

targets.Nature.

2008

Jul

31;454(7204):562增強(qiáng)子與

eRNA2010年5月13日Nature雜志報道小鼠神經(jīng)細(xì)胞基因增強(qiáng)子可轉(zhuǎn)錄,將其產(chǎn)物稱之為eRNA(enhancer

RNA).Β-球蛋白基因LCR與ncRNA確證脊椎動物基因組的2R假說2R假說認(rèn)為，在無頜類脊椎動物（jawless

vertebrate）出現(xiàn)之前和出現(xiàn)之后分別出現(xiàn)過

一次全基因組的加倍，即脊椎動物有過兩次全

基因組加倍(見pp316)

.2008年6月完成文昌魚的基因組序列測序.對文昌

魚和脊椎動物基因組中保留下來的17個先祖脊

索動物連鎖群進(jìn)行染色體虛擬重建.結(jié)果證實

在有頜類脊椎動物演化過程中,確實發(fā)生了兩

輪全基因組加倍現(xiàn)象。2R假說是正確的.Nature

453,

1064-1071,

2008基因組的結(jié)構(gòu)特點C值悖理基因組DNA的順序組成順序復(fù)雜性基因與基因家族真核基因組與原核基因組基因組DNA的順序組成1)單一順序:基因組中只有單拷貝的順序;2)中度重順序:拷貝數(shù)在1—10萬,長度50-1000bp在基因組中分散分布3)高度重復(fù)順序:串接排列,拷貝數(shù)達(dá)數(shù)百萬,離心時形成衛(wèi)星帶.不同物種基因組順序組成1)2)3)4)

重疊基因

基因套基因(gene

in

gene)

反義基因

分裂基因(由兩段非連續(xù)DNA組成的基因)特殊結(jié)構(gòu)基因φX174基因組中的重疊基因人類線粒體基因組重疊基因人類和老鼠核基因組重疊基因人類INK4a/ARF基因座含兩個重疊基因:p14/ARF和p16/INK4a.這兩個基因分別由兩個獨立的啟動子調(diào)控,共享外顯子2和3,p14/ARF含外顯子1β,

p16/INK4a含外顯子α.人類VLCAD和DLG4基因的重疊人類基因組中兩個反相重疊的基因:VLCAD和DLG4.水稻核基因組的重疊基因水稻核基因編碼的線粒體sdhB和rps14蛋白由同一基因編碼,

rps14基因位于sdhB基因的內(nèi)含子中.基因內(nèi)基因--人類NF1基因第27內(nèi)含子含3個獨立表達(dá)的基因人類神經(jīng)成纖維細(xì)胞瘤1(neurofubromatosis1)基因編碼GTPase的激酶,是致癌基因RAS的負(fù)調(diào)控因子,長350

kp,60個內(nèi)含子,蛋白質(zhì)產(chǎn)物2839

aa.

27號內(nèi)含子編碼3個獨立表達(dá)的基因.多重可選啟動子基因果蠅求愛基因(fru)有4個啟動子:果蠅求愛4步曲:

雄果蠅發(fā)現(xiàn)異性的存在，便追上去。然后“溫柔的觸碰”，用前腿輕輕地敲打雌果蠅的身體，促使對方釋放出信息素——昆蟲的催情藥。第三步是“唱情歌”，雄果蠅伸出一只翅膀，以特定的方式振動，發(fā)出特殊的聲音。一只正常的雄果蠅，會花上兩分鐘來完成這前三個步驟

.第四步則是”云雨之歡”.耶魯大學(xué)的Kulbir

Gill在研究雌性不育的問題時發(fā)現(xiàn),

有一群基因變異的雄果蠅不僅追求異性，也追求同性，而且會回應(yīng)同性的追求。而普通的雄果蠅不會主動追求同性，在被同性追求時會抗拒。Gill為此把這個基因叫做fruity，即美國俚語里的“男同性戀”.

Jeff

Hall給該基因改名為更文雅的fruitless

.

普通雄果蠅(右)追逐雌果蠅；而fru基因變異的雄果蠅追求同性，有時它們會前后連成一串，每一只雄蠅都追求自己前面的那只雄蠅

.人類基因組中存在的反義基因a

set

of

computational

tools

designed

to

identify

sense-antisense

transcriptional

units

on

opposite

DNA

strands

of

thesame

genomic

locus.

The

resulting

data

set

of

2,667

sense-antisense

pairs

was

evaluated

by

microarrays

containingstrand-specific

oligonucleotide

probes

derived

from

the

regionof

overlap.

Verification

of

specific

cases

by

northern

blotanalysis

with

strand-specific

riboprobes

proved

transcriptionfrom

both

DNA

strands.

We

conclude

that

60%

of

this

data

set,or

1,600

predicted

sense-antisense

transcriptional

units,

aretranscri