Vector-NTI-中文使用說(shuō)明書(shū)

1、Vector NTI 7.0 User's Manual軟件包中文翻譯者：宋厚輝大學(xué)前言Introduction1. 程序附帶的數(shù)據(jù)庫(kù)Vector NTI database包括：DNA/RNA、蛋白質(zhì)、切酶、寡核苷酸、凝膠mark。此外程序還提供數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)發(fā)Database Explorer功能，用戶(hù)可以自己修改、添加、拷貝感興趣的各類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)。2. 創(chuàng)立新分子有四種方法A . 用 GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII 等格式輸入 DNA或氨基酸。B. 手工粘帖，然后保存到數(shù)據(jù)庫(kù)中C. 從其他分子、接頭、載體中剪切、拼接構(gòu)鍵D .

2、從DNA或RNA分子的編碼區(qū)翻譯成蛋白質(zhì)3. 關(guān)于新分子的序列特征圖譜：利用Gen Ba nk/Ge nPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA 等格式輸入的分子都能顯示出序列和結(jié)構(gòu)圖，但自己手工粘帖的沒(méi)有，需要自己編輯第一章 Chapter 1Tutorial: Display Win dows顯示窗口目的：創(chuàng)立顯示窗口，并對(duì)圖、序列和文本進(jìn)展操作?1.登錄 Vector NTI安裝后首次登錄，系統(tǒng)將提示是否允許填充空庫(kù)，點(diǎn)0K。這樣 DNA molecules, proteins,enzymes, oligos, and gel markers將組成NTI的數(shù)據(jù)庫(kù)。并出

3、現(xiàn)以下兩個(gè)窗口。? 2.觀察出現(xiàn)的 Vector NTI工作窗口和 Database Explorer 窗口上面的第一個(gè)窗口為工作窗口，由菜單欄和工具條兩欄，移動(dòng)鼠標(biāo)到工具欄任意選項(xiàng)處，鼠標(biāo)自動(dòng)顯示每個(gè)工具條的功能。第二個(gè)窗口為 exlporinglocal vector NTI database,顯示的是上次翻開(kāi)的DNA/RNA 或蛋白分子。3. Create a Display Win dow for pBR322激活 exlporinglocal vector NTI database 窗口中的 DNA/RNA Molecules (MAIN) 數(shù)據(jù)庫(kù)，找到pBR322分子并雙擊翻開(kāi)。顯

4、示如下窗口:? 4.觀察pBR322顯示窗口、圖形區(qū)標(biāo)住限制上面的窗口由文本區(qū)對(duì)分子信息的文字描述，雙擊文件夾可以看到 性切酶位點(diǎn)等和序列區(qū)全序列與酶切位點(diǎn)三個(gè)局部組成。?5.顯示窗口的管理通過(guò)拖拉標(biāo)尺，改變窗口、或每個(gè)顯示區(qū)的相對(duì)大小? 6.轉(zhuǎn)換pBR322 s圖形區(qū)：在工具欄左邊的 active pane 右側(cè)有三個(gè)按鈕，用鼠標(biāo)點(diǎn)當(dāng)中那個(gè)graphics pa ne?7.對(duì)pBR322 s 結(jié)構(gòu)圖進(jìn)展操作：用戶(hù)可以嘗試點(diǎn)擊此時(shí)圖形的大小會(huì)發(fā)生變化。選區(qū)設(shè)定：菜單Editset selectio n, 輸 入1OObp TOOObp,然后OK.可以看到選取在圖形中用扇型框圈了起來(lái).將鼠標(biāo)移到

