pymol基礎(chǔ)教程

1、pymol 基礎(chǔ)教程簡介 &安裝Pymol 是一個(gè)開放源碼，由使用者贊助的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，由 WarrenLyford DeLano 編寫，并且由 DeLano Scientific LLC 負(fù)責(zé)商業(yè)發(fā)行。Pymol 被用來創(chuàng)作高品質(zhì)的分子（特別是生物大分子如蛋白質(zhì)）三維結(jié)構(gòu)。據(jù)軟件作者宣稱， 在所有正式發(fā)表的科學(xué)論文中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中， 有四分之一是使用 Pymol 來制作的。Pymol名字的來源：“ Py”表示該軟件基于python這個(gè)計(jì)算機(jī)語言，“ Mol”則是英文分子（ molucule ）的縮寫，表示該軟件用來顯示分子結(jié)構(gòu)。由于實(shí)驗(yàn)需要， 本人正在學(xué)習(xí)該軟件， 在這里

2、把學(xué)習(xí)過程記錄下來， 希望對有需要的朋友有所幫助。今天先來說說安裝吧。自2006年8月1日起，DeLanoScientfic對事先編譯好的 PyMO執(zhí)行程序（包括 beta 版）采取限定下載的措施。目前，只有付費(fèi)用戶可以取得。不過源代碼目前還是可以免費(fèi)下載，供使用者編譯。如果你和我一樣，不想為此花錢的話：1 .如果你是 Windows用戶，首先下載Pymol的源代碼。然后安裝CygWin,并且確保正確安裝以下模塊：? C+ （gcc or g+ package name）? Python? OpenGL? PNG然后在源代碼目錄里面依次運(yùn)行：2 . 如果你是 Linux 用戶，首先確保以下東東

3、已安裝：? Python? Pmw? OpenGL driver （我用的是NVdia）? libpng? Subversion client （下載源代碼需要）然后下載 Pymol 的源代碼$ mkdir pymol-src$ svn co pymol-src然后進(jìn)入源代碼目錄# cd pymol-src開始依次編譯# python setup.py install# python setup2.py install拷貝執(zhí)行腳本到某個(gè)$PATH安裝就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果運(yùn)行時(shí)得到錯(cuò)誤信息 "ImportError: No module named P

4、mw" ，那么你應(yīng)該運(yùn)行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo,請確彳編譯python時(shí)添加了 tcl/tk 支持，否則運(yùn)行是會(huì)提示錯(cuò)誤"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我們就可以進(jìn)入 Pymol 的世界了。基本的鼠標(biāo)操作里主要介紹一下 Pymol 的基本操作， 包括窗口菜單、 加載文件、 圖像的基本鼠標(biāo)操作等等。當(dāng)你打開Pymol后，你將會(huì)看到如下圖所示的界面:1 h® PyMU

5、L Molecular Graphics hystemjHhI|iEIh EM Binitd yuviiH 口3攵掇相曲 xnl pluginm口#七 uhq by purohasisng 二 PHCNL Hnirrtarhnnoe srwb'cr upport-4ub二口產(chǎn)肘Qg liifQrn -iLlij-| O* * fQ5。at htts： *|CM|Q . Qrq",'h#lp Fx m list中/。曬田皿對臺(tái).Entr 'he： pTWyc-riane; , fetr ： nfcrnatl cr a specif: c 二口段幣己4區(qū)屆Hit

6、EGC ariyt-ins- ba boggle ketee-n text anJ g-afci_iics +Ari而fir呻 to fipF -ir-s=.H .ResetZoomOrientDrawr FlayunptM“鐘|川:，RockQd Ilnur【口 " 1Stofifloy1 11MUcor 'aniHiMliilRijihder'IIHohuild 吆ort：PyMGI Vpi»w*rMOTICf DeLdfio Sdel fh LlC b icte3pt nit舊 for 5kgM口ngrd nantjin ng th叵 urorr cu

7、i PvMuL * txcculatx Bui.DO JMOT fietYuPOM THIS SWtO UWL£55 "M IfWfcV 3口CJIIV 圮FE v IJPOW THf PA ffTY FH4T COMPTLEO JT F0M ¥g1Open-SourcePvMOF1.1.xal.To abtftin official PyMDL builds wilh maintcnance and suppoirtf p4lcas« visit the project hom« p»gc at. Ii:tp./ / av-

