測試化驗加工委托協(xié)議

委托協(xié)議編號（由科技處填寫）測試化驗加工委托協(xié)議委托任務(wù)名稱： 大鼠宏基因組測序及生物信息學(xué)分析經(jīng)費來源： 國家自然科學(xué)基金委托人： 王剛 電話：所在單位： 首都醫(yī)科大學(xué)學(xué)院學(xué)系附屬醫(yī)院單位通訊地址：北京市豐臺區(qū)右安門外西頭條10號受委托單位： 上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司聯(lián)系電話：上海市浦東新區(qū)國際醫(yī)學(xué)園區(qū)康新公路3399單位通訊地址： 號3號樓委托任務(wù)期限：2020年9月28日至2021年9月27日簽訂日期：2020年9月28日首都醫(yī)科大學(xué)科技處2020制填寫說明一、 本協(xié)議適用于我校教師在項目研究過程中支付給外單位的檢驗、測試、化驗及加工等費用時需要簽署的協(xié)議。二、 本協(xié)議書未盡事項，可由當事人附頁另行約定，并可作為本協(xié)議的組成部分。如協(xié)議研究內(nèi)容涉及國家秘密或重大商業(yè)秘密的，雙方應(yīng)另行簽署保密義務(wù)。三、 使用本協(xié)議書時約定無須填寫的條款，應(yīng)在該條款處注明“無”等字樣。四、 協(xié)議書要求A4紙打印，一式4份，左側(cè)裝訂，正文內(nèi)容所用字型應(yīng)不小于5號字，協(xié)議正本中所涉及與本協(xié)議約定事項有關(guān)的技術(shù)資料及其指定附件備齊后應(yīng)合裝成冊，其規(guī)格大小應(yīng)與協(xié)議書一致。五、 審批流程：協(xié)議雙方協(xié)商填寫協(xié)議內(nèi)容后，受委托方先簽字蓋章（注意同時加蓋覆蓋協(xié)議全部內(nèi)容的騎縫章）；在科研管理系統(tǒng)中提交委托任務(wù)經(jīng)費來源的科研項目的任務(wù)書/計劃書/預(yù)算書；委托人持委托協(xié)議、《首都醫(yī)科大學(xué)合（協(xié)）作研究經(jīng)費、測試化驗加工費外撥審批表》及審批表中要求的相關(guān)材料到相關(guān)部門審核蓋章。上述材料在學(xué)院、科技處、財務(wù)處各備存一份；六、測試化驗的原始結(jié)果須歸檔保存10年，以備審計檢查。七、依據(jù)《中華人民共和國合同法》及本協(xié)議書相關(guān)的科研項目、經(jīng)費管理辦法規(guī)定，本協(xié)議簽訂各方在真實、充分地表達各自意愿的基礎(chǔ)上，就本協(xié)議書中所描述的委托內(nèi)容、經(jīng)費支付、保密內(nèi)容、知識產(chǎn)權(quán)等問題達成如下協(xié)議，并由簽約雙方共同恪守。第一條委托任務(wù)的經(jīng)費來源項目名稱基于超聲輻射力的深部腦刺激與神經(jīng)調(diào)控儀器研制項目編號起止時間2016.01-2020.12項目類別□科技部項目 "國家自然科學(xué)基金□北京市科委項目 口北京市自然科學(xué)基金□北京市教委專項 口北京市教委科研計劃□其他項目（ ）項目負責(zé)人王剛聯(lián)系電話58340245所在學(xué)院/醫(yī)院北京安定醫(yī)院學(xué)院/醫(yī)院負責(zé)人及聯(lián)系電話58340245第二條委托工作的主要內(nèi)容、考核指標及驗收方式（備注：受委托方需提供測試化驗加工的原始數(shù)據(jù)，委托方務(wù)必保留原始數(shù)據(jù)10年以上以備審計抽查）宏基因組測序及生物信息學(xué)分析驗收方式：結(jié)果內(nèi)容：乙方完成分析列表中約定的內(nèi)容。交互式云分析項目發(fā)送：乙方在完成本合同約定的工作后，以電子郵件方式發(fā)送云平臺賬號和交互式云分析項目給甲方。數(shù)據(jù)發(fā)送：最終原始用硬盤拷貝寄送。

分析模塊 分析內(nèi)容 樣本分組要求 擬解決問題 勾選標R準分析測序序列統(tǒng)計與質(zhì)控原始序列統(tǒng)計獲得原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計信息V質(zhì)控后序列統(tǒng)計獲得質(zhì)控后優(yōu)化數(shù)據(jù)信息去宿主后序列統(tǒng)計獲得去宿主后的數(shù)據(jù)信息序列組裝和基因預(yù)測拼接組裝混合拼接獲得contig序列基因預(yù)測預(yù)測有哪些基因非冗余基因集構(gòu)建與豐度計算非冗余基因集構(gòu)建基因序列聚類，構(gòu)建非冗余基因集基因豐度計算計算豐度，構(gòu)建基因豐度表物種與功能注釋NR物種注釋各分類水平有哪些物種COG功能注釋獲得菌群COG功能信息KEGG功能注釋獲得菌群代謝、調(diào)控通路信息CAZy碳水化合物活