藥靶或協(xié)同藥靶及藥物機(jī)理的研究思路之一

1、藥靶或協(xié)同藥靶及藥物機(jī)理的硏究思路之一藥靶或協(xié)同藥靶及藥物機(jī)理的硏究思路之一by季博今天跟大家分享的nature是關(guān)于藥物和靶點(diǎn)的。藥物是lenalidomide , 治療的疾病是由于染色體5q缺失(del ( 5q )導(dǎo)致的骨髓增生異常綜合癥(myelodysplastic syndrome , mds )。( naturel4610.pdf , lenalidomide in duces ubiquiti nation and degradati on of ckla in del(5q)mdso 全文上 傳 qq 群 188462716 )這個(gè)疾病季博不了解。這篇文章做的是藥物lenal

2、idomide作用的機(jī)理。解 釋藥物為什么有效。幾個(gè)背景.lenalidomide可結(jié)合crbn (也就是直接藥靶，直接結(jié)合)z crbn為crl4泛素連接酶的adaptor。藥物結(jié)合后，可加速ikzf1和ikzf3 的降解。加速t細(xì)胞釋放il2。lenalidomide可加速del ( 5q )的mds細(xì)胞凋亡。作者就想看看lenalidomide是導(dǎo)致什么東西降解從而使得del ( 5q )的mds細(xì)胞凋亡。解 釋藥物作用的機(jī)理。其實(shí)這個(gè)非常重要，科硏中，機(jī)制是做得越清晰越好。在藥 物開發(fā)中也是一樣。藥物作用的機(jī)理越清晰越好。如果出現(xiàn)副作用,或耐藥，知 道機(jī)理，就可以進(jìn)行修補(bǔ)。呵呵。、le

3、nalidomideinduces degradation of ckla開始找差異蛋白了。大家看思路。細(xì)胞模型，為del ( 5q )的骨髓細(xì)胞系kg-le在加藥和不加藥的情況下,做silac-ms。尋找加藥后，出現(xiàn)差異的蛋白。(因?yàn)樯婕暗椒核氐男揎?，所以?這里一定要采用質(zhì)譜來檢測(cè)差異蛋白。)發(fā)現(xiàn)crbn的泛素化水平下降jkzf1泛素化水平上升。與以往的硏究一致。(大家注意，這個(gè)就是季博以前說的,別人的結(jié)論需要在自己的研究中做下驗(yàn)證, 以證明自己的體系是可以重復(fù)出前人的結(jié)果的。證明體系沒有問題。)在此基礎(chǔ)上，新發(fā)現(xiàn)ckla泛素化水平上升。ckla是走位在del ( 5q )的 缺失區(qū)域的。

4、ckla在前人的研究中認(rèn)為可以作為骨髓瘤的藥靶。二、ckla is asubstrate of crl4ckla有改變，那么是否為直接的泛素化底物呢。在多個(gè)細(xì)胞內(nèi)加入藥物,檢測(cè)ckla ,發(fā)現(xiàn)蛋白水平下降。mrna不變。這 個(gè)改變可以被蛋白酶抑制劑mg132所抑制。也可被泛素連接酶的抑制劑 mln4924所抑制。說明lenalidomide對(duì)ckla的調(diào)控是通過泛素化和蛋白降 解。文章高大上的一步，采用cas9技術(shù)把crbn敲除，發(fā)現(xiàn)lenalidomide對(duì) ckla的降解調(diào)控消失了。說明lenalidomide對(duì)ckla的降解調(diào)控需要crbn。 其實(shí)很好理解，因?yàn)閘enalidomide可

5、結(jié)合crbn ,而crbn是泛素連接酶的 adaptor。文章中是采用新技術(shù)，再次驗(yàn)證了這個(gè)結(jié)論。然后做了下zckla與crbn間是否為直接互作。發(fā)現(xiàn)只有在lenalidomide 存在的情況下,ckla可以與crbn直接結(jié)合。且做了區(qū)段分析，發(fā)現(xiàn)ckla的1-177氨基酸是負(fù)責(zé)其接受lenalidomide泛素化調(diào)控的關(guān)鍵位點(diǎn)。這里的區(qū)段分析，跟平時(shí)的不一樣。采用了同源蛋白分析的方法,很巧妙的方法。不過要注 意，成功了是0k的。不成功，重新想辦法，呵呵。三、effect ofcsnklal expression levelckla由基因csnk1a1編碼。下面就開始對(duì)ckla進(jìn)行功能實(shí)驗(yàn)了。

