DNAStar中文使用說明書(20211129015521)

1、生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ sequence analysis software for macintosh and windowsdnastar 中文使用說明書 getting startedintroductory tour of the lasergene system may 2001生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 2 -dnastar, inc. 1228 south park street madison, wisconsin 53715 (608) 258-7420

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3、rmation dnastar, lasergene, lasergene99, seqeasy, seqman, seqman ii, editseq, megalign, geneman, protean,mapdraw, primerselect, genequest, genefont , and the method curtain are trademarks or registered trademarks of dnastar, inc. macintosh is a trademark of apple computers, inc. windows is a tradema

4、rk of microsoft corp. abi prism 373, 377 and 3700 are registeredtrademarks of applera corp., alfis a registered trademark of pharmacia biotech a.b.,macvertor. and gcg. are registered trademarks of pharmacopeia, inc. disclaimer & liability dnastar, inc. makes no warranties, expressed or implied,

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10、3 - 目錄 在蘋果機(jī) （macintosh ） 上的安裝與升級(jí)05 通過因特網(wǎng)升級(jí) 06軟件安裝 07網(wǎng)絡(luò)安裝 08疑難解答 12在pc 機(jī)（windows）上安裝與升級(jí) 17通過因特網(wǎng)升級(jí) 18軟件安裝 19從 editseq開始 21 從 genequest開始 31 從 mapdraw開始 44 從 megalign開始 54 從 primerselect開始 65 從 protean開始 78 從 seqman ii開始 89生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 4 -l a s e r g e n e f o r wi n d o

11、w s & m a c i n t o s h dnasta r i n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 3 9 e m a i l : s u p p o r t d n a s t a r. c o m生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 5 - 在蘋果機(jī) （macintosh ）上的安裝與升級(jí) 通過因特網(wǎng)升級(jí) 必備條件 6 下載升級(jí)程序 6 軟件安裝 必備條件 7 從cd安裝lasergene 7 網(wǎng)絡(luò)安裝 必備條件 8 定義 8dongle安

12、裝 10 服務(wù)器安裝 10 終端機(jī)安裝 11 疑難解答 系統(tǒng)配置沖突及網(wǎng)絡(luò)問題 12 解決網(wǎng)絡(luò)問題的其他工具 13 授權(quán)錯(cuò)誤報(bào)告 14 程序使用及更多的授權(quán)信息 15生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 6 - 通過英特網(wǎng)升級(jí) 如果您以前已經(jīng)安裝了lasergene 而且目前有升級(jí)和服務(wù)聯(lián)系，您 就可以通過英特網(wǎng)來升級(jí)您現(xiàn)有的版本，各種模塊（module）都是以 自解壓形式存儲(chǔ)的，你可以選擇性的下載安裝。 必備條件 您的用戶名和會(huì)員號(hào)是必需的，可以在安裝盤上找到。 程序升級(jí) 備份您已有的lasergene，找到您要升級(jí)的程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份

13、的文件夾中。連接到 dnastar網(wǎng)站的主頁 (http:/)，從 菜單中的 customers中點(diǎn)擊 lasergene updates點(diǎn)，安提示輸入密碼 和用戶名（與會(huì)員名相同），這樣就會(huì)打開下載頁面，找到macintosh 軟件（ macintosh software），就可以下載您想要的模塊了。 模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮到已經(jīng)安裝的dnastar文件 夾中替換舊的模塊文件。 用macintosh finder打開lasergene瀏覽器，找到 dnastar文件 夾，從 file menu 選擇 update applications，然后插入安裝盤，等待 升級(jí)完畢。生物秀

14、下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 7 - 軟件安裝 本節(jié)介紹若何從 cd在蘋果機(jī)（ macintosh）上安裝lasergene。注 意安裝是盡量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進(jìn)行。 必備條件 一張個(gè)人的lasergene安裝盤； 一張lasergene軟件光碟； 足夠的硬盤空間和內(nèi)存：至少30 mb 的硬盤， 32mb 的ram 。 從光盤安裝lasergene 插入安裝盤和安裝光盤，雙擊圖標(biāo)， 則出現(xiàn)下面的窗口， 點(diǎn)擊繼 續(xù)則出現(xiàn)安裝窗口。 窗口中有兩種安裝選擇： 簡易安裝和一般安裝。 簡易安裝可以運(yùn)行于 68k-family and pow

15、er macintoshes 。 而一般安裝可以安裝工作站文件、執(zhí)行文件和樣品資料， 我們推薦使用 簡易安裝，如果使用一般安裝可以節(jié)省5mb 的空間。 注意安裝完畢后，要重新啟動(dòng)計(jì)算機(jī)。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 8 - 網(wǎng)絡(luò)安裝lasergene網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)是可以運(yùn)行于局域網(wǎng)計(jì)算機(jī)上的軟件。他有兩部 分組成：一是資料服務(wù)器，服務(wù)器要有較大的硬盤和較高的運(yùn)行速度； 二是與服務(wù)器相連的終端機(jī)。后者通過一個(gè)稱為dongle的lasergene硬盤設(shè)備相連進(jìn)行管理。 必備條件 安裝磁盤（服務(wù)器版） 客戶端磁盤，包括安裝盤（終端版）和disk 1

