CrystalMaker使用說(shuō)明

1、第一章 界面介紹第二章本章詳細(xì)介紹了Crystalmaker的操作界面，便于用戶選擇操作命令和保存文件。本章所有的圖片都是在Mac OS X 10.5 “Peopard”上獲得的。菜單介紹Crystalmaker (Mac version) 記錄、應(yīng)用文件，隱藏或退出程序File 打開(kāi)、創(chuàng)建、保存和關(guān)閉文件。輸出相關(guān)的文本和圖片Edit 編輯文本、結(jié)構(gòu)和化學(xué)鍵；拷貝圖片到剪切板，或者取消上步操作Selection 選擇原子相關(guān)的操作，例如標(biāo)注、顯示、隱藏原子Model 選擇結(jié)構(gòu)模型顯示的形式Rendering 對(duì)模型的顯示進(jìn)行不同的設(shè)置Transform 旋轉(zhuǎn)、測(cè)量圖片命令?？梢詼y(cè)量化學(xué)鍵角度

2、，或者產(chǎn)生粉末/單晶衍射花樣Window 對(duì)Crystalmaker操作界面進(jìn)行設(shè)置Help 提供在線幫助和用戶手冊(cè)圖片界面結(jié)構(gòu)在圖片界面中顯示。選擇Window Show Ruler可以添加標(biāo)尺。圖片面板結(jié)構(gòu)主要在圖片面板中顯示，在這里可以對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行旋轉(zhuǎn)和測(cè)量操作，或者使用快捷鍵對(duì)其進(jìn)行操作。工具欄工具欄是對(duì)工具板的很好補(bǔ)充。對(duì)于常用的命令還設(shè)置了快捷鍵。打開(kāi)或關(guān)閉工具欄：選擇Winsow Show/Hide ToolbarSidebar包括Site Browser和Notes pane打開(kāi)/隱藏Sidebar的兩種方法：(1) 點(diǎn)擊Toolbar上的Sidebar;(2) 選擇Window

3、 Show/Hide Sidebar隱藏Notes pane的三種方法：(1) 點(diǎn)擊Toolbar上的Notes pane來(lái)顯示/隱藏Notes pane；(2) 雙擊Sidebrowser和Notes pane之間的分隔欄；(3) 把Sidebrowser和Notes pane之間的分隔欄拖動(dòng)到最下面隱藏Site Browser的方法：(1) 把Sidebrowser和Notes pane之間的分隔欄拖動(dòng)到最上面；Site BrowserSite Browser提供關(guān)于結(jié)構(gòu)中原子的信息。可以按照元素、位置標(biāo)注對(duì)列表進(jìn)行重新排列、同時(shí)在Site Browser中，可以對(duì)原子的顏色、可見(jiàn)度、標(biāo)注

4、以及半徑進(jìn)行編輯，并對(duì)單個(gè)位置或者同元素的原子簇進(jìn)行編輯。Notes pane在Notes pane中，可以保存關(guān)于結(jié)構(gòu)的文本信息Overview WindowOverview Window提供關(guān)于復(fù)雜結(jié)構(gòu)的動(dòng)畫(huà)和視頻制作、文件瀏覽以及結(jié)構(gòu)輸出的具體細(xì)節(jié)等信息，由Views, History, file和Log四部分構(gòu)成。View PaneView pane有以下用處：(1) 記錄從特定視角觀察晶體的圖片；(2) 在統(tǒng)一界面中同時(shí)操作幾個(gè)晶體；(3) 制作動(dòng)畫(huà)和視頻創(chuàng)建操作結(jié)構(gòu)的視圖，方法有二：(1) 點(diǎn)擊window toolbar中的Snapshot；(2) 選擇File Take Sna

5、pshot一張結(jié)構(gòu)圖片就會(huì)出現(xiàn)在View pane中。從已有文件中創(chuàng)建視圖：(1) 把一個(gè)或多個(gè)文件拖動(dòng)到Views pane中。每個(gè)文件就會(huì)加載到Graphics window中，縮略圖會(huì)再在到Views pane中；(2) 當(dāng)Views pane可視時(shí)，點(diǎn)擊Add按鈕，然后選擇想要加載的文件。加載一個(gè)視圖：點(diǎn)擊views pane中的視圖，使用鍵盤(pán)上的箭頭進(jìn)行選擇。重新排列視圖：點(diǎn)擊并拖動(dòng)視圖，對(duì)其進(jìn)行重排重命名視圖：點(diǎn)擊視圖文件，輸入新的文件名，按Return或enter鍵完成設(shè)置更新視圖：用戶可以重新生成一個(gè)視圖，以匹配與現(xiàn)在顯示的結(jié)構(gòu)：右鍵單擊要選擇的視圖，選擇Replace wit

6、h current view同步視圖Crystalmaker強(qiáng)大之處在于它能快讀的同步多個(gè)窗口。這樣，如果一個(gè)視圖和另一個(gè)相關(guān)，用戶可以對(duì)它們的顯示進(jìn)行設(shè)置，諸如原子顏色、渲染樣式、位向、尺寸等。使用同步命令：(1) 確保主視圖在Graphics window的最前面，這個(gè)結(jié)構(gòu)的設(shè)置將應(yīng)用到所有的其他結(jié)構(gòu)中；(2) 選擇Transform Synchronize命令；(3) 出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框，顯示需要同步哪些視圖；(4) 點(diǎn)擊OK開(kāi)始同步。動(dòng)畫(huà)視圖Overview Actions菜單上的Play命令，可以反復(fù)播放視圖，同時(shí)還可以全屏播放或者結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)。用戶可以控制播放的速度。按 escape退出動(dòng)

7、畫(huà)播放。從視圖中生成視頻使用Overview Actions菜單上的Play命令，可以生成一個(gè)Quicktime視頻。這在展示結(jié)構(gòu)行為和相轉(zhuǎn)變時(shí)比較有用。Files Pane用戶可以在這個(gè)面板上管理最近的文件，并在快速的在不同的結(jié)構(gòu)間進(jìn)行切換。新近打開(kāi)的文件會(huì)顯示在Files Pane的左上角。用戶也可以把未打開(kāi)的結(jié)構(gòu)加到Files Pane中，并會(huì)顯示為縮略圖。添加文件到Files Pane：(1) 把一個(gè)或多個(gè)文件拖動(dòng)到Files Pane中；(2) 或者點(diǎn)擊Overview上的Add按鈕，然后選擇想要加載的文件。把文件從Files Pane移除：(1) 右鍵點(diǎn)擊文件縮略圖，選擇Remov

