基因芯片在生物醫(yī)藥應(yīng)用中的價(jià)值研討

基因芯片在

生物醫(yī)藥應(yīng)用中的

新價(jià)值李奇研發(fā)部經(jīng)理基因芯片與生物信息領(lǐng)域從業(yè)9年什么是基因芯片為什么需要基因芯片丟失的鑰匙不一定在燈下解決的目標(biāo)基因表達(dá)研究的目標(biāo)發(fā)現(xiàn)疾病形成的全局信號(hào)通路……

上調(diào)基因下調(diào)基因基因芯片掃描圖“傳統(tǒng)”表達(dá)譜芯片探針的設(shè)計(jì)8月促銷(xiāo)，買(mǎi)3送1，買(mǎi)6送2，買(mǎi)9送3?????單價(jià)7300元，買(mǎi)的越多，送的越多3’IVT ~60,000probesets11probes/gene5’3’Exon ~1,400,000probesets4probes/exon,~40probes/gene(10exons)Tiling ~46,000,000probes1probe/35nt,~1000probes/gene(35kb)新一代表達(dá)譜芯片Exon芯片，8月促銷(xiāo)，買(mǎi)3送1，買(mǎi)6送2，買(mǎi)9送3?????單價(jià)7900元，買(mǎi)的越多，送的越多疾病形成的全全局信號(hào)通路路Genome-WideCopyNumberAnalysesIdentifiedNovelCancerGenesinHepatocellularCarcinomaHepatology2011長(zhǎng)鏈非編碼RNA的全局信號(hào)網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)基因表達(dá)譜芯芯片/miRNA芯片篩選診斷標(biāo)志志物Hepatolgy2011癌組織正常重癥肝炎惡化化進(jìn)程中的特特征基因BMCGenomics2010,11:240發(fā)現(xiàn)藥物治療療的靶點(diǎn)導(dǎo)致細(xì)胞體積積增大的表達(dá)達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)錄前調(diào)控AffymetrixPromoterArrayAffymetrixTilingArray轉(zhuǎn)錄后調(diào)控AffymetrixmiRNA芯片基因表達(dá)調(diào)控控芯片AffymetrixmiRNA2.0ArraymiRNA與靶基因作用用方式全物種miRNA2.0芯片F(xiàn)eatureV1V2miRNAVersion1115Organisms71131MaturemiRNAProbeSets6,70315,644Pre-miRNAProbeSets-2,202snoRNA&scaRNAProbeSets9222,334單價(jià)4700元基因調(diào)控預(yù)測(cè)測(cè)microRNA芯片轉(zhuǎn)錄前基因表表達(dá)調(diào)控模式式轉(zhuǎn)錄調(diào)控的檢檢測(cè)——以ER轉(zhuǎn)錄因子為例例35bpresolution雜交探針的設(shè)設(shè)計(jì)策略——基因表達(dá)調(diào)控控芯片基因組DNATiling芯片啟動(dòng)子全Promoter芯片啟動(dòng)子區(qū)域10kb覆蓋堿基之間全基因組拷貝貝數(shù)變異分析析全基因組甲基基化分析全基因組轉(zhuǎn)錄錄因子結(jié)合位位點(diǎn)分析全基因組非編編碼RNA檢測(cè)全基因組可變變剪切分析Affymetrix啟動(dòng)子芯片35bpresolution6500元，檢測(cè)全基基因甲基化；；6500元，檢測(cè)轉(zhuǎn)錄錄因子調(diào)控；；全基因組轉(zhuǎn)錄錄因子結(jié)合基基因篩選全基因甲基化化檢測(cè)使用MeDIP/MBD抗體體甲基基化化芯芯片片檢檢測(cè)測(cè)發(fā)現(xiàn)現(xiàn)基基因因表表達(dá)達(dá)調(diào)調(diào)控控方方式式高甲甲基基化化低甲甲基基化化甲基基化化芯芯片片DNA結(jié)構(gòu)構(gòu)變變異異情情況況LOHSNP突變變對(duì)對(duì)蛋蛋白白3級(jí)結(jié)結(jié)構(gòu)構(gòu)的的變變化化AffymetrixSNP芯片特特征拷貝數(shù)數(shù)變異異特征征——以拷貝貝數(shù)擴(kuò)擴(kuò)增為為例SNP+拷貝數(shù)數(shù)變異異芯片片發(fā)現(xiàn)疾疾病遺遺傳特特征腫瘤組組高頻擴(kuò)擴(kuò)增區(qū)區(qū)Hepatolgy2011與基因因表達(dá)達(dá)無(wú)關(guān)關(guān)不知道道目標(biāo)標(biāo)基因因序列列目標(biāo)基基因明明確，，且檢檢測(cè)數(shù)數(shù)量較較