NGS實驗室建設(shè)規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)與要求規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)

1、NGS實驗室建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)與要求一、高通量測序（NGS）實驗室簡介NGS實驗室又叫高通量測序檢測實驗室。NGS是下一代測序技術(shù)（NextGenerationSequencing）即高通量測序技術(shù)的簡稱。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)SANGER測序（稱為一代測序技術(shù)）革命性的改變,可同時對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定，同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，也稱為深度測序（DeepSEQUENCiNG）。由于NGS技術(shù)對所檢測的核酸模板進行大量擴增，容易出現(xiàn)實驗室污染導(dǎo)致檢測結(jié)果準(zhǔn)確性下降；另外NGS技術(shù)要求高、影響因素多，實驗過程處理不當(dāng)易導(dǎo)致檢測結(jié)果準(zhǔn)確性下降或檢

2、測失敗。因此臨床基因擴增檢驗實驗室技術(shù)驗收和規(guī)范化管理是NGS技術(shù)本身需要，也是在臨床上順利應(yīng)用該技術(shù)前提。二、NGS實驗室臨床應(yīng)用的基本條件必須擁有符合臨檢中心相關(guān)規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)NGS實驗室。檢測設(shè)備必須符合標(biāo)準(zhǔn)NGS實驗室設(shè)置要求：高通量測序儀及配套服務(wù)器；高通量測序檢測試劑盒；通用電腦；自動分析軟件，實驗室樣本信息管理系統(tǒng)等。檢測人員必須通過專門的技能培訓(xùn)，并獲得省級以上衛(wèi)生計生行政部門頒發(fā)的臨床基因擴增檢驗技術(shù)上崗證書。NGS實驗室必須建立嚴格的實驗室管理制度、建立標(biāo)準(zhǔn)化操作程序（SOP）、建立系列質(zhì)量管理文件等，確保實驗室日常運行符合國家衛(wèi)生部的要求，確保檢測結(jié)果準(zhǔn)確、確保實驗室衛(wèi)生安全

3、，確保實驗室長期穩(wěn)定運行。NGS臨床應(yīng)用必須在無菌無塵環(huán)境下進行操作。三、NGS實驗室建設(shè)基本要求主體結(jié)構(gòu)主體為彩鋼板、鋁合金型材。室內(nèi)所有陰角、陽角均采用鋁合金50內(nèi)圓角鋁，從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問題。結(jié)構(gòu)牢固，線條簡明，美觀大方，密封性好。標(biāo)準(zhǔn)的各區(qū)分隔和氣壓調(diào)節(jié)將檢測過程分成試劑準(zhǔn)備、樣本制備、PCR擴增和高通量測序四個獨立的實驗區(qū)。整個區(qū)域有一個整體緩沖走廊。每個獨立實驗區(qū)設(shè)置有緩沖區(qū)，同時各區(qū)通過氣壓調(diào)節(jié)，使整個檢測實驗過程中試劑和標(biāo)本免受氣溶膠的污染并降低擴增產(chǎn)物對人員和環(huán)境的污染?？纱蜷_緩沖區(qū)和PCR擴增區(qū)的排風(fēng)扇往外排氣，在實驗區(qū)的外墻上和各扇門上都安裝有風(fēng)量可調(diào)的

4、回風(fēng)口，空氣通過回風(fēng)口向室內(nèi)換氣。消毒在每個實驗區(qū)和緩沖區(qū)頂部以及傳送窗內(nèi)部安裝有紫外燈，供消毒用。在各區(qū)還設(shè)置移動紫外線燈，對實驗桌進行局部消毒。機械連鎖不銹鋼傳遞窗試劑和標(biāo)本通過機械連鎖不銹鋼（不建議使用電子連鎖方式）傳遞窗傳遞，保證試劑和標(biāo)本在傳遞過程中不受污染（人物分流）。地面地面建議使用PVC卷材地面或自流坪地面，整體性好。便于進行清掃，耐腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面，或大塊的瓷磚（至少800mmX800mm）接縫需要小于2MM。照明燈具要選用凈化燈具，能達到便于清洗、不積塵的特點。平面布局NGS實驗室應(yīng)根據(jù)自己的檢驗項目、所米用的檢測技術(shù)平臺和工作量來決定分區(qū)的多少及各區(qū)域的