性酶注釋獲得菌群碳水化合物活性酶信息ARDB抗生素抗性基因注釋獲得菌群抗性基因信息CARD抗生素抗性基因注釋獲得菌群抗性基因信息VFDB毒力因子注釋獲得菌群毒力和侵襲力信息物種與功能注釋總覽獲得基因、物種與功能對應(yīng)關(guān)系物種與功能組成分析物種/功能Venn圖2W樣本（組）W6比較共有和獨有物種、功能等物種/功能柱形圖優(yōu)勢物種、功能、基因組成物種/功能Heatmap圖樣本N2菌群整體物種、功能、基因組成Circos樣本與物種關(guān)系圖樣本與物種或功能之間的豐度對應(yīng)關(guān)系物種與功能比較分析樣本層級聚類分析樣本N3比較各樣本菌群是否一致PCA分析樣本N3比較各樣本菌群是否一致PCoA分析樣本N3比較各樣本菌群是否一致NMDS分析樣本N3比較各樣本菌群是否一致ANOSIM分析分組N2,每組樣本N3比較組間差異是否大于組內(nèi)差異PERMANOVA分析分組N2,每組樣本N3；環(huán)境因子也可，樣本N3比較分組或環(huán)境因子對菌群差異的影響大小和顯著水平分型分析樣本N10,分組N2分析各樣本優(yōu)勢菌群分型結(jié)果物種與功能差異分析多組比較分組〉2,每組樣本N4找出多組樣本中差異物種、功能等兩組比較分組=2,每組樣本N5找出兩組樣本中差異物種、功能等兩樣本比較找出兩樣本中差異物種、功能等LEfSe分析分組N2,每組樣本N3,建議分組W5找出重要的顯著性差異物種環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析RDA/CCA分析樣本N3,環(huán)境因子數(shù)〈樣本數(shù)分析環(huán)境因子對菌群的影響

db-RDA分析樣本N3,環(huán)境因子數(shù)〈樣本數(shù)分析環(huán)境因子對菌群的影響相關(guān)性Heatmap圖樣本N3,需提供環(huán)境因子N2分析環(huán)境因子與物種/功能的相關(guān)性(Partial)MantelTest分析數(shù)值型矩陣=2環(huán)境因子與菌群整體的相關(guān)性VIF方差膨脹因子分析n（樣品）＞m（環(huán)境因子）+1,且分組只能是2-4組找出彼此相互作用較小的環(huán)境因子關(guān)聯(lián)與模型預(yù)測分析物種與功能貢獻度分析樣本N2特定物種和功能相互的貢獻比物種與功能回歸分析樣本N8評估物種與功能的一致性物種與功能分布網(wǎng)絡(luò)分析樣本N3研究物種或功能共現(xiàn)分布單因素相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)分析樣本N3研究物種共現(xiàn)分布、互作關(guān)系、高度相關(guān)的物種、功能網(wǎng)絡(luò)等高級分析個性化功能注釋GO功能注釋獲得菌群GO功能信息PHI病原與宿主互作注釋獲得菌群病原體與宿主互作信息MvirDB病原體生物攻防因子注釋獲得病原體生物攻防因子信息TCDB轉(zhuǎn)運蛋白分類注釋獲得菌群轉(zhuǎn)運蛋白分類組成信息群體感應(yīng)（QS）分析獲得菌群群體感應(yīng)基因組成信息Pfam結(jié)構(gòu)域分析獲得菌群功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測信息分泌蛋白預(yù)測獲得菌群分泌蛋白預(yù)測結(jié)果T3SS效應(yīng)蛋白預(yù)測預(yù)測III型分泌系統(tǒng)效應(yīng)蛋白Probio益生菌注釋獲得益生菌信息細胞色素P450注釋獲得細胞色素P450注釋結(jié)果

個性化功能注釋總覽展示各數(shù)據(jù)庫注釋結(jié)果信息，并且提供條件查詢功能及基因集創(chuàng)建功能物種與功能差異分析iPath通路圖分析樣本（組）N2分析整體代謝/調(diào)控通路差異代謝通路圖組間差異分析樣本（組）N2分析特定通路的組間差異情況環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析VPA方差分解分析樣本N4,環(huán)境因子數(shù)＜樣本，只能分2-4組環(huán)境因子對微生物群落分布的解釋度環(huán)境因子排序回歸分析樣本N10,需數(shù)值型環(huán)境因子量化環(huán)境因子對菌群的影響關(guān)聯(lián)與模型預(yù)測分析隨機森林分析分組N2,樣本N30找出重要的指示物種、功能等ROC分析樣本N20判斷（疾病診斷等）模型的準確性雙因素相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖分析樣本N3研究物種、功能、環(huán)境因子兩兩之間的互作關(guān)系第三條測試化驗加工細目:序號測試化驗加工的內(nèi)容測試結(jié)果的呈現(xiàn)方式計量單位單價(萬元/單位)1大鼠宏基因組測序及生物信息學(xué)分析(IlluminaHiseq，PE150，12Gcleandata)云平臺共享分析結(jié)果，進行交互式分析個0.2合計第四條經(jīng)費支付方式:委托方向受委托方支付檢驗、測試、化驗及加工等費用的總額為：9.8萬元_,委托方—兩次—支付受委托方。