8、1; a>wricI >i 口r?p*H sCrwixM卞. *Hp r Mb1 rCXfpjElQtit gl MIZ8* >tl»airo(!?j, 1V4rran T3-21eLktlflc. Lb- 竄岫口。iKIL。 e $* *a4 ,福丁7 «d i <y d i b » r > !<! «. c# d d * -4%】>> /zlxc-tm uE Lhli M-ZLa-dX B jj.<£ _LLt &I.11E. -Jun 山JLhl Ek d.aiywwd：髻工，

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12、C。打力力蜚立mmudt*丸Mcuze de 3-Bijt.tcn VlswingTF»»M W71U，DoLam。Sclanllflc LLCMy 5帕力氏 11后Pdo K.CAixacE hib1Fax. 1-ge6-4Wvw-Wft d。I 曰。"1 fl ifi q. C KurilDjtans L& Kens Sbft Dti 1£1"日匚f r“Ek；麗 l« « HlaMHiCK, «f NXdW #glMClllG 3M MrlVftllvt當(dāng)F+v.h* -wii =h>MCK.e

13、-cd* wt E 甲】上行l(wèi)ydk Hl .L物I.tahv4“ n t-A a13wlbJL « dk 4.1 LlAiL-J bjf IC,di"Eaidit f-La Z-XC =n a.11 puli!： Jieit-y. Antrnr-I deRotaMov B忖二叱叩。%Clip*T'-PkAb.P、1Sei e。一 eClipr/ U-r'N-nnHe fill-Pkfit11 H/s-rR U-cr.l Slob riov S H& n r該界面分為 2窗口，上面的外部 GUI窗口(External GUI )和下面的 Viewer

14、 Window Viewer Window又分為左右兩塊，左邊用來顯示結(jié)構(gòu)圖像的(Viewer), 右邊則是一個(gè)內(nèi)部 GUI窗口(Internal GUI)。Viewer自身包含一個(gè)命令行(如 圖中左下方的PyMOL示符)，可以用來輸入 Pymol命令；在Inernal GUI中 則可以選定一些特定的對象并完成一些操作。External GUI則包含一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)菜單、一個(gè)輸出區(qū)、一個(gè)命令行輸入?yún)^(qū)以及右邊的一些常用命令按鈕。請注意，標(biāo) 準(zhǔn)的“復(fù)制、剪切和粘貼”操作只能在External GUI中完成，并且必須使用“Ctrl +G Ctrl +X以及Ctrl +V'來完成，這也是這個(gè)所謂的外部

15、 GUI的最重 要的優(yōu)點(diǎn)。加載文件，有二種方法：1 .在 External GUI 中選擇 File Open2 .使用命令行：load <>例如我們現(xiàn)在從上下載了一個(gè)離子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERIC LIGANDGATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSAN中也為 2vl0.pdb ,然后用 pymol打開它： load 2vl0該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)就被顯示出來啦，如下圖：口Lgad /h門也曝點(diǎn)lne1/口&冰t 口中2也0/ Rdb_以 £*1$ Rots Move 口記 5l6b 3!iFt Box 凸口x Clip

16、MouS Ctrl +3= Pkftt Pkt MvSZ CtZh Sole Orig Clip HmZG ng 1C1 k 4/一 C-cnt- Henu2lk- C1L Menu. - FkAt.GcleetiE Real duesSxts L 1/ 1J ©/©scPyMOL "liwerHou. se bl sd 酢 3-B Jtt or yi. eu E n wPutt On® I'l F? kll1 - H w 1基本的圖像操作：是不是覺得上面的那個(gè)三維結(jié)構(gòu)圖看起來亂七八糟的阿，那是因?yàn)榈鞍踪|(zhì)分子都是由成千上萬個(gè)原子組成的，而Pymo

17、l打開pdb文件時(shí)是默認(rèn)把所有的原子都顯 示在那個(gè)小小的Viewer窗口里面的，當(dāng)然看起來就很亂了。這時(shí)候就需要我們 對這個(gè)圖像進(jìn)行一些操作，來得到漂亮的清晰的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)圖。先說說鼠標(biāo)吧。?任意旋轉(zhuǎn)圖像：對準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)左鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)。?放大/縮小圖像：對準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)右鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)：向上是 縮小，向下則是放大。?移動(dòng)圖像： 對準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)中鍵或者滾輪，然后移動(dòng)鼠標(biāo)。?設(shè)定圖像旋轉(zhuǎn)中心：Ctrl + Shift +鼠標(biāo)中鍵或滾輪。?移動(dòng)剪切平面：Shift +鼠標(biāo)右鍵。鼠標(biāo)上下移動(dòng)：調(diào)整前剪切平面（離 你近的）；鼠標(biāo)左右移動(dòng)：調(diào)整后剪切平面（離你遠(yuǎn)的）。最后一

