chemsketch使用參考模板

1、1 / 611. 超級(jí)結(jié)構(gòu)、簡化線性分子式和化學(xué)反應(yīng)式1.1 目標(biāo)本章講解如何畫更為復(fù)雜的結(jié)構(gòu),主要講解的兩個(gè)內(nèi)容是:二維(2D)優(yōu)化和三維(3D)優(yōu)化。 Ø 如何利用2D優(yōu)化和清理(Clean) 工具功能畫環(huán)烷烴和氨基酸；Ø 如何將化學(xué)結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)化成簡化線性分子式(SMILES),如何做相反的轉(zhuǎn)化；Ø 如何用3D Optimization 優(yōu)化工具畫2,2,2環(huán)己烷, 三蝶烯(triptycene),立方烷(cubane)和C20球碳結(jié)構(gòu)(dodecahedrane)的3D優(yōu)化結(jié)構(gòu)；Ø 如何畫化學(xué)反應(yīng)式。1.2 2D優(yōu)化清理功能(Clean) 可以理解為

2、2D的優(yōu)化。例如：可以重新畫和調(diào)整大小，以使所有鍵長和鍵角符合標(biāo)準(zhǔn)。使用該功能，可以很容易地畫出完美的結(jié)構(gòu)。下面給出一些實(shí)例：1.2.1 創(chuàng)建環(huán)烷烴結(jié)構(gòu) 下面是如何畫環(huán)壬烷：1. 在原子工具欄（結(jié)構(gòu)模式），點(diǎn)擊碳原子。2. 在結(jié)構(gòu)工具欄，選擇畫鏈工具(Draw chains)，并在工作區(qū)畫出9個(gè)碳的鏈。注意游標(biāo)顯示著鏈中原子數(shù)。3. 在結(jié)構(gòu)工具欄，點(diǎn)擊上下翻轉(zhuǎn)按鈕結(jié)構(gòu)就被顛倒了：4. 點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，選擇通用畫圖工具(Draw Normal)，由一個(gè)原子拉到另一個(gè)原子，以建立連接的鍵。5. 點(diǎn)擊清理結(jié)構(gòu)鍵(Clean Structure)得到如下結(jié)構(gòu)：1.2.2 畫環(huán)形的縮氨酸1. 在結(jié)構(gòu)模式下

3、進(jìn)行操作。2. 在模板窗口切換到氨基酸的標(biāo)簽下，可以從打開模板窗口按鈕中找到模板窗口。3. 從氨基酸系列中選擇酪氨酸（Tyr）在空白區(qū)點(diǎn)擊導(dǎo)入結(jié)構(gòu)。4. 從原子基團(tuán)表中選擇Alanine丙氨酸和Tryptophan色氨酸，點(diǎn)擊指定的原子，連接上相應(yīng)的官能團(tuán)。提示：在固定基團(tuán)到工作區(qū)前，可以按TAB鍵將結(jié)構(gòu)翻轉(zhuǎn)。5. 點(diǎn)擊右鍵快速切換到選擇/移動(dòng)工具然后如下圖將氨基拖拽到羥基上：6. 點(diǎn)擊優(yōu)化結(jié)構(gòu)（Clean Structure）將得到如下結(jié)構(gòu)：1.3 簡化線性分子式(SMILES Notations)ACD/ChemSketch可以將簡化線性分子式( SMILES,全稱Simplified M

4、olecular Input Line Entry Specification) 轉(zhuǎn)化為分子結(jié)構(gòu)式,反之易然。1.3.1 創(chuàng)建簡化線性分子式1. 在工具（Tools）菜單，指向生成（Generate）然后選擇SMILES Notation命令。創(chuàng)建的簡化線性分子式出現(xiàn)在結(jié)構(gòu)式的下面：2. 可以按CTRL+C將其復(fù)制到Windows的剪貼板，通過菜單命令或CTRL+V粘貼到其他外部文件中。注意：如果有多個(gè)結(jié)構(gòu)式,不必分別選擇每一個(gè)結(jié)構(gòu)式,再轉(zhuǎn)換成SMILE Notation,只要不選擇任何結(jié)構(gòu)式,點(diǎn)擊SMILES后,所有的結(jié)構(gòu)的SMILE Notation將在一行顯示,中間有一點(diǎn)隔開。1.3.2