16、（終端版）。lasergene軟件光盤dnastar網(wǎng)絡(luò)用 dongle 盤足夠的硬盤空間和內(nèi)存：服務(wù)器至少30 mb 的硬盤， 8mb 的ram 。終 端機(jī)至少1 mb 的硬盤， 32mb的ram 。 定義 在安裝lasergene網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)之前要熟悉以下術(shù)語： u 應(yīng)用程序：指 editseq, geneman, genequest, mapdraw, megalign, primerselect, protean, and seqman ii。 u 應(yīng)用程序服務(wù)器：是指存儲(chǔ)應(yīng)用程序的電腦，通常與dongle服務(wù) 器是同一個(gè)服務(wù)器，但也可以不同，當(dāng)在局部硬盤上安裝網(wǎng)絡(luò)程序 時(shí)，也可以在同一個(gè)

17、網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)中同時(shí)存在多個(gè)不同的應(yīng)用程序服務(wù) 器，而且應(yīng)用程序服務(wù)器不一定是蘋果機(jī)，儲(chǔ)存應(yīng)用程序的機(jī)器也生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 9 - 不一定必須能夠運(yùn)行該程序，僅僅是儲(chǔ)存而已。 u 終端機(jī)安裝 （又稱工作站安裝） ，安裝網(wǎng)絡(luò)版本 lasergene 運(yùn)行的最 小軟件部分，它包括以下在內(nèi)：licensekeeper ，navigator ，和系 統(tǒng)資源。 u 終端機(jī)：這可以是任何不作為dongle server 的網(wǎng)絡(luò)上的機(jī)器。終端 機(jī)是任何最少穿過終端機(jī)安裝的機(jī)器， 這樣是使得 lasergene應(yīng)用程 序運(yùn)行需要的最少、最低限度的

18、軟件。 u dongle ：dongle是網(wǎng)絡(luò)版 lasergene 需要的硬件裝置。 每個(gè)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng) 都需要單獨(dú)的 dongle。 dongle是末端上帶 1個(gè)短的電纜的小的矩形的 裝置。有 2不同的種類的 dongles ：一種是在計(jì)算機(jī)背后可與調(diào)制解 調(diào)器端口連起來， 有9個(gè)pin 插頭； 另一種有 4個(gè)別針陽插頭， 連接鼠 標(biāo)和鍵盤。 u dongle 服務(wù)器：這是裝有dongle的機(jī)器，它肯定是最少穿過終端機(jī) 安裝的蘋果計(jì)算機(jī)，這機(jī)器應(yīng)該始終保持運(yùn)行。 u navigator：是為了更簡單的進(jìn)行l(wèi)asergene 應(yīng)用設(shè)計(jì)的工具。在必 要的情況下， navigator 將自動(dòng)安裝網(wǎng)絡(luò)組

19、件，而且為網(wǎng)絡(luò)安裝診斷 工具。 u licensekeeper：和 dongle交流的持有人的系統(tǒng)擴(kuò)展部分。它告訴 dongle哪個(gè)應(yīng)用被開始，這樣，dongle才允許末個(gè)機(jī)器程序運(yùn)行。 u 服務(wù)器安裝： 指lasergene 軟件的完整安裝，包括應(yīng)用程序、 licensekeeper 、navigator 和系統(tǒng)資源。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 10 - dongle安裝 使lasergene網(wǎng)絡(luò)版能夠運(yùn)行的第一個(gè)操作就是安裝dongle。在你安裝 之前，請(qǐng)檢查你的 dongle是否有 9-別針連接器 （connector) 或4-

20、別針連 接器（ connector) 。 u 關(guān)閉你打算裝 dongle 服務(wù)器那臺(tái)蘋果計(jì)算機(jī)的電源。 u 如果你的 dongle 有9- 別針連接器（ connector)，把它連接到你的計(jì) 算機(jī)調(diào)制解調(diào)器的端口上。 調(diào)制解調(diào)器端口是一個(gè)有9個(gè)外置接口的 設(shè)備，位于你的蘋果計(jì)算機(jī)的后面的展示板上，電話聽筒圖標(biāo)的附 近。 u 如果你的 dongle 有4- 別針連接器，從鍵盤斷開鼠標(biāo)，把dongle 接在 鍵盤上，接著，把你的鼠標(biāo)接在dongle上。 u 重新啟動(dòng)蘋果計(jì)算機(jī)。 u 如果你的 dongle 被接在蘋果計(jì)算機(jī)上，你必須按照dongle 服務(wù)器那 樣進(jìn)行軟件安裝。如果你打算將這機(jī)器作

21、為文件服務(wù)器，請(qǐng)安服務(wù) 器安裝的方法安裝。如果你不打算將這機(jī)器作為文件服務(wù)器，請(qǐng)安 終端機(jī)安裝的方法安裝。在對(duì)dongle服務(wù)器施行成 功 的軟件安裝之后，在啟動(dòng)時(shí)應(yīng)該出現(xiàn)右面的服務(wù)器 圖 標(biāo)。 服務(wù)器安裝（ server installation） u 這個(gè)安裝和在第5頁上所描述的軟件安裝過程基本相同的。 由于大部 分的網(wǎng)絡(luò)包括機(jī)器很多的不同的種類的（68 k，和power macintosh生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 11 - 機(jī)器），所以我們推薦您選擇簡易安 裝。 u 在完成軟件安裝之后， 如右圖操作共 享lasergene應(yīng)用

