DNAMAN的使用方法

1、DNAMANDNAMAN的使用方法笫五章DNAMAN的使用方法DNAMAN是一種常用的核酸序列分析軟件。山于它功能強(qiáng)大，使用方便，已成為 一種普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version為例,簡(jiǎn) 單介紹其使用方法。打開(kāi)DNAMAN,可以看到如下界面:第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有十個(gè)常用主菜單，如下所示:笫二欄為工具欄:如下所示：W -3： P二I -戈于;:知卡翠第三欄彳；瀏覽器欄:如下所示:_3 -仝0 畫(huà)1在瀏覽器欄下方的工作區(qū)左側(cè)，可見(jiàn)Channel工具條，DNAMAN提供20個(gè)Channel,如左rn斗I hc w二arm ary:廠S

2、how sites on sq,wncDrv* r az traction rrapDi釧restriclioxi pattiIrkor onzynz vi tk norRestriction I Analysis命令打開(kāi)對(duì)話框，如下所示:sitis pcr lmc|下一步堪）I職梢w參數(shù)說(shuō)明如下:Enzyme代表（enzyme data file）,點(diǎn)擊旁邊的下拉按鈕，出現(xiàn)兩個(gè)默認(rèn)選項(xiàng)，restrict, enz和dnamane. enz,如果添加過(guò)自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict, enz數(shù)據(jù)文件包含180種限制酶，dnamane. enz數(shù)據(jù)文件 包含252

3、4種限制酶。選擇其中一個(gè)數(shù)據(jù)文件，相應(yīng)的酶在左邊的顯示框中列出（按 酶名稱字母表順序），鼠標(biāo)雙擊酶名稱，則對(duì)應(yīng)的酶被選中，在右邊空口框中列出。要?jiǎng)?chuàng)建酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶（例如pucl8能選擇兩個(gè)酶分析，如果共有三個(gè)以上DA時(shí)，則只能用一個(gè)酶分析。選擇所需的項(xiàng)LI,然后按提示操作點(diǎn)擊按扭，出現(xiàn)下列酶選擇對(duì)話框:下一步 輸入要保存酶列表的文件名，點(diǎn)擊按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析一段序列是否含有特定的酶切位點(diǎn)群。Cutter酶切識(shí)別序列長(zhǎng)度End酶切產(chǎn)生的末端類型 其中包括，Blunt（平頭末端），5 Overhang（5T突岀粘性末端），3 Overhang（3f

4、突出粘性末端）系統(tǒng)根據(jù)cutter和end的設(shè)定情況,在左邊酶列表中顯示符合全部設(shè)定條件的 酶。 最后，點(diǎn)擊按鈕執(zhí)行操作。I完成4 （DNA序列比對(duì)分析（Dot Matrix Comparision）要比較兩個(gè)序列，可以使用DYAMAN提供的序列比對(duì)1：具Dot MatrixComparision（點(diǎn)矩陣比較）通過(guò)Sequense Dot matrix comparision命令打開(kāi)比對(duì)界面，如下圖：Options點(diǎn)擊對(duì)比界面左上角的按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框:multiple cloning sites）,然后點(diǎn)擊按鈕出現(xiàn)下列對(duì)話框:Sive lx siOK參數(shù)說(shuō)明如下：Sequence type

5、丿了;列類型Sequence 1參加比對(duì)的第一序列選擇框，框內(nèi)選項(xiàng)說(shuō)明如下:如果要比對(duì)的序 列在Channe 1中，點(diǎn)擊下拉箭頭，選擇相應(yīng)的Channel,則被選中的Channel中的 序列作為參加比對(duì)的第一序列；也可以從文件夾中選擇參加比對(duì)的序列，在File選 擇框上點(diǎn)擊即可。通過(guò)Length選擇參加比對(duì)的序列片段。Sequence 2參加比對(duì)的笫二序列選擇框;選項(xiàng)說(shuō)明同上Show Sequence選擇此項(xiàng)，當(dāng)同源性大于設(shè)定值時(shí)，將顯示同源性；（此功能未 見(jiàn)）Annotations是否顯示批注Comparision比對(duì)參數(shù)， 其中Window代表Window size（單位比對(duì)長(zhǎng)度） ，Mi

6、smatch代表Mismatch size（單位比對(duì)長(zhǎng)度中許可的錯(cuò)配值），如果在單位比對(duì)長(zhǎng) 度中，錯(cuò)配值小于Mismatch中設(shè)定的值，則劃出一個(gè)點(diǎn)。注意,Mismatch值必須 小于Window size值的1/2。如果兩個(gè)序列相同的區(qū)域較長(zhǎng)，在結(jié)果中，則可顯示 為一條線。要快速比對(duì)，需將Mismatch值設(shè)為0。Both stran代表Both strand（雙鏈比對(duì)）選擇此項(xiàng)，是指用Sequence 2中的序列的正鏈和負(fù)鏈分別和Sequence 1比較。Sequence 2正鏈與Sequence1比較結(jié)果用黑色點(diǎn)表示，Sequence 2負(fù)鏈比對(duì)結(jié)果用紅色點(diǎn)表示。Plot box點(diǎn)陣圖表

