2022年ctDNA高通量測序臨床實(shí)踐專家共識解讀（全文）

1、2022年ctDNA高通量測序臨床實(shí)踐專家共識解讀（全文）近日，由中國抗癌協(xié)會腫瘤標(biāo)志專業(yè)委員會組織，重慶市中醫(yī)院輦偉奇教 授、天津醫(yī)科大學(xué)腫瘤醫(yī)院于津浦教授、華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同 濟(jì)醫(yī)院袁響林教授、重慶大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院張海偉教授擔(dān)任編寫組長，全 國醫(yī)院和行業(yè)知名企業(yè)專家共計(jì)五十余人參與籌備和撰寫的ct D N A高通 量測序臨床實(shí)踐專家共識（2022年版），正式刊登于中國癌癥防治雜 志，鼎晶生物醫(yī)學(xué)總監(jiān)夏超然博士參與了本共識的編寫工作。共識的主 要內(nèi)容包括：ctDNA定義概述，臨床應(yīng)用，檢測標(biāo)準(zhǔn)三局部內(nèi)容。ctDNA（circulating tumor DNA , ctDNA）通常由

2、腫瘤細(xì)胞主動分泌或在 腫瘤細(xì)胞凋亡或壞死過程中釋放入循環(huán)系統(tǒng)中的DNA片段，長度 132145bp，半衰期較短（一般2h）。因其無創(chuàng)或微創(chuàng)、檢測時間短、能 夠反映瘤內(nèi)和轉(zhuǎn)移灶異質(zhì)性、可動態(tài)監(jiān)測治療療效等優(yōu)勢而在臨床得到越 來越廣泛的應(yīng)用。ctDNA會攜帶來源于腫瘤細(xì)胞相關(guān)的遺傳學(xué)特征，如基 因突變、甲基化、擴(kuò)增或重排等，可作為腫瘤篩查、伴隨診斷、治療療效 評估及預(yù)后風(fēng)險分層的重要指標(biāo)。然而，其豐度受多種因素影響，波動較 大，在內(nèi)外因素特別是治療壓力下，其攜帶的生物信息可能會發(fā)生演變, 且受正常細(xì)胞胚系變異或克隆性造血細(xì)胞體系突變干擾，在臨床檢測和報(bào) 告解讀過程中應(yīng)特別注意。ctDNA NGS檢

3、測的臨床應(yīng)用01、伴隨診斷目前已有臨床證據(jù)支持ctDNANGS檢測可應(yīng)用于肺癌、乳腺癌、前列腺 癌、卵巢癌等晚期實(shí)體腫瘤的伴隨診斷，但涉及的驅(qū)動基因及其變異類型與 相應(yīng)分析體系均有嚴(yán)格限定，假設(shè)超適應(yīng)癥應(yīng)用時，建議與患者就檢測必要性、 檢測費(fèi)用以及局限性等內(nèi)容進(jìn)行充分知情。ctDNA NGS檢測已被國內(nèi)外 專家共識或指南建議作為多種晚期惡性腫瘤(包含如胃食管腺癌、 NSCLC、乳腺癌、轉(zhuǎn)移性胰腺癌、皮膚性黑色素瘤等)組織基因檢測的 替代方式，但依據(jù)其分析結(jié)果實(shí)時制定臨床治療策略時仍需高級別循證證 據(jù)支持。02、評估腫瘤治療療效及預(yù)后風(fēng)險分層采用腫瘤標(biāo)志物和影像學(xué)等傳統(tǒng)方法評估分子靶向和免疫檢查