22、程序文件夾， 這樣， 其他的網(wǎng)絡(luò)用戶才可以使用。 如果你 不能確定怎樣操作， 請(qǐng)和你的網(wǎng)絡(luò)管 理員聯(lián)絡(luò)。 終端機(jī)安裝（ client installation） u 終端機(jī)安裝必須在全部需要對(duì)lasergene 服務(wù)器操作的機(jī)器， 但不是 文件服務(wù)器的機(jī)器。 u 插入安裝磁盤終端機(jī)版本，然后按照在第5頁上軟件安裝的方法安 裝。 u 隨后通過蘋果機(jī)菜單的選擇命令將文件服務(wù)器和終端機(jī)相連。一些 網(wǎng)絡(luò)可以使用其他的方法進(jìn)行相連。如果這步你有問題，請(qǐng)和你的 網(wǎng)絡(luò)管理員聯(lián)絡(luò)。 u 從終端機(jī)上的 dnastar文件夾中運(yùn)行瀏覽器。 u 從文件菜單，選擇尋找應(yīng)用程序，你應(yīng)該收到如下信息：全部應(yīng)程 序用都被瀏

23、覽器找到了。 現(xiàn)在就可以從文件服務(wù)器運(yùn)行l(wèi)asergene應(yīng)用程序了。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 12 - 疑難解答 系統(tǒng)配置沖突 一些系統(tǒng)配置可能會(huì)在安裝過程沖突，如果你不能從lasergene光盤成 功地安裝，可以關(guān)上不必要的配置： u 用計(jì)算機(jī)控制板上的配置管理器關(guān)閉任何不必要的擴(kuò)展程序。 u 或重新啟動(dòng)你的機(jī)器，繼續(xù)安裝。 網(wǎng)絡(luò)疑難 找不到 dongle服務(wù)器是網(wǎng)絡(luò)問題中最常見的問題。當(dāng)你開始運(yùn)行 dnastar應(yīng)用程序時(shí)， 你會(huì)遇到這問題， 提示信息顯示： dnastar許可服 務(wù)器沒有應(yīng)答，請(qǐng)?jiān)僭囈淮??？赡苡幸韵聨讉€(gè)原因：

24、 u 是否裝有 dongle 的計(jì)算機(jī)被關(guān)閉，如果是重啟dongle 機(jī)器即可。 u 是否 dongle 沒有接在蘋果計(jì)算機(jī)上，或者不在調(diào)制解調(diào)器端口或鼠 標(biāo)接口，按照第 8頁dongle installation命令在蘋果計(jì)算機(jī)上重新 安裝dongle。記住在除掉或者插入 dongle之前先關(guān)閉計(jì)算機(jī)。 u 如果你的 dongle 被接在 iifx，quadra 900 或quadra 950 等機(jī)子上， 你不僅需要重新安裝，還要進(jìn)行如下操作： 2從菜單中選擇 control panels中的 serial switch 雙擊，就會(huì)出現(xiàn)右面的窗口。 2將faster 換成compatible

25、。然后重啟計(jì)算 機(jī)。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 13 - 2如果 dongle 已適當(dāng)?shù)乇唤釉谡{(diào)制解調(diào)器端口上， 但是計(jì)算機(jī)不識(shí)別， 那可能是你的計(jì)算機(jī)在booting 期間里不是別調(diào)制解調(diào)器端口的 記號(hào)。用 licensekeeper 按下面的方法尋找調(diào)制解調(diào)器端口： l啟動(dòng) navigator 。 l按option network menu set licensekeeper 的順序打 開右邊的 licensekeeper 對(duì)話 框。 l把dongle delay 參數(shù)放到 3秒上。 l單擊 licensekeeper ，接著 d

26、one。 l重啟蘋果計(jì)算機(jī)。 l如果問題還沒解決，和dnastar聯(lián)絡(luò)。 其他解決網(wǎng)絡(luò)問題方法 要了解您的計(jì)算機(jī)和全部可通過網(wǎng)絡(luò)運(yùn)行dnastar的 dongle 服務(wù)器， 選 擇network menu中的diagnose licensekeeper 。計(jì)算機(jī)將告訴您是否 dongle被安裝到你的計(jì)算 機(jī)上，是否存在 licensekeeper 系統(tǒng)配置。 同時(shí)顯示 licensekeeper 站 點(diǎn)識(shí)別和版本編號(hào)。無論你 的計(jì)算機(jī)的授權(quán)狀態(tài)如何，生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 14 - navigator 都會(huì)報(bào)告所有已連接的 don