18、項(xiàng)“移動(dòng)剪切平面”有點(diǎn)不容易理解， 需要多試幾次。配合下面的示意圖 你會(huì)發(fā)現(xiàn)Pymol的這項(xiàng)設(shè)定其實(shí)很方便。Move back clippingplane outwardRight ClickExpand wedgeMovp wpdgp inwardMove back clippingplane inwardoutwardShrink岫wdg戶Move front clippingplane outward今天沒時(shí)間了，明天還要出遠(yuǎn)門，就學(xué)到這里吧，用下面這個(gè)圖作為結(jié)束，其實(shí) 就是用cartoon形形式顯示了上面的那個(gè)蛋白質(zhì)，不過還比較難看。By wei luPyMOL用法（教程二）基礎(chǔ) Py

19、mol 命令這里主要介紹一下 Pymol 的一些基本命令操作。 就像 Linux 一樣， 要想更好的操作 Pymol， 掌握一些常用的命令是必不可少的。Pymol 是區(qū)分大小寫的， 不過目前為止Pymol還是只用小寫，所以記住，所有的命令都是使用小寫字母的。當(dāng)你開始用 Pymol 來完成一個(gè)項(xiàng)目時(shí)， 你也許想會(huì)讓Pymol 自動(dòng)保存你所有輸入過的命令， 以方便日后你再次讀取并修改。 這個(gè)可以通過創(chuàng)建一個(gè)log 文件來達(dá)到，該文件的后綴名應(yīng)為.pml ,記住，Pymol像Linux 一樣支持Tab鍵命令補(bǔ)全:Pymol> log_open log-如果你想終止記錄，只需要鍵入：Pymol&

20、gt; log_close好了，現(xiàn)在載入 pdb 文件（繼續(xù)前用的 pdb 文件）：Pymol> load 2vlo.pdb現(xiàn)在Pymol就創(chuàng)建了一個(gè)叫2vlo的對象，你可以在內(nèi)部 GUI窗口里面看見這個(gè)項(xiàng)目的名字。但是你也可以自己定義該項(xiàng)目的名字（如 test ）：Pymol> load 2vlo.pdb, test下面說說如何來操作你新建的對象。首先：Pymol> show representationPymol> hide representation其中 representation 可以為： cartoon, ribbon, dots, spheres, su

21、rface 和mesh。使用這 2 個(gè)命令可以讓Pymol 以不同的方式顯示蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。例如當(dāng)我們鍵入：Pymol> hide linesPymol> show ribbon我們將得到如下結(jié)果:也許你已經(jīng)注意到結(jié)構(gòu)中有2個(gè)一模一樣的蛋白質(zhì)分子，只是方向不同而已，那 么如何讓Pymol只顯示當(dāng)中的一個(gè)分子呢？首先輸入如下命令： Pymol> label all, chains這個(gè)命令的作用是讓Pymol給蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的“鏈”編號，你會(huì)發(fā)現(xiàn)，第一個(gè)分 子由“鏈” A E組成，第二個(gè)則由F J組成。好了，如果我們想把一個(gè)蛋白質(zhì)分子去掉，那么只要把“鏈”A-E或者F-J去掉即可：Py

22、mol> hide ribbon, chain f+g+h+i+j上面的東東還可以這樣完成：Pymol> select test, chain f+g+h+i+jPymol> hide ribbon, test上面的第一句命令的作用是選擇“鏈”F- J,并命名為test ,然后在第二句命令中隱藏它。這樣做的好處是，一旦你選擇并命名了某個(gè)目標(biāo)，你可以在后面隨時(shí)對它進(jìn)行各種操作。并且你在右邊的控制面板里面也可以看到你選定的目標(biāo)， 并可以對其進(jìn)行操作。比如你可以：Pymol> hide everything, testPymol> show cartoon, test這

23、樣你會(huì)得到:PyMuL Viowdr說到這里就提到了 Pymol的一個(gè)比較重要的東東，就是選擇并命名目標(biāo)，它的 基本語法就是：Pymol> select selection-name, selection-expression其中名字可以由字母A/a Z/z,數(shù)字09已經(jīng)下劃線口組成，但是要避免 使用：! # $ % A & * ( ) ' " | ' < > ? /如果你要?jiǎng)h除你選定的目標(biāo)或者整個(gè)對象，你可以：Pymol> delete selection-namePymol> delete object-name下面講講如何給