7、顯示參數(shù)，可以分別對(duì)Position（坐標(biāo)起點(diǎn)）,Width（寬度值）Height （高度值）Frame size（邊框線粗度值）Dot size（點(diǎn)粗度值）Gridline（網(wǎng)格線）這些參數(shù)進(jìn)行設(shè)定。設(shè)定好所有參數(shù)后，點(diǎn)擊按鈕執(zhí)行操作。結(jié)果如下:如果想對(duì)局部區(qū)域仔細(xì)觀察，可以脫動(dòng)鼠標(biāo)左鍵，框住結(jié)果圖中某一部分，松 開(kāi)鼠標(biāo)即可看到局部放大的圖像。雙擊鼠標(biāo)可恢復(fù)原來(lái)結(jié)果。5（序列同源性分析（1）兩序列同源性分析通過(guò)Sequence Two Sequence Alignment命令打開(kāi)對(duì)話框，如下所示:參數(shù)說(shuō)明如下:Best alignment of dsDNA當(dāng)參與比對(duì)序列是DA時(shí)，可以根據(jù)需要

8、選中此 項(xiàng)，則軟件將用第一個(gè)序列同第二個(gè)序列的正負(fù)鏈分別進(jìn)行比較，以得分較高的那 條鏈作為比對(duì)的結(jié)果。Alignment method比對(duì)方法，有四種方法可以選擇，-勺選 擇Quick比對(duì)方法時(shí)，有兩個(gè)參數(shù)可以設(shè)置，K-tuple值和Gap (Gap penalty)值。增加K-tuple值會(huì)降低比對(duì)靈敬度，但會(huì)稍微加快比對(duì)速度。對(duì)于DA序列，K-tuple值可選范圍17,默認(rèn)值是4;對(duì)于蛋白質(zhì)序列，K-tuple值可選范圍1 3,默認(rèn)值為2。當(dāng)選擇Smith&Waterman (Dynamic alignment)比對(duì)方法時(shí)，有兩 個(gè)參數(shù)Gap open (Gap openpendl

9、ty缺口 罰分)和Gap (gap extension penalty缺 口延伸罰分)可以設(shè)定(2)多序列同源性分析通過(guò)打開(kāi)Sequence Multiple Sequence Alignment命令打開(kāi)對(duì)話框，如下所示:ft Hies：4十14邛-步 | 取消 |參數(shù)說(shuō)明如下：File從文件中選擇參加比對(duì)的序列Folder從文件夾中選擇參加比對(duì)的序列Channel從channel中選擇參加比對(duì)的丿了列Dbase從數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇參加比對(duì)的序列Remove清除選擇的序列（鼠標(biāo)點(diǎn)擊左邊顯示框中的序列名選擇）Clear清除全部序列下一步 |點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)方法選擇對(duì)話框:Methodilex：2Sj-u

10、encis 2FolderP&eDI I戶DbaseG DNA廣 TrUinft Hies：Try both stranis fv* Run. in backgri)un Shx progress上一步 下一步國(guó)）勺 職消選擇其中一種方法，點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框:Optimal Aligwnenit? Full Ali gwhsECFrofile Aligsmeiitr* New SquicA on ProfileFaiSt AlignmentOupxii or der(* Input( kligiUbdTranslation rorcrPairwise Alignment&

11、 紡山*Ji砂CBynanic Alignnent如果在前一對(duì)話框選擇的是Fast alignment,則在此對(duì)話框中選擇Quickalignment,否則選擇Dynamic alignment即可。其它參數(shù)不必改變，點(diǎn)擊對(duì)話框中間的使其它參數(shù)取原始默認(rèn)值。點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框:10DMA transition|0-55Protein Weight|BLOSUII勺恥自IDefault Par meters|下一步 ”No. 5f TopWinder SizeQui ck AllgfwfthiGfPenaltyK-ivplftter5Iynie Kliennant 5pOpen Penal

12、ty %jExtexisi oxi完成I點(diǎn)擊對(duì)話框中間的，然后點(diǎn)擊執(zhí)行操作。結(jié)果如下所示:DefaultParameters5 叫呷叫出沔呷巴空叩弘肘肝點(diǎn)呻w-MiiniHM HUHiiaiIlflllS1，r 1 r L i 6 * e r點(diǎn)擊左上角按鈕，可以從彈岀的對(duì)話框中選擇不同的結(jié)果顯示特性選項(xiàng)。點(diǎn)擊按鈕下的按鈕，岀現(xiàn)下列選擇項(xiàng):可以通過(guò)這些選項(xiàng)，繪制同源關(guān)系圖(例如Tree homology tree命令)。顯示 蛋口質(zhì)OptionsOutputOptionsSequence FibTreegraphic (MF) WeBe5tricticn Analysisinfjjin.5ond