27、gle服務(wù)器的狀態(tài)。許可服務(wù)器報(bào) 告在網(wǎng)絡(luò)地帶附近形成， 可顯示全部對(duì)你的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)答的dongle服務(wù)器的 用戶名，站點(diǎn)識(shí)別和版本編號(hào)。通常，你的lan 包括單一的 dongle服務(wù) 器，但是，大的網(wǎng)絡(luò)上可以有幾個(gè)。如果你的計(jì)算機(jī)被接在大的lan 上， 打開這個(gè)報(bào)告可能會(huì)慢一些。確定全部licensekeeper 服務(wù)器的地點(diǎn)要 求network request被送到在 lan 上每個(gè)區(qū)。至少需要 1秒鐘才能確定是 否有回應(yīng)。 licensekeeper 錯(cuò)誤報(bào)告 如果授權(quán)系統(tǒng)沒有安裝，或者和dongle服務(wù)器連接困難， navigator 將 會(huì)發(fā)現(xiàn)問題， 報(bào)告錯(cuò)誤信息。 下面斜體為錯(cuò)誤類型，

28、 其后是各自的原因。 u licensekeeper系統(tǒng)擴(kuò)展沒在系統(tǒng)文件夾或擴(kuò)展文件夾中。 重新安裝 lasergene客戶端軟件。navigator 不能和系統(tǒng)擴(kuò)展連接，也沒在系 統(tǒng)文件夾中發(fā)現(xiàn)。對(duì)于 system 7或較晚的 macintoshes ，如果你重啟 計(jì)算機(jī)時(shí)按下 shift 鍵，則可能發(fā)生這問題。 u 當(dāng)計(jì)算機(jī)起動(dòng)的時(shí)候，按下了鼠標(biāo)按鈕或shift鍵。重啟你的機(jī)器。 因?yàn)橄到y(tǒng)擴(kuò)展在啟動(dòng)時(shí)被失活了， 所以navigator 不能和系統(tǒng)擴(kuò)展交 流。你的機(jī)器上安裝了較老版本的mac 機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。 安裝53或更新版本的 mac 機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。安裝的 mac 機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議不支持系統(tǒng)擴(kuò)展。在

29、小的網(wǎng)絡(luò)或 closely-knit的安裝上， 這將不是問題， 因?yàn)閐ongle服務(wù)器與其他的客 戶機(jī)在同一個(gè)區(qū)。如果必要，dnastar能為較新版本的 mac 機(jī)網(wǎng)絡(luò)協(xié)議生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 15 - （appletalk ）提供驅(qū)動(dòng)和 installation script。 u 不能在網(wǎng)上注冊(cè)licensekeeper 。和 dnastar聯(lián)絡(luò)。由于你的計(jì)算機(jī) 上有太多的其他的網(wǎng)絡(luò)處理，系統(tǒng)擴(kuò)展不能進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)操作。這種情 況很少見，但如果您的計(jì)算機(jī)是網(wǎng)絡(luò)中介的話，有時(shí)也會(huì)發(fā)生。 u licensekeeper系統(tǒng)擴(kuò)展所需的內(nèi)

30、存不夠。關(guān)閉不必要的系統(tǒng)擴(kuò)展。如果你的操作系統(tǒng)在你的計(jì)算機(jī)上使用了全部的內(nèi)存，這也會(huì)發(fā) 生。 u 系統(tǒng)文件夾被保護(hù)。去除系統(tǒng)文件夾保護(hù)，重啟計(jì)算機(jī)。系統(tǒng)文件 夾里的文件和已經(jīng)使用的文件不能夠保存。磁盤壓縮和口令保護(hù)的 擴(kuò)展時(shí)會(huì)發(fā)生這些問題。 u 重新安裝 lasergene 工作站軟件。系統(tǒng)擴(kuò)展使用的系統(tǒng)文件夾里的文 件不存在了。 應(yīng)用程序的使用 為了了解已連接的用戶的數(shù)目， 用戶使用了什末程序， 程序使用的時(shí)間， 可以從 network menu打開application usage。窗口中還會(huì)顯示有關(guān)諸 如客戶 / 服務(wù)器狀態(tài)， 站點(diǎn)識(shí)別和 licensekeeper 系統(tǒng)擴(kuò)展的版本編號(hào)等

31、 一般信息。當(dāng)這窗口打開時(shí)，navigator 將沒10秒鐘更新一次應(yīng)用程序 的使用信息。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 16 - 更多的 licensekeeper 信息 計(jì)算機(jī)啟動(dòng)時(shí)， licensekeeper 將自動(dòng)尋找網(wǎng)絡(luò)的區(qū)信息和每個(gè)區(qū)的 dongle服務(wù)器。只有標(biāo)識(shí)號(hào)與 licensekeeper 系統(tǒng)擴(kuò)展相符的 dongle服 務(wù)器才能夠被識(shí)別。這允許1臺(tái)以上 dongle服務(wù)器在相同的網(wǎng)絡(luò)的范圍 內(nèi)操作。如果網(wǎng)絡(luò)管理員改變了有dongle服務(wù)器的區(qū)名并重新啟動(dòng) dongle服務(wù)器，那末區(qū)外的所有終端機(jī)也必須重新啟動(dòng)。 系

