elnpp藥物化學-pELN聯(lián)合PipelinePilot在領(lǐng)域應用

ELN

聯(lián)合Pipeline

Pilot在藥物化學領(lǐng)域的應用徐濤xu2013-04-27原始記錄單電子化提高實驗數(shù)據(jù)輸入的規(guī)范性BeforeAfterResearchDevelopmentManufacturing分析數(shù)據(jù)工作表化學結(jié)構(gòu)文本圖像ELN生物結(jié)構(gòu)/序列Accelrys

ELN:

獲取復雜數(shù)據(jù)化學Accelrys ELN

豐富的實驗模塊分析檢測制劑配方高通篩選體內(nèi)藥效生物測試藥代動力學Accelrys

ELNPipelinePilot數(shù)據(jù)挖掘報告輸出實驗記錄管樣品理NeoSuite

CMSLIMS,CDS樣品分析試劑庫存管理NeoSuite

CIMS強大的整合能力，方便不同數(shù)據(jù)同步更新yti

alBackground:Process

Chemistry

experiments

have

Yieldcalculations

built

into

the

materials

table.

Traditionally,testing

is

done

(either

by

the

chemist

oranother yst)

todetermine

potency.Challenge:

The

%

yields

reside

in

the

Process

chemist’sexperiment(s),

while

the

%

potency,

purity

and

chromatogramsreside

in

the ytical

Chemist’s

experi

ent(s)–

ytical

Results

could

reside

in

the

same

experiment

as

the

processchemistry,

but

total

data

set

still

likely

resides

across

multiple

experiments.Goal:Mine

data

across

multiple

experiments

to

produce

a

view

ofthe

desired

data

in

acontextual

&

summarized

fashion.

Inthiscase,

mine

and

report

all

%

yields,

potencies

and

purity

data,relating

the

results

to

specific

reaction

parametersSo

what

do

these

experiments

actually

look

like?...Process

Chemistry實驗ytical實驗ELN中將兩個實驗結(jié)果報表Report

andysis引例:劑量反應引例:劑量反應劑型實驗設(shè)計Pipeline

Pilotreturns

a

list

offormulation

experiments

to

theExperiment

list

(spreadsheetsection)

and

the

correspondingformulations

are

automaticallycreated

in

the

FormulationssectionCalculate

PMI

forbothintermediates

and

products

in

amultistep

synthesis,

or

onlythefinal

product

if

a

one-potsynthesis綠色化學——Process

Mass

Intensity計算ELN中分析生物數(shù)據(jù)Pipeline

PilotPlate

數(shù)據(jù)分析ResearchDevelopmentManufacturingytical

DataSpreadsheetsChemical

StructuresTextImageELNBiological

Information(Sequences/Structures)Pipeline

PilotysisProcessingReportingAccelrys

ELN+

Pipeline

Pilot數(shù)據(jù)搜集、

、分析報告和的綜合解決方案Pipeline

Pilot簡介13Pipeline

Pilot在藥物分子設(shè)計中的應用示例Pipeline

Pilot在藥物 與分析方面應用示例42Pipeline

Pilot在藥物專利調(diào)研中的應用示例5

Pipeline

pilot其他領(lǐng)域應用示例主要內(nèi)容Pipeline

pilot與其他信息系統(tǒng)的應用整合6Pipeline

Pilot簡介13Pipeline

Pilot在藥物分子設(shè)計中的應用示例Pipeline

Pilot在藥物 與分析方面應用示例42Pipeline

Pilot在藥物專利調(diào)研中的應用示例5

Pipeline

pilot其他領(lǐng)域應用示例主要內(nèi)容Pipeline

pilot與其他信息系統(tǒng)的應用整合6Pipeline

PilotPipeline

Pilot是一個適用于生命、

、材料、化工等科學行業(yè)的研發(fā)信息流程定制和信息整合平臺ytical

DataChemical

StructuresTextNumericPPImageBiological

Information(Sequences/Structures)AerospaceEnergy

&PetroleumCPG\Food

ScienceChemicalsLife

Sciences搭建屬于自己的工作流程數(shù)據(jù)計算數(shù)據(jù)輸入數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)輸出Integration