5、 從簡化線性分子式創(chuàng)建結(jié)構(gòu)式 現(xiàn)在我們將進(jìn)行相反的過程,將簡化線性分子式(SMILES Notations)轉(zhuǎn)化成結(jié)構(gòu)式。1. 選擇由前一節(jié)得到的線性分子式：2. 從工具菜單欄 ( Tools) 選擇 Generate Structure from SMILES命令,結(jié)構(gòu)式將出現(xiàn)。這個(gè)結(jié)構(gòu)式與前面得到的相同。3. 若確實(shí)沒有將線性分子插入到工作區(qū)或者分子沒有被選中，選擇Structure from SMILES命令，在出現(xiàn)的對(duì)話框中可以手動(dòng)輸入線性分子：4. 點(diǎn)擊OK。生成的結(jié)構(gòu)以陰影的形式附著在鼠標(biāo)下：5. 點(diǎn)擊工作區(qū)置入結(jié)構(gòu)。1.4 IUPAC國際化學(xué)標(biāo)識(shí)分子式ACD/ChemSketch

6、 可將結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換成IUPAC國際化學(xué)標(biāo)識(shí)分子式（IUPAC International Chemical Identifier），但是免費(fèi)版不能將結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)成分子式。1.4.1 生成國際化學(xué)標(biāo)識(shí)分子式我們將轉(zhuǎn)換(1S)-1-(1H-咪唑-4-基)乙醇。1. 用已學(xué)的知識(shí)繪制如下結(jié)構(gòu)：2. 在工具菜單，指向生成，然后選擇InChI選項(xiàng)。在出現(xiàn)的對(duì)話框中，如圖設(shè)置選項(xiàng)然后點(diǎn)擊OK：3. 在工具菜單中，指向生成，然后選擇InChI for Structure.生成的分子將出現(xiàn)在結(jié)構(gòu)的下方：4. 用不同的選項(xiàng)來重復(fù)InChI分子的生成；在InChI Options對(duì)話框中清除Mobile H Percept

7、ion 選項(xiàng)并選擇Stereo Options下面的Ignore.將會(huì)顯示如下的InChI分子：1.5 3D優(yōu)化講述如何創(chuàng)建一個(gè)含有非標(biāo)準(zhǔn)角度和鍵長的結(jié)構(gòu)。畫這樣的結(jié)構(gòu)是很難的。3D優(yōu)化和3D旋轉(zhuǎn)使可以很容易完成。1.5.1 創(chuàng)建雙2，2，2環(huán)己烷結(jié)構(gòu)1. 從選項(xiàng)菜單，選擇參數(shù)設(shè)置，然后在出現(xiàn)的對(duì)話框中切換到結(jié)構(gòu)標(biāo)簽。2. 在3D優(yōu)化區(qū)，清除Add Hydrogens前面的復(fù)選框然后點(diǎn)擊OK。3. 在參考工具欄或原子基團(tuán)表中選擇環(huán)己烷點(diǎn)擊工作區(qū)置入環(huán)己烷環(huán)。4. 點(diǎn)擊正常繪圖并按照下面的圖案使用拖拽繪制出烴橋：5. 點(diǎn)擊3D優(yōu)化即獲得所繪結(jié)構(gòu)的3D樣式。6. 如果選項(xiàng)菜單下參數(shù)對(duì)話框中結(jié)構(gòu)標(biāo)簽

8、下的轉(zhuǎn)換到3D旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)的復(fù)選框被選中，在3D優(yōu)化后將自動(dòng)轉(zhuǎn)換到3D旋轉(zhuǎn)模式。如果沒有選中，點(diǎn)擊3D旋轉(zhuǎn)。然后指向結(jié)構(gòu)的任一原子或鍵拖拽到工作區(qū)上使其旋轉(zhuǎn)到如下結(jié)構(gòu)：注意: 從Options 菜單, 選擇 Preferences,再單擊對(duì)話窗口的 Structure鍵，可以選擇背景鍵斷開或者連接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被選中, 則背景鍵斷開,否則,背景鍵連接?？梢愿淖兘徊骀I的位置,具體做法是利用Tools 菜單鍵下的Bring Bond to Front(CTRL+F) 和Send Bond to Back (CTRL+K). 也可以通過激活Change