8、e命令；(2) 點(diǎn)擊windows Actions按鈕，選擇Clear Files List，移除所有文件。重新排列縮略圖：點(diǎn)擊拖動(dòng)縮略圖，對(duì)其進(jìn)行重新排列。使用Files Pane打開(kāi)一個(gè)文件：(1) 點(diǎn)擊文件的縮略圖，在現(xiàn)在窗口中打開(kāi)文件；(2) 右鍵點(diǎn)擊縮略圖，選擇Open in New Window，在新窗口中打開(kāi)文件。顯示Slideshows和Animations使用Views pane，我們可以使用Files pane中的文件來(lái)展示Animated slideshows。選用Overview Actions 菜單。History PaneCrystalmaker會(huì)跟蹤文件修改，并把

9、它們顯示在History Pane中。History Pane左上側(cè)的縮略圖為用戶最近打開(kāi)的文件；接下來(lái)的縮略圖代表按時(shí)間順序編輯過(guò)的文件。點(diǎn)擊縮略圖，轉(zhuǎn)到那個(gè)階段的文件。Log PaneOverview window上的Log Pane顯示了狀態(tài)信息和屏幕工具的操作結(jié)果和化學(xué)鍵搜索結(jié)果。用戶可以把Log Pane中的信息拷貝到其他程序中。在Overview Actions 菜單中，選擇Text Options可以對(duì)文本進(jìn)行編輯。工具面板(Tools Palette)工具面板中的屏幕工具，可以操作、測(cè)量和編輯結(jié)構(gòu)。測(cè)量工具加上旋轉(zhuǎn)工具，可以對(duì)晶體進(jìn)行精確位向操作。用戶可以在鍵盤(pán)上輸入相應(yīng)的字母

10、來(lái)選擇工具。在工具面板的最上面，會(huì)顯示晶體結(jié)構(gòu)或單分子的彩色圖片：這是顯示是否在分子模式的快捷方法。分子模式用來(lái)描述原子團(tuán)以及其它沒(méi)有長(zhǎng)程對(duì)稱的結(jié)構(gòu)。使用工具面板選擇Window Palettes顯示工具面板。所有窗口的大小和位置都在在上次退出程序時(shí)自動(dòng)保存。設(shè)定工作臺(tái)選擇Window Workspace，在其子菜單中顯示工作臺(tái)。全屏模式Crystalmaker支持全屏模式，便于用戶專(zhuān)注于結(jié)構(gòu)。全屏模式下，Graphics window會(huì)自動(dòng)調(diào)整以適應(yīng)全屏的尺寸。通過(guò)把鼠標(biāo)移至屏幕的上部，用戶仍然可以使用菜單命令。進(jìn)入全屏模式：點(diǎn)擊window toolbar或者Tools palette上的

11、Full Screen按鈕，或者快捷鍵F。退出全屏模式：(1) 按Escape鍵；(2) 或者點(diǎn)擊Tools pallete中的Standard Screen，快捷鍵F。在線幫助系統(tǒng)Crystalmaker的在線幫助可以通過(guò)以下途徑獲得：(1) 選擇Help菜單；(2) 點(diǎn)擊一些出口中左下角的Help；(3) 點(diǎn)擊F1。第二章 軟件預(yù)覽本章分為三個(gè)連續(xù)的部分，分別介紹Crystalmaler的不同功能。第一部分我們將建立一個(gè)新的晶體結(jié)構(gòu)，包括對(duì)稱性和化學(xué)鍵。第二部分我們研究不同的顯示選項(xiàng)，包括圖形樣式和不同的模型類(lèi)型。最后一部分我們將使用程序中的不同工具來(lái)測(cè)量結(jié)構(gòu)、顯示配位團(tuán)，以及以文本文件和

12、網(wǎng)頁(yè)的方式輸出數(shù)據(jù)。第一節(jié) 建立無(wú)機(jī)物晶體結(jié)構(gòu)本節(jié)我們介紹如何創(chuàng)建、顯示和保存一個(gè)新的晶體結(jié)構(gòu)。我們將以和其他無(wú)機(jī)物結(jié)構(gòu)類(lèi)似MgAl2O4為例。結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)在Crystalmaker中，可以使用數(shù)據(jù)編輯器來(lái)編輯晶體常數(shù)、對(duì)稱性以及位置坐標(biāo)。同時(shí)還可以編輯顏色、原子半徑，定義化學(xué)鍵等。使用以下結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)：輸入結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)(1) 選擇File New Crystal命令；(2) 出現(xiàn)以下Edit Crystal對(duì)話框：(3) 在Spacegroup欄中輸入以下字符：F d 3 m origin 2(字符間留空格)。如果輸入格式錯(cuò)誤，Crystalmaker會(huì)提醒用戶。如果空間群符號(hào)輸入正確，只有一個(gè)晶格常數(shù)

13、會(huì)保留。Crystalmaker識(shí)別出輸入的空間群符號(hào)對(duì)應(yīng)一個(gè)立方晶體，并且只需要a單胞參數(shù)。(4) 按Tab鍵移至a欄，輸入8.08，對(duì)話框如下：(5) 現(xiàn)在我們需要考慮晶體的非對(duì)稱基元中的三個(gè)位置，對(duì)于每個(gè)位置，Crystalmaker需要以下信息：位置標(biāo)注(最多六位字符，字符間不能有空格)；一個(gè)或多個(gè)化學(xué)符號(hào)以及它們的占位率值(Crystalmaker使用元素符號(hào)來(lái)決定其原子半徑和原子顏色；元素符號(hào)可以是一個(gè)或兩個(gè)字母)；每個(gè)位置的xyz位置坐標(biāo)?？梢砸苑?jǐn)?shù)(1/2)或小數(shù)(0.5)形式輸入。(6) 點(diǎn)擊Add按鈕，或者按回車(chē)鍵開(kāi)始編輯一個(gè)新的位置；(7) 窗口中會(huì)出現(xiàn)包括默認(rèn)的標(biāo)注、位

14、置坐標(biāo)和占位率的條目。我們對(duì)這些設(shè)置進(jìn)行編輯；(8) 加亮位置位置標(biāo)注。輸入一個(gè)新的標(biāo)注(最多六位字符，不能包括空格)我們選擇Al(1)。按Tal鍵移至下一個(gè)編輯欄；(9) 假定這個(gè)晶體有序，我們只需要輸入單一的占位率值。此例中我們輸入“Al 1.0”；(10) 在x, y, z欄中輸入0.5，編輯窗口如下：(11) 按Return鍵完成編輯該位置；(12) 現(xiàn)在，按照結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)表給出的信息，分別輸入Mg和O位置的數(shù)據(jù)。使用Add按鈕添加新位置，或使用Remove刪除一個(gè)位置；(13) 當(dāng)完成晶體數(shù)據(jù)輸入后，對(duì)話框如下：顯示晶體現(xiàn)在，所有的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)都以輸入，接下來(lái)我們要顯示一個(gè)單胞內(nèi)的所有原子：