with

SharePointPlate

Dataytics

&

ReportsPatent

SearchYour

CADD

Workbench化學Chemistry

collectionADME/Tox

collection生物Sequence

ysisGene

expressionMass

spec

for

proteomicsNext

generation

sequencing材料Solve

crystal

structuresSolvent

effects?ytical

instrumentationPlate

data

ytics圖像Basic

imagingAdvanced

imaging建模與統(tǒng)計R-statisticsModeling

and

Advanced

modelingPipeline

Pilot

科學廣度廣泛的全球客戶群Chemicals

Oil

&

Gasal

&

HomeCareAutomotiveAerospace

&DefenseAdvance

Materials

&SemiconductorPharmaceutical&

AgroChemElect

onicsPipeline

Pilot的功能模塊分布LaboratoryPlate

Data

yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry

ADMETCheminformaticsReporting

&

VisualizationReportingysisText

Search

&yticsChemical

TextMiningBiologySequence

ysisGene

ExpressionMass

Spec.

for

Proteomics

Next

Generation

SequencingLife

Science

M&SCatalyst

(Pharmacophore)

CHARMm

(Simulations)Database

&

Application

IntegrationIntegrationClient-Side

SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer

Properties

(Synthia)藥物分子設(shè)計藥物信息分析ysis

&

StatisticsData

Modeling

Advanced

Data

Modeling

RStatistics化學信息分析藥物 分析Chemistry模塊介紹Chemistry模塊可以使您非常方便對包含化合物的信息進行處理和分析，包括建立化合物數(shù)據(jù)庫、子結(jié)構(gòu)匹配和檢索、化學反應的分析處理等。并且，通過和其他聯(lián)用，可以方便地進行材料結(jié)構(gòu)和生物分子的模擬工作。MOL、MOL2、SD、PDBSKC、SMI、RXN、ISIS多種格式多種形式查看分子性質(zhì)計算分子量分子式AlogPlogDpKalogS氫鍵給體數(shù)氫鍵受體數(shù)分子表面積分子體積……通過反應式枚舉產(chǎn)物SAR分析ADMET模塊介紹ADMET模塊提供了一系列組件，不僅能夠計算分子的各種ADMET性質(zhì)，比如水溶性、血腦屏障通透性、肝毒性、腸吸收率和血漿蛋白結(jié)合率等，還能夠已知藥物的代謝產(chǎn)物。代謝物及代謝反應類型計算化合物的各種ADMET性質(zhì)需要Chemistry模塊Textytics模塊介紹ytics模塊提供了很強的文獻檢索和文本資料挖掘的工具。您可以通過Text整合文本檢索和文本描述到自己的科研流程，達到交互或自動完成包括和外部文本數(shù)據(jù)資料挖掘的目的。本地文本資料doc

pdf

txt

htm外部文本數(shù)據(jù)庫PubMedESP@CENETNIHCrispPatFTYahoo……ChemMining模塊介紹ChemMining模塊能夠使您在文本文檔中找出化學名稱，并轉(zhuǎn)換為化學結(jié)構(gòu)為您將來的工作做準備。您可以查找一部分文檔，并創(chuàng)建一個報告顯示找到的分子結(jié)構(gòu)；也可以構(gòu)建流程查詢一批文檔，并構(gòu)建一個可查詢的化學結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫。因此，您可以對化學文檔同時進行化學結(jié)構(gòu)和文本的查詢，進行真正的化學智能檢索工作。需要Text

ytics模塊Integration模塊介紹PipelinePilot

ClientRunProtocolJavaClientJava

API.NETClient.NET

APISOAPClientSOAPAPI終端用戶環(huán)境Pipeline

Pilot

ServerProtocol

Run

Time

EnvironmentPipeline

Pilot服務(wù)RunProgramJavaPerlPythonVBScriptSOAPnet/

FTPODBCCommandLineJava

ScriptPerl

ScriptPython

ScriptVBScriptIntegration

模塊SOAPServerCommand

LineDatabaseServer網(wǎng)絡(luò)服務(wù)服務(wù)器Integration模塊可以通過靈活的方式，將外部的應用程序和數(shù)據(jù)庫無縫地集成到Pipeline