5、選取的5 '端,可以看到匕習(xí),通過(guò)拖拉可以延長(zhǎng)或縮短選區(qū)圍，同樣在3端也能做到。如果用戶(hù)一次只想移動(dòng)一個(gè)堿基用直接拖拉就可能不方便,假設(shè)用戶(hù)想在5端移動(dòng)一個(gè)堿基，首先將鼠標(biāo)放到處，然后按住shift和鍵盤(pán)右側(cè)的 或箭頭，那么按一次箭頭移動(dòng)一個(gè)堿基距離。如 果一次想移動(dòng)10個(gè)堿基，那么同時(shí)按住shift+ctrl+ 箭頭。如果用戶(hù)只是粗 略選擇，可以直接將鼠標(biāo)移到圖中，用十字花拖動(dòng)。將鼠標(biāo)移到圖的TCr處, 此時(shí)鼠標(biāo)箭頭變成眄，并顯示TCr代表的含義，如果用戶(hù)此時(shí)按下鼠標(biāo)，那么TCr的編碼區(qū)將被選中8.檢查 pBR322 s nucleotide序列Display Setup 按鈕，顯示

6、molecular display setup對(duì)話框:移動(dòng)標(biāo)尺，盡可能將更多的 PBR322現(xiàn)在對(duì)序列顯示的樣式進(jìn)展設(shè)定：點(diǎn)擊序列顯示出來(lái)，并點(diǎn)擊序列中任何一處用戶(hù)可以對(duì)序列的顏色、大小、10個(gè)一組顯示還是15個(gè)一組默認(rèn)是10個(gè) 堿基一組，結(jié)構(gòu)圖的顏色、限制酶切圖譜注意剛開(kāi)始顯示的PBR322上限制酶并不多、ORF、Motif等進(jìn)展設(shè)置?，F(xiàn)在我們打算把序列字體的顏色由黑 色變成綠色，顯示全部 PBR322的酶切圖。操作如下：在剛剛的窗口中點(diǎn)restriction map下面的RMap setup 按鈕，在出現(xiàn)的對(duì)話框中點(diǎn) Add,再在出現(xiàn)的對(duì)話框中點(diǎn) select all ，然后 OK。 點(diǎn)s

7、equenee 下面的 sequenee setup, 可以看到序列長(zhǎng)度的設(shè)置等，在 color欄中選green, 路點(diǎn)OK。此時(shí)顯示如 下：anslanJid工AfWWWWUi-Hij©5*1"TAWVWMAW2jllpBF»322l+l Jll Lcncial D窯scjiptiionLJnn 自 田HdFtlElItl 二J Feature Mop岡 二 RiTi lpiEliwn M*p回-J NoiifB (both ttiond*Sil nkiilv I jmn!rntiqi.J|14 于卜匕;r-甲;曙322DRi&*wmI"he如

8、斗1、和lkg同17峠WrTTl HfdllTstH*V«i 呼曲 fAWEDp刃卵日叩口T嘛TruSImWhwwWvEcdAICIJhimr4s«ljwWW -JWWAw-mAWW"TCTCATOTT TOAAGCTTA TrATCGATiA GCTTTAATGC GGTAGTT"AT CACAGTTAAAmGTd 匚 urJAJCT&TCGHT JIGTXjCTATT CGJLJlJLTTji匚G 匚匚ATCfLjLLTJL GTTGTCJJITTT HHCG1I1T- attM£tiniMi 03<l-M*dfWtfVa ：

9、) ! l t !lBstNI£MlFillipi«r阡1i i21Reaiy1251 bp冋4»:旋.|町中立隹iMidi mYi “fI斗 Eipkriri. . -£ £： 一 呷農(nóng)王科 SB -l:5°Hfil 'Y'RYBiMliUlF NW|WWWU>£>»¥-TWWhaUjrWWVMapIIFotlta ''! * "*_丄f硼我們發(fā)現(xiàn)限制酶是大大的多了，不過(guò)美中缺乏的是序列顯示的是兩條鏈 互補(bǔ)鏈，實(shí)際上一條鏈就夠了，還有最好再和編碼的氨