15、(1) 點(diǎn)擊以上Edit Crystal窗口的OK按鈕；(2) Edit Crystal窗口消失，狀態(tài)窗口出現(xiàn)。在狀態(tài)窗口中，使用輸入數(shù)據(jù)建立的晶體就會(huì)出現(xiàn)。這時(shí)，一個(gè)立方形外形，包括一組原子的結(jié)構(gòu)就會(huì)出現(xiàn)。改變?cè)拥念伾桶霃饺绻脩糨斎氲脑胤?hào)被Crystalmaker識(shí)別，就會(huì)自動(dòng)賦予它一個(gè)顏色和半徑。如果用戶想要在晶體中包括其他元素類(lèi)型，并且改變Crystalmaker的默認(rèn)設(shè)置，使用Site Browser可以對(duì)原子的顏色和半徑進(jìn)行定義，如下：(1) 選擇Window Show Sidebar命令，出現(xiàn)Site Browser窗口。如果還是不能顯示，選擇Window Sidebar

16、 Site Browser命令；(2) 我們開(kāi)始編輯原子顏色。Colour欄多個(gè)可以改變單個(gè)位置顏色的按鈕；(3) 點(diǎn)擊一個(gè)顏色按鈕，選擇一個(gè)新的顏色；(4) 我們開(kāi)始編輯原子半徑。需要注意的是原子半徑的單位為埃；(5) 點(diǎn)擊Mg的半徑值；(6) 輸入一個(gè)新的值，例如1.0，然后按Return。結(jié)構(gòu)中Mg原子就會(huì)重設(shè)。定義化學(xué)鍵Crystalmaker可以自動(dòng)搜索和生成化學(xué)鍵、多面體。一種方法是在Edit Bonding中，通過(guò)輸入元素符號(hào)和最大鍵長(zhǎng)來(lái)定義化學(xué)鍵。(1) 選擇Edit Bonding命令，出現(xiàn)Edit Bonding對(duì)話框：(2) 點(diǎn)擊Add按鈕，創(chuàng)建新的默認(rèn)值的化學(xué)鍵?，F(xiàn)在，

17、我們來(lái)編輯這些數(shù)值。(3) 我們選擇Al-O鍵，在From菜單中選擇Al，在To菜單中選擇O。 我們可以輸入Al-O鍵的最小和最大健長(zhǎng)，但是我們會(huì)要求程序在已知原子數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上，選擇合理的數(shù)值。注意，最大鍵長(zhǎng)應(yīng)該顯示在Bmax欄。Crystalmaker會(huì)按照1.15(rA+rB)計(jì)算最大鍵長(zhǎng)，rA和rB分別是From和To原子的半徑。(4) 點(diǎn)擊Info，檢查化學(xué)鍵范圍是否足夠大。(5) 重復(fù)2-4，設(shè)置Mg-O化學(xué)鍵。當(dāng)完成設(shè)置后，出現(xiàn)以下對(duì)話框：(6) 點(diǎn)擊OK按鈕，重設(shè)有了化學(xué)鍵的結(jié)構(gòu)，出現(xiàn)以下圖形：添加注釋用戶可以使用Notes面板存儲(chǔ)有關(guān)結(jié)構(gòu)的信息。在Notes面板中，可以改變文本

18、的顏色，字體以及其他格式。(1) 如果Notes面板不可見(jiàn)，使用Window Sidebar Notes命令來(lái)顯示它(或者點(diǎn)擊Window Toolbar上的Notes按鈕)；(2) 點(diǎn)擊注釋面板，出現(xiàn)光標(biāo)；(3) 輸入文本；(4) 使用Edit Selection All命令選擇所有文本；(5) 改變字體；(6) 選擇部分文本，改變它們的大小，樣式和顏色；尋求幫助Crystalmaker包含一個(gè)易理解的在線幫助系統(tǒng)。通過(guò)以下途徑得到：(1) 使用Help菜單中的Crystalmaker Help命令；(2) 在一些菜單中，點(diǎn)擊?按鈕；(3) 按F1保存晶體文件(1) 在File菜單中，選擇S

19、ave命令；(2) 選擇合適的存儲(chǔ)路徑，輸入文件名“Spinel Tutorial Crystal”。選擇File Exit命令退出程序。第二節(jié) 顯示晶體在第一節(jié)中，通過(guò)輸入晶格常數(shù)，空間群對(duì)稱性，原子位置坐標(biāo)，我們建立尖晶石晶體，并對(duì)原子的顏色和化學(xué)鍵進(jìn)行了設(shè)定。最后，我們把這個(gè)晶體存儲(chǔ)為Crystalmaker的二元文件。這個(gè)尖晶石晶體文件將在本節(jié)中要來(lái)研究不同的晶體模型以及如何對(duì)它們進(jìn)行晶體操作。打開(kāi)Crystalmaker文件選擇File Open命令，在電腦硬盤(pán)上定位“Spinel Tutorial Crystal”文件，雙擊打開(kāi)這個(gè)文件。重設(shè)圖形大小通常過(guò)四種方法：(1) 點(diǎn)擊最大

20、化按鈕(Windows);(2) 點(diǎn)擊并拖動(dòng)窗口；(3) 使用工具面板中的在標(biāo)準(zhǔn)尺寸和全屏尺寸間轉(zhuǎn)換。全屏尺寸提供最大的圖片區(qū)域，在這晶體和動(dòng)畫(huà)展示中比較有用。在這種模式中，不必要的面板均被隱藏。(4) 選擇Window Set Plot Size命令，輸入一個(gè)圖形面板的大小值。重設(shè)圖形窗口后，結(jié)構(gòu)會(huì)重新畫(huà)出。改變結(jié)構(gòu)中原子參與數(shù)觀察第一節(jié)中的Ball-and-stick模型可以看出，金屬原子沒(méi)有完全鍵合；應(yīng)該鍵合的氧原子坐落在了單胞外。我們可以通過(guò)重設(shè)一個(gè)更大的原子參與范圍，來(lái)畫(huà)出這些原來(lái)沒(méi)有畫(huà)出的氧原子。(1) 選擇Transform Set Range命令，出現(xiàn)Plot Range窗口：

21、(2) 第一個(gè)文本框?yàn)閤min，輸入原子的最小位置坐標(biāo)，本例中輸入-0.1；(3) 按Tab鍵移至xmax，輸入原子的最大坐標(biāo)位置。本例中輸入1.1；(4) 在y, z坐標(biāo)軸中，應(yīng)用原子位置坐標(biāo)范圍從-0.1到1.1；(5) 點(diǎn)擊Apply按鈕重畫(huà)模型。改變背景顏色圖形窗口中默認(rèn)的背景顏色為黑色，這可以改變?yōu)槠渌伾u變色或者背景圖片。(1) 選擇Model Model Options命令，顯示Model Options窗口；(2) 點(diǎn)擊Background顯示其面板：(3) 選擇Plain background按鈕，然后點(diǎn)Colour按鈕，出現(xiàn)顏色選擇框；(4) 選擇一個(gè)新的顏色，在Pre