Pilot的流程中，方便您最大程度地整合您的第

資源。整合第應用程序整合數(shù)據(jù)庫Reporting模塊介紹Reporting模塊用來對分析數(shù)據(jù)的結(jié)果進行可訂制的報告輸出。通過表格、多種曲線圖和圖像的顯示，可以使您從不同的視角來觀察和比較數(shù)據(jù)，您甚至可以設(shè)計交互的方式來輸出不同報告，以滿足不同的要求。Modeling(&Adv)模塊介紹Modeling

（包括Advanced

Modeling）模塊提供一系列用于學習建模的工具、統(tǒng)計性的過濾器等組件。利用這些組件，您可以進行快速的數(shù)據(jù)聚類分析、自動分類學習、主成分分析，還可以結(jié)合Chemistry模塊建立構(gòu)效關(guān)系活性模型，檢索公共子結(jié)構(gòu)。利用學習建模組件進行主成分分析R-Statistics模塊介紹RStatistics模塊提供了包括一系列整合的統(tǒng)計學方法的組件，通過這些組件，您可以對數(shù)據(jù)流進行基于R方法的統(tǒng)計分析和數(shù)據(jù)操作，并通過R方法直接將結(jié)果輸出到流程中以便做進一步的處理。PCA應用Sequence

ysis模塊提供了一套生物信息學的工具和算法可以對序列進行分析和研究。您可以用工業(yè)標準的方法來對DNA和蛋白質(zhì)序列進行分析和注釋，支持序列搜索和序列比對，還可以整合您自己的算法到工作流程中。Sequence

ysis模塊介紹Gene

Expression可以幫助您對 表達實驗進行分析、處理、查看、注釋和報告。通過Pipeline

Pilot搭建工作流程，您不用編寫復雜代碼便可以方便地分析 表達，并可以與sequence

ysis和reporting模塊聯(lián)合使用。Gene

Expression模塊介紹MassSpecfor

Proteomics

Collection提供了一系列對基于生物質(zhì)譜的蛋白組數(shù)據(jù)處理工具，可以對來自質(zhì)譜實驗的數(shù)據(jù)進行讀入、輸出、顯示、處理、分析、比較和發(fā)布?？梢院蚐equence

ysis和GeneExpression模塊進行連用做其他實驗數(shù)據(jù)的分析以及生物標記的識別和驗證。Mass

Spec

for

Proteomics模塊介紹Imaging模塊介紹Imaging模塊應用PipelinePilot的工作流程自動化功能和可視化的流程搭建方式來處理圖像工作。這種直觀的、基于Web的、可供企業(yè)用戶

的

平臺提供成 工具來增強、處理、分析、測量和報告圖像數(shù)據(jù)。該模塊能夠?qū)褕D像數(shù)據(jù)與數(shù)字、化學、圖形和文本數(shù)據(jù)結(jié)合在 的計算平臺上。Plate

Data

ytics模塊介紹Plate

Data

ytics模塊提供一系列用于處理孔板數(shù)據(jù)的方法和工具，能夠讀取、輸出、報告、顯示、操作和計算孔板數(shù)據(jù)。通過PipelinePilot的圖形化搭建流程的方式，研究