9、Position 鍵后,單擊即將改變位置的化學(xué)鍵,同時(shí)按住SHIFT 鍵將后面的鍵移到前面來。1.5.2 創(chuàng)建三蝶烯結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)模式下進(jìn)行以下操作。1. 使用上節(jié)的技巧畫出雙2，2，2環(huán)己烷結(jié)構(gòu)，或者使用模型窗口中相應(yīng)的模型或者在上面的模板中選擇雙環(huán)中的合適結(jié)構(gòu)。點(diǎn)擊粘貼到工作區(qū)。2. 從參考工具欄或原子基團(tuán)表中選擇苯環(huán)。3. 指向a鍵進(jìn)行點(diǎn)擊以將苯環(huán)連接該鍵：4. 在b和c鍵上重復(fù)2-3的步驟將獲得如下結(jié)構(gòu)：5. 如果工作區(qū)的結(jié)構(gòu)不止一個(gè)，使用選擇工具 中的任意一個(gè)來選中要進(jìn)行3D優(yōu)化的結(jié)構(gòu)。6. 點(diǎn)擊3D優(yōu)化將得到所繪結(jié)構(gòu)的3D樣式：7. 如果轉(zhuǎn)換到3D旋轉(zhuǎn)模式的復(fù)選框被選中（結(jié)構(gòu)標(biāo)簽下），

10、3D優(yōu)化后程序?qū)⒆詣?dòng)轉(zhuǎn)換到3D旋轉(zhuǎn)模式，如果沒有選中，點(diǎn)擊3D旋轉(zhuǎn)。指向結(jié)構(gòu)中的任一原子或鍵拖拽到工作區(qū)即可。8. 從工具菜單欄，選擇Show Aromaticity來顯示芳香環(huán)：1.5.3 創(chuàng)建立方烷結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)模式下進(jìn)行以下操作。1. 由基團(tuán)表中選擇環(huán)丁烷，在工作區(qū)點(diǎn)擊兩次，生成上下兩個(gè)正方形。2. 選擇正常畫圖模式，通過從一個(gè)原子到另一個(gè)原子拖動(dòng)鼠標(biāo)，連接環(huán)丁烷分子的角：3. 點(diǎn)擊3D優(yōu)化鍵，得到所要的3D模型。4. 選擇3D旋轉(zhuǎn)(3D Rotation)鍵。5. 將鼠標(biāo)放置在任意原子或鍵上，在工作區(qū)拖動(dòng)鼠標(biāo)旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)，直到它是需要的結(jié)構(gòu)。1.5.4 創(chuàng)建C20球碳分子在結(jié)構(gòu)模式下進(jìn)行以下操

11、作。1. 在原子團(tuán)表中選擇環(huán)戊烷，在工作區(qū)點(diǎn)擊，放置該結(jié)構(gòu)。2. 在環(huán)的每個(gè)邊點(diǎn)擊，形成另外五個(gè)環(huán)：3. 點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，選擇選擇/移動(dòng)工具。4. 通過拖動(dòng)鼠標(biāo)將原子a,c,e,g,i移動(dòng)到原子b,d,f,h,j形成如下結(jié)構(gòu)。 5. 在左邊原子工具欄中選取碳原子，點(diǎn)擊箭頭所指的點(diǎn)：6. 通過拖動(dòng)鼠標(biāo)用單鍵連接甲烷基團(tuán)，得到下面的結(jié)構(gòu)：7. 點(diǎn)擊3D優(yōu)化鍵（3D Optimization)，得到所要求的3D模型。8. 選定3D旋轉(zhuǎn)工具(3D Rotation) ，將鼠標(biāo)放置在任意原子或鍵上，在工作區(qū)拖動(dòng)鼠標(biāo)旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)，直到它成為所期望的結(jié)構(gòu)。1.6 繪制、標(biāo)記和映射化學(xué)反應(yīng)將說明如何繪制化學(xué)反應(yīng)和復(fù)

