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1、真誠為您提供優(yōu)質(zhì)參考資料,若有不當(dāng)之處,請指正。國內(nèi)外生物信息學(xué)發(fā)展?fàn)顩r1.國外生物信息發(fā)展?fàn)顩r國外非常重視生物信息學(xué)的發(fā)展各種專業(yè)研究機(jī)構(gòu)和公司如雨后春筍般涌現(xiàn)出來,生物科技公司和制藥工業(yè)內(nèi)部的生物信息學(xué)部門的數(shù)量也與日俱增。美國早在1988年在國會(huì)的支持下就成立了國家生物技術(shù)信息中心(NCBI),其目的是進(jìn)行計(jì)算分子生物學(xué)的基礎(chǔ)研究,構(gòu)建和散布分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫;歐洲于1993年3月就著手建立歐洲生物信息學(xué)研究所(EBI),日本也于1995年4月組建了信息生物學(xué)中心(CIB)。目前,絕大部分的核酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫由美國、歐洲和日本的3家數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)產(chǎn)生,他們共同組成了 DDBJ/EMBL/Gen
2、 Bank國際核酸序列數(shù)據(jù)庫,每天交換數(shù)據(jù),同步更新。以西歐各國為主的歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)組織(EuropeanMolecular Biology Network, EMB Net)是目前國際最大的分子生物信息研究、開發(fā)和服務(wù)機(jī)構(gòu),通過計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)使英、德法、瑞士等國生物信息資源實(shí)現(xiàn)共享。在共享網(wǎng)絡(luò)資源的同時(shí),他們又分別建有自己的生物信息學(xué)機(jī)構(gòu)、二級或更高級的具有各自特色的專業(yè)數(shù)據(jù)庫以及自己的分析技術(shù),服務(wù)于本國生物(醫(yī)學(xué))研究和開發(fā),有些服務(wù)也開放于全世界。 從專業(yè)出版業(yè)來看,1970年,出現(xiàn)了Computer Methods and Programs in Biomedicine這本期刊;到1
3、985年4月,就有了第一種生物信息學(xué)專業(yè)期刊Computer Application in the Biosciences?,F(xiàn)在,我們可以看到的專業(yè)期刊已經(jīng)很多了。2 國內(nèi)生物信息學(xué)發(fā)展?fàn)顩r我國生物信息學(xué)研究近年來發(fā)展較快,相繼成立了北京大學(xué)生物信息學(xué)中心、華大基因組信息學(xué)研究中心、中國科學(xué)院上海生命科學(xué)院生物信息中心,部分高校已經(jīng)或準(zhǔn)備開設(shè)生物信息學(xué)專業(yè)。2002年國家自然科學(xué)基金委在生物化學(xué)、生物物理學(xué)與生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)學(xué)科設(shè)立了生物信息學(xué)項(xiàng)目,并列入生命科學(xué)部優(yōu)先資助的研究項(xiàng)目。國家 863計(jì)劃特別設(shè)立了生物信息技術(shù)主題,從國家需求的層面上推動(dòng)我國生物信息技術(shù)的大力發(fā)展3。但是由于起步較晚
4、及諸多原因,我國的生物信息學(xué)發(fā)展水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于國外。在PubMed收錄的以關(guān)鍵詞“Bioinformatics”檢索到的歷年發(fā)表的文章數(shù),可以看出大量的研究文獻(xiàn)出現(xiàn)在21世紀(jì)以后。其中我國共有138篇占全部5548篇的2.5%,而美國則發(fā)表2160篇占全部的39%之多(統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)截至2004年2月15日)。我國學(xué)者在生物信息學(xué)領(lǐng)域發(fā)表的有高影響力的論文只有不到美國學(xué)者發(fā)表數(shù)量的6%,差距相當(dāng)大4。在生物信息學(xué)領(lǐng)域,一些著名院士和教授在各自領(lǐng)域取得了一定成績,顯露出蓬勃發(fā)展的勢頭,有的在國際上還占有一席之地。如北京大學(xué)的羅靜初和顧孝誠教授在生物信息學(xué)網(wǎng)站建設(shè)方面、中科院生物物理所的陳潤生研究員在E
5、ST序列拼接方面以及在基因組演化方面、天津大學(xué)的張春霆院士在DNA序列的幾何學(xué)分析方面、中科院理論物理所郝柏林院士、清華大學(xué)的李衍達(dá)院士和孫之榮教授、內(nèi)蒙古大學(xué)的羅遼復(fù)教授、上海的丁達(dá)夫教授等等。北京大學(xué)于1997年3月成立了生物信息學(xué)中心,這個(gè)中心在1996年歐洲EMBNet擴(kuò)大到歐洲之外時(shí)已正式成為中國結(jié)點(diǎn)(每個(gè)國家只有一個(gè)結(jié)點(diǎn)),目前已有60多種生物數(shù)據(jù)庫的經(jīng)常更新的鏡像點(diǎn)。近年來,它已組織過多次國內(nèi)和地區(qū)的培訓(xùn)班及會(huì)議,有著較廣泛的國際XXX。另外,中國科學(xué)院、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、清華大學(xué)、天津大學(xué)、浙江大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、哈爾濱工業(yè)大學(xué)、東南大學(xué)、中山大學(xué)、內(nèi)蒙古大學(xué)等等都先