無須編寫代碼便可構(gòu)建復雜而功能強大的數(shù)據(jù)分析流程，對實驗篩選的數(shù)據(jù)進行分析。還可以與Integration模塊相結(jié)合，把孔板數(shù)據(jù)導入到相關(guān)的數(shù)據(jù)庫中。ytical

Instrumentation模塊介紹ytical

Instrumentation模塊提供一建實用的光譜或色譜分析工作流程，滿足的信息學工具和算法，可以創(chuàng)科研工作的需求。使用該模塊，研究可以注釋、分析和比較不同來源的實驗譜圖，可以很容易進行尋峰、摘峰，處理RAW

Data，并進行譜圖的相似性比較和檢索，還可以結(jié)合

Integration模塊，創(chuàng)建譜圖分析和管理的平臺。支持多種譜圖：XRPDIRRamanUV-VisMSHPLCGCEPRNMRFLRNGS模塊介紹NGS模塊提供專門針對二代平臺的數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)分析的平臺@SRR037658.706

HWI-EAS350_168:6:1:19:621ATGAAAGACGAACAACTGCGAAATCGTATTCCGTCT+B@@B6856-+?@4BA31%./=>?.<2+80(7<####@SRR037658.707

HWI-EAS350

168:6:1:19:1619AAGGAACAAAATAATCGTATGCCGTCT?679BB@7;B=A@8A55A<0?@24A?DepthGBrowse2生命科學模擬模塊與生命科學模擬相關(guān)的模塊。功能包含在DS中，包括Catalyst,

CHARMm等相關(guān)內(nèi)容等。材料科學模擬模塊與材料模擬相關(guān)的模塊，包括Dmol，Castep，Gulp等…….Pipeline

Pilot簡介13Pipeline

Pilot在藥物分子設(shè)計中的應用示例Pipeline

Pilot在藥物 與分析方面應用示例42Pipeline

Pilot在藥物專利調(diào)研的應用示例5

Pipeline

pilot其他領(lǐng)域應用示例主要內(nèi)容Pipeline

pilot與其他信息系統(tǒng)的應用整合6Pipeline

Pilot的功能模塊分布LaboratoryPlate

Data

yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry

ADMETCheminformaticsReporting

&

VisualizationReportingysisText

Search

&yticsChemical

TextMiningBiologySequence

ysisGene

ExpressionMass

Spec.

for

Proteomics

Next

Generation

SequencingLife

Science

M&SCatalyst

(Pharmacophore)

CHARMm

(Simulations)Database

&

Application

IntegrationIntegrationClient-Side

SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer

Properties

(Synthia)藥物分子設(shè)計專利信息調(diào)研ysis

&

StatisticsData

Modeling

Advanced

Data

Modeling

RStatistics化學信息分析藥物 分析Pipeline

Pilot藥物專利調(diào)研應用示例Name

to

Structure

（English，Chinese……)Extract

Chemical

Structure

from

PDF/TIFFBuild/Search

structure

searchable

DatabaseOnline /Patent

searchGeneGo

MetabaseIntegrationT.R.

Co lis

Integration示例1：Name

to

Structure

（English，Chinese……)2-{4-[(3,5-dichloro-4-pyridyl)oxy]phenyl}acetonitrile示例2：Extract

Chemical

Structure

from

PDF/TIFF通過整合專業(yè)的文檔結(jié)構(gòu)抓取CLiDE，可以非常容易對大量的專利PDF文檔（包括掃描版本）中的化學結(jié)構(gòu)（包括Markush結(jié)構(gòu)）。示例3：Online/Patent

searchesophageal

cancer示例4：Build/Search

structure

searchableDatabasePipeline

Pilot包含了Direct

，一種基于Oracle數(shù)據(jù)庫的高性能化合物結(jié)構(gòu) 和查詢的數(shù)據(jù)庫cartridge技術(shù)。通過這種技術(shù)，可以幫助用戶搭建百萬級別的企業(yè)級化合物數(shù)據(jù)庫和化學信息學應用平臺。用戶無需精通Oracle數(shù)據(jù)庫，就可以完成化合物結(jié)構(gòu)導入和檢索的全部流程。示例5：T.R. GeneGo

Metabase

IntegrationT.R.GeneGoMetabase數(shù)據(jù)庫是目前世界內(nèi)容最全的系統(tǒng)生物學、網(wǎng)絡(luò)藥理學、系統(tǒng)毒理學數(shù)據(jù)庫。目前為世界最大科研信息

商湯森路透所有。http://t/products_services/science/systems-biology/示例6：

T.R.