32、統(tǒng)擴(kuò)展作為 dongle server 成功啟動(dòng)時(shí)，在啟動(dòng)期間會(huì)出現(xiàn)這 個(gè)圖標(biāo)。 系統(tǒng)擴(kuò)展作為終端機(jī)成功啟動(dòng)時(shí)， 在啟動(dòng)期間會(huì)出現(xiàn)這個(gè)圖標(biāo)。 系統(tǒng)擴(kuò)展被安裝，但是由于較少的內(nèi)存或失活（啟動(dòng)時(shí)按下了 鼠標(biāo)）而不能啟動(dòng)時(shí)會(huì)出現(xiàn)這個(gè)圖標(biāo)。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 17 - windows上的安裝與升級(jí)通過因特網(wǎng)升級(jí) 必備條件 18 下載升級(jí)程序 18 軟件安裝 必備條件 19 從cd安裝lasergene 19生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 18 - 通過英特網(wǎng)升級(jí) 如果您以前已經(jīng)安

33、裝了lasergene 而且目前有升級(jí)和服務(wù)聯(lián)系，您 就可以通過英特網(wǎng)來升級(jí)您現(xiàn)有的版本，各種模塊（module）都是以 自解壓形式存儲(chǔ)的，你可以選擇性的下載安裝。 必備條件 您的用戶名和會(huì)員號(hào)是必需的，可以在安裝盤上找到。 程序升級(jí) 備份您已有的lasergene，找到您要升級(jí)的執(zhí)行程序，并把它轉(zhuǎn)移到 備份的文件夾中。 連接到 dnastar網(wǎng)站的主頁 (http:/)，從菜單中的customers中點(diǎn)擊 lasergene updates點(diǎn)，安提示輸入密碼和用戶名 （與會(huì)員名相同），這樣就會(huì)打開下載頁面。 找到windows軟件（ windows 95/98/nt software.），就

34、可以下載您 想要的模塊了。 模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮完畢。 看到“ application name” has been updated.說明升級(jí)完畢。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 19 - 軟件安裝 本節(jié)介紹若何從 cd在pc機(jī)（ windows）上安裝lasergene。注意 安裝是盡量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進(jìn)行。 必備條件 一張個(gè)人的lasergene安裝盤； 一張lasergene軟件光碟； 足夠的硬盤空間和內(nèi)存：至少30 mb 的硬盤， 32mb 的ram 。 從光盤安裝lasergene 插入安裝盤和安裝

35、光盤，雙擊安裝圖標(biāo)，則出現(xiàn)下面的窗口，點(diǎn)擊繼續(xù) 則出現(xiàn)安裝窗口。 隨后一次出現(xiàn)下面窗口， 請(qǐng)按 照提示做出選擇然后點(diǎn)擊next，直至完成安裝。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 20 -生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 21 - 從editseq 開始editseq 是能夠迅速、正確地輸入，并且修改 dna 或蛋白質(zhì)序列工 具。每個(gè) editseq 文件都可以分為三個(gè)可編輯的部分，上邊的一部分為 序列文件，中間的一部分里是評(píng)論，底部是序列的注釋。 editseq 能讀取大部分的序列格式包括

36、 fasta ，genbank ，abi、 gcg 和 ascii 格式。你可以使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。另 外， 序列也許通過使用鍵盤輸入，或者從其他地方復(fù)制、粘貼得到。 經(jīng) entrez 或 blast 檢索得到的序列可以直接從因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián) 網(wǎng)服務(wù)器下載。 序列被打開后， editseq 能使用標(biāo)準(zhǔn)或者指定的遺傳密碼進(jìn)行翻譯， 或者反翻譯，尋找開放讀框，還可以進(jìn)行閱讀校對(duì)。另外， editseq 能以 genbank ，fasta 和 gcg 格式輸出序列。 如果在使用這軟件中需要幫助， 可以和 dnastar 聯(lián)絡(luò)。 電話： （608） 258-7420，傳真：（608

37、）258-7439，電子信件： ， 或者經(jīng) http:/.生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 22 - 內(nèi)容 打開已有序列 23 尋找開放讀框 24 dna 序列翻譯 24 遺傳密碼選擇使用 25 遺傳密碼修改 25 序列的反向互補(bǔ)及反向轉(zhuǎn)換 26 blast 檢索 27 序列信息查看 28 序列校讀 29 序列的保存與輸出 29生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 23 - 打開已有序列 我 們 從 用 蘋 果 計(jì) 算 機(jī) 打 開 “ tethis21ma ” 和 用 windows 打 開

38、 “tethis21.seq”開始。 假設(shè)序列的末尾有載體序列污染。我們?cè)谟?editseq 打開序列的同時(shí)， 用 set ends 命令去除 5和 3污染序列。 l從文件菜單（ file menu ），選擇 open。 l打開文件夾“ demo sequences”單擊選定序列“tethis21”。 l單擊位于對(duì)話框右下角的 set ends 按 鈕。set ends 被打開（如右）。 l在 5框和 3框中鍵入 50 和 850，點(diǎn) 擊 ok 。單擊 open 打開序列。 當(dāng) editseq 窗口打開時(shí)， 序列長度顯示在右上角。 通過 “setting ends, ” 現(xiàn)在你只有最初序列中的