22、view長(zhǎng)方形中顯示預(yù)覽；(5) 點(diǎn)擊Apply完成設(shè)置；(6) 關(guān)閉Model Options窗口。旋轉(zhuǎn)晶體Crystalmaker允許使用鼠標(biāo)進(jìn)行晶體旋轉(zhuǎn)：(1) 點(diǎn)擊晶體結(jié)構(gòu)；(2) 點(diǎn)擊工具面板中的旋轉(zhuǎn)工具；(3) 把鼠標(biāo)移至結(jié)構(gòu)上，光標(biāo)變?yōu)橐粋€(gè)開(kāi)放的手，表明是可以旋轉(zhuǎn)的；(4) 點(diǎn)擊并按下鼠標(biāo)，光標(biāo)變?yōu)橐粋€(gè)握緊的手；(5) 始終按下鼠標(biāo)，在屏幕內(nèi)緩慢的移動(dòng)，晶體隨之旋轉(zhuǎn)；為了控制旋轉(zhuǎn)，我們需要了解鼠標(biāo)是如何相對(duì)于屏幕旋轉(zhuǎn)軸移動(dòng)的。Crystalmaker使用了一組正交軸，標(biāo)記為XYZ。這與晶體學(xué)的坐標(biāo)不同。Crystalmaker的屏幕坐標(biāo)軸相對(duì)于屏幕保持不變：X軸從左到右；Y軸從下

23、到上；Z軸從屏幕里到外：繞X軸旋轉(zhuǎn)：上下垂直移動(dòng)鼠標(biāo)繞Y軸旋轉(zhuǎn)：左右水平移動(dòng)鼠標(biāo)繞Z軸旋轉(zhuǎn)：按住shift鍵，瞬時(shí)針或逆時(shí)針拖動(dòng)鼠標(biāo)指定旋轉(zhuǎn)角度：鼠標(biāo)旋轉(zhuǎn)雖然有用，但不精確。我們需要使用工具面板上的旋轉(zhuǎn)工具，對(duì)晶體沿Z軸精確旋轉(zhuǎn)30度：(1) 在旋轉(zhuǎn)面板上會(huì)顯示一個(gè)默認(rèn)旋轉(zhuǎn)角度，這個(gè)角度可以在下拉菜單中進(jìn)行選擇；(2) 點(diǎn)擊角度，選擇30；(3) 點(diǎn)擊+Z(或者按數(shù)字鍵盤(pán)上的1或9)。晶體繞Z軸進(jìn)行旋轉(zhuǎn)。定義觀察方向另一種改變晶體位向的方法是定義一個(gè)晶體學(xué)觀察方向，即在晶體內(nèi)定義一個(gè)方向，讓其平行于Z軸?？梢酝ㄟ^(guò)以下兩種方法定義觀察方向：(1) 晶向坐標(biāo)UVW；(2) 晶面坐標(biāo)(hkl)，(h

24、kl)為晶面的米勒指數(shù)。讓我們從111晶向觀察尖晶石晶體：(1) 選擇Transform Set View Direction，顯示窗口：(2) 確保Lattice Vector按鈕被選擇；(3) 在三個(gè)數(shù)值框中都輸入1；(4) 點(diǎn)擊OK；晶體會(huì)沿111方向重新畫(huà)出。改變晶體模型Crystalmaker中提供六種模型結(jié)構(gòu)：Ball and Stick，Space Filling，Polyhedral，Wireframe，Stick and Thermal Ellipsoid。對(duì)于每種模型，用戶都可以選擇是否顯示：?jiǎn)伟庑?，軸矢量，表面覆蓋不同的模型可以在Model菜單中選擇。渲染模型目前位置結(jié)

25、構(gòu)在Crystalmaker中顯示彩色模型。如果用戶想要預(yù)覽灰色的激光打印效果，可以選擇Greyscale模型得到高質(zhì)量的灰色效果。另外，對(duì)于要在期刊上發(fā)表的圖片，Black & White模型會(huì)比較合適。使用Rendering菜單，可以在不同的渲染效果之間進(jìn)行切換。改變?cè)訕邮浆F(xiàn)在我們開(kāi)始研究原子的樣式(1) 在Model菜單中選擇Ball-and-stick；(2) 選擇Model Model Options；(3) 點(diǎn)擊Atoms顯示Atom Options面板。列表中顯示了非對(duì)稱單元中所有位置，按元素排列。用戶可以打開(kāi)或關(guān)閉原子組來(lái)顯示單個(gè)位置。每個(gè)原子和位置都對(duì)應(yīng)有原子球、熱橢圓體和

26、多面體樣式。點(diǎn)擊選擇一個(gè)新的原子樣式。(4) 實(shí)驗(yàn)不同的原子樣式；(5) 點(diǎn)擊Apply完成設(shè)置。改變化學(xué)鍵樣式我們可以為不同的化學(xué)鍵選擇不同的樣式。(1) 點(diǎn)擊Model Options中的Bonds，出現(xiàn)原子鍵列表，包括Al-O鍵和Mg-O鍵以及它們的原子鍵樣式和顏色；(2) 編輯Al-O鍵樣式，點(diǎn)擊原子鍵樣式下拉菜單，選擇一個(gè)新的樣式；(3) 點(diǎn)擊Apply按鈕完成設(shè)置。改變多面體樣式下面，我們給予尖晶石晶體中不同Mg和Al位置以不同的多面體樣式。(1) 選擇Model Polyhedral命令；(2) 選擇Model Model Options命令打開(kāi)Model Options窗口；(

27、3) 點(diǎn)擊Atom顯示Atom Options面板；(4) 定位Al元素行，在多面體欄上點(diǎn)擊并按住鼠標(biāo)，出現(xiàn)多面體樣式下拉按鈕；(5) 選擇Stripe-Fill Solid；(6) 點(diǎn)擊Mg多面體欄，從下拉菜單中選擇Plain Solid 樣式；(7) 確保氧多面體樣式為Blank，出現(xiàn)一個(gè)紅色十字；(8) 點(diǎn)擊Apply完成設(shè)置，出現(xiàn)類(lèi)似以下的圖片：使用位置瀏覽器位置瀏覽器顯示了晶體中所有的位置，按照原子類(lèi)型排列。用戶可以改變單個(gè)位置的顏色，或者隱藏、標(biāo)注位置。改變?cè)宇伾?1) 確保結(jié)構(gòu)是以colour model(Rendering Colur)或Ball&Stick model (