13、sr7 amctu r? M洽opkhicJlyHnphRe-Align AN SequencesTrEfiimbwEf Pfpr.miwm刪wnwHonwbgy沁istance tutricestlcxwlogy Tree抄5購(gòu)屈HJGHSJHCAA二級(jí)結(jié)構(gòu)(Protein Secondary Structure命令)，繪制限制性酶切圖(RestrictionAnalysis命令)等。同源關(guān)系圖舉例如下:(Tree Homology Tree命 令)6. PCR引物設(shè)計(jì)首先，將口標(biāo)DA片段裝入Channel,并激活Channel。點(diǎn)擊主菜單欄中的Primer主菜單，出現(xiàn)下拉菜單，如下所示:點(diǎn)

14、擊Design PCR Primers for DA命令，岀現(xiàn)下列對(duì)話框:遛D(zhuǎn)NAMAN - eampleFile Edit Sequence Restriction primer Protein Database Info View23匪Sign PCR Primers forLoad PrimerT?f|iperah.ir55elF-carn 卩怕 mwn 歸門 rydmpfemehtority Alith DfJATwo Primer Gomplement-arity：| = example.dmpWIsfirlfning參數(shù)說(shuō)明如下：Primer locations on target

15、弓I物定位其中包括下列選項(xiàng)：Product size（擴(kuò)增LI的片段大?。㏒ense primer（正向引物選擇區(qū)）Antisense primer（反向引物選擇區(qū)）Primer引物特性 包括Length（引物長(zhǎng)度），Tm值,GC含量等參數(shù)；Reject primer引物過(guò)濾（將符合引物過(guò)濾條件的引物過(guò)濾掉）包括下列選項(xiàng)：3* dimer（可形成3端自我互補(bǔ)的堿基數(shù)）Hairpin stem（可形成發(fā)卡頸環(huán)結(jié)構(gòu)的堿基數(shù)）PolyN（多聚堿基）3,Uique（3端嚴(yán)格配對(duì)堿基數(shù)）Primer-Primer（含義未知）All matches（引物互補(bǔ)配對(duì)口分?jǐn)?shù)）Consentrations濃度設(shè)定

16、Product for hybridyzat （ion） PCR產(chǎn)物用于Southern Blot探針雜交 點(diǎn)擊 按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框：存步期麥|Hep. 2 of 3: ftcfincmenlondpair rlcction!Vispr :rt)3iz on -torgat soqv6ncCu I5o( Bo restrictioJeep primers, vith. restrict!o I廣X *Fvilkoul rRtrict I選擇需要的選項(xiàng)，點(diǎn)擊按鈕，岀現(xiàn)：Step 3 of 3: Final上一步)1下一步 | 取消 | 曙助 |點(diǎn)擊按鈕，完成操作。7(畫(huà)質(zhì)粒模式圖我們常常要用到

17、各種質(zhì)粒圖， 無(wú)論是制作幻燈片，還是發(fā)表文章，常常需要質(zhì) 粒圖。DNAMAN提供強(qiáng)大的繪質(zhì)粒圖功能，能滿足我們的需要。通過(guò)16910&6452幻2473508S細(xì)職_TTG ACGkGGGCTTT ACTG CC TGACGAGGrCTTTACrGCCA TTCTATGTTOCTC ACCTC GCC CTGTGACCTCCCTCAA1TGC AT?TWCTG ATTWAT TCTTGTGGGT&JTTTGGJITGCTCTTCTTACACTGTTGC TGCTOCC zJ47047145249449549621CATTTCAGGCAGGTACAGC GCkTTTCjlGGCA

18、GGTCACAGAGAGCATCCAATCACCCAC A 1AJLAG AGCJLTCCAXTCACCC ACC3GAGCATCCUTCMCCA TCAAAC貝GCJLTCC人ATC人CCC CAGCAGCiACAGTGTAAGC G2d電消 |7 piiri Grdej金FcjutaoFroduct *i廠7mH7nZdella 7ntl*jrurinfRestriction Draw map命令打開(kāi)質(zhì)粒繪圖界面：KrhnnMt1_j將鼠標(biāo)移動(dòng)到圓圈上，等鼠標(biāo)變形成“嚴(yán)時(shí)，單擊鼠標(biāo)左鍵，岀現(xiàn)如下菜單:Cut FragmentRemove FragmentFrame Thickness菜單說(shuō)明如下：Position當(dāng)前位置Add Site添加酶切位點(diǎn)Add Element添加要素Add Text添加文字Insert Fragment插入片斷Copy Fragment復(fù)制片斷Cut Fragment剪切片斷Remove Fragment清除片斷Frame Thickness邊框線粗細(xì)調(diào)節(jié) 點(diǎn)擊Add Site選項(xiàng)，岀現(xiàn)如下對(duì)話框:參數(shù)說(shuō)明如下：Name要添加的酶切位點(diǎn)的名稱（例如HindHI）Position位置（以堿基數(shù)表示）點(diǎn)擊Add Element選項(xiàng)，出現(xiàn)如下對(duì)話框：參數(shù)說(shuō)明如下：Type要素類型