6、后開展了生物信息學(xué)研究和教學(xué)工作,許多大學(xué)都設(shè)立了生物信息學(xué)專業(yè),并同時(shí)招收本科、碩士、博士研究生。 各種學(xué)術(shù)會(huì)議及論壇的召開,對于促進(jìn)我國在這一前沿領(lǐng)域的發(fā)展起著越來越重要的作用。中國科學(xué)院于1997年9月和12月召開了第80、87次香山會(huì)議,首次邀請有關(guān)專家就“DNA芯片的現(xiàn)狀與未來”和“生物信息學(xué)”進(jìn)行探討。1999年3月,清華大學(xué)生物信息學(xué)研究所、國家人類基因組北方研究中心和北京生物技術(shù)和新醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)促進(jìn)中心共同舉辦了“北方生物信息學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)”。1999年4月,北京大學(xué)舉辦了“國際生物信息學(xué)講習(xí)班”。2001年4月,由北京市科技委員會(huì)、中國人類基因組北方研究中心、中國人類基因組南方研究
7、中心、北京華大基因研究中心、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、北京生物工程學(xué)會(huì)生物信息學(xué)專業(yè)委員會(huì)、北京生物技術(shù)和新醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)促進(jìn)中心等共同舉辦的首屆“中國生物信息學(xué)大會(huì)”在北京召開。2003年11月28-29日,中國科協(xié)“生物信息學(xué)與進(jìn)化計(jì)算”第81次青年科學(xué)家論壇在北京中國科技會(huì)堂成功召開。這次論壇是中國科協(xié)舉辦的一次多學(xué)科交叉的盛會(huì),旨在促進(jìn)國內(nèi)青年科學(xué)家在這一全新領(lǐng)域內(nèi)的相互交流,促進(jìn)該學(xué)科的成長與發(fā)展。這是國內(nèi)首次以“生物信息學(xué)”為主題的一次多學(xué)科交叉的青年科學(xué)家論壇。與會(huì)者一致認(rèn)為系統(tǒng)生物學(xué)、非編碼區(qū)功能研究、基因調(diào)控和相互作用網(wǎng)絡(luò)等是當(dāng)前生物信息學(xué)研究的熱點(diǎn)問題。盡管如此,真正開展生物信息學(xué)具體研究
8、和服務(wù)的機(jī)構(gòu)或公司仍相對較少,僅有的幾家科研機(jī)構(gòu)主要開展生物信息學(xué)理論研究,聲稱提供生物信息學(xué)服務(wù)的公司所提供的服務(wù)也僅局限于簡單的計(jì)算機(jī)輔助分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),而且服務(wù)體系并不完善;國內(nèi)互聯(lián)網(wǎng)上已有的幾家生物信息學(xué)網(wǎng)站,大部分偏于所有生物(醫(yī))學(xué)領(lǐng)域的新聞報(bào)道,而生物信息學(xué)專業(yè)技術(shù)服務(wù)的含量太少,這就與國外有了較大差距5。3 我國生物信息學(xué)發(fā)展中存在的問題 一方面,在生物信息學(xué)研究領(lǐng)域,一般的教授、教師能力有限,有些甚至對生物信息學(xué)本身知其一不知其二,缺乏正規(guī)的訓(xùn)練,很少了解目前的研究重點(diǎn)、熱點(diǎn)和今后方向。由于所申請的經(jīng)費(fèi)支持力度和持續(xù)時(shí)間原因,大多數(shù)學(xué)者只能選擇易于獲得研究成果的科研項(xiàng)目,
9、一般缺乏新穎性和創(chuàng)造性。這可能與我們國家處于快速發(fā)展階段的“短平快”思路和環(huán)境有關(guān)。另一方面,可能是教育體制上的原因,科研項(xiàng)目的分配問題、行政管理中存在的問題,傳統(tǒng)教育不鼓勵(lì)學(xué)生進(jìn)行批判性、創(chuàng)新性地學(xué)習(xí)和思考的問題,也可能是癥結(jié)所在。另外,生物信息學(xué)對信息交流有很高的要求,尤其是Internet的暢通,我國曾經(jīng)有人為的限制訪問或限制流量這些今后回顧時(shí)會(huì)成為苦澀消化的舉措6。目前我國的科研經(jīng)費(fèi)真正投入并落到實(shí)處的占國家GDP的份額還很小,科研經(jīng)費(fèi)問題進(jìn)一步限制了生物信息學(xué)在我國的發(fā)展。4 展望生物信息學(xué)作為一門新興的工程技術(shù)學(xué)科,對剛起步的我們來說充滿了機(jī)會(huì)和挑戰(zhàn),“后基因組時(shí)代”給我國的生物信息學(xué)發(fā)展提供了很大的舞臺(tái)。生物信息學(xué)首先是一門信息學(xué),所以我們必須端正一些可能的認(rèn)識(shí)錯(cuò)誤,必須呼吁引導(dǎo)更多的計(jì)算機(jī)、數(shù)學(xué)、物理學(xué)人才加入到其中的研究。統(tǒng)計(jì)學(xué)、概率論、組合數(shù)學(xué)(尤其是圖論)、拓?fù)鋵W(xué)、運(yùn)籌學(xué)、函數(shù)論、信息學(xué)、計(jì)算數(shù)學(xué)、群論、人工智能,都已經(jīng)在生物信息學(xué)研究中發(fā)揮了巨大的作用。我們應(yīng)盡快縮小我國在計(jì)算機(jī)信息學(xué)的核心技術(shù)、巨型計(jì)算機(jī)的應(yīng)用以及互聯(lián)網(wǎng)核心技術(shù)方面與世界領(lǐng)先國家的差距7。加大大學(xué)生物信息學(xué)教育力度,廣泛開辦生物信息學(xué)專業(yè),充分利用我國的豐裕的智力資源,培養(yǎng)生物信息學(xué)基礎(chǔ)人才,并以此為根本,進(jìn)一步挖掘在生物信息學(xué)方面
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