24、對象以及目標(biāo)改變顏色。 預(yù)定義的顏色名字可以在外部 GUI窗口的 Settings Colors 中找到：Pymol> color color-namePymol> color color-name, selection-expression比如我們可以：Pymol> color red, ss hPymol> color yellow, ss sPymol> color green, ss l+”其中 “ss” 代表 secondary structure , "h” 代表 Helix , "s” 代表 Beta sheet, l+”代表Lo

25、op和所以其他結(jié)構(gòu)。這3句的作用分別是把所有的Helix變成紅色；把所有的Beta sheet變成黃色； 把所有的Loop以及其他部分變成綠色，于是我們得到：(tost)-RihLhltlkFkHEUrieMkiSZ tiovLGlenn - Pkrt式 Kozioucs1/ D WNePyMoL ViewerPymol可以同時(shí)打開多個(gè)pdb文件：Pymol> load object-name-l.pdbPymol> load object-name-2.pdb如果你想暫時(shí)關(guān)閉/打開某個(gè)對象，可以這樣：Pymol> disable object-name-1Pymol>

26、 enable object-name-1你也可以用disable命令去除最后一個(gè)選擇的目標(biāo)上出現(xiàn)的粉紅色的小點(diǎn)，但是該命令并不會(huì)使你選定的目標(biāo)不可見。Pymol> disable selection-name使用鼠標(biāo)通常是改變圖像視角的最方便的辦法，不過命令如zoom, orient等等有時(shí)候使用起來也是很有用的，它們提供了另一種改變圖像視角的辦法。放大選定目標(biāo)：Pymol> zoom selection-name定向選定目標(biāo)，可以使選定目標(biāo)最大的尺寸水平顯示，次大的尺寸豎直顯示：Pymol> orient selection-name你也可以用view命令保存你目前的視角

27、，注意，該命令只保存視角，并不保存你的對象顯示方式：Pymol> view key, action其中“key”是你隨便給當(dāng)前視角定的名字，“ action ”可以為：store或者recall 。如果不加任何“ action ”，則默認(rèn)為recall :Pymol> view v1, storePymol> view v1, recallPymol> view v1說了這么多，最后說說如何保存文件吧。Pymol有3個(gè)層面的保存方式，下面來分別說說。1. 使用 log_open 命令把你所有使用過的命令記錄為一個(gè)文本文檔：Pymol> log_open scrip

28、t-這樣以后當(dāng)你再次調(diào)用該文檔時(shí)，Pymol將執(zhí)行上面的所有命令:Pymol> script-不過注意，如果你想記錄當(dāng)前視角，則必須使用 get_view 命令。你可以選擇外部 GUI窗口中的File Append/Resume/Close Log來分別 暫停記錄 /恢復(fù)記錄 / 停止記錄該文檔。你可以隨時(shí)編輯該文檔。在linux下，該文檔的默認(rèn)保存目錄為當(dāng)前用戶的home目錄。2. 如果你想下次打開Pymol 時(shí)直接回到當(dāng)前所在的狀態(tài)， 那么你可以選擇外部GUI窗口里面的File Save Session ,創(chuàng)建一個(gè)會(huì)話文件（.pse ）。該會(huì)話文件和上面提到的文檔文件的區(qū)別在于，首先

29、文檔文件可以編輯，但會(huì)話文件不可以；記錄文檔文件前必須先運(yùn)行l(wèi)og_open 命令，而會(huì)話文件可以隨時(shí)創(chuàng)建；最后文檔文件以文檔形式運(yùn)行（），而打開會(huì)話文件則必須選擇外部GUI窗口中的File Open。什么時(shí)候需要?jiǎng)?chuàng)建會(huì)話文件呢？比如當(dāng)你在某時(shí)有多個(gè)選擇時(shí)， 你可以保存當(dāng)前狀態(tài)， 然后一一嘗試這些選擇， 不滿意時(shí)只需要重新打開該會(huì)話文件即可。也就是說創(chuàng)建會(huì)話文件起到了 “undo”的作用，這正是Pymol所缺少的。 希望開發(fā)者能趕快加入該功能， 那么這個(gè)會(huì)話文件好像就沒什 么大用了，呵呵。3. 如果你覺得當(dāng)前顯示窗口里面顯示的結(jié)構(gòu)圖像已經(jīng)滿足你的要求了， 你可 以把它保存為圖片。 在這之前你可