39、 801 bp 的片段。 set ends 選擇在全部 lasergene 應(yīng)用程序中都可以使用。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 24 - 尋找開放讀框 在這入門的一部分中，我們將確定序列中最大的 orf ，并翻譯它。 l從 search menu 找到 orf ，點(diǎn) 擊打開會(huì)出現(xiàn)右邊的對(duì)話框。 l單擊 find next 尋找第一個(gè) orf 的位置。 l繼續(xù)點(diǎn)擊 find next 直到你把 orf 的位置選定在位置 183-455 。orf 的坐標(biāo)會(huì)出現(xiàn)在 editseq 窗口的頂端附近。 dna序列翻譯 這一節(jié)中我們介紹如何翻譯我們

40、的 orf ，不過任何序列中的讀框內(nèi)部分 都可以用下面的方法進(jìn)行翻譯。如果你的選擇是在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，三 聯(lián)碼指示棒顯示為實(shí)心黑線（如左圖）。如果 你的選擇是不在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，左邊的箭 頭和右面的箭頭顯示向左或向右移動(dòng)一個(gè) bp，以使所選序列成為三的倍數(shù)。 l選定 orf ，從 goodies menu 菜單中選 擇翻譯（ translate ） 。 l翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個(gè)新的未 命名窗口中（如右圖） 。它是使用標(biāo)準(zhǔn) 的遺傳密碼翻譯的。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 25 - 使用其它遺傳密碼 根據(jù)你的序列的來源， 你可以選擇使用

41、非標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼進(jìn)行翻譯等操 作。在這節(jié)中，我們將標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼轉(zhuǎn)換成 ciliate macronuclear 密碼 。 l從 goodies menu 菜單選擇 genetic codes 打開，子菜單顯示如左。 l單擊“ ciliate macronuclear”就實(shí)現(xiàn)了 遺傳密碼的轉(zhuǎn)換， editseq 現(xiàn)在使用的就 是 ciliate macronuclear 的遺傳密碼。 l同樣可以將遺傳密碼轉(zhuǎn)換為其它類型。 遺傳密碼的編輯 這一節(jié)中我們修改 ciliate macronuclear 的遺傳密碼。 l從 goodies menu 菜單選擇 edit selected code 。這

42、將打開右面的窗 口，窗口顯示遺傳密碼是怎樣翻譯 dna 和 rna 序列的。 l如以 dna 形式展示密碼，點(diǎn)擊 dna 按鈕。 l編輯時(shí)，單擊任何要編輯的密碼， 從其目前的位置拖到新氨基酸對(duì)應(yīng)的位置則可。 l如使用不同的啟始密碼子，單擊 set starts 按鈕。第二的遺傳密碼 窗就會(huì)被打開，可以進(jìn)行起始密碼子選擇。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 26 - l單擊任何氨基酸 （或者 codon 位置） ，該密碼子就會(huì)變成綠色，而且 旁邊出現(xiàn)一個(gè)箭頭，它就被設(shè)定為起始密碼子了。如要去除，只需 單擊它即可。如不保存，則單擊取消；如要保存，

43、單擊保存為。 序列的反向互補(bǔ)及反向轉(zhuǎn)換 下面的步驟可以用于反向測定的序列的正確輸入。 l選定序列。 l從 goodies menu 菜單，選反向互補(bǔ)序列（reverse complement ）， 或者把序列顛倒過來（ reverse sequence）命令，則被選定的序列 就被翻轉(zhuǎn)互補(bǔ)或翻轉(zhuǎn)過來了。 blast檢索 下面我們將在 ncbi 的 blast 服務(wù)器上對(duì) tethis21 序列進(jìn)行相似性比 較。注意為了進(jìn)行 blast 查找必須保證因特網(wǎng)的連接。如果你沒有連接 因特網(wǎng)，跳過這部分，繼續(xù)下一部分。 l選定序，或者從 edit 菜單中選擇 select all。 l從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（n

44、et search menu） ， 選擇 blast 查找。 blast 對(duì)話框就會(huì)出現(xiàn)。 l程序默認(rèn)為 blastn ，數(shù)據(jù)庫默認(rèn)是 nr ，參數(shù)轉(zhuǎn)換請(qǐng)參照幫助。 l單擊 ok 開始查找。 l尋找結(jié)果顯示為兩部生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 27 - 分 （如下）。 上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字， 下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的 具體結(jié)果。 有關(guān)“score ”和“expectation ”的詳細(xì)的信息在 ncbi s 網(wǎng)點(diǎn) /blast

45、.可以找到。 一般來說，更主要的 score 和更低的 expectation 提示較好的相似 性。 lblast 結(jié)果窗最上邊的 3 鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列， 或者讓你了解更多的有關(guān)信息。 下面我們從用“ create document”鈕來打開評(píng)分最高的 5 序列開始： l單擊 create document 。一個(gè)小 的對(duì)話框出現(xiàn)。 l在左上角有一個(gè)下拉菜單顯示 默認(rèn)（ default ） 。單擊下拉菜單，選頂端（top）。并在右面的文本 框中寫入 5。 l單擊 ok ，editseq 自動(dòng)查對(duì)多余序列。如果 editseq 提示至少 2 序 列是同一個(gè)，請(qǐng)點(diǎn)擊 ok 。ed