5、空間大小，至少具體需要多少個區(qū)，同樣是“個體化”的，以“工作有序、互不干擾、防止污染、報告及時”作為基本原則。四、各項目實驗室建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)產(chǎn)前篩查與產(chǎn)前診斷（全基因組低拷貝測序技術(shù)）1.實驗室平面圖測序區(qū)空氣流向文庫擴増與檢測區(qū)標(biāo)本與文庫制備區(qū)緩沖河氣間空沖緩試劑準(zhǔn)備區(qū)空氣流向?qū)Ｓ米呃葓D1:產(chǎn)前篩查與診斷實驗室平面圖技術(shù)流程圖痛序區(qū)標(biāo)本與文庫制備區(qū)-文庫擴堆與檢測區(qū)今圖2：產(chǎn)前篩查與診斷技術(shù)流程圖技術(shù)參數(shù)分區(qū)壓力溫度相對濕度照明專用走廊0Pa20-25C40%60%主實驗室23OOLX，其余房間200300LX緩沖區(qū)+5Pa試劑準(zhǔn)備室+15Pa標(biāo)本與文庫制備區(qū)+10Pa文庫擴增與檢測區(qū)-5Pa測序

6、區(qū)-lOPa分區(qū)功能試劑準(zhǔn)備室主要功能：在NGS過程中使用到的試劑的配制、分裝和保存。標(biāo)本與文庫制備區(qū)主要功能：血液處理、血漿制備、DNA提取、DNA片段化、DNA樣品的純化、DNA濃度檢測、末端修復(fù)、接頭連接、構(gòu)建樣本的測序文庫。文庫擴增與檢測區(qū)主要功能：文庫構(gòu)建后的PCR擴增與純化、文庫濃度檢測、文庫的混合及混合后的質(zhì)檢分析。測序區(qū)主要功能：測序模板制備（乳液PCR與磁珠富集回收）、上機測序、數(shù)據(jù)分析、報告審核及發(fā)放。儀器配置5.1試劑準(zhǔn)備室主要儀器設(shè)備：加樣器、冰箱、分析天平、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈和超凈工作臺等。5.2標(biāo)本與文庫制備區(qū)主要儀器設(shè)備：冷凍離心機、

7、微量臺式離心機、掌上三管離心機、渦旋震蕩器、垂直混合儀、移液器、可移動紫外燈、生物安全柜、冰箱、托盤天平、Qubit2.0核酸定量儀、電腦（可連接互聯(lián)網(wǎng)）、條形碼打印機、普通打印機、掃描槍、磁力架等。5.3文庫擴增與檢測區(qū)主要儀器設(shè)備：PCR儀、QPCR儀、Qubit2.0核酸定量儀、可移動紫外燈、超凈工作臺、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、UPS、冰箱、移液器、磁力架等。5.4測序區(qū)主要儀器設(shè)備：高通量測序儀、PC電腦、打印機、UPS、恒溫金屬浴、純水儀、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、超凈工作臺、可移動紫外燈、磁力架、PCR儀等。胚胎植入前遺傳學(xué)診斷（全基因組低拷貝測序）1.實

8、驗室平面圖電迷區(qū)空氣濟向盪沖紂邂沖閭擴增一區(qū)AYGK制備區(qū)試刑準(zhǔn)番區(qū)空汽就向空帆疣向st二竄沖間3鞭沖旬3二立庫楡測區(qū)圖3：PGD實驗室平面圖2.技術(shù)流程圖辛GA制備X磴泳區(qū)ta與擁址h馥頭連修耳魂比*f區(qū)擴憎擴増苗羅備I乳渲PCRAtt齋富黒）末酣便及燉比搭告度故11上機4I1“(|h*|*ilJw1文澤皆測西測序區(qū)圖4：PGD技術(shù)流程圖3.技術(shù)參數(shù)分區(qū)壓力溫度相對濕度照明專用走廊0Pa20-25C40%60%主實驗室23OOLX,其余房間200300LX緩沖區(qū)+5Pa試劑準(zhǔn)備室+15PaWGA制備室+10pa擴增一區(qū)-5pa標(biāo)本檢測區(qū)-lOPa測序區(qū)-15Pa電泳區(qū)0Pa4.分區(qū)功能4.1

9、試劑準(zhǔn)備室主要功能：在NGS過程中使用到的試劑的配制、分裝和保存。WGA制備區(qū)主要功能：基因組DNA釋放、全基因組DNA擴增。4.3電泳區(qū)主要功能：DNA電泳檢測及結(jié)果反饋、DNA打斷等4.4擴增一區(qū)主要功能：DNA片段的末端修復(fù)與純化、接頭連接與純化、文庫混合、缺口平移。4.5文庫檢測區(qū)主要功能：文庫濃度質(zhì)檢分析。4.6測序區(qū)主要功能：測序模板制備（乳液PCR與磁珠富集回收）、上機測序、數(shù)據(jù)分析、報告審核及發(fā)放。5.儀器配置5.1試劑準(zhǔn)備區(qū)主要儀器設(shè)備：冰箱、分析天平、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈和超凈工作臺等。5.2電泳區(qū)主要儀器設(shè)備：電泳儀、微波爐、凝膠成像儀、冰箱、