30、以使用 ray 命令來優(yōu)化你的圖像， 它可 以使你的圖像具有三維的反射及陰影特效：Pymol> rayPymol> pngyour_path/image_name最后就用該命令導(dǎo)出的圖片結(jié)束這次筆記吧。Pymol命令的語法與目標(biāo)選擇的表達(dá)上次介紹一些Pymol的基本命令。現(xiàn)在來具體說說 Pymol命令的語法，還有在選擇操作目標(biāo)應(yīng)該如果表達(dá)。個(gè)人覺得這部分內(nèi)容對學(xué)習(xí)Pymol來說是至關(guān)重要的。從上次講的一些例子中不難看出，Pymol的命令都是由關(guān)鍵詞(keyword)加上一些變量(argument)組成,格式如下：Pymol> keyword argument其中關(guān)鍵詞(key

31、word)當(dāng)然是必須的，而變量則不是必須的，比如退 出命令quit就不需要附加變量：Pymol> quit當(dāng)然更多的命令通常是需要加變量的，比如放大命令zoom,但是你會(huì)發(fā)現(xiàn)即使你不加任何變量該命令也可以被執(zhí)行， 這是因?yàn)?Pymol 的許多命令有一個(gè)默認(rèn)變量， 下面兩個(gè)命令的作用是一樣的， 其中的目標(biāo)選擇all 就是zoom 的默認(rèn)變量：Pymol> zoomPymol> zoom all還有些命令可以帶多個(gè)參數(shù)，比如加色命令color ，它的用法如下：Pymol> color color-namePymol> color color-name, selecti

32、on-expression第一個(gè) color 雖然只帶一個(gè)變量"color-name" ， 但其實(shí)它包含了第二個(gè)默認(rèn)變量 all ，所以它的作用是把整個(gè)結(jié)構(gòu)變成 "color-name" 的顏色。第二個(gè) color 帶兩個(gè)變量， 和第一個(gè)的區(qū)別就是把默認(rèn)的目標(biāo)選擇變量all 變成了 "selection-expression" ， 也就是說只有被這個(gè)變量選中的部分才會(huì)被變成 "color-name" 定義的顏色。要注意的是， 如果一個(gè)命令帶多個(gè)變量， 則這些變量之間必須用逗號","隔開。通過這個(gè)

33、例子，大家可以發(fā)現(xiàn)，有些變量本身是很簡單的，比如"color-name" ， 就是一個(gè)顏色名字而已， 沒什么復(fù)雜的。 另一些則不一樣， 比如 "selection-expression" ， 它可以很簡單， 也可以非常的復(fù)雜。這個(gè)東東， 我稱之為選擇表達(dá)， 對 Pymol 命令的使用非常重要， 所以下 面要詳細(xì)的講一下。選擇表達(dá)(selection-expression)表示的實(shí)際就是一些被選中的部分，它們可以是一些個(gè)原子，一些個(gè) Helix , 一些個(gè)Beta sheet,或者它們 的混合物。你可以給你的選擇表達(dá)起個(gè)名字，以便可以多次使用它們。名字可以

34、由大小寫字母，數(shù)字以及下劃線口組成，但是因避免使用下列符號：! # $ % 八 & * ( )'" | ' < > ? /選擇表達(dá)由所謂的"selector"力口上"identifier” 組成，其中"selector" 定義了某類屬性，而"identifier" 則在該類屬性下需要被選擇的部分。 如下例：Pymol> select test, name c+o+n+ca其中"name"就是一個(gè)selector ,它表示在pdb文件中描述的原子的名字；&

35、quot;c+o+n+ca"則是對應(yīng)的"indentfier" ,它表示我們要選擇pdb文 件中名字叫"ca+cb"的原子(ca代表alpha carbon , cb代表beta carbon)。整個(gè)語句的作用就是選擇上訴的原子并命名為"test",這樣我們可以在后面繼續(xù)使用它。F表列出了大多數(shù)的selectorSelector簡寫Identifier 及例子symbole.chemical-symbol-list周期表中的元素符號Pymol> select polar, symbol o+nnamen.atom-na

36、me-listpdb文件中的原子名字Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list氨基酸的名字Pymol> select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文件中基團(tuán)的編號Pymol> select mults10, resi 1+10+100 residue-identifier-rangePymol> select nterm, resi 1-10altaltalternate-conformation-ide