10、基酸一切顯示。正鏈和這好辦:先選中全序列Ctrl-A，看到工具條中的Tra nslate Direct圖標(biāo)了沒(méi)，點(diǎn)它。哈哈果然翻譯成功了。不要忘了看二I左右兩側(cè)的圖標(biāo)喲，點(diǎn)點(diǎn)jjj Mdeizule Edt 牟忖 士血 GeI Lj-I:匕臥 Aswrnbc Tuck WfdoW/* Vtrtnr NTI畫(huà)丨也丨加力滄Cf誌為專(zhuān)世比之必釦於逋帶ghTant;圄回國(guó)|回葫打曲3K|滋場(chǎng)醴|糜汩4B J 1| |IG zJ 1商皿口曲；看。注意用戶(hù)在發(fā)表文章的時(shí)候，一般在文章中發(fā)表自己克隆或表達(dá)的DNA序列，在DNA序列下面還有氨基酸序列，哈哈，這不幫你做到了。什么？切酶 怎么去掉，剛剛你怎么加上

11、去的就怎么解除吧，看看我下面的圖不就是辦到了:9.對(duì)pBR322 ' s text文本描述進(jìn)展操作拖動(dòng)標(biāo)尺，使文本區(qū)盡可能拉大。選中Restriction Map文件夾，然后找到色1Expand Branch工具條中的文件夾是一樣的，都是翻開(kāi)的意思，還有它左邊的按鈕。按鈕，點(diǎn)它。其實(shí)這和雙擊restriction map 在找到 Feature Map按鈕。看到TC(R) 了沒(méi)，記住它。文件夾，然后按因，在第7章中將詳細(xì)表達(dá)如何將這段基因克隆到載體這是一個(gè)四環(huán)素抗性基PUC19 中。10.將pBR322 ' s文本區(qū)和圖區(qū)、序列區(qū)連接起來(lái)可以讓你一個(gè)一個(gè)的細(xì) 細(xì)品位PBR322

12、 的每個(gè)細(xì)小結(jié)構(gòu)，全部看可能會(huì)眼花，那就一個(gè)一個(gè)的看吧激活文本區(qū)，然后找到 區(qū)上的任何標(biāo)記都沒(méi)了Link Panes丨按鈕，點(diǎn)它。完了， PBR322的圖 成了一個(gè)圓圈。還有，序列區(qū)的酶切標(biāo)記也沒(méi)了。哈哈,不用急，先點(diǎn)文本區(qū)的Restriction Map文件夾，然后點(diǎn)按鈕翻開(kāi)文件夾里面的分支?，F(xiàn)在看看，酶切標(biāo)記又重新顯示出來(lái)了。激活圖形區(qū)，找到丄JSta ndard Arran geme nt丨按鈕了沒(méi)，點(diǎn)它。會(huì)發(fā)現(xiàn)酶切圖譜顯示的方式和剛剛不一樣了，這是標(biāo)準(zhǔn)方式。在文本區(qū)中選中feature map 文件夾，點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)丄蘭翻開(kāi)，發(fā)現(xiàn)圖形又變了。依次關(guān)掉 feature map中的其他文件夾，只

13、留TCR，此時(shí)圖中只有TCR 個(gè)標(biāo)記了。最后別忘了再點(diǎn)一下鏈條圖又回到原樣。如以下列圖:看看上面的時(shí)鐘都 23 : 12 了，該睡覺(jué)了，明天繼續(xù)。11. 打印 pBR322' s 文本 description, 圖形 map, 和序列 sequenee打印文本：先激活文本區(qū)，就是active pane 右邊的第一個(gè)按鈕，或者直接用鼠標(biāo)在本文區(qū)點(diǎn)一下，然后按expand branch夾,然后點(diǎn)打印。同樣要想打印圖形或序列,按鈕翻開(kāi)文本區(qū)的所有文件先激活其所在的選區(qū)，然后按打印機(jī)圖標(biāo)即可12. 為41BB_HUMAN創(chuàng)立顯示窗口點(diǎn)擊窗口下面的exploringlocal vector NT

14、I database圖標(biāo)，翻開(kāi)翻開(kāi)Explorer 窗口，點(diǎn)擊窗口左上角的下拉式菜單， 選Protein Molecules (MAIN) 數(shù)據(jù)庫(kù)。找到41BB_HUMAIN并雙擊。翻開(kāi)窗口如下：窗口顯示結(jié)構(gòu) 和DNA序列的顯示窗口一致，也包括文本區(qū)，圖形區(qū)和序列區(qū)三局 部。菜單和工具條也根本一樣。在文本區(qū)中雙擊Analysis文件夾，那么蛋白自動(dòng)分析結(jié)果以表格的形式在下面顯示出來(lái)。下面我們把這兩個(gè)表格拷貝到 word文檔中， 先用shift+鼠標(biāo)將兩個(gè)表格選中，然后點(diǎn)工具條中的照相機(jī) camera丨命令，在 出現(xiàn)的對(duì)話框中可以看到序列的range中的selection 已被選中，點(diǎn)Copy.