10、掌式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈等。WGA制備區(qū)主要儀器設(shè)備：PCR儀、超凈工作臺、冰箱、掌式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈等。5.4擴增一區(qū)主要儀器設(shè)備：PCR儀、可移動紫外燈、超凈工作臺、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、UPS、移液器、磁力架等。5.5文庫檢測區(qū)主要儀器設(shè)備：QPCR儀、Qubit2.0核酸定量儀、可移動紫外燈、超凈工作臺、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、冰箱、移液器等。5.6測序區(qū)主要儀器設(shè)備：高通量測序儀、PC電腦、打印機、UPS、恒溫金屬浴、純水儀、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、超凈工作臺、可移動紫外燈、磁力架、PCR儀等。遺傳病

11、診斷+腫瘤診斷與治療（雜父捕獲測序技術(shù)+Sanger測序驗證）1.實驗室平面圖電詠區(qū)rmzE護HE空氣潦緩沖同Er空弋報黑沖何專用連溜圖5：腫瘤診斷實驗室平面圖2.技術(shù)流程圖MIAfTBrdtWIODPre-Captuired-penF他圖6：腫瘤診斷技術(shù)流程圖m&rinrSander測庫盍程標(biāo)本與文庫制備區(qū)圖7：代測序?qū)嶒灹鞒虉D3.技術(shù)參數(shù)分區(qū)壓力溫度相對濕度照明潔凈走廊0Pa20-25C40%60%主實驗室23OOLX,其余房間200300LX緩沖區(qū)+5Pa試劑準(zhǔn)備室+15Pa標(biāo)本與文庫制備區(qū)+10PaDNA打斷區(qū)+10Pa雜交捕獲區(qū)（擴增一區(qū)）-5Pa文庫擴增區(qū)（擴增二區(qū)）-lOPa文庫

12、檢測區(qū)-lOPa測序區(qū)-15Pa電泳區(qū)0Pa4.分區(qū)功能4.1試劑準(zhǔn)備區(qū)主要功能：在NGS過程中使用到的試劑的配制、分裝和保存。4.2標(biāo)本與文庫制備區(qū)主要功能：樣本接收、樣本前處理、全基因組DNA提取以及各種樣本DNA或者RNA的提取、DNA片段化、DNA純化、DNA濃度測定、DNA片段的末端修復(fù)與純化、接頭連接與純化。DNA打斷區(qū)主要功能：DNA打斷（片段化）。4.4電泳區(qū)主要功能：片段化DNA電泳檢測及結(jié)果反饋。4.5雜交捕獲區(qū)（擴增一區(qū)）主要功能：目的DNA片段的雜交捕獲與純化，Sanger測序目的片段擴增與純化、Sanger測序PCR前準(zhǔn)備。4.6文庫擴增區(qū)（擴增二區(qū)）主要功能：雜交捕

13、獲后擴增與純化、文庫濃度質(zhì)檢分析、及Sanger測序的PCR擴增反應(yīng)與純化。4.7測序區(qū)主要功能：測序模板制備（乳液PCR與磁珠富集回收）、上機測序、及Sanger測序。5.儀器配置5.1試劑準(zhǔn)備區(qū)主要儀器設(shè)備：加樣器、冰箱、分析天平、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈和超凈工作臺等。5.2標(biāo)本與文庫制備區(qū)主要儀器設(shè)備：微量臺式離心機、掌上三管離心機、恒溫金屬浴、移液器、可移動紫外燈、生物安全柜、冰箱、托盤天平、Qubit2.0核酸定量儀、PCR儀、電腦（可連接互聯(lián)網(wǎng)）、條形碼打印機、普通打印機、掃描槍等。DNA打斷區(qū)主要儀器設(shè)備：CovarisS220超聲波打斷儀、冰箱、掌式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈等。5.4電泳區(qū)主要儀器設(shè)備：電泳儀、微波爐、凝膠成像儀、冰箱、掌式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈等。5.5雜交捕獲區(qū)（擴增一區(qū)）主要儀器設(shè)備：PCR儀、可移