碳材料3D模型的簡(jiǎn)單畫法

1、碳材料3D模型的簡(jiǎn)單畫法-利用NanotubeModeler和chembio3Dby 小木蟲 wulishi8之前 fluleaf 發(fā)帖( ),講述石 墨烯的簡(jiǎn)單畫法，我當(dāng)時(shí)跟帖表示也做個(gè)小的教程之類的。但是那時(shí)候?qū)嵲谑呛苊Γ?沒(méi)有時(shí)間。期間又有一些蟲友發(fā)短消息給我詢問(wèn)，我也無(wú)暇滿足。今天終于抽出兩個(gè)小時(shí)時(shí)間，做了個(gè)十分簡(jiǎn)易的教程。由于時(shí)間有限，本帖只是拋磚引 玉，還請(qǐng)大家指正。其中用到 Nan otubeModeler軟件這個(gè)軟件，請(qǐng)大家從這里下載。http:/emuch. net/bbs/viewthread.php?tid=5420070& fpage=1Chembio 3D也可以從論壇

2、里面下載得到，但是我一時(shí)找不到。誰(shuí)找到請(qǐng)告知我，我貼 過(guò)來(lái)。具體內(nèi)容見附件的pdf文件，動(dòng)態(tài)圖見附件的gif文件。1利用NanotubeModeler構(gòu)建各種碳材料的坐標(biāo)，如單壁(多壁)碳納米管，石 墨烯，富勒烯。 Select Typehai-Tubetc-c Num- TubeGraphene Stieethano - ConeCon - SheerBueky = BrIL翹Fulerene LibraryXYZ- Imparlwwni2 0選擇碳材料的類型，如下圖中的碳管，輸入手性，長(zhǎng)度，層數(shù)等，就可以得到 3D碳管模型了。1呼豹“皿.|i jWdHf亠Ha匂IdM.+ * 0 o 壽1

3、 Shl亍刪丄211疋lanai畫、 鼻aiB*b口*sfelHqfTME9RT-n匯菩芒r穿壯二蘭器即黑聳二*二二n1Es=. |!罰己1|啊TIU醬 *!PS 底曰壬畫 BNfs bnnb4i4i代A-se-ectlypmAA工 an 口 TllrmCh 1-3-?(n- m) Tubernglh BQna.ffngws MWHTlH.rMAIb,MO 陀 層14 VRV .tfxrtc za_T5g hi Mouse Butte ft D rag fbr * Zoom ui s3 左Ax 33-16 - USAd34 I Iz.iUrLRrl3Ulis27mX*s.o8L*孔LluQ-3

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5、 呷3443 3646-2冊(cè)*底MW-2J60Sf-11 WW3JS11 9W3-JJ603592SIM13 ?25* MM12.42-5.W220關(guān)173.63T3-4SZII1i3.Q113-4 1S422 2433律-4 412 12M201.9M4-5.24C2ami211 2M5-0 3335-4 STBI222.55393.25744 514123Z.TZOB-4.2216-3 $241,529-4.3S6C-3 363325c.tcio-4L3613藥1.SM#3.2dfeL Mtn2.輸出模型的坐標(biāo)。如我選擇輸出（6,5）碳管的坐標(biāo)，mol格式 MrGwW ZhHrr 叩怕M

6、DM=*=TC| 補(bǔ)-.-*WlilW -*XVfcliriinIB*wIJ_ jj丄IsmivQ$&oe231SM1I2MI33如痊K3U1 13CSZ 4- 1241TC34Ut 313T冷two4lGE，郴了詒g抽IQ3M74冷髯IFW3Ji y1221 IM2irrs111F1H1 ww141HQJiS13IS21111I 張占I T* XM9M Y HA 也w1t1?1s1忖1!|11悄13|4141門&rrAm ftaOm 51t3 A&M決fcU會(huì)詢問(wèn)單鍵還是雙鍵，選擇單鍵。再保存一個(gè)富勒烯的模型，如C60。以及一個(gè)窄的石墨烯帶3.用chembio 3D打開剛剛保存的碳管文件，發(fā)

7、現(xiàn)碳原子上面連有氫鍵，這是因 為我們保存坐標(biāo)的時(shí)候，碳之間的鍵保存成了單鍵，需要?dú)滏I使模型穩(wěn)定。這個(gè) 沒(méi)關(guān)系，只需要選擇不顯示氫鍵。先選擇所有的氫原子，然后隱藏?；蛘咧苯舆x擇空白的地方鼠標(biāo)右鍵， 選擇隱藏 氫原子。詬呼in訊丐dr|n Hl Hi5畑玄 A1(w- 5zt皿“ =；Hl.hr1 L dU Cd- C4 StirCI亦y Kliifi n IZhr10； jetet-tiiShow Atom DotsSrow Hydrogen itornNydrtXJtr 3ondi卜Show Lon# 巧卜5how Dipole Morrwnt效果如下:4.導(dǎo)入石墨烯和C60,同樣隱藏氫原子。

8、:訕叩険 f-Rqrfwn tomSdrrtBwd 5逢Appfit審葉i DEMt*3.也可以選擇某些原子，改一下顏色也可以選擇某個(gè)原子，調(diào)節(jié)其位置。如下圖石墨烯中的藍(lán)色C原子首先利用像箭頭的那個(gè)工具選中這個(gè)原子， 然后用第三個(gè)工具扭轉(zhuǎn)圖像，最后利 用第五個(gè)工具改變目標(biāo)原子的位置。（這在畫石墨烯缺陷，摻雜或者被氧化等示 意圖的時(shí)候很有用，你也可以改變?cè)訛?0或者增加原子，等等。）丄巴爲(wèi)忘丨如;九丄0還可以選中原子后，右鍵，選擇模型的顯示方式，如球棍模型或者其他幾種。選中之后右鍵，可以改變?cè)拥拇笮?。CutrFIcopyCwlYP* tieClrl*V(Uplaw wi曲 Text TmI卜

9、Xrl刖卜Vifs tnlrtyCo torDi&plfly Mode卜Aloni serial huFlwraicm Symbol卜Atom Doe卜A(K|y Atm 5izrR*Mt io or*jit/ nHrMkrw leiSlirks陽(yáng)JI M 5ck Cydmdrii；fli Sends 5ith TbmtI SiSelect 1Visibtfityp 1Colff1 1htom urwMriAAjOffl E押nk uA10W Mlflillad:Mom siatAppy抑如 siWlct Oqj 冃 Ed S mApp 叩 尸已 flew! s pp如，我選了 wire frame之后的碳管:Spacefill ng 之后的 C60。也可以在碳管中填充你要的分子，或者Graphene nanoribbons等等。只需要改變 他們的位置關(guān)系。如下圖，我再?gòu)?fù)制一個(gè)C60,然后放入（10,10）碳管中。在另一個(gè)角度改變C60的位置。換個(gè)顏色假如給碳管換個(gè)別的顯示模式，可以突出填充的C60。還可以自己制作動(dòng)態(tài)圖，讓你畫的圖圍繞某個(gè)軸旋轉(zhuǎn)ft存真塑時(shí)Ulf C&