Co lis

IntegrationCor

lis?是ThomsonReuters的下一代平臺，可以提供Thomson

Reuters所有生命科學的內(nèi)容，包括Thomson

Reuters

Pharma、Thomson

Reuters

Integrity、Newport

Premium和IDARC?，Cor

lis?

forCompetitive

In

ligence是Thomson

Reuters

Pharma的升級版本，可為藥物研發(fā) 提供綜合的競爭

信息。它的信息來源于各種科技文獻、專利文件、、科技會議

等，提供了四萬多種上市和在研藥物，七萬多家制藥公司的相關(guān)信息，包括藥物、專利、文獻、會議、臨床試驗、公司、交易及

等需要Corlis

API基于PP的文檔管理和分析流程PubMedPatents自動尋找和資源和本地各類文檔自動找出文檔中的化學名本地文檔自動把文檔中化學結(jié)構(gòu)摘出自動把化學名轉(zhuǎn)成化學結(jié)構(gòu)通過PP流程自動進行聚類、相似性、SAR分析StructureDatabaseTextDatabasePipeline

Pilot簡介13Pipeline

Pilot在藥物分子設(shè)計中的應用示例Pipeline

Pilot在藥物 與分析方面應用示例42Pipeline

Pilot在藥物專利調(diào)研的應用示例5

Pipeline

pilot其他領(lǐng)域應用示例主要內(nèi)容Pipeline

pilot與其他信息系統(tǒng)的應用整合6Pipeline

Pilot的功能模塊分布LaboratoryPlate

Data

yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry

ADMETCheminformaticsReporting

&

VisualizationReportingysisText

Search

&yticsChemical

TextMiningBiologySequence

ysisGene

ExpressionMass

Spec.

for

Proteomics

Next

Generation

SequencingLife

Science

M&SCatalyst

(Pharmacophore)

CHARMm

(Simulations)Database

&

Application

IntegrationIntegrationClient-Side

SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer

Properties

(Synthia)藥物分子設(shè)計專利信息調(diào)研ysis

&

StatisticsData

Modeling

Advanced

Data

Modeling

RStatistics化學信息分析藥物 分析Pipeline

Pilot藥物分子設(shè)計及化學信息學應用示例化合反向找靶——基于分子對接化合物反向找靶——基于藥效團化合物反響找靶——基于靶點結(jié)合口袋相似性整合Autodock

Vina并于DS中使用整合Glide并于DS中使用整合ID-Score并于DS中使用整合NAMD并于DS中使用整合Gaussian并在網(wǎng)頁使用Pipeline

Pilot

&

Discovery

Studio的無縫整合Discovery

Studio的綜合性——功能全面In-situ

leadenumerationScaffoldhopVirtualscreeningQSAR,ADME

andToxicitySimulationsandQuantumMechanicsHomologymodelingProteindockingProteinStability

andBindingaffinityLigandprofilingSpecialist:AntibodydesignSpecialist:MembraneProteinsX-raySpecialist:ProteinaggregationDiscovery

Studio是強大的藥物設(shè)計綜合交互式平臺基于分子對接解釋藥靶結(jié)合機理基于分子對接虛擬篩選先導化合物優(yōu)化化合物骨架躍遷基于藥效團的虛擬篩選藥效團數(shù)據(jù)庫基于藥效團反向找靶藥物活性虛擬組合化合物庫的構(gòu)建示例1：化合反向找靶——基于分子對接示例2：化合物反向找靶——基于藥效團Wolber

G,

LangerT

(2005).