12、雜化學(xué)圖案的手動(dòng)或自動(dòng)繪制。1.6.1 繪制化學(xué)反應(yīng)繪制如下反映圖形：1. 從原子團(tuán)表中Table of Radicals 選擇苯環(huán)Benzene。2. 按鍵盤上的TAB鍵,將懸在光標(biāo)上的苯環(huán)翻轉(zhuǎn),然后在空白區(qū)點(diǎn)擊,得到苯環(huán),然后在苯環(huán)上的相應(yīng)的位置點(diǎn)擊,得到以下結(jié)構(gòu)：注意：:當(dāng)將幾個(gè)結(jié)構(gòu)畫在一起時(shí), 可以將光標(biāo)直接點(diǎn)在即將連接的鍵上。3. 按住 鍵盤上的TAB鍵,將懸在光標(biāo)上的苯環(huán)陰影翻轉(zhuǎn),然后點(diǎn)擊空白處,右擊鼠標(biāo),懸在鼠標(biāo)上的陰影將消失：4. 點(diǎn)擊常規(guī)畫圖工具 ( Draw Normal ),然后在一個(gè)獨(dú)立的苯環(huán)的雙鍵上點(diǎn)擊,得到三鍵：5. 按照 Section 6.4.2節(jié)中所講的畫出三

13、將軍結(jié)構(gòu)如下：6. 從結(jié)構(gòu)工具欄中,選擇 Reaction Plus鍵，在以下兩個(gè)結(jié)構(gòu)之間點(diǎn)擊,得到加號(hào)：7. 點(diǎn)擊反應(yīng)箭頭鍵( Reaction Arrow) , 在反應(yīng)物和生成物之間點(diǎn)擊并拖動(dòng)鼠標(biāo),得到箭頭：注意: 點(diǎn)擊 Reaction Arrow 鍵右下腳的三角,可以得到一系列的不同形狀的箭頭。一些箭頭被視為圖形模式的物體,所以不能正確地輸出至其他文件。8. 如果要移動(dòng)加號(hào)或者箭頭,可以點(diǎn)擊選擇/移動(dòng)鍵 Select/Move工具, 然后將光標(biāo)指在要移動(dòng)的物體上,拖動(dòng)鼠標(biāo)。1.6.2 標(biāo)記化學(xué)反應(yīng)的條件學(xué)習(xí)如何在化學(xué)反應(yīng)圖形中添加實(shí)驗(yàn)條件：1. 在結(jié)構(gòu)工具欄，點(diǎn)擊反應(yīng)箭頭標(biāo)簽。2. 點(diǎn)

14、擊反應(yīng)箭頭調(diào)出編輯反應(yīng)條件對(duì)話框。3. 在編輯反應(yīng)條件對(duì)話框的上部方格中輸入25然后在對(duì)話框的右邊點(diǎn)擊。4. 在下面的方格中輸入benzene苯。5. 點(diǎn)擊OK關(guān)閉對(duì)話框?，F(xiàn)在反應(yīng)如下：1.6.3 映射化學(xué)反應(yīng)此工具能夠映射已有手工或自動(dòng)繪制的反應(yīng)。選擇不同的顏色來區(qū)分自動(dòng)生成和手動(dòng)插入。1. 從選項(xiàng)菜單選擇參數(shù)調(diào)出參數(shù)設(shè)置對(duì)話框。2. 轉(zhuǎn)到反應(yīng)Reaction標(biāo)簽，將手繪色Manual Mapping Color選為紅色：3. 轉(zhuǎn)換到結(jié)構(gòu)Structure標(biāo)簽，將自動(dòng)/手動(dòng)編號(hào)色Auto/Manual Numbering Color設(shè)置為藍(lán)色：4. 點(diǎn)擊OK，現(xiàn)在我們可以照樣子開始繪制了。5

15、. 在結(jié)構(gòu)工具欄，點(diǎn)擊Atom-Atom Map來顯示映射工具面板并選擇映射方式：注意：注意到手動(dòng)映射模式已被自動(dòng)打開（相應(yīng)的按鈕被激活）。6. 指向反應(yīng)物的原子拖拽到生成物上的相應(yīng)原子。當(dāng)松開鼠標(biāo)，1在反應(yīng)圖中手動(dòng)映射的原子上出現(xiàn)了。7. 指向下以原子再次拖拽到產(chǎn)物中相應(yīng)原子：當(dāng)松開鼠標(biāo)，2出現(xiàn)在臨近的反應(yīng)物原子及對(duì)應(yīng)的生成物原子上。8. 現(xiàn)在，在自動(dòng)映射面板，點(diǎn)擊自動(dòng)映射。所有其它原子都被自動(dòng)賦值了。注意：被映射的原子僅在映射工具面板被調(diào)出的時(shí)候可見。2. 高級(jí)繪制：模型2.1 目標(biāo)講解如何利用模型進(jìn)行畫圖。Ø 模型功能如何能幫助畫圖;Ø 如何利用 Instant Te