28、Model Ball&Stick)模式顯示；(2) 如果位置瀏覽器不可見(jiàn)，先使window Sidebar 可見(jiàn)(Window Show Sidebar)，并確保這包含Site Browser(Window Sidebar Site Browser)；(3) 定位Al元素行，點(diǎn)擊顏色按鈕，出現(xiàn)顏色選擇框；(4) 選擇一個(gè)新的顏色。按類(lèi)型孤立原子(6) 移至Site Browser，定位O元素行；(7) 第三列“Vis”包含復(fù)選框，表示是否顯示原子或元素。點(diǎn)擊氧元素后Vis復(fù)選框隱藏所有氧元素：(8) 選擇氧元素后的Vis復(fù)選框，再次顯示氧元素。標(biāo)記原子群(1) 移至Site Browser，定

29、位氧元素行；(2) 點(diǎn)擊Lbl復(fù)選框，標(biāo)注所有氧原子：(3) 不選Lbl擇復(fù)選框，刪除所有原子標(biāo)記。第三節(jié) 測(cè)量結(jié)構(gòu)本節(jié)研究關(guān)于結(jié)構(gòu)及其化學(xué)鍵的測(cè)量方法，主要使用Crystalmaker的工具面板來(lái)測(cè)量、操作和編輯結(jié)構(gòu)：(A) 操作工具 (B) 選擇工具 (C) 測(cè)量工具 (D) 屏幕尺寸工具 (E) 縮放工具 (F) 旋轉(zhuǎn)工具 (G) 旋轉(zhuǎn)模式工具原子信息我們從使用信息工具來(lái)顯示一些關(guān)于尖晶石結(jié)構(gòu)中鋁元素周?chē)瘜W(xué)鍵信息開(kāi)始。(1) 如果尖晶石結(jié)構(gòu)沒(méi)有打開(kāi)，使用File Open打開(kāi)文件；(2) 確保結(jié)構(gòu)是使用顏色的Ball-and stick模式(Model Ball & Stick)；(3

30、) 選定一個(gè)含有化學(xué)鍵的Al原子；(4) 如果工具欄不可見(jiàn)，使用Window Palettes Tools命令使其可見(jiàn)；(5) 選擇工具面板上的；(6) 點(diǎn)擊選定的Al原子。此原子會(huì)加亮，一個(gè)顯示位置標(biāo)注、原子類(lèi)型和原子數(shù)的信息框會(huì)出現(xiàn)：(7) 點(diǎn)擊信息框上的按鈕；(8) 關(guān)于選定原子和任何鍵合原子的信息會(huì)顯示在Overview Window上的Log面板(如果Overview window不可見(jiàn)，選擇Window Palettes Log使其可見(jiàn))。放大感興趣區(qū)域：下面，我們使用屏幕工具來(lái)放大Al原子周?chē)逆I合環(huán)境。(1) 選擇工具欄上的放大工具；(2) 把鼠標(biāo)指針?lè)旁贏l原子上并點(diǎn)擊。結(jié)構(gòu)

31、會(huì)以被點(diǎn)原子為中心放大；(3) 繼續(xù)放大Al原子，直到它的鍵合原子填滿屏幕。測(cè)量距離和角度接下來(lái)我們測(cè)量Al原子和其鍵合原子之間的距離和角度。測(cè)量化學(xué)鍵距離：(1) 在工具面板上選擇化學(xué)鍵距離工具；(2) 點(diǎn)擊Al原子，顯示為加亮；(3) 點(diǎn)擊和加亮Al原子鍵合的O原子，它們之間的實(shí)際距離會(huì)顯示出來(lái)；(4) 觀察Overview window窗口的Log面板?；瘜W(xué)鍵距離會(huì)記錄在這兒，連同它的矢量；測(cè)量化學(xué)鍵角度；(5) 選擇化學(xué)鍵角度工具；(6) 點(diǎn)擊氧原子，鋁原子，再一個(gè)氧原子；(7) 三維方向的角度為在選定的原子邊上顯示出來(lái)，并出現(xiàn)在Log中。測(cè)量平行于屏幕方向的距離：(8) 選擇距離工具

32、；(9) 鼠標(biāo)在圖片窗口中點(diǎn)擊，顯示為十字；(10) 移動(dòng)鼠標(biāo)，同時(shí)保持在圖片窗口中。當(dāng)鼠標(biāo)移動(dòng)時(shí)，一條線會(huì)連在起始點(diǎn)；距離會(huì)顯示在線的邊上；(11) 點(diǎn)擊另外一個(gè)點(diǎn)，測(cè)距完成顯示出來(lái)。重設(shè)放大結(jié)構(gòu)的尺寸：點(diǎn)擊自動(dòng)尺寸調(diào)整按鈕，結(jié)構(gòu)會(huì)重新畫(huà)出，以適應(yīng)圖片窗口的大小。使用晶面Crystalmaker可以顯示一個(gè)穿過(guò)結(jié)構(gòu)的晶面。用戶可以定義晶面的位向，對(duì)其進(jìn)行移動(dòng)，以及以其為界面切除結(jié)構(gòu)。顯示晶面：(1) 選擇Transform Lattice Plane Edit，Lattice Plane窗口如下：(2) 確保晶面的米勒指數(shù)設(shè)為111；(3) 點(diǎn)擊OK繼續(xù)。結(jié)構(gòu)中會(huì)顯示出一個(gè)穿過(guò)單胞中心的透明

33、晶面。注意，默認(rèn)情況下，相對(duì)于晶體模型，這個(gè)晶面會(huì)居中。米勒指數(shù)定義了晶面的相對(duì)位向，而非絕對(duì)位向。接下來(lái)，我們研究在結(jié)構(gòu)中拖動(dòng)這個(gè)晶面。在結(jié)構(gòu)中移動(dòng)晶面：(1) 選擇晶面工具；(2) 在圖片窗口中點(diǎn)擊并移動(dòng)鼠標(biāo)。晶面平行的向前或后移動(dòng)。隱藏晶面：選擇Transform Lattice Plane Hide。晶面會(huì)消失。晶面和晶向間的角度角度測(cè)量不僅限于原子之間。也可以測(cè)量指定晶面和晶向間的角度。接下來(lái)，我們測(cè)量(111)晶面和001晶向間的角度。(1) 選擇Transform Calculate Angle 命令，顯示Calculate Angle對(duì)話框：(2) 在Direction 1中輸

34、入111，選擇它為Plane Normal，這樣Direction 1現(xiàn)在代表了(111)晶面；(3) 在Vector 2中輸入001，選擇它為L(zhǎng)attice Vector，這樣Direction 2現(xiàn)在代表了001晶向；晶面和晶向間的角度會(huì)顯示在對(duì)話框下面；(4) 點(diǎn)擊Calculate按鈕，計(jì)算的角度會(huì)顯示在Log中。隱藏原子在前面章節(jié)我們定義了沿晶體學(xué)坐標(biāo)方向的原子范圍(Transform Set Range)。Crystalmaker中的選擇工具也可以用來(lái)進(jìn)行原子范圍的改變。隱藏原子團(tuán)可以使用選擇工具選擇不同形狀的結(jié)構(gòu)區(qū)域。(1) 點(diǎn)擊箭頭工具；(2) 在圖片窗口中選擇一個(gè)矩形區(qū)域；(