"LigandScout:

3-D

pharmacophores

derived

from

protein-bound

ligandsand

their

use

as

virtual

screening

filters".

J

Chem

Inf

Model

45

(1):

160–169.PharmaDB:已最大的基于結(jié)構(gòu)藥效團數(shù)據(jù)庫共139482個基于scPDB中7687個復合物晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)建的示例3：化合物反向找靶——基于靶點結(jié)合口袋相似性J.

Comprehensive

description

of

protein

structures

using

protein

folding

shapecode.

Proteins

2008;71.3:1497-1518.Binding

mode

prediction

accuracy

onthe

test

set.

"AutoDock"

refers

toAutoDock

4,

and

"Vina"to

AutoDockVina

1O.

Trott,

A.

J.

Olson,

AutoDock

Vina:

improving

the

speed

and

accuracy

of

docking

with

a

new

scoring

function,

efficient

optimization

and

multithreading,

Journal

of

Computational

Chemistry

31

(2010)

455-461示例4：整合Autodock

Vina并于DS中使用Autodock安裝位置Autodock

scoreGlide:

A

New

Approachfor

Rapid,

AccurateDocking

andScoring.

1.

Method

andAssessment

of

Docking

Accuracy；J.

Med.

Chem.,

2004,

47

(7),

pp

1739–1749. :10.1021/jm0306430示例5：整合Glide并于DS中使用薛定諤安裝位置GLIDE

docking

scoreLi

GB, LL,

Wang

WJ,

Li

LL,

SY.

ID-Score:

A

New

Empirical

Scoring

Function

Based

on

aComprehensive

Set

of

Descriptors

Relatedto

Protein–Ligand

Interactions.

J.

Chem.

Inf.

Model.

2013,53(3),592–600示例6：整合ID-Score并于DS中使用James

C.

Phillips,

Rosemary

Braun,

Wei

Wang,James

Gumbart,

Emad

Tajkhorshid,

Elizabeth

Villa,Christophe

Chipot,

Robert

D.

Skeel,

Laxmikant

Kalé,

and

Klaus

Schulten*.Scalable

Molecular

Dynamics

with

NAMD，J

Comput

Chem.

2005December;

26(16):1781–1802.科學背景：雖然DS的分子力學、分子動力學計算引擎為CHARMm，是一個非常經(jīng)典的程序，但其計算效率并不是最高的。NAMD（NAnoscale

MolecularDynamics）是用于在大規(guī)模并行計算機上快速模擬大分子體系的并行分子動力學代碼，由

NHI開發(fā)。示例7：整合NAMD并于DS中使用中已經(jīng)有

的

ponent，可以直接整合NAMD。該工作流程既可以在PP中使用，也可以在DS中使用。示例8：整合Gaussian并在網(wǎng)頁使用Client-Side

IntegrationServer-Side

IntegrationCOMWSPipeline

PilotEnterprise

ServerWS整合模塊介紹Pipeline

Pilot簡介13Pipeline

Pilot在藥物分子設(shè)計中的應用示例Pipeline

Pilot在藥物

與分析方面應用示例42Pipeline

Pilot在藥物專利調(diào)研的應用示例5

Pipeline

pilot其他領(lǐng)域應用示例主要內(nèi)容Pipeline

pilot與其他信息系統(tǒng)的應用整合6Pipeline

Pilot的功能模塊分布LaboratoryPlate

Data

yticsyticalInstrumentationChemistryChemistry

ADMETCheminformaticsReporting

&

VisualizationReportingysisText

Search

&yticsChemical

TextMiningBiologySequence

ysisGene

ExpressionMass

Spec.

for

Proteomics

Next

Generation

SequencingLife

Science

M&SCatalyst

(Pharmacophore)