16、mplate 功能畫含有多個(gè)相同功能團(tuán)的結(jié)構(gòu);Ø 化學(xué)基團(tuán)表(Table of Radicals)的更多用途;Ø 如何利用模型畫 DNA 分子和復(fù)雜的生物分子;Ø 如何自創(chuàng)模型。2.2 概述ACD/ChemSketch 包括3種結(jié)構(gòu)模型來源：Ø 化學(xué)基團(tuán)表(Table of Radicals) Ø 模型窗口(Template Window) Ø 插入模型工具(Instant Template tool) 當(dāng)指定化學(xué)基團(tuán)表中的任意模型的連接點(diǎn)后，模型窗口和插入模型工具允許通過點(diǎn)擊而指定連接的原子或鍵。無論模型來自何處，連接的原理是一樣的

17、。將模型連接到結(jié)構(gòu)上有以下幾種方法：Ø 通過連接結(jié)構(gòu)與模型的鍵： 將鼠標(biāo)的指針指向特定的化學(xué)鍵，使結(jié)構(gòu)的化學(xué)鍵和模型在光標(biāo)上的影子結(jié)合，再點(diǎn)擊鼠標(biāo)。Ø 通過模型接近結(jié)構(gòu)：將光標(biāo)指向結(jié)構(gòu)中相應(yīng)的原子，產(chǎn)生連接鍵后，點(diǎn)擊鼠標(biāo)。Ø 通過模型和結(jié)構(gòu)之間的螺旋線連接：將鼠標(biāo)指向要連接的原子，按下SHIFT鍵，點(diǎn)擊鼠標(biāo)。注意：可以通過點(diǎn)擊TAB鍵使懸在光標(biāo)上的模型影子翻轉(zhuǎn)。2.3 原子團(tuán)表原子基團(tuán)表是用以繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)的一系列化學(xué)原子團(tuán)。在一些例子中，它們的名稱和所寫將幫助快速的利用簡潔的方式查找化學(xué)原子基團(tuán)的。2.3.1 創(chuàng)建熒光胺結(jié)構(gòu)我們將利用從原子基團(tuán)表中的模板來繪制如下

18、結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)模式下操作。1. 在常用工具欄上點(diǎn)擊新頁面來打開一個(gè)空白頁面。2. 從參考工具欄或原子基團(tuán)表中選擇環(huán)戊烷。3. 點(diǎn)擊ChemSketch的工作區(qū)將環(huán)粘貼進(jìn)來。4. 按下SHIFT鍵，點(diǎn)擊指定的原子，以螺旋方式連接第二個(gè)環(huán)戊烷：5. 由化學(xué)基團(tuán)表中選擇苯(Benzene) ，首先點(diǎn)擊指定的鍵連接苯環(huán)，再點(diǎn)擊指定的原子，連接苯環(huán)：6. 在左側(cè)原子工具表中選定氧鍵 (注意：此時(shí)通用畫圖工具自動(dòng)激活)，點(diǎn)擊指定的原子，用氧取代：7. 點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，選擇連續(xù)畫圖工具，雙擊指定的原子，連接OH集團(tuán)：8. 點(diǎn)擊指定的單鍵，使之變?yōu)殡p鍵：2.4 快速模型工具在ACD/ChemSketch 中一個(gè)有用