15、，然后翻開(kāi)一個(gè)word文檔，粘帖ctrl-V,那么表格被完整的拷貝到 word文檔中了。 如下所示：Len gth255 aaMolecular Weight27897.66 m.w.1 microgram =35.845 pMolesMolar Exti nction coefficie nt112501 A280 corr. to2.48 mg/mlA280 of 1 mg/ml0.40 AUIsoelectric Poi nt8.13Charge at pH 73.72Ami no Acid(s)Number count% by weight% by freque ncyCharged

16、(RKHYCDE)8336.6832.55Acidic (DE)2510.859.80Basic (KR)2914.4311.37Polar (NCQSTY)9034.0835.29Hydrophobic(AILFWV)6727.0626.27A Ala113.024.31C Cys259.339.80D Asp114.514.31E Glu146.345.49F Phe168.146.27G Gly214.858.24H His20.960.78I Ile72.832.75K Lys135.855.10L Leu218.488.24M Met31.381.18N Asn124.884.71P

17、 Pro186.387.06Q Gln125.404.71R Arg168.586.27S Ser227.128.63T Thr176.246.67V Val113.974.31W Trp10.630.39Y Tyr21.120.78B Asx239.399.02Z Glx2611.7410.20X Xxx00.000.0013. 為1B14_HUMAN創(chuàng)立顯示窗口窗口，找到重新回至U exploringlocal vector NTI database1B14_HUMAN分子并雙擊翻開(kāi)。如以下列圖：注意該蛋白分子圖形上的各種特征顯示的十分緊湊，大有眼花繚亂的感覺(jué)，為了方便起見(jiàn)，我們可以按剛剛

18、介紹的link命令來(lái)逐一顯示各個(gè)feature。操作方法和DNA分子一致。關(guān)閉窗口，完畢，當(dāng)最后一個(gè)窗口關(guān)閉是屏幕提示 this will end your vector NTI session,點(diǎn)確定OK關(guān)閉。第二章：Chapter 2Tutorial: Molecule Operatio ns分子操作目的：對(duì) pBR322 的 general data, feature map, and sequenee進(jìn)展編輯注意蛋白質(zhì)和 DNA分子的操作是一樣的1. 登錄Vector NTI 程序剛剛說(shuō)完，不用再教了吧2. 翻開(kāi)pBR322 的顯示窗口再羅嗦一遍吧，程序vector NTIExplor

19、i nglocal vector NTI DatabaseDNA/RNAMolecules (MAIN) PBR322 ，雙擊。3. 對(duì)pBR322' s的常用數(shù)據(jù)general data丨進(jìn)展編輯在文本區(qū)的最上面，雙擊 PBR322 名字，彈出下面窗口：Edit pBR322Gerieral DhlA/HNAMolecufe j Usm Fields | CermeHte | keywords 旳DMAr Linear C RNAExtra-Chranriosarrie FleplitatiorPBaGteria廠Vsast 廠 Anima 1/Cther EukaryoticR e

20、plicon TjpePFlasmid廠Pliagemid廠Cosmid廠Virus廠Phage廠ChiornosomeDescription：IaTCC 37017.ATCC31344: Cloiing vector plasmid pBR322, complete genome.K匚 mricel |I Help1st:給PBR322加關(guān)鍵詞：點(diǎn)keywords,在彈出的關(guān)鍵詞窗口中輸入 My own plasmid ，點(diǎn) Add。回到 DNA/RNA Molecular窗口，將最下面的description中的容替換成 My pBR322 。點(diǎn)OK確定。注意屏幕的左上角pBR322* ，