6、ckla在其他研究中已經(jīng)證明可以抑 制p53的活性，跟凋亡相關(guān)。文章中就采用慢病毒介導(dǎo)的shrna，把csnk1a1 干擾后，檢測(cè)凋亡。發(fā)現(xiàn)，干擾后，抑制增殖或存活。加入lenalidomide后,csnk1a1干擾的細(xì)胞更加敏感。tips這里說明csnk1a1是lenalidomide的增敏藥靶，呵呵。這個(gè)增敏藥靶是直接藥靶的下游(做藥靶或協(xié)同藥靶硏究的 記住這點(diǎn)，呵呵。當(dāng)耐藥發(fā)生時(shí),可以往直接藥靶下游找找協(xié)同藥靶)o有了這個(gè)結(jié)論。開始做過表達(dá)實(shí)驗(yàn)了。相當(dāng)于rescue實(shí)驗(yàn)。拿的是病人的 細(xì)胞，在csnk1a1缺失的細(xì)胞中，過表達(dá)csnk1a1 z看對(duì)lenalidomide的敏感性。發(fā)現(xiàn)過

7、表達(dá)csnk1a1可降低細(xì)胞對(duì)lenalidomide的敏感性。很棒的 數(shù)據(jù)。不過大家注意,del( 5q )細(xì)胞少csnk1a1 ,對(duì)藥物敏感。過表達(dá)csnk1a1 后，敏感度下降。但是，在正常細(xì)胞中過表達(dá)csnk1a1 ,看不到這個(gè)效應(yīng)。呵 呵。這就是季博講座中說的,過表達(dá)，很可能會(huì)有假陰性。因?yàn)榧?xì)胞內(nèi)已經(jīng)有很 多了，再加進(jìn)來，可能看不到效果。四、species-specificeffects of lenalidomide這篇文章真的是需要好好學(xué)習(xí)。作者發(fā)現(xiàn)lenalidomide在小鼠細(xì)胞中無效。聯(lián)想到lenalidomide的直接結(jié)合靶點(diǎn)是cbrn，就把人的cbrn在小鼠細(xì)胞中 表達(dá)

8、,再看看是否有效。結(jié)果，有效了。說明lenalidomide在小鼠中無效,是 由于人的cbrn和小鼠cbrn結(jié)構(gòu)的不同。也是個(gè)巧妙的實(shí)驗(yàn)。不過，大家還 是要注意,成功了 0k。不成功z不要下否定結(jié)論。因?yàn)閏brn得下游，小鼠的 基因是否可以應(yīng)答人的cbrn z是不知道的。呵呵。需要辯證的看問題。猜測(cè)這篇文章的作者是搞蛋白結(jié)構(gòu)和進(jìn)化的，至少熟悉這個(gè)領(lǐng)域。作者把小 鼠和人的cbrn進(jìn)行chimaeric分析。發(fā)現(xiàn)在c端負(fù)責(zé)與lenalidomide結(jié)合。且鑒定為一個(gè)氨基酸，v387。把小鼠中對(duì)應(yīng)的氨基酸改為v后,可以使得小鼠 細(xì)胞對(duì)lenalidomide進(jìn)行應(yīng)答。很厲害的實(shí)驗(yàn)。（這里，做敲除動(dòng)物,只知道 人的位點(diǎn),不知道小鼠位點(diǎn)的筒子們,這里的思路和方法可參考。）在晶體結(jié)構(gòu)上，這個(gè)位點(diǎn)，人v387 ,小鼠1391,其實(shí)并不直接跟 lenalidomide結(jié)合。但在這個(gè)區(qū)域內(nèi)。然后作者做了結(jié)構(gòu)分析。根據(jù)結(jié)果，構(gòu)建了轉(zhuǎn)基因鼠。也就是獲得了小鼠模型。轉(zhuǎn)基因鼠上，對(duì) len alidomide 存在應(yīng)答。五、differentialsubstrate specificit