19、的工具就是快速模型工具，它可以節(jié)省時(shí)間，更快地畫出圖象。可以認(rèn)為它是“粘貼“命令。2.4.1 創(chuàng)建環(huán)狀體聚物結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)模式下操作。1. 從化學(xué)基團(tuán)表中選擇苯環(huán)，在工作區(qū)的上中部點(diǎn)擊鼠標(biāo)，放置苯結(jié)構(gòu)。2. 從化學(xué)基團(tuán)表中選擇乙炔(Ethynyl) ，點(diǎn)擊箭頭所指的原子，將其連接在苯環(huán)上：3. 選擇快速模型工具，點(diǎn)擊箭頭所指原子，創(chuàng)建一個(gè)快速模型：4. 點(diǎn)擊箭頭所指原子，接上模型：5. 再次選擇快速模型工具，將整個(gè)圖象創(chuàng)建成模型： 6. 像圖示的那樣，點(diǎn)擊指定原子，連接成如圖所示的模型。完成后，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵將模型影子隱藏：7. 選擇通用畫圖工具，點(diǎn)擊指定的原子，完成環(huán)：2.5 模型窗口模板窗口是C

20、hemSketch三大模板中最經(jīng)典的2.5.1 創(chuàng)建DNA分子片斷2.5.1.1 繪制去氧核糖-5-磷酸鹽鏈的圖象1. 打開模型窗口，由DNA/RNA 表中通過點(diǎn)擊原子選擇2-去氧核糖-5-磷酸鹽(2-Deoxyriboso-5-phosphate)鏈狀結(jié)構(gòu))：2. 點(diǎn)擊工作區(qū)得到選定的模型。3. 按下SHIFT鍵，移動(dòng)鼠標(biāo)到指定原子，點(diǎn)擊以連接下一個(gè)去氧核糖-5-磷酸鹽圖象：4. 選定選擇/旋轉(zhuǎn)/調(diào)整大小工具(Select/Rotate/Re-size) 。5. 通過拖動(dòng)矩形選擇框選定結(jié)構(gòu)中指定部分，將動(dòng)作中心拖到指定的氧原子上。按下SHIFT鍵，拖動(dòng)結(jié)構(gòu)中選定部分順時(shí)針旋轉(zhuǎn)90度:2.5.

21、1.2 添加堿基1. 打開模型窗口，由DNA/RNA模型表中選擇需要的堿基：2. 將鼠標(biāo)移動(dòng)到指定的原子上，按下SHIFT鍵，點(diǎn)擊鼠標(biāo)：3. 重復(fù)步驟1和2給其他核甘酸添加堿基：Ù 試著畫出的任意長度的DNA或RNA圖象。2.6 繪制復(fù)雜的生物化學(xué)結(jié)構(gòu)這里利用ChemSketch的不同工具，畫復(fù)雜的生物化學(xué)結(jié)構(gòu)。2.6.1 創(chuàng)建-麥芽糖酶結(jié)構(gòu)1. 點(diǎn)擊打開模型窗口。選擇Sugars:alpha-D-Pyr 表，確認(rèn)看到的是霍夫曼規(guī)則 頁，如果不是，點(diǎn)擊右邊箭頭，直到找到為止。2. 點(diǎn)擊-D-Glucopyranose 糖，在工作區(qū)點(diǎn)擊得到結(jié)構(gòu)。3. 重復(fù)1-2步驟，選擇D-糖表(be

22、ta-D-pyranose) ，選擇-D-Glucopyranose.4. 在ChemSketch 窗口中，點(diǎn)擊將其放置在第一個(gè)結(jié)構(gòu)的右邊：5. 選擇ChemSketch碳原子鍵，在-D-Glucopyranose 中點(diǎn)擊指定的原子，用CH3集團(tuán)取代它，按下SHIFT 鍵，將CH3集團(tuán)拖動(dòng)到右邊，以形成90度鍵：6. 對(duì)-d-glucopyranose結(jié)構(gòu)重復(fù)步驟5，得到如下結(jié)構(gòu)：7. 選擇O原子，點(diǎn)擊-D-Glucopyranose結(jié)構(gòu)中如下所示的原子（Click 箭頭所指的CH3),用OH替換CH3：8. 選定選擇/移動(dòng)(Select/Move) 鍵，點(diǎn)擊工作區(qū)附近，選定結(jié)構(gòu)。將鼠標(biāo)放在結(jié)