21、在PBR322的后面有一個(gè)星號(hào)，說(shuō)明現(xiàn)在顯示的是PBR322的修飾形式?，F(xiàn)在我們要在數(shù)據(jù)庫(kù)中保存這一結(jié)果：菜單molecularsave as，在彈出的對(duì)話框中輸入序列的名字MyPBR322 ，點(diǎn)OK。這時(shí)發(fā)現(xiàn)星號(hào)不見(jiàn)了，說(shuō)明結(jié)果已保存到數(shù)據(jù)庫(kù)中，這時(shí) 數(shù)據(jù)庫(kù)中關(guān)于PBR322 的DNA分子有兩個(gè)，一個(gè)是原始的 PBR322 就是 最初翻開(kāi)的那個(gè)，另一個(gè)就是我們保存的那個(gè)my PBR322 。3. 編輯 My pBR322 ' s 序列激活序列區(qū)，菜單edit set selection,在對(duì)話框中輸入圍21-40，點(diǎn)OK。 會(huì)發(fā)現(xiàn)序列選區(qū)含有 ClaI禾口 HindIII 兩個(gè)酶切位

22、點(diǎn)。點(diǎn)擊菜單edit newReplace Sequenee 21 bp-40 bp ，將窗口中第 23 禾口 24 位的 TC刪除分別用AA代替，窗口將顯示如下：注意該窗口左下腳顯示有：inserted 2,delete 2，什么意思都不用說(shuō)了。點(diǎn)OK，注意序列中的Clal位點(diǎn)立刻消失了。如以下列圖所示:5. 將My pBR322的修改結(jié)果取消，不保存到數(shù)據(jù)庫(kù)注意剛剛修改完后，在屏幕左上角My pBR322 的后面，有一個(gè)星號(hào)，說(shuō)明當(dāng)前顯示的分子已經(jīng)修改，下面將修改結(jié)果取消，點(diǎn)擊菜單molecularRevert To Saved ，點(diǎn)OK確定。此時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)將剛剛的修改結(jié)果取消了。如果需要保存

23、修改結(jié)果那么在 molecular菜單中選save as 命令6. 如何插入新的序列片段通常在編輯序列的時(shí)候需要在序列圖譜中插入一段基因或者一段特征序列，先找到序列中的AP(R) 標(biāo)志3293 bp-4156 bp丨禾口 TC(R) 標(biāo)志86-1276 bp ，菜單 edit Set Caret Position ，輸入 200，將光標(biāo)打到 200bp 處，下面我們要在此位置處輸入10個(gè)T堿基。點(diǎn)菜單edit new insert sequenee 200bp,在出現(xiàn)的對(duì)話框中輸入 10個(gè)T，點(diǎn)OK，然后又出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框，問(wèn)你是否確認(rèn)當(dāng)前的序列已經(jīng)修改CDS TC(R) isaffected

24、by sequenee editing， Delete, Delete All, Keep, andKeep All ，點(diǎn)keep.我們發(fā)現(xiàn)在200bp序列處多了 10個(gè)T。我們將鼠標(biāo)移 到AP R處，我們發(fā)現(xiàn)其位置已經(jīng)順時(shí)針移了10個(gè)堿基3303 bp-4166bp。其實(shí)，在原始序列中一旦插入一段序列后，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)改變圖譜中各特 征的相對(duì)位置，如果插入的序列位于某一特征序列的部，我們點(diǎn)Keep,NTI會(huì)自動(dòng)向3端移動(dòng)?，F(xiàn)在我們將鼠標(biāo)移到 TCR處，發(fā)現(xiàn)其3'端已經(jīng)后移了 10個(gè) 堿基1286，不過(guò)5'端沒(méi)動(dòng)喲。如以下列圖所示：7. 編輯TC(R) 信號(hào)特征將鼠標(biāo)移到圖形的TC