37、ntifier-list一些單字母的列表，選擇具有2種構(gòu)型的氨基酸Pymol> select altconf, alt a+bchainc.chain-identifier-list一些單字母或數(shù)字的列表Pymol> select firstch, chain asegis.segment-identifier-list一些字母（最多4位）的列表Pymol> select ligand, segi ligflagf.flag-nummer一個(gè)整數(shù)（0 3 1）Pymol> select f1, flag 0numeric_typent.type-nummer一個(gè)整數(shù)Py

38、mol> select type1, nt. 5text_typett.type-string一些字母（最多4位）的列表Pymol> select subset, tt. HA+HCididexternal-index-number一個(gè)整數(shù)Pymol> select idno, id 23ernal-index-number一個(gè)整數(shù)Pymol> select intid, index 23sssssecondary-structure-type代表該類結(jié)構(gòu)的單字母Pymol> select allstrs, ss h+s+l+”"

39、F表是另一些Selector ,有關(guān)比較的:Selector簡寫Identifier 及例子bbcomparison-operator b-factor-value 一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較b-factor Pymol> select fuzzy, b > 12qqcomparison-operator occupancy-value 一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較 occupancy Pymol> select lowcharges, q > 0.5formal_parison-operator formal charge-value一個(gè)整數(shù)，用來比較forma

40、l charge Pymol> select doubles, fc. = -1partial_parison-operator partial charge-value 一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較 partial charge Pymol> select hicharges, pc. > -1另外有一些Selector是不需要Identifier 的，它們被列在下表中:Selector簡寫描述all*所有當(dāng)前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當(dāng)前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫HETATME錄中加載

41、的原子visiblev.所有在被“可見”的顯示的對象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標(biāo)的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網(wǎng)址 中找到:在選擇表達(dá)中，selector還可以配合邏輯操作子(logical operator )使用，這樣我們可以表達(dá)更加復(fù)雜的選擇。這些操作子被列于下表中:Operator簡寫效果與例子not s1! si選擇原子彳U/、包括si中的Pymol> select sidechains, ! bbs1 and s2si & s2選擇既在si又在s2中的原子Pymol> select far_bb, bb

42、 & farfrm_tens1 or s2si | s2選才? si或者s2中的原子(也就是包含全部的si和s2 原子)Pymol> select all_prot, bb | sidechains1 in s2si in s2選擇si中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi)全部符合s2中對應(yīng)的原子Pymol> select same_atom, pept in prots1 like s2si l. s2選擇si中的那些原子，其identifiers (name, resi)符合s2中對應(yīng)的原子Pymol>

43、; select similar_atom, pept like prots1 gap Xsi gap X選擇那些J子，其 van der Waals半徑至少和si的van der Waals半徑相差XPymol> select farfrm_ten, resi i0 gap 5s1 around Xsi a. X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所有 原子Pymol> select near_ten, resi i0 around 5si expand Xsi e. X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，然后把si擴(kuò) 展至該新的范圍所包含的所有原子Pymol>

44、 select near_ten_x, neariO expand 3si within X of s2si w. X of s2選擇以s2為中心，X為半徑，并包含在si中的原子Pymol> select bbnearten, bb w. 4 of resi i0byres sibr. si把選擇擴(kuò)展到全部residuePymol> select complete_res, br. bbneariObyobject sibo. si把選擇擴(kuò)展到全部objectPymol> select near_obj, bo. near_resneighbor sinbr. si選擇直接和

45、si相連的原子Pymol> select vicinos, nbr. resi i0這些邏輯選擇還可以組合使用。比如你想選擇chain b,但是不選擇其中的 residue 88 :Pymol> select chain b and (not resi 88)在使用多重邏輯選擇時(shí)，為了讓Pymol正確處理順序，請使用括號，這 樣最里層括號里面的內(nèi)容將會(huì)被最先處理，以此類推。好了，目標(biāo)選擇就先說到這里。其實(shí)關(guān)于目標(biāo)選擇還有所謂的“宏”可以用，可以簡化表達(dá)式，準(zhǔn)備下次說說。by Wei L u -PyMOL用法（教程三）Pymol 的選擇宏上次具體講了如何在Pymol 中怎么用 sel