CHARMm

(Simulations)Database

&

Application

IntegrationIntegrationClient-Side

SDKsImagingImagingMaterialsM&SMaterialsPolymer

Properties

(Synthia)藥物分子設(shè)計專利信息調(diào)研ysis

&

StatisticsData

Modeling

Advanced

Data

Modeling

RStatistics化學信息分析藥物 分析Pipeline

Pilot與分析應用-譜圖處理PP可以進行批量化的譜圖處理工作常規(guī)譜圖操作譜峰的識別譜峰的面積積分線寬分析譜圖背景識別和去除譜圖切斷、縮放、平滑等Fourier傅立葉轉(zhuǎn)換專門的NMR譜圖處理功能模塊–

全自動一步式的FID分析流程：從FID轉(zhuǎn)換為化移–

從化學結(jié)構(gòu)產(chǎn)生出NMR譜圖（支持C13和質(zhì)子譜）（整合Modgraph

NMRPredict程序）查詢和相似度分析計算出譜圖間的相似性對譜圖進行聚類分析對譜圖進行數(shù)據(jù)庫查詢譜圖數(shù)據(jù)的分析2.

RemoveBackground1.

Read3.

Smooth4.Truncate5.

FindPeaks示例：拉曼圖譜聚類譜圖數(shù)據(jù)報告整合ACD/Labs模塊對譜圖分析Pipeline

Pilot藥物信息學分析應用示例SAR分析MMP分析QSAR分析QDE分析（類藥性分析）可合（SA）

分析Scalefold

Tree分析1

SAR分析示例2：MMP分析（已置入DS）853 QSAR分析（已置入DS）4 QDE分析（類藥性分析）Based

on

“fying

the

Chemical

Beauty

of

Drugs”,G.

Richard

Bickerton,

Gaia

V.Paolini,

Jérémy

Besnard,

Sorel

Muresan,

Andrew

L.

Hopkins,

Nature

Chemistry

4,

90–98(2012)5

可合（SA）

分析Based

on

“Estimation

of

Synthetic

Accessibility

Score

of

Drug-like

Molecules

Based

onMolecular

Complexity

and

Fragment

Contributions”,

Peter

Ertl

and

Ansgar

Schuffenhauer,Journal

of

Cheminformatics,

2009,1:8Chemists

Score:Average

“ease

of

synthesis”ratings

from

nine

syntheticchemists

at

Novartis

for

40molecules

from

PubChem.Rating

scale:

1

(easy)

to10(difficult)Data

for

the

40

validationmolecules

from:Peter

Ertl

and

AnsgarSchuffenhauer.

JournalofCheminformatics

2009,

1:8easydifficultSAscore

vs

Chemists

Score6 Scalefold

Tree分析Implementationof

the

iterative

ring

trimming

procedure

described

in

"The

Scaffold

Tree,Visualization

of

the

Scaffold

Universe

by

Hierarchical

Scaffold

Classification",

Schuffenhauer,A.,

Ertl,

P.,

Roggo,

S.,

Wetzel,

S.,

Koch,

M.

A.,

Waldmann,

H.,

J.

Chem.

Inf.

Model.

2007,

47,47-58.Pipeline

Pilot簡介13Pipeline

Pilot在藥物分子設(shè)計中的應用示例Pipeline

Pilot在藥物

與分析方面應用示例42Pipeline

Pilot在藥物專利調(diào)研的應用示例5

Pipeline

pilot其他領(lǐng)域應用示例主要內(nèi)容Pipeline

pilot與其他信息系統(tǒng)的應用整合6Pipeline

Pilot其他研究領(lǐng)域應用示例化合物孔板篩選和分析生物信息學（

組/轉(zhuǎn)錄組/蛋白質(zhì)組/NGS）圖像分析（病理、醫(yī)學、蛋白晶體）生物實體PP解決“易出錯”問題將化合物信息與生