25、r處，當(dāng)箭頭變成“手的形狀時(shí)雙擊或者點(diǎn)鼠標(biāo)右鍵， 選feature properties ,在出現(xiàn)的對(duì)話框中用戶(hù)可以修改TCr的位置、名稱(chēng)和描述。我們將名稱(chēng)name丨由TC(R)改成Old TC(R)，然后在最下面的 descriptio n中輸入描述：“ 10 bp fragme nt in serted",點(diǎn) OK。那么圖形結(jié)構(gòu)變成：SO SEQ恥眈 H II C?aI(25)j?in d nr <30)XTQKI砂柵妙嗨切辰詐My pBR3224371 bp8. 刪除P2_P信號(hào)，并參加新的序列特征在圖譜中找到 P2P，選中，點(diǎn)鼠標(biāo)右鍵，選 Delete Feature

26、From Fmap或者從edit菜單中選擇此命令，此時(shí)NTI將提示P2_P will be deletedfrom the feature map,點(diǎn)OK確定。我們發(fā)現(xiàn)圖譜中P2P已經(jīng)沒(méi)有了下面我們我為PBR322序列參加一個(gè)新的特征：editset selecti onadd featuresFMap進(jìn)入。在出現(xiàn)的對(duì)話框 feature name NTI默認(rèn)的特征類(lèi)型feature type輸入3000-3500bp ，點(diǎn)OK。在工具條中找到上日按鈕，點(diǎn)它。也可以從 editnewadd feature to中輸入New Feature ，注意 丨為Misc. Feature，用戶(hù)可以從列表

27、中選擇自己認(rèn)可的特征。最后點(diǎn) 0K。如圖:下面將My pBR322的修改結(jié)果保存到數(shù)據(jù)庫(kù)中：菜單molecularsaveas,如果不想改名的話點(diǎn) OK，NTI將提示My pBR322已經(jīng)存在，是否覆蓋，點(diǎn) overwrite.9. 修改My pBR322 的起始坐標(biāo)這樣可使剛剛插入的10bp片段和最初的PBR322 具有一致的坐標(biāo)系菜單 MoleculeoperationsAdvaneed (DNA/RNA)ChangeStarting Coordinate。在出現(xiàn)的對(duì)話框 new start( 新的起始點(diǎn)位置)輸入：11因?yàn)閯倓偛迦肓?10bp，所以起始點(diǎn)是1+10=11。點(diǎn)OK，此時(shí)NT

28、I會(huì)提示當(dāng)前坐標(biāo)已被修改，是否繼續(xù)，點(diǎn)OK確定?，F(xiàn)在我們會(huì)發(fā)現(xiàn)顯示窗口中 TCR 的位置已經(jīng)變成了76bp T276bp，還有APR的位置3293 bp -4156bp，這都和最初的PBR322 一致。如以下列圖：10.退出顯示窗口，關(guān)閉 NTI第三章：Chapter 3Tutorial: Working With A Molecule's Graphical Representation對(duì)分子圖形的展示進(jìn)展操作目的：以DNA分子為例，對(duì)分子圖形的展示進(jìn)展操作蛋白質(zhì)的操作和DNA類(lèi)似，為pBR322 圖形創(chuàng)立一個(gè)展示 窗口，并保存到分子文檔中1. 登錄Vector NTI 程序2. 通

29、過(guò)新窗口翻開(kāi)PBR322與前兩章的翻開(kāi)方式略有不同在NTI主窗口中，點(diǎn)擊工具條最左邊的翻開(kāi)文件夾或者 molecularOpen在彈出的 Open窗口中點(diǎn)擊database DNA/RNAs，在列表中找到 PBR322，然后OK。3. 顯示窗口的調(diào)整比方我們想觀察圖象的詳細(xì)情況，首先用標(biāo)尺拖動(dòng)圖形窗口，至于序列和文本區(qū),可以很小，因?yàn)槲覀兊哪康氖强磮D。然后點(diǎn)讓圖形放大或縮小，直到滿(mǎn)意為止，如果用戶(hù)想一步步的看放大效果，可以按住shift的同時(shí)點(diǎn)4. 修改圖形的自動(dòng)排列設(shè)置按住ctrl的同時(shí)，點(diǎn)Sta ndard Arran geme nt，用戶(hù)可以根據(jù)彈出的小菜單，來(lái)選擇圖形線條的粗細(xì)和字體的