具體時間如下：撥款時間2020年10月30日前任務(wù)結(jié)束后撥款金額5.2萬元4.6萬元第五條知識產(chǎn)權(quán)歸屬本協(xié)議所產(chǎn)生的所有成果的知識產(chǎn)權(quán)全部歸屬于委托方。（V）受委托方不得利用測試結(jié)果單獨申報任何形式的成果。（V）委托方同意與受委托方在發(fā)表論文時共同署名。（不共同署名）第六條保密條款受委托方保證不向委托方以外的人員提供或披露本合同的委托內(nèi)容及未公開的信息和資料,包括但不限于本協(xié)議的委托內(nèi)容及結(jié)果。雙方保證采取一切合理和必要措施和方式對委托中知悉的對方商業(yè)秘密進行保密。第七條受委托方承諾如委托的任務(wù)涉及人類遺傳資源采集、收集、買賣、出口、出境等，受委托方承諾遵照《中華人民共和國人類遺傳資源管理條例》（中華人民共和國國務(wù)院令第717）相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。受委托方不得將委托方提供的樣本、信息等材料轉(zhuǎn)給其他單位，不得利用委托方材料進行與委托任務(wù)無關(guān)的研究，不得在委托任務(wù)基礎(chǔ)上再開發(fā)。如委托任務(wù)涉及動物實驗，受委托方承諾自覺遵守《實驗動物管理條例》，嚴格選用符合要求的合格動物進行實驗，遵守實驗動物倫理3R原則，保障動物福利。如委托任務(wù)的研究對象涉及人類受試者，受委托方承諾在簽署協(xié)議前已經(jīng)將委托任務(wù)的實施方案呈交單位倫理委員會討論，并獲得了倫理委員會批準。委托方在完成委托任務(wù)的過程中，自覺遵守國內(nèi)外相關(guān)的醫(yī)學(xué)倫理準則，保障保護受試者的安全和權(quán)益。在受委托方從事委托事項中發(fā)生的不可歸責(zé)于委托方的人身、財產(chǎn)損害，由受委托方自行承擔(dān)。第八條不可抗力本協(xié)議所指不可抗力是指不能預(yù)見、不能避免并不能克服的客觀情況，包括但不限于地震、火災(zāi)、水災(zāi)、疫情、戰(zhàn)爭、政府行為等。受委托方因不可抗力不能履行協(xié)議的，應(yīng)當在不可抗力事件發(fā)生之日起七日內(nèi)將不可抗力事由以書面方式通知委托方，并應(yīng)當在合理期限內(nèi)提供證明。因不可抗力不能履行本協(xié)議的，根據(jù)不可抗力的影響，部分或全部免除責(zé)任。受委托方延遲履行后發(fā)生不可抗力的，不能免除責(zé)任。第九條違約責(zé)任如無正當理由，委托方未能按期撥付工作經(jīng)費，且經(jīng)受委托方催促仍不能撥付或不能給出合理解釋的，受委托方有權(quán)暫停履行受托任務(wù)。如委托方違約行為給受委托方造成損失的，委托方還應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)賠償責(zé)任。如受委托方在完成委托工作時出現(xiàn)弄虛作假情況、不履行本協(xié)議或履行義務(wù)不符合要求的，委托方有權(quán)追回全部已撥經(jīng)費。如受委托方違約行為造成委托方損失的，委托方有權(quán)要求賠償并追究受委托方相關(guān)責(zé)任人員的法律責(zé)任。非因委托方違約或非因不可抗力，受委托方不能完成受托任務(wù)或受委托方逾期不能提交全部產(chǎn)出成果的，委托方有權(quán)解除本委托。委托解除后，受委托方應(yīng)返還委托方已經(jīng)撥付的項目經(jīng)費。如受委托方的違約行為給委托方造成損失的，受委托方還應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的賠償責(zé)任。第十條協(xié)議的變更、終止及解除本協(xié)議的變更應(yīng)由雙方協(xié)商一致后達成變更協(xié)議，并作為本協(xié)議的附件。本協(xié)議可由雙方協(xié)商一致予以終止。第十一條爭議解決：如在履行本協(xié)議的過程中發(fā)生爭執(zhí)，雙方當事人應(yīng)友好協(xié)商解決，如協(xié)商不成，任何一方可向委托方簽署地（委托方所在地）有管轄權(quán)的人民法院提起訴訟。第十二條其他約定事項（如無其他事項，請?zhí)睢盁o”）無第十三條本協(xié)議自甲乙雙方項目負責(zé)人簽字并加蓋單位公章或單位合同專用章之日起生效。本協(xié)議一式4份，雙方各執(zhí)2份，具有同等法律效力。與本協(xié)議約定事項有關(guān)的技術(shù)資料附件