46、itseq 將從因特網(wǎng)數(shù)據(jù)庫下在單一的序 列，并分別打開一個(gè)單獨(dú)的 editseq 窗口。 下面我們用“ batch save ”鈕將 3-10 序列保存為 editseq 文件： l選定從頂端起第 3 個(gè)序列。單擊 batch save。小的灰色的對(duì)話框出 現(xiàn)。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 28 - l單擊下拉菜單，選 next。并在右面的文本框中寫入 8。 l點(diǎn)擊 set location，顯示文件夾對(duì)話框。 l選定你要保存序列的位置。單擊 ok 回到灰色的對(duì)話框。 l單擊 ok 保存序列，文件擴(kuò)展為“.seq ” 。在下載過程期間

47、，editseq 自動(dòng)查對(duì)重復(fù)的序列。如果 editseq 提示至少 2 序列是同一個(gè)，請(qǐng) 點(diǎn)擊 ok 。 l除非你收到錯(cuò)誤信息，否則可以認(rèn)為你的序列已經(jīng)成功下載。 最后我們可以使用“ launch browser ”鈕查看序列的詳細(xì)信息 l選定序列。 l選擇 launch browser。 l你 的 網(wǎng) 絡(luò) 瀏 覽 器 將 打 開 右 面 的 窗 口。 序列信息查看 現(xiàn)在我們要使用 editseq 菜單指令查看有關(guān)打開的 tethis21 序列的信 息。 l選定序列的一部分。 如果你倒是 希望全選序列，從 edit menu 菜 單，選擇 select all。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)

48、http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 29 - l從 goodies menu 菜單，選 dna statistics。就會(huì)出現(xiàn)右面的窗口， 顯示序列信息。 序列校讀 在我們學(xué)習(xí)保存和輸出序列之前，下熟悉一下editseq 的校讀功能 這功能能幫助你校正測序膠中的錯(cuò)讀。 l選定序列。 l單擊校對(duì)發(fā)音圖標(biāo) （序列窗口底部張開的嘴）， 或者從 speech menu ， 選proof-read sequence 。 l電子的音聲就會(huì)開始朗讀所選的序列。（注：如果你聽不見任何聲 音，檢查你的計(jì)算機(jī)的喇叭是否已經(jīng)打開。） l要改變音聲 read-back 的速度，從 speech

49、menu 菜單，選擇 faster or slower。 l要停止校讀，點(diǎn)擊圖標(biāo)（手），或者從speech menu菜單，選擇 proof-read sequence 。 序列的保存與輸出 首先創(chuàng)建一個(gè)用于保存的序列。從文件菜單，選new 中的new dna ，或者 new protein 。 l將序列寫入出現(xiàn)的窗口。 l如果你輸入非法字符，計(jì)算機(jī)會(huì)發(fā)出警告。 然后，我們將序列保存為editseq 文件：生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 30 - l從文件菜單，選save。 l選定保存位置。 l給序列命名。 l單擊保存則可。 以genban

50、k 或gcg 格式保存序列： l從文件菜單，選export 。 l選定保存位置。 l為sequence(s) 選格式。 l給sequence(s) 命名。 l單擊保存則可。 以fasta 格式保存序列： l從文件菜單，選export （1個(gè)序列），或者export all as one（多 個(gè)序列）。當(dāng)使用 export all as one的時(shí)候，如果 dna 和蛋白質(zhì)文 件同時(shí)存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。 editseq 僅僅將寫入的序列保存為fasta 格式。 l選定保存位置。 l選fasta 格式。 l給sequence(s) 命名。 l單擊保存則可。生物秀下載頻道

51、專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 31 - 從genequest 開始genequest 可以幫助你發(fā)現(xiàn)和注釋 dna 序列中的基因，并幫助您操 作生物學(xué)所關(guān)心的 dna 的其他 feature ： 包括orfs 、拼接點(diǎn)連接， 轉(zhuǎn)錄因 子結(jié)合為點(diǎn)、 重復(fù)序列、 限制性內(nèi)且酶酶切位點(diǎn)等。 通過應(yīng)用 “methods” 到序列，序列的 feature 可以以圖形的形式展示出來。你可以在序列上 注釋任何你發(fā)現(xiàn)的 feature 。和其它的 lasergene應(yīng)用程序一樣， genequest 也提供整合的 blast 和entrez 尋找功能。 genequ

52、est 能直接打開 dnastar，abi和genbank 文件。其他格式的 序列文件也可以使用 editseq 改為dnastar格式。如果你知道 genbank 序 列的登錄號(hào)或名稱，你可以直接打開序列。另外，你還可以在entrez 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列查找和輸入。 如果在使用這軟件中需要幫助， 可以和 dnastar 聯(lián)絡(luò)。 電話： （608） 258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件： ， 或者經(jīng) http:/.生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 32 - 內(nèi)容 打開已有分析文件 33 genequest 的dna 分析

53、方法 34 用分析方法操作 35 方法參數(shù)改變 36 結(jié)果展示優(yōu)化 37 feature 注釋 38 blast 檢索 39 entrez database 檢索 41 genequest 的其他特點(diǎn) 42 保存分析文件 43生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 33 - 打開已有分析文件 在這一節(jié)中，我們將對(duì)已有的genequest 文件（也叫做 genequest 分析） “nematode r01h10. ”進(jìn)行操作。 l從文件菜單，選擇open打開一 個(gè)和右邊相似的窗口。 l在蘋果計(jì)算機(jī)上，從show 菜單 中選擇 genequestd