4、點(diǎn)抑制劑 治療療效時，無法動態(tài)反映腫瘤特征性的分子演化,ctDNA NGS檢測可對 腫瘤驅(qū)動基因相關(guān)ctDNA的豐度變化進(jìn)行監(jiān)測，判斷腫瘤治療應(yīng)答，其有望 成為新興的療效評估途徑。微小殘留病灶(minimal residual disease,MRD)概念最早來自血液腫瘤。 實(shí)體腫瘤的MRD概念更多被稱為分子殘留病灶(molecular residual disease,MRD),是指經(jīng)過治療后，傳統(tǒng)影像學(xué)(包括PET/CT)或其他實(shí)驗(yàn) 室方法不能發(fā)現(xiàn)，但通過液體活檢發(fā)現(xiàn)的腫瘤來源分子異常，代表腫瘤持 續(xù)存在和臨床進(jìn)展可能.ctDNA是評估MRD的一種非侵入性工具。現(xiàn)已 有多項(xiàng)研究說明術(shù)后ct

5、 DNA陽性與疾病復(fù)發(fā)之間的強(qiáng)相關(guān)性，術(shù)后的 ctDNA分析結(jié)果可作為預(yù)后預(yù)測依據(jù)。ctDNA MRD檢測是全新的個性 化技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域，尚難以建立通用性技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，亟待通過大樣本、多中心、 前瞻性的臨床試驗(yàn)驗(yàn)證其臨床效用。03、助于腫瘤獲得性耐藥機(jī)制分析在臨床環(huán)境中，ctDNA NGS檢測可用于識別分子靶向治療的耐藥機(jī)制， 尤其對于疑難復(fù)雜的腫瘤患者，該結(jié)果有助于后續(xù)的治療選擇決策。免疫 檢查點(diǎn)抑制劑治療獲得性耐藥機(jī)制復(fù)雜，治療選擇壓力下的腫瘤亞克隆演 進(jìn)僅為其局部原因，ctDNA靶向測序、全外顯子和（或）全基因組檢測僅 作為其轉(zhuǎn)化研究工具之一。ctDNA NGS檢測標(biāo)準(zhǔn)ctDNA NGS檢測的

6、建立與優(yōu)化涉及分析前、分析中以及分析后的三個階 段多個步驟，實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理需貫穿ctDNA NGS檢測的整個流程。收集、 樣本處理和自動化過程應(yīng)按照標(biāo)準(zhǔn)化和臨床驗(yàn)證程序進(jìn)行，最大程度防范 因操作差異而引發(fā)的假陰性可能。樣本采集建議采用含細(xì)胞穩(wěn)定劑的抗凝 管（如Streck采血管等游離核酸專用采血管）盡快完成血漿別離,提取的 cfDNA建議在24h內(nèi)進(jìn)行后續(xù)檢測，否那么，置于-3CTC至-15乙下儲存 并防止反復(fù)凍融。ctDNA NGS檢測應(yīng)根據(jù)工程需求選擇技術(shù)路線，可依 據(jù)檢測基因數(shù)量及覆蓋范圍大小選擇不同測序策略。在進(jìn)行基于ctDNA 的超高靈敏度突變檢測時，建議使用分子標(biāo)簽技術(shù)和優(yōu)化對應(yīng)的

7、生物信息 分析設(shè)置，以降低由于測序平臺隨機(jī)誤差導(dǎo)致的假陽性結(jié)果;建議通過建立 測序噪音和克隆性造血背景庫的方法降低克隆性造血及背景噪音帶來的 影響。ctDNA NGS臨床檢測報(bào)告應(yīng)包含受檢者基本信息、樣本信息、實(shí)驗(yàn)室信 息、檢測工程、檢測結(jié)果及變異解讀、檢測方法的實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部驗(yàn)證結(jié)果、 檢測局限性及不確定性以及進(jìn)一步檢測的建議等內(nèi)容。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)建立報(bào)告 SOP,建議根據(jù)國內(nèi)外文獻(xiàn)、共識指南、臨床試驗(yàn)證據(jù)和實(shí)踐對檢出的腫 瘤基因突變進(jìn)行分類或分級報(bào)告。臨床研究說明,基于ctDNA NGS檢測的bMSI(blood MSI)和bTMB (blood TMB)具有免疫檢查點(diǎn)抑制劑療效預(yù)測價值，但仍有諸多因素影響其在臨床中的應(yīng)用，如樣本采集時間、檢測panel基因覆蓋范圍、panel大 小、測