用Material Studio構(gòu)建表面模型

1、Material Studio是一款功能強(qiáng)大的軟件，其功能當(dāng)然不僅僅限于構(gòu)造模型。在這里，我們就牛刀小試，用 Material Studio來構(gòu)建我們所感興趣的吸附表面。最簡單的(111)或者(100)面比較容易，但是稍微復(fù)雜點(diǎn)的， 比如(110)面的構(gòu)造如果是手工就要稍花力氣。而Material Studio這套軟件可以輕易的構(gòu)造大多數(shù)晶體的任 意切面。我們以構(gòu)造Pt(110)表面為例，主要過程如下：第一，import 一個晶格體系，在structure目錄里可以選擇metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我們 可以看到Pt是fcc密堆結(jié)構(gòu)。第二，選擇build-cle

2、ave surface .然后在cleave plane對話框里設(shè)定需要解理的晶面指數(shù)，這里我們選擇1 1 0。第三，選擇layer的厚度，就在depth里選擇fraction，也就是重復(fù)的晶面數(shù),注意這里不是周期數(shù)。如果是三 層的 在depth里設(shè)定6就好了。沒有把握的話，可以隨便設(shè)定一定depth值,cleave之后還可以根據(jù)厚度來re cleave.a&vg plaha (h k I:北 Surface,Mesh | Dpljonpniti&nFrEtionaiAngst-iom1 1 0 ciCleavingTop 網(wǎng)57Cleave rule:服函二iCap跖閉函t | N航h由 刁

3、 館tgwithr 一三匚應(yīng)姑 Hslp我們設(shè)定真空層厚第四，同樣在build-crystal選項(xiàng)里選擇bulid-vacuum slab設(shè)定真空層厚度。在這里， 度為10A。H Elii Id VacuumCrystii區(qū).蟲/四一.$域OptlfiFl Vsucirrr-ariantatiuri | 匚 二偵函uurr th/k旭母.噤碗.脯境簸j25.26Q4Slab p&skion:AAGuild山麗31-七1到這里就差不多巳經(jīng)搞定Pt(110)表面的構(gòu)筑了。構(gòu)造完的Pt(110)表面如下圖所示最后，我們可以用File$rightarrow$Export菜單把它導(dǎo)出成cif或者pdb文

4、件。以pdb文件為例，以下是導(dǎo) 出的pdb文件REMARK Materials Studio PDB fileREMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006CRYST13.9242.77525.260 90.00 90.00 90.00 P1ATOM1PT1MOL2-7.848 -11.7720.0001.000.00PtATOM2PT1MOL2-7.848 -7.8480.0001.000.00PtATOM3PT1MOL2-3.924 -7.8480.0001.000.00PtATOM4PT1MOL2-3.924

5、-3.9240.0001.000.00PtATOM5PT1MOL20.000 -3.9240.0001.000.00PtATOM6PT1MOL20.000 0.0000.0001.000.00PtATOM7PT1MOL2-7.848 -9.8101.9621.000.00PtATOM8 PT1MOL2-3.924-5.8861.9621.000.00PtATOM9 PT1MOL20,000-1.9621.9621.000.00PtATOM10 PT1MOL2-9.810-11.7721.9621.000.00PtATOM11 PT1MOL2-5.886-7.8481.9621.000.00PtATOM12 PT1MOL2-1.962-3.9241.9621.000.00PtTER可見，文件中從第6列到第8列的坐標(biāo)即為相應(yīng)的Pt的直角坐標(biāo)，而第三行中的內(nèi)容分別是基矢的長度和 相對的夾角。有了這些信息，我們就可以非常容易的將Pt的結(jié)構(gòu)信息用到VASP等其他程序的輸入文件中。其實(shí)對v