46、ection-expression 選取目標(biāo)，其實(shí)在某些情況下， 還可以用 Pymol 提供的宏來選擇操作目標(biāo)。 使用這個(gè)選擇宏往往可以是一個(gè)原本很復(fù)雜的表達(dá)變得簡單緊湊。例如我們想選擇2vlo這個(gè)pdb文件中的"chain a"中的第100個(gè)基團(tuán)的a炭原子，如果用 selection-expression 來表達(dá)的話是這樣：Pymol> select chain a and resi 100 and ca如果用宏的，可以這樣：Pymol> select a/100/ca是不是覺得簡單了很多。好了，下面就來詳細(xì)講講這個(gè)宏吧。因?yàn)檫@個(gè)宏是用來選擇目標(biāo)的，所以我稱之

47、為選擇宏，它用斜杠"/" 來定義Identifier ，并且它使用上次介紹過的邏輯操作子"and" 。一個(gè)完整的，按順序的選擇宏的表達(dá)如下：/object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identifier之所以說選擇宏是有順序的， 是因?yàn)?Pymol 就是靠順序判斷每個(gè)斜杠后面的東東都是什么東東。如果再細(xì)分一下的話， 其實(shí)這個(gè)選擇宏有2 種寫法， 一個(gè)是帶開頭的斜杠， 另一個(gè)是不帶開頭斜杠。區(qū)別是：如果不以斜杠開頭， 那么 Pymol 則認(rèn)為你的表達(dá)式的最后一項(xiàng)就是

48、選擇宏的末尾的最后一項(xiàng)，也就是name-identifier 。例如：Pymol> show lines, a/100/caPymol> show lines, 100/ca如過以斜杠開頭， 那么 Pymol 就認(rèn)為你是從選擇宏的表達(dá)式的頂端開始的， 也就是從 /object-name 開始的。例如：Pymol> zoom /2vl0/a/100/caPymol> zoom /2vl0/a/100細(xì)心的讀者肯定發(fā)現(xiàn)了上面的例子中有兩道斜杠中間什么內(nèi)容也沒有， 不會(huì)是寫錯(cuò)了吧？當(dāng)然不是， 其實(shí)在這種情況下 Pymol 會(huì)默認(rèn)選擇這個(gè)兩道斜杠中被省略的 Identifier

49、 列表中的全部元素，也就是說被省略的部分被Pymol 當(dāng)作了一個(gè)通配符。例如上例中我要選擇全部的 "segment" ，所以我就把它給省略不寫了，呵呵，方便吧。在舉些例子來說明一下：Pymol> color green, a/142/斜杠后面的 "name-identifier" 被省略了，所以第142號基團(tuán)的素有原子都會(huì)變成綠色。Pymol> shwo cartoon, a/a 斜杠后面的 "resi-identifier" 以及最后斜杠后面的 "name-identifier" 被省略了，所以整個(gè)a

50、 鏈將以 cartoon 的方式被顯示。Pymol> zoom /2vl0/b2個(gè)斜杠間的"segi-identfier”被省略，所以所有的b鏈將被放大。最后總結(jié)一下，Pymol的選擇宏必須至少包含一個(gè)斜杠"/",以此來和Pymol的"select-expression" 區(qū)分；并且不能包含空格，因?yàn)?Pymol是把宏作為一個(gè)詞 來讀取的；還有就是其實(shí)Pymol在執(zhí)行宏的時(shí)候首先是把它翻譯成正常的 "select-expression" ,然后再執(zhí)行的。關(guān)于 cartooncartoon經(jīng)常被用來顯示一個(gè)蛋白質(zhì)的總體結(jié)

51、構(gòu)，看起來也很漂亮。這次就來說 說它的具體用法。不久前本人剛搞定了一個(gè)Glucosyltransferase 的結(jié)構(gòu)，所以下面所有的例子都 用來它來說明。cartoon的命令格式如下：Pymol> cartoon type, (selection)總結(jié)一下cartoon的顯示類型：automatic :默認(rèn)的顯示方式looptube: 比loop粗點(diǎn)putty:這個(gè)比較有趣，按照R-factor來顯示，越高越粗ovalrectanglearrow:和rectangle 幾乎一樣，就是多了個(gè)前頭dumbbell：在oval的基礎(chǔ)上，在helix 的邊緣加上一個(gè) cylinderskip :