54、ocument 文 件。在windows 上，從文件類型 菜單(files of type)的中選擇 genequest documents 。 l用文件管理系統(tǒng)打開名為“demo sequences.”的文件夾。雙擊 nematode r01h10 ，就可以打開下面的窗口。生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 34 - genequest 的dna 分析方法 打開 genequest文件后，下一步是選擇應(yīng)用方法。應(yīng)用方法后，結(jié)果的 圖形顯示可以幫助你了解序列上感興趣的features。打開序列后，你會(huì) 發(fā)現(xiàn)只有幾種方法應(yīng)用后的結(jié)果展示在窗口內(nèi)

55、。在下一部分中， 我們將 學(xué)習(xí)如何把其它方法用于我們序列的分析。 ltitle 給文件取名。 lruler 在文件中加入標(biāo)尺。 lsequence 顯示文件中的序列。 lpatterns-matrix 方法的運(yùn)算參數(shù)。 lpatterns-signal 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫。 lpatterns-type-in patterns 使用鍵盤輸入運(yùn)算所需的pattern 參 數(shù)。 lrepeats-inverted repeats 尋找反向重復(fù)序列。 lrepeats-dyad repeats尋找 dyad重復(fù)和 palindromes 。 lrepeats-direct repeats尋找正向

56、重復(fù)序列。 lgene finding - dna finder在打開的 dna序列中尋找指定dna 序列。分別顯示正義連和反義連的尋找結(jié)果。 lgene finding - protein finder在打開的蛋白質(zhì)序列中尋找指定dna 序列的翻譯序列。顯示結(jié)果為全部6個(gè)讀框。 lenzymes-restriction map 用 dnastar 酶目錄中的酶分析打開 的序列，并以圖形方式展示。 lcoding prediction - borodovsky用 borodovsky s markov 方法生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/

57、35 - 來識(shí)別潛在的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展示。 lcoding prediction - starts stops orfs根據(jù)指定的 orfs的最小 長度，尋找可能的開放讀框，可以選擇是否需要起始密碼子。讀框 的啟始和中止點(diǎn)分別展示。 lcoding prediction local compositional complexity根據(jù)shannon信息學(xué)原理尋找有基因編碼提示信息的區(qū)域。 lbase contents-base distribution 序列上 4種堿基、a+t 和g+c的 頻率、分布，以及 at 和gc分布區(qū)域。 lbent dna - bending index

58、dna折疊預(yù)測。 用分析方法操作 調(diào)用新的 genequest方法的步驟是： 從more methods 中選擇方法， 加入 方法簾（ method curtain ），待方法運(yùn)行完畢后，選擇性的拖取結(jié)果放 入分析界面 （assay surface） 即可（見右圖）。 在本節(jié)中，我們 使用bent dna - bending index 方 法進(jìn)行分析。 l從analysis menu 選擇 show available methods 可以打開方法簾，也可以通過生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 36 - 拖動(dòng)分析界面左上角的小環(huán)的打開方法

59、簾。方法簾中包括已經(jīng)用于 分析的全部方法。 l你將注意到方法簾沒有bent dna - bending index method。在方法 簾的頂端，點(diǎn)擊 more methods 打開一個(gè)下拉菜單，其中尤可以用于 分析的所有方法，點(diǎn)擊bent dna - bending index method，該方法 就進(jìn)入了方法簾。 l若查看方法簾中的方法是否已經(jīng)被應(yīng)用，點(diǎn)擊其右邊的三角形。如 果圖標(biāo)前有數(shù)字表明該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應(yīng)用的次數(shù)。因?yàn)?我們還沒有應(yīng)用 bent dna - bending index ，所以點(diǎn)擊三角形， 會(huì)發(fā) 現(xiàn)圖標(biāo)前沒有數(shù)字。 l點(diǎn)擊白顏色的位置去除對(duì)圖標(biāo)的選擇。 l單

60、擊選定“ bend region,”，將其拖到分析 界面，釋放鼠標(biāo)。序列中可能會(huì)折疊的區(qū)域就會(huì)以小盒子的形式顯 示出來。 方法參數(shù)改變 下面我們改變方法的參數(shù)， 然后將分析結(jié)果與參數(shù)改變前的結(jié)果進(jìn)行比 較。 l重復(fù)前面的操作，在方法簾中加入一個(gè)新的bent dna - bending index ，并把它拖如分析界面?，F(xiàn)在你應(yīng)該有2個(gè)完全一樣的折疊區(qū) 分析結(jié)果。 l雙擊方法簾中任何一個(gè)結(jié)果，將打開一個(gè)參數(shù)對(duì)話框。 l改變弧長度參數(shù)為 30，單擊 ok 。分析界面上就會(huì)出現(xiàn)根據(jù)此參數(shù)計(jì)生物秀下載頻道專業(yè)資源下載平臺(tái)http:/ 生物秀實(shí)驗(yàn)頻道專業(yè)生物實(shí)驗(yàn)中心http:/ 37 - 算得到的結(jié)果。 （注：如果你再次