35、3) 選擇Selection Hide Unselected Atoms命令，結(jié)構(gòu)中為只顯示選定的原子；(4) 選擇Selection Show All命令，顯示所有原始原子。隱藏單個(gè)原子(5) 選擇工具；(6) 點(diǎn)擊一個(gè)原子，其會(huì)很快消失；(7) 選擇Selection Show All命令，顯示所有原子(或者如果使用工具只進(jìn)行了一次操作，使用Edit Undo命令)。配位環(huán)境我們已經(jīng)介紹了一些強(qiáng)有力的選擇工具，可以選擇晶體模型的任何區(qū)域。不過(guò)，如果我們?cè)僬莆樟薙pherical選擇工具，軟件使用起來(lái)會(huì)更加方便。Crystalmaker允許用戶觀察圓形的原子團(tuán)。我們可以使用這個(gè)功能來(lái)研究尖晶

36、石晶體中Al原子周?chē)逆I合環(huán)境。(1) 選擇Transform Define Cluster命令，出現(xiàn)Define Cluster對(duì)話框：(2) 確保Around site被選定；(3) 在下來(lái)菜單中選擇Al，原子的位置坐標(biāo)會(huì)顯示出來(lái)；(4) 如果我們想顯示位置周?chē)?.5埃范圍內(nèi)的所有原子，Inner Radius設(shè)定為0，Outer Radius設(shè)定為2.5；(5) 點(diǎn)擊OK繼續(xù)。結(jié)構(gòu)會(huì)重畫(huà)，只顯示以Al為中心周?chē)脑樱纠袝?huì)顯示一個(gè)AlO6原子團(tuán)。修飾接下來(lái)，我們使用這個(gè)AlO6原子團(tuán)來(lái)實(shí)驗(yàn)單個(gè)原子和化學(xué)鍵的樣式。(1) 使用箭頭工具選擇中心原子Al；(2) 選擇Selection A

37、toms Style命令，在菜單中為中心原子選擇一個(gè)新的樣式；(3) 使用以上步驟，為原子團(tuán)中的氧原子選擇一個(gè)新的樣式；(4) 點(diǎn)擊選擇一個(gè)自定義的氧原子；(5) 按住shift鍵，點(diǎn)擊中心Al原子。選定的原子會(huì)加亮；(6) 選擇Selection Bonds Style命令，出現(xiàn)Bond Style對(duì)話框；(7) 在下拉菜單中為化學(xué)鍵樣式選擇點(diǎn)劃線，并使用顏色按鈕改變線的顏色；(8) 點(diǎn)擊OK鍵完成設(shè)置。生成化學(xué)鍵文件如果用戶想要記錄晶體中化學(xué)鍵長(zhǎng)度和角度的信息，可以在Crystalmaker中生成一個(gè)詳細(xì)列表，并存儲(chǔ)為化學(xué)鍵文件。這個(gè)文件包含了單胞中所有原子的位置坐標(biāo)，以及每個(gè)非對(duì)稱基元中

38、原子的化學(xué)鍵角度和長(zhǎng)度。用戶可以使用任何文字或文本編輯器對(duì)化學(xué)鍵文件進(jìn)行編輯。文件的格式詳見(jiàn)第10章。(1) 選擇File Export Bond Data 命令，出現(xiàn)一個(gè)文件對(duì)話框；(2) 設(shè)定一個(gè)文件名和存儲(chǔ)路徑，點(diǎn)擊save按鈕；(3) Crystalmaker生成一個(gè)原子和化學(xué)鍵列表，并保存到磁盤(pán)。用戶可以使用文字編輯器查看這些化學(xué)鍵文件。輸出網(wǎng)頁(yè)最后，我們以網(wǎng)頁(yè)的形式輸出關(guān)于尖晶石結(jié)構(gòu)的信息。(1) 網(wǎng)頁(yè)上圖片會(huì)和屏幕中圖片的大小相同；(2) 選擇File Export Web Page命令，出現(xiàn)文件對(duì)話框，設(shè)定一個(gè)文件名和存儲(chǔ)路徑；(3) 點(diǎn)擊Save繼續(xù)，Crystalmaker

39、會(huì)生成一個(gè)HTML文件；(4) 定位文件位置，使用Web瀏覽器打開(kāi)。第三章 構(gòu)建晶體本章介紹如何在Crystalmaker中創(chuàng)建新的晶體，并對(duì)它們進(jìn)行展示和編輯。我們從檢查確定晶體需要哪些數(shù)據(jù)開(kāi)始。接下來(lái)介紹晶體編輯器以及它先進(jìn)的對(duì)稱性選擇。然后我們介紹如何確定化學(xué)鍵和多面體。最后介紹如何改變?cè)拥念伾桶霃剑堰@些保存為默認(rèn)設(shè)置。元素、原子和位置為創(chuàng)建和編輯晶體，我們首先需要了解Crystalmaker如何區(qū)分原子、元素和晶體學(xué)位置。構(gòu)建晶體需要三個(gè)主要因素：晶格常數(shù)，空間群以及非對(duì)稱基元。對(duì)于單胞中的每個(gè)原子，Crystalmaker需要它的位置標(biāo)注，最少一個(gè)化學(xué)元素符號(hào)及其占位率，分?jǐn)?shù)

40、坐標(biāo)。位置標(biāo)注位置標(biāo)注用來(lái)確定非對(duì)稱單元中一個(gè)獨(dú)特的位置，其最多為六位字符(字母或者數(shù)字)，不能是空格。占位率Crystalmaker以及其他程序(CrystalDiffract)需要知道在特定位置上是什么原子占據(jù)，以及其相應(yīng)的比例。原子以其化學(xué)元素符號(hào)相區(qū)分，為一位或者兩位字符，并且只能包括字母。理想晶體中，每個(gè)位置只有一種原子占據(jù)；其占位率為1。但是，實(shí)際晶體中，一些位置顯示部分占據(jù)，或者無(wú)序原子分布中的多重占據(jù)。因此，Crystalmaker允許我們定義每個(gè)位置最多三個(gè)元素符號(hào)，每個(gè)元素?fù)碛胁糠终刮粩?shù)值。例子 1高溫超導(dǎo)體中Ag離子無(wú)序排列。假設(shè)Ag離子部分占據(jù)，但是位置間對(duì)稱，標(biāo)注為“