23、構(gòu)的任意原子或鍵上，向左拖動(dòng)直到OH和CH3集團(tuán)連接成鍵：9. 通過選擇工具菜單中的去氫原子功能(Remove Explicit Hydrogens)，將選定結(jié)構(gòu)中的氫原子隱藏起來：注意：盡管與中心氧原子連接的碳原子被隱藏起來，但它是存在的?？梢詫⑦@些原子去掉.激活選擇/移動(dòng)工具（Select/Move)，雙擊需要隱藏的原子。當(dāng)選項(xiàng)菜單出現(xiàn)后，選擇原子標(biāo)簽，選擇元素符號(hào)鍵(Atom Symbol) ，右下拉菜單中選擇Empty ，點(diǎn)擊應(yīng)用(Apply)。同樣的，還可以使用Pseudo Atom工具來實(shí)現(xiàn)。2.7 定義用戶模型要將一個(gè)ChemSketch文件保存為模型文件，我們推薦將其保存在模型

24、文件夾中。按如下操作即可：1. 將的當(dāng)前文件保存為SK2形式，或在ChemSketch中打開SK2文件。如：C:EXAMPLESACDMALTOSE.SK2.2. 由模型菜單中選擇保存用戶模型命令。3. 在保存用戶模型對(duì)話框中鍵入模型的名字，如“ALKALOIDS”，并注意文件保存的路徑，再點(diǎn)擊OK。注意：可以給文件鍵入任意名字(例如：對(duì)于b_d_fur.sk2文件，Sugare:beta-D-Furanose這樣的名字可能更好一些。)一旦的文件被保存為用戶模型，它的名字被自動(dòng)加到模型管理器中和模型窗口的模型清單中。注意：可以從任何文件創(chuàng)建模型文件，即使它是關(guān)閉的也可以。打開模型管理器對(duì)話框(

25、模型菜單中)，點(diǎn)擊新創(chuàng)建（New）鍵，找到需要的文件，為其指定名字即可。4. 關(guān)閉打開的文件。3. 計(jì)算宏觀性質(zhì)3.1 概述除了繪圖功能，ACD/ChemSketch能夠?yàn)榈慕Y(jié)構(gòu)提供許多性質(zhì)的預(yù)算。下面介紹計(jì)算這些性質(zhì)的簡單方法。3.2 計(jì)算宏觀性質(zhì)3.2.1 菜單命令按照以下步驟計(jì)算所有可用分子性質(zhì):1. 在結(jié)構(gòu)模式下，畫出一個(gè)結(jié)構(gòu)，例如苯甲酸：2. 從工具(Tools)菜單中選擇計(jì)算(Calculate), 再選擇所有性質(zhì)(All Properties) 或者某一個(gè)性質(zhì),對(duì)其性質(zhì)進(jìn)行計(jì)算。3. 選定以后，計(jì)算的性質(zhì)將顯示在計(jì)算結(jié)果對(duì)話框中 (Calculation Result) ：4.

26、通過點(diǎn)擊”復(fù)制到編輯器”鍵(Copy to Editor)，可以將文本內(nèi)容粘貼到工作區(qū)。你可以轉(zhuǎn)換到畫圖模式下進(jìn)行必要的文本編輯。注意：在工具菜單指向計(jì)算，然后選選擇計(jì)算性質(zhì)。在出現(xiàn)的對(duì)話框中，標(biāo)記性質(zhì)后點(diǎn)擊OK。如果現(xiàn)在選擇“選擇性質(zhì)”僅會(huì)計(jì)算被選中的性質(zhì)。3.2.2 狀態(tài)欄自動(dòng)顯示也可以直接在工作區(qū)的狀態(tài)欄中觀察宏觀性質(zhì)。如果沒有結(jié)構(gòu)被選中，所有顯示的結(jié)構(gòu)的性質(zhì)將被計(jì)算；如果沒有任何結(jié)構(gòu)，狀態(tài)欄的該區(qū)域?qū)⒉豢梢?。只有點(diǎn)擊最右邊的狀態(tài)對(duì)話框，并選擇相應(yīng)的性質(zhì)即可。默認(rèn)值是分子量。圖中顯示的是介電常數(shù)。3.3 計(jì)算單一同位素質(zhì)量下面為一個(gè)結(jié)構(gòu)片斷計(jì)算單一同位素質(zhì)量：1. 在常用工具欄，點(diǎn)擊新頁