30、大小，直到滿(mǎn)意為止。5. 修改圖形的編碼區(qū)信號(hào)CDS signals丨設(shè)置點(diǎn)中圖形中任意編碼區(qū)粗箭頭，然后按鼠標(biāo)右鍵，在彈出的下拉菜單中，選CDS Display Setup，用戶(hù)可以在彈出的 Graphics Display Setup對(duì)話框中修改所選編碼區(qū)的名稱(chēng)、顏色標(biāo)記、箭頭的粗細(xì)等，實(shí)際上NTI默認(rèn)的就很好了。用戶(hù)也可以通過(guò)點(diǎn) more來(lái)進(jìn)展更多的修改比方字體和大小等，和word中字體的處理很相似，修改完后一路OK點(diǎn)下去即可。注意這種修改只是針對(duì)本窗口中的分子，對(duì)其他分子沒(méi)有影響。比方我們將箭頭填充成蘭色。下面我們保存這一設(shè) 置：點(diǎn)擊.巨'display setup丨右側(cè)的小三

31、角形 符號(hào)，在彈出的菜單中選Save點(diǎn)NO?，F(xiàn)在再點(diǎn)擊Settings As，然后在彈出的窗口中給剛剛的設(shè)置風(fēng)格取個(gè)名字，不妨叫 blue，點(diǎn)0K，注意此時(shí)NTI會(huì)提示是否保存其他沒(méi)用過(guò)的風(fēng)格,display setup丨右側(cè)的小三角形符號(hào)我們會(huì)發(fā)現(xiàn)blue已經(jīng)在下拉菜單上了注意這種改變一改就是好幾個(gè)箭頭一塊改，如果只想改一個(gè)箭頭的顏色，請(qǐng)看第6條6. 翻開(kāi)圖片編輯方式NTI提供了兩種編輯圖片的方式，分子編輯方式默認(rèn)和圖片編輯方式。激活圖形區(qū)然后按edit picture丨按鈕。然后點(diǎn)中 圖形中任意標(biāo)記或者箭頭，按住鼠標(biāo)右鍵，在彈出的下拉菜單中選properties屬性或者style風(fēng)格等，進(jìn)

32、展設(shè)置，注意此時(shí)設(shè)置的僅僅是所選的箭頭或者標(biāo)記，而不是整個(gè)分子在第5條中設(shè)確實(shí)是整個(gè)分子，請(qǐng)注意比較，也就是第5條的方法是分子編輯方式，兩種方式的轉(zhuǎn)換通過(guò)按鈕丨。7. 將TCR箭頭變成蘭色網(wǎng)格操作如下：點(diǎn)中fill ，按右圖方式選擇:占中5八、ITCR箭頭，按住鼠標(biāo)右鍵，選properties點(diǎn)OK如果是中文操作系統(tǒng)，OK二確定8. 放大TC(R)箭頭點(diǎn)中TCR后，當(dāng)鼠標(biāo)在箭頭附近移動(dòng)時(shí)，會(huì)出現(xiàn)兩種十字形標(biāo)記:同時(shí)，拖動(dòng)過(guò)鼠標(biāo)拖動(dòng)墮可以改變箭頭的胖瘦，而拖動(dòng)那么可以改變箭頭的相對(duì)位置移 到圓或圓外。如果想讓箭頭按圓圈轉(zhuǎn)動(dòng)，可以在按住ctrl+shift 注意這種拖動(dòng)并不能修改分子本身，僅僅是改