41、M1”。每個(gè)位置包含Ag原子的幾率為10%。這樣，占位率可以寫(xiě)做如下：M1 Ag 0.1例子 2一種礦物質(zhì)中Al和Si原子在四面體位置上為無(wú)序排列。晶體結(jié)構(gòu)中，T1位置含有Si的幾率為75%，含有Al的幾率為25%；T2位置上含有Si的幾率為25%，含有Al的幾率為75%。占位率寫(xiě)做如下：T1 Si 0.75 Al 0.25T2 Si 0.25 Al 0.75Crystalmaker按照每個(gè)位置上占位較多的元素的化學(xué)符號(hào)為標(biāo)記。按照化學(xué)元素符號(hào)不同，原子可以賦予不同的顏色、半徑和化學(xué)鍵。Crystalmaker自動(dòng)識(shí)別周期表中的化學(xué)元素，并自動(dòng)設(shè)置每種原子的顏色和原子半徑。溫度因素原子位移參數(shù)

42、(溫度因素)可以從文本文件(例如CIF,GSAS,PDB,SHELX等)加載到程序中。用戶可以使用Model Options中的Atoms面板來(lái)自定義顯示。創(chuàng)建新的晶體創(chuàng)建新晶體的兩種方法：(1) 在文本文件中輸入數(shù)據(jù)。利用文字處理器或文本編輯器來(lái)創(chuàng)建一個(gè)包含晶體學(xué)數(shù)據(jù)的純文本文件(ASCII格式)。然后在Crystalmaker中通過(guò)File Open命令來(lái)打開(kāi)這個(gè)文本文件(詳見(jiàn)第10章)；(2) 在Crystalmaker中，使用File New Crystal命令。晶體數(shù)據(jù)編輯器選擇File New Crystal命令創(chuàng)建新的晶體，或者選擇Edit Structure進(jìn)行編輯。晶體編輯窗

43、口如下：此窗口由三部分組成：一、對(duì)稱數(shù)據(jù)；二、晶格參數(shù)；三、非對(duì)稱基元中原子列表。設(shè)定對(duì)稱性編輯晶體的第一步是以空間群的形式設(shè)置它的對(duì)稱性?？臻g群符號(hào)用戶可以直接輸入空間群，或者點(diǎn)擊Browse，然后選擇一個(gè)空間群?？臻g群符號(hào)可以以一下三種格式輸入：(1) 國(guó)際符號(hào)必須輸入正確的格式，字符之間要有空格(例如C2/c應(yīng)該輸入“C 2 / c”)。可以使用簡(jiǎn)寫(xiě)的國(guó)際符號(hào)(例如“C 2 / c”)，或者使用完整的國(guó)際符號(hào)(“C 1 2/c 1”)。完整的符號(hào)可以進(jìn)行非傳統(tǒng)的對(duì)稱設(shè)置。(2) Schoenflies符號(hào)必須使用括號(hào)，符號(hào)間不能有空格。列入C62h應(yīng)該輸做：C2h(6)。(3) 空間群號(hào)

44、在晶體學(xué)國(guó)際表中。Crystalmaker假定為空間群的標(biāo)準(zhǔn)設(shè)置。230種空間群都包含在程序中。如果用戶的輸入不能被Crystamaker識(shí)別，警告三角號(hào)會(huì)出現(xiàn)?？臻g群瀏覽器在空間群瀏覽器中，用戶可以從列表中選擇一個(gè)空間群。在Edit Crystal中點(diǎn)擊Browse，或者選擇Window Palettes Spacegroup Browser命令，就可以顯示Spacegroup Browser。Spacegroup Browser的上部為搜索界面，下面為晶系、點(diǎn)陣類(lèi)型和空間群的列表，顯示了空間群的一些信息。從列表中選擇一個(gè)空間群：(1) 在左側(cè)列表中選擇一個(gè)晶系；(2) 在中間列表中選擇一個(gè)

45、點(diǎn)陣類(lèi)型；(3) 在右側(cè)列表中選擇空間群符號(hào)。搜索空間群：(1) 在Spacegroup Browser的上部搜索空格中輸入空間群符號(hào)；(2) 按回車(chē)鍵。如果搜索到空間群，其相應(yīng)的晶系、點(diǎn)陣類(lèi)型和符號(hào)就會(huì)加亮，相關(guān)信息就會(huì)出現(xiàn)在窗口的下面。顯示非傳統(tǒng)空間群：選擇Show All Settings顯示各種非傳統(tǒng)空間群。高級(jí)對(duì)稱選項(xiàng)用戶有時(shí)定義對(duì)稱性需要更大的靈活性：也許在使用一種非傳統(tǒng)的空間群設(shè)置，或者想要手動(dòng)輸入對(duì)稱性位置。這種情況下，可以點(diǎn)擊Edit Crystal中的Options選項(xiàng)，出現(xiàn)Symmetry Options對(duì)話框：使用單選按鈕，可以選擇一：空間群，在這種情況下生成一般等價(jià)位

46、置(GEPs)；選擇二：自己定義一般等價(jià)位置(GEPs)。點(diǎn)擊Output打印GEPs。限定晶格常數(shù)選項(xiàng)如果選擇了Constrain lattice parameters，Crystalmaker就會(huì)自動(dòng)根據(jù)對(duì)稱性設(shè)定晶格常數(shù)。這就意味著，在立方晶體中只需要輸入a值。少數(shù)情況下需要關(guān)閉此選項(xiàng)。例如，保留原子對(duì)稱信息情況下研究單胞變形。手動(dòng)設(shè)置對(duì)稱性操作點(diǎn)擊Customize單選按鈕，手動(dòng)輸入一般等價(jià)位置點(diǎn)擊Add按鈕編輯新的一般等價(jià)位置，如下格式：+x -y +z1/2+x 1/2-y +z選擇行，點(diǎn)擊Remove來(lái)刪除已經(jīng)存在的GEP。原始誤差使用Origin Offset可以讓程序明白在用

47、戶數(shù)據(jù)和Crystalmaker的對(duì)稱性之間存在誤差。以分?jǐn)?shù)形式輸入誤差值。晶格常數(shù)如果選擇了Constrain Lattice Parameters選項(xiàng)，在Edit Crystal窗口中只有未限定的晶格常數(shù)會(huì)出現(xiàn)(在立方晶體中為a)。用戶需要輸入單胞邊長(zhǎng)(單位為埃)，以及坐標(biāo)軸間的角度。占位率和位置坐標(biāo)在Edit Crystal窗口中，顯示了非對(duì)稱基元的位置列表。Crystalmaker使用這些位置的坐標(biāo)來(lái)生成完成的單胞。在列表中添加新的位置：(1) 點(diǎn)擊Add；(2) 輸入標(biāo)注來(lái)識(shí)別位置；(3) Tab到Site occupancy field，并輸入這個(gè)位置的化學(xué)占位：如果這個(gè)位置有序，