27、面打開一個(gè)新的空白頁。2. 繪制如下一個(gè)結(jié)構(gòu)：3. 選擇并切斷一個(gè)（非環(huán)的）鍵。4. 從工具菜單選擇MassSpec Scissors或者在結(jié)構(gòu)工具欄點(diǎn)擊相應(yīng)按鈕切開的兩個(gè)片斷的單一同位素質(zhì)量在其下方出現(xiàn)在工作區(qū)：注意：你可以在畫圖模式下改變分割線的樣式：選擇線后雙擊，在對(duì)象面板改變樣式即可。還可以通過計(jì)算宏觀性質(zhì)選項(xiàng)來顯示質(zhì)量。4. 特殊功能鍵4.1 目標(biāo)ACD/ChemSketch是多功能輸入和編輯分子結(jié)構(gòu)的有效工具。因此,幾個(gè)其他ACD/Labs模塊作為單獨(dú)的鍵出現(xiàn)在ChemSketch的界面中。本章敘述ChemSketch界面中兩個(gè)特殊的附加模型。ACD/Tautomers(同分異構(gòu)體

28、)和ACD/Name。4.2 同分異構(gòu)體ACD/同分異構(gòu)體軟件能產(chǎn)生所畫有機(jī)結(jié)構(gòu)的最可能的同分異構(gòu)體。這個(gè)功能可以通過點(diǎn)擊工具菜單(Tools ) 查找同分異構(gòu)體命令(Check Tautomeric Form)或者點(diǎn)擊鍵獲得。對(duì)于含有兩個(gè)或者多個(gè)雙鍵或者三鍵與氧,氮,硫或者其他元素原子相共厄或者相連接的有機(jī)分子結(jié)構(gòu),可能會(huì)有其它的同分異構(gòu)體,但是要很仔細(xì)地考慮它們的可能性。ACD/同分異構(gòu)體功能所提供的同分異構(gòu)體是數(shù)學(xué)計(jì)算的結(jié)果,可能并不是最正確的結(jié)構(gòu)形式?？梢詤⒖计渌畔⒑笞鞒鰶Q定。 ACD/同分異構(gòu)體不能對(duì)以下結(jié)構(gòu)進(jìn)行同分異構(gòu)體預(yù)測: Ø 含有金屬原子的結(jié)構(gòu)；Ø 含有

29、帶電荷原子的結(jié)構(gòu),(除與N (+)(IV)和O(-)相連的非離子衍生物；Ø 在非典型鍵中含有除碳以外的其他元素；Ø 含有配位鍵的結(jié)構(gòu)；Ø 含有超過 255個(gè)原子的結(jié)構(gòu)。請(qǐng)看下面的例子:1. 用以上講的方法畫以下結(jié)構(gòu)：2. 選擇結(jié)構(gòu) (用選擇/移動(dòng) Select/Move 工具鍵), 點(diǎn)擊查看同分異構(gòu)體(Check Tautomeric Forms)鍵 ,得到如下對(duì)話框：3. 點(diǎn)擊或者鍵,.查看所有的同分異構(gòu)體。4. 點(diǎn)擊替換(Replace )鍵,用對(duì)話框中的結(jié)構(gòu)替換原有的結(jié)構(gòu)。4.2.1 化學(xué)文獻(xiàn)中的錯(cuò)誤經(jīng)常忽視的一個(gè)問題是在化學(xué)文獻(xiàn)中的化學(xué)結(jié)構(gòu)和它們的同分異構(gòu)體是錯(cuò)誤的。以下所有的結(jié)構(gòu)式都是從文獻(xiàn)中選取的。許多結(jié)構(gòu)式是錯(cuò)誤的或者沒有清楚地指出同分異構(gòu)體。 ACD/同分異構(gòu)體軟件可以幫助獲得正確的同分異構(gòu)形式。文獻(xiàn)中的錯(cuò)誤結(jié)構(gòu)硫鳥嘌呤(抗腫瘤的藥)4 種可能的結(jié)構(gòu)形式6-巰(基)嘌呤 (.抗腫瘤的藥)5種可能的結(jié)構(gòu)形式別嘌呤醇 (痛風(fēng)藥)5種可能的結(jié)構(gòu)形式醫(yī)白帶3種可能的結(jié)構(gòu)形式Chlorzoxazone (skeletal muscle relaxant)2種可能的結(jié)構(gòu)形式2-Mercaptobenzothiazole2種可能的結(jié)構(gòu)形式Pemoline(CN