52、隱藏，該圖中隱藏了 6120號氨基酸下面說說如何設(shè)置cartoon的一些具體細(xì)節(jié) 比較下面的2幅圖：你會(huì)發(fā)現(xiàn)第一張圖中sheets是平的，而當(dāng)中的那個(gè)氨基酸的支鏈并沒連接在sheet上，這是因?yàn)闉榱孙@示的漂亮，把 sheet人為的抹平了。而第二張圖中的 sheets 則表達(dá)了蛋白質(zhì)的真實(shí)走向，所以氨基酸的支鏈也顯示正常。也就是說，如果你想表達(dá)某個(gè)局部的具體細(xì)節(jié)的時(shí)候，最好采用第二張圖中的顯示方式。 2張圖對應(yīng)的命令分別是：Pymol> set cartoon_flat_sheets, 1Pymol> set cartoon_flat_sheets, 0類似的命令對應(yīng)于 loop ，

53、就不舉例子了：Pymol> set cartoon_smooth_loops, 1Pymol> set cartoon_smooth_loops, 0下面再說說cartoon 尺寸。Helix 的厚度和寬度：Pymol> set cartoon_oval_width, 0.2Pymol> set cartoon_oval_length, 1.5sheet 的厚度和寬度：Pymol> set cartoon_rect_width, 0.5Pymol> set cartoon_rect_length, 1.5loop 的半徑：Pymol> set cart

54、oon_loop_radius, 0.2如果你設(shè)置了 cartoon 的顯示風(fēng)格為 fancyPymol> set cartoon_fancy_helices, 1Pymol> set cartoon_fancy_sheets, 1這樣你得到的 helix 的邊上會(huì)帶有一個(gè)很細(xì)的 cylinder ，也就是上面幾張圖中的顯示方式。 此時(shí)設(shè)置 helix 的厚度， 寬度， 以及這個(gè) cylinder 的半徑分別是：Pymol> set cartoon_dumbbell_width, 0.1Pymol> set cartoon_dumbbell_length, 2Pymol

55、> set cartoon_dumbbell, 0.2依此類推， 還可以設(shè)置和putty ， tube 等等顯示類型相關(guān)的尺寸， 就不一一類舉了。最后再加幾個(gè)還用的著的命令吧：上色：Pymol> set cartoon_color, green竟然還可以 refine ，呵呵，逗號后面可以接數(shù)字，好像 120都可以，數(shù)字越大優(yōu)化的越大，感覺的確能變漂亮點(diǎn)：Pymol> set cartoon_refine, 20設(shè)置透明：Pymol> set cartoon_transparency, 0.5關(guān)于 cartoon 還有些命令， 感覺不怎么常用， 有些我也不知道是干什么的

56、。 有興趣再研究吧。PyMOL用法(教程四)關(guān)于 label在顯示一個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)的某個(gè)細(xì)節(jié)的時(shí)候， 常常會(huì)需要給某些重要的氨基酸打上標(biāo)簽，這就需要用到 label 命令。label 的命令格式如下：Pymol> label selection, expressionselection 當(dāng)然就是你要加標(biāo)簽的對象， expression 就是標(biāo)簽的內(nèi)容， 可選的有：name, resn, resi, chain 等等。你也可以組合使用它們。 expression 也可以是你自定義的一段內(nèi)容，這時(shí)候只要把內(nèi)容用引號包含起來就行：Pymol> label selection, "u

57、ser-defined expression"在下面這個(gè)例子中，我想把glucosyltransferase 中 UDP-Glucose 的 bindingpocket 標(biāo)注出來：首先說明一下，該pdb文件中A鏈?zhǔn)堑鞍踪|(zhì)，B鏈?zhǔn)荱DP-GlucosePymol> load glucosyltransferase.pdb, tmpPymol> extract upg, chain bPymol> extract pro, chain aPymol> delete tmpPymol> select near, pro within 4.5 of upgPym

58、ol> hide allPymol> show sticks, upgPymol> show lines, nearPymol> label near, ("%s/%s") % (resn, resi)#("%s/%s"):設(shè)定顯示格式。上面的圖看起來有點(diǎn)亂，因?yàn)槟J(rèn)Pymol在每個(gè)原子上都打上了標(biāo)簽。要想看起 來順眼點(diǎn)，需要一點(diǎn)加工。在這之前，讓我們先看一下關(guān)于label的其他設(shè)置：投影模式，可選值0 （無投影），1 （object有投影到label上，但是label本身無投影），2 （object有投影到label上，label也有投影），3 （object不 投影到label上，label本身有投影）：Pymol> set label_shadow_mode, 3文字顏色：Pymol> set label_color, color-name, selection標(biāo)簽文字的輪廓而顏色，這樣就讓在例如白色背景上加白色標(biāo)