48、就輸入元素符號(hào)；如果這個(gè)位置無(wú)序，就輸入最多三個(gè)元素及其占位，格式如下：Si 0.7 Al 0.2 Ge 0.1總的占位率不能超過(guò)1。(4) 在位置坐標(biāo)中輸入坐標(biāo)數(shù)值；(5) 回車(chē)完成輸入。標(biāo)記已經(jīng)存在的位置：(1) 點(diǎn)擊想要編輯的選項(xiàng)；(2) 輸入新的數(shù)值，回車(chē)。刪除一個(gè)位置：(1) 點(diǎn)擊行數(shù)，選定行；(2) 點(diǎn)擊Remove。原子位移參數(shù)原子位移參數(shù)用來(lái)定義熱橢圓體：描述由于溫度引起的原子位置的不穩(wěn)定，晶體中的缺陷，以及其他統(tǒng)計(jì)學(xué)不規(guī)則。在Crystalmaker中，用戶可以添加、編輯原子位移參數(shù)。為了簡(jiǎn)化窗口，這些數(shù)據(jù)通常被隱藏，但使用Show選項(xiàng)可以顯示出來(lái)。添加新的位移參數(shù)：(1)

49、選擇Use Displacement Parameters選項(xiàng)；(2)選擇Displacement Parameters；(3) 選擇想要編輯位置的行；(4) 在Selection Type菜單中選擇位移參數(shù)的類(lèi)型；(5) 輸入相關(guān)數(shù)據(jù)。編輯已經(jīng)存在的位移參數(shù)：(1) 選定Use Displacement Parameters選項(xiàng)；(2) 在Show菜單中選擇Displacement Parameters；(3) 選擇想要編輯的行，輸入新的數(shù)據(jù)，使用Selection Type菜單選擇位移數(shù)據(jù)的類(lèi)型。定義化學(xué)鍵一當(dāng)定義了晶體結(jié)構(gòu)，就可以繼續(xù)定義原子間的化學(xué)鍵和配位多面體。用戶可以在結(jié)構(gòu)中特定的

50、原子間產(chǎn)生化學(xué)鍵。Crystalmaker不限定每個(gè)位置的化學(xué)鍵數(shù)，但最好保證這種化學(xué)鍵的真實(shí)性！定義或編輯化學(xué)鍵：選擇edit Bonding 命令，出現(xiàn)Editing Bonding對(duì)話框：對(duì)其中的化學(xué)鍵數(shù)據(jù)進(jìn)行編輯。添加新的化學(xué)鍵：(1) 點(diǎn)擊Add，出現(xiàn)新行；(2) 在給定菜單中，選擇From到To 原子類(lèi)型；(3) 點(diǎn)擊Bmin，輸入最小的化學(xué)鍵距離；(4) 點(diǎn)擊Bmax，輸入最大的化學(xué)鍵距離。預(yù)覽配位數(shù)狀態(tài)：(1) 選擇Info選項(xiàng)；(2) 稍等片刻，配位數(shù)信息顯示在Coordination欄中。刪除化學(xué)鍵：(1) 點(diǎn)擊行數(shù)來(lái)選擇行；(2) 點(diǎn)擊Remove。原子顏色和半徑當(dāng)定義一

51、個(gè)新的結(jié)構(gòu)時(shí)，Crystalmaker試圖把輸入元素與它的周期表中的元素相匹配。成功匹配后，就會(huì)得到元素半徑和顏色值。這樣就省去了每次自己是指原子顏色和半徑的麻煩。Crystalmaker依靠原子半徑來(lái)生成化學(xué)鍵和多面體。但是，原子半徑隨結(jié)構(gòu)不同而變化，由化學(xué)鍵類(lèi)型和配位角度所決定。Crystalmaker提供原子半徑，共價(jià)半徑，Van-der-Waals半徑和離子半徑。元素表還設(shè)置了默認(rèn)顏色。選擇元素表原子半徑不僅僅關(guān)于美學(xué)。Crystalmaker以原子半徑(加上15%)的綜合為指導(dǎo)，來(lái)決定哪些化學(xué)鍵需要生成。這就意味著如果原子半徑適合目前的晶體類(lèi)型，自動(dòng)化學(xué)鍵生成就會(huì)失效。因此，使用正確

52、的化學(xué)表就顯得尤為重要。Crystalmaker的默認(rèn)化學(xué)表使用Shannon&Prewitt, 1969/1976中的離子半徑數(shù)據(jù)。對(duì)于無(wú)機(jī)物晶體，我們建議：Shannon&Prewitt Ionic “Crystal” Radii對(duì)于有機(jī)物晶體，我們建議：(1) CSD Crystalmaker Covalent Radii;(2) CPK Covalent Radii;(3) CPK Van-der-Waals Radii編輯元素原子的顏色和半徑選擇Edit elements，可以對(duì)元素表中元素的顏色和半徑進(jìn)行編輯。加載不同的元素表：(1) 在Element Set中選擇元素表(2) 點(diǎn)

53、擊Import按鈕，就會(huì)顯示要加載的文件。保存自定義元素表：(1) 單擊Export；(2) 設(shè)定文件名和存儲(chǔ)位置，然后完成保存。編輯已經(jīng)存在的元素定義：(1) 選擇要編輯的元素行；(2) 點(diǎn)擊Radius，輸入新的數(shù)值，按回車(chē)返回；(3) 點(diǎn)擊Colour，選擇新的顏色；(4) 點(diǎn)擊Apply完成編輯。顯示位置瀏覽器，方法有二：(1) 選擇window Sidebar Site Browser命令；(2) 選擇Window Palettes Site Browser。改變?cè)影霃剑?1) 選擇要編輯的原子；(2) 點(diǎn)擊radius；(3) 輸入新的數(shù)值，按回車(chē)返回。改變晶體位置的顏色：(1)

54、 選擇位置行；(2) 點(diǎn)擊位置顏色按鈕，選擇一個(gè)新的顏色。改變相同化學(xué)元素位置的顏色：(1) 選擇化學(xué)元素行；(2) 點(diǎn)擊化學(xué)元素行顏色按鈕，選擇一個(gè)新的顏色。重設(shè)顏色和半徑到默認(rèn)值：(1) 在位置瀏覽器中右鍵單擊顯示背景菜單；(2) 選擇Apply Default Settings命令。添加注釋在注釋面板中可以添加有關(guān)結(jié)構(gòu)的信息，同時(shí)，可以對(duì)字體，字體顏色進(jìn)行選擇。顯示注釋面板：選擇Window Show Notes。隱藏注釋面板：(1) 選擇Window Sidebar Notes。(2) 點(diǎn)擊Notes按鈕(Mac中)。指定默認(rèn)文本設(shè)置：(1) 在注釋面板中，右鍵顯示菜單；(2) 選擇Default Text Options命令。保存晶體(1) 以Crystalmaker二元格式存儲(chǔ)。使用File菜單中的Save或者Save As命令；(2) 以Crystalmaker文本格式存儲(chǔ)。選擇File Export Cr