少快速檢檢測(cè)——當(dāng)日獲獲得檢檢測(cè)結(jié)結(jié)果何時(shí)不不需要要基因因芯片片基因注注釋查查詢方方法NCBI-Gene數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)——基因功能能綜合注注釋數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)——信號(hào)通路路數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)GeneOntology數(shù)據(jù)庫(kù)——基因功能能分類數(shù)數(shù)據(jù)庫(kù)dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)——SNP數(shù)據(jù)庫(kù)UCSC基因組瀏瀏覽器——基因、基基因調(diào)控控元件定定位瀏覽覽器基本統(tǒng)計(jì)計(jì)術(shù)語(yǔ)t-test———兩類樣本本間差異異基因分分析方差分析析——單因素多多類樣本本間差異異基因分分析相關(guān)系數(shù)數(shù)——樣本間、、基因間間相似程程度分析析應(yīng)用基因因芯片的的知識(shí)基基礎(chǔ)使用基因因芯片的的關(guān)鍵點(diǎn)點(diǎn)——防止實(shí)驗(yàn)驗(yàn)失敗樣本樣本采集須嚴(yán)嚴(yán)格遵守低溫原則快速原則清潔原則樣本信息登記記問(wèn)題紙質(zhì)樣本單填填寫(xiě)潦草，樣樣本管標(biāo)潦草草，兩者無(wú)法對(duì)對(duì)應(yīng)——整個(gè)項(xiàng)目樣本本對(duì)應(yīng)錯(cuò)亂，，全部失敗前后送樣的樣樣本管重復(fù)標(biāo)標(biāo)記未標(biāo)記樣本類類型樣本——采集問(wèn)題無(wú)樣本重復(fù)節(jié)約費(fèi)用僅篩選基因，，不能發(fā)表論論文結(jié)果隨機(jī)性強(qiáng)強(qiáng)，驗(yàn)證失敗敗率高兩次樣本重復(fù)復(fù)——性價(jià)比最差3～5次樣本重復(fù)普遍采用組內(nèi)樣本一致致性較好時(shí)最佳5～10次樣本重復(fù)——差異基因驗(yàn)證證準(zhǔn)確率較高10次以上樣本重重復(fù)組內(nèi)樣本一直直性較好時(shí)，，可用于篩選選疾病診斷標(biāo)志志物樣本——重復(fù)問(wèn)題(表達(dá)譜/甲基化檢測(cè))9個(gè)樣本每3個(gè)混合為一組組，每組檢測(cè)測(cè)一張芯片，，共檢測(cè)3張芯片——生物學(xué)重復(fù)9個(gè)樣本，每個(gè)個(gè)樣本檢測(cè)一一張芯片，共共檢測(cè)9張芯片——生物學(xué)重復(fù)9個(gè)樣本混合為為一組，等量量分為3份，分別檢測(cè)測(cè)一張芯片，，共檢測(cè)3張芯片——技術(shù)重復(fù)9個(gè)樣本混合為為一組，檢測(cè)測(cè)一張芯片，，共檢測(cè)1張芯片樣本混合重復(fù)復(fù)策略SNP檢測(cè)家系：需要患患病雙親均入入組疾病對(duì)照研究究：須通過(guò)流流行病樣本量量估計(jì)的方法法預(yù)測(cè)拷貝數(shù)變異分分析等同于表達(dá)譜譜檢測(cè)的樣本本量估計(jì)樣本——重復(fù)問(wèn)題(SNP與拷貝數(shù)分析析)錯(cuò)誤思想——對(duì)照組數(shù)量可可以少于實(shí)驗(yàn)驗(yàn)組正確設(shè)計(jì)：對(duì)對(duì)照組與實(shí)驗(yàn)驗(yàn)組樣本平衡衡值得參考的方方法使用公開(kāi)的基基因芯片數(shù)據(jù)據(jù)——他人對(duì)照組樣樣本背景與本本課題一致樣本——對(duì)照組問(wèn)題從NCBI下載公開(kāi)數(shù)據(jù)據(jù)——GEO基因芯片質(zhì)量量控制檢出率——芯片檢測(cè)的性性價(jià)比如何每張芯片檢出出率樣本重復(fù)性評(píng)評(píng)價(jià)2——芯片間相關(guān)系系數(shù)實(shí)驗(yàn)組對(duì)照組其明信息公司司實(shí)驗(yàn)室主管管羅燕青其明信息公司司北方區(qū)經(jīng)理理李林其明信信息公公司服服務(wù)部部項(xiàng)目目管理理工程程師孫孫之翰翰其明明信信息息公公司司開(kāi)開(kāi)發(fā)發(fā)部部開(kāi)開(kāi)發(fā)發(fā)工工程程師師張張永永強(qiáng)強(qiáng)致謝謝李奇奇電話mail:liqi@;genminix@公司司電電話話：8015公司司網(wǎng)網(wǎng)址址：：..全國(guó)國(guó)統(tǒng)統(tǒng)一一服服務(wù)務(wù)電電話話：：40060-