33、變位置而已，如果想修改分子中的標(biāo) 記，請(qǐng)使用第二章介紹的方法?，F(xiàn)在，拖來(lái)拖去是不是將箭頭拖的亂七八糟了，那就按取消吧。如以下列圖：曲茁F.I相PI PLYffF" / ROP如14(2曲心HYEFF9. 修改TC(R)標(biāo)記的格式將鼠標(biāo)移到TCr標(biāo)記上，雙擊。顯示下面的對(duì)話框就是屬性點(diǎn)Font,選擇斜體18號(hào)字，點(diǎn)0K 。 TCR將顯示如以下列圖:NTIArran geme nt丨按鈕，使標(biāo)記的信號(hào)回到標(biāo)準(zhǔn)位置，如果圖片已經(jīng)修改,還會(huì)不厭其煩的提示是否繼續(xù)，點(diǎn)確定吧。10. 參加文本注釋你肯定把看到窗口工具條最右側(cè)的“回形針?lè)?hào)了沒(méi)，點(diǎn)它說(shuō)什么，沒(méi)反響？哈哈，那 二忘了，如果沒(méi)反響，點(diǎn)

34、二Ll后再點(diǎn)回形針肯定行，在彈出的對(duì)話框中輸入“ Clone into pUC19點(diǎn)OK。此時(shí)參加的注釋出現(xiàn)在圓圈的中央,用鼠標(biāo)拖到TCr的下面即可什么？字體太小，哈哈，點(diǎn)中鼠標(biāo)右鍵從properties 中選擇字體的大小和顏色。如以下列圖：如果覺(jué)得不爽，可以先選中剛剛添加的文本，點(diǎn)菜單editDelete Annotation進(jìn)展刪除。注意以上修改的僅僅是顯示的界面，NTI并不能將修改的顯示結(jié)果保存 到數(shù)據(jù)庫(kù)中，所以用戶(hù)也可以發(fā)現(xiàn)在左上角并沒(méi)有*號(hào)標(biāo)記，也就是數(shù)據(jù)庫(kù)中的分子沒(méi)有改變，如果想讓它改變的話，只能將文件存到文檔文件中了。11. 將pBR322分子顯示結(jié)果保存到文檔文件中菜單Mole

35、culesave assave as file, 名稱(chēng)NTI已經(jīng)給起好了，就是pBR322.gb。選擇好要保存的目錄，點(diǎn)0K。如果感覺(jué)剛剛創(chuàng)立的blue比較爽,可以在保存前選擇右側(cè)的三角按鈕選擇blue此時(shí)系統(tǒng)會(huì)提示是否創(chuàng)立html文件描述分子，點(diǎn)yes這樣我們可以和朋友通過(guò)in ternet進(jìn)展交流了注意該文檔完全與數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)聯(lián)，其顯示的信息與數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息一致。但風(fēng)格與 數(shù)據(jù)庫(kù)不同，比方箭頭的顏色、字體的大小等當(dāng)然由用戶(hù)決定?，F(xiàn)在用戶(hù)可以 先關(guān)閉文檔然后再翻開(kāi)就可以發(fā)現(xiàn)顯示的風(fēng)格和數(shù)據(jù)庫(kù)中的風(fēng)格完全不同不過(guò)容 還是一樣的。注意：對(duì)于原先數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有的分子比方用戶(hù)根據(jù)自己的需要自 己構(gòu)建或從

36、GENBANK 下載的，并不能直接修改顯示風(fēng)格，如果想修改其顯示風(fēng) 格，先將該分子保存到數(shù)據(jù)庫(kù)中，這樣就可以了退出程序目的：將本地?cái)?shù)據(jù)發(fā)送到第四章Chapter 4Vector NTI工具和 in ternet連接in ter net上，并進(jìn)展BLAST 搜索，序列對(duì)排、比較和分析等1. 登錄 Vector NTI2. 在新窗口翻開(kāi) pBR322窗口切記選中pBR322注意：如果不是通過(guò)exploringPBR322 ，那么最終的搜索結(jié)果3. 通過(guò) exploringlocal vector NTI database整個(gè)分子并利用 BLAST搜索工具進(jìn)展序列比較 窗口，而是通過(guò)NTI主窗口 “翻開(kāi)命令，翻開(kāi)不會(huì)直接顯示在屏幕上，而是發(fā)到用戶(hù)指定的email中，但結(jié)果都是一樣的選中后，點(diǎn) exploringlocal vector NTI database窗口中的 ToolsCompare Agai nst Ge nBa nk via BLAST on NCBI Ser