數(shù)量性狀連鎖分析

1、數(shù)量性狀連鎖分析Haseman-Elston 線(xiàn)性回歸方法1。定量性狀值對(duì)性狀位點(diǎn)IBD值的回歸方程條件：1.假定性狀為數(shù)量性狀2.假定控制數(shù)量性狀的基因?yàn)閱位颍▎吸c(diǎn)）.假定通過(guò)父母和同胞對(duì)能有確定的值假設(shè)數(shù)量性狀服從下面的模型 （1）某家庭兩個(gè)兄弟姐妹計(jì)為一個(gè)同胞對(duì)，標(biāo)記：1，2（2）某數(shù)量性狀標(biāo)記為: ,同胞對(duì)的性狀表示為：（3）數(shù)量性狀簡(jiǎn)單模型：一、表現(xiàn)型相似程度描述一對(duì)基因 A1 A2基 因 型 A1A1 A1A2 A2A2基因型值 +a d -a用數(shù)軸圖表示-ad0a: 基因型值: 基因型值：群體該性狀總平均值: 環(huán)境和其他因素對(duì)數(shù)量性狀的影響表現(xiàn)型相似性：表現(xiàn)型越相似，越小二、基

2、因型相似程度描述IBD/IBS1/31/21/21/3IBD=0 IBS=11/11/31/21/3IBD=1 IBS=11/21/21/21/3IBD=2 IBS=2血緣一致（identical by descent,IBD）： 指的是子代中共有的一段DNA區(qū)域或共有的等位基因來(lái)源于一個(gè)共同的祖先。狀態(tài)一致（identical by state,IBS）： 只考慮家系成員之間遺傳標(biāo)記或等位基因的相似性，而不管其是否來(lái)源于一個(gè)共同的祖先，也不需進(jìn)行親代的等位基因分型。IBD：、基因越相似，IBD越大表現(xiàn)型差別：表現(xiàn)型越相似，越小基因相似程度：基因越相似，IBD越小同胞對(duì)的基因越相似，他們的定量

3、性狀的差距越小基因差別：IBD Genotypic similarity ( )Phenotypic similarity00.51模型推導(dǎo)：HasemanElston 通過(guò)種兄弟對(duì)基因型和相關(guān)條件概率，加性差、顯性方差，假定基因和環(huán)境獨(dú)立進(jìn)行推導(dǎo)，確立了環(huán)境方差加性方差顯性方差遺傳方差定量性狀值對(duì)性狀位點(diǎn)IBD值的回歸方程 3.2用于標(biāo)記位點(diǎn)的連鎖分析的回歸方程模型還不能應(yīng)用于連鎖分析，原因如下：、實(shí)際情況下即使父母、同胞對(duì)的基因型已知，也不能保證IBD 值確定/父/父/父/父/父/IBD=1/父/父/IBD=1/父/父/IBD=2/父/父/IBD=2/父/父/IBD=1/父/父/IBD=1

4、/父/父/IBD=2/父/父/IBD=2/同胞對(duì)婚配型等等等等基于上述兩原因不能被用來(lái)進(jìn)行連鎖分析改進(jìn)模型：兩位點(diǎn)，： t為疾病位點(diǎn)為標(biāo)記位點(diǎn)重組率通過(guò)構(gòu)造聯(lián)合分布表可得，是重組率的函數(shù)通過(guò)構(gòu)造聯(lián)合分布表可得，是，的函數(shù)Haseman-Elston模型可以通過(guò)該模型進(jìn)行連鎖分析環(huán)境方差加性方差顯性方差遺傳方差Haseman-Elston regression: A sib-pair test for linkage between a quantitative trait and a marker locus (Haseman & Elston, 1972). It is a classica

5、l regression method using the squared sib-pair trait difference as a dependent variable and the proportion of shared alleles identical by descent by the sib pair as an independent variable, where a statistically significant negative regression coefficient suggests linkage. Since then it has been extended to multiple quantitative loci (Tiwari, 1997; Stoesz, 1997); revisited to incorporate information from full sibs and other pairs of relatives (Elston, 2000); applied to X-linked traits