基因組學作業(yè)-Copy

1、小腸結腸炎耶爾森氏菌外膜蛋白小腸結腸炎耶爾森氏菌外膜蛋白ailail的生的生物信息學分析物信息學分析專 業(yè)：遺傳學主要內容外膜蛋白omp研究目的、意義及進展y. enterocolitica ail核酸序列的簡單分析y. enterocolitica ail編碼蛋白序列的簡單分析一、一、 omp研究目的、意義及進展研究意義及進展：1、隨著抗生素在水產(chǎn)養(yǎng)殖中的濫用，細菌的耐藥性日趨嚴重，相比之下對高效疫苗的研發(fā)也就越發(fā)重要。2、目前，已有學者對耶爾森氏菌屬外膜蛋白ail進行了致病性、作用靶位點及在免疫中的防護作用等研究。3、ail作為耶爾森氏菌屬一種特定的外膜蛋白，對其結構信息尚報道較少。 目的

2、：本次以小腸結腸炎耶爾森氏菌外膜蛋白ail基因序列為基礎，對此進行一系列生物信息學分析，期望能對該蛋白的特性和功能有一定了解。為進一步對疫苗的研制提供理論依據(jù)。二、二、y. enterocolitica y. enterocolitica ailail核酸序列的簡單核酸序列的簡單分析分析 1 序列拼接 序列拼接常用軟件：（1）biolignbiolign（2）capcap（3）seqmanseqman（4）contigexpresscontigexpress以contigexpresscontigexpress為例：載入目的序列、進行拼接、導出拼接后序列。 2 核酸序列的同源性分析基于ncbi

3、/blastncbi/blast軟件的序列同源性分析/blast/blast.cgi比對結果 3 核酸序列組成分析 （1）基于biolignbiolign軟件四種堿基類型的統(tǒng)計a or c（2）核酸序列的限制性酶切圖譜（部分）（3）核酸序列的開放閱讀框架分析基于ncbi/orf finderncbi/orf finder的orforf分析 /gorf/gorf.html（4）核酸序列翻譯成蛋白質序列結合genescangenescan工具與bioeditbioedit軟件將核酸序列翻譯成蛋白

4、質/genscan.html 利用genescangenescan工具分析 核酸翻譯結果 利用bioeditbioedit軟件對核酸進行分析結果翻譯后氨基酸數(shù)量小結1、該基因序列中a+t含量較高。2、該基因序列存在多個酶切位點。3、在384-320之間的序列存在能翻譯成178個 氨基酸。三、三、y. enterocolitica y. enterocolitica ompomp編碼蛋白序列的編碼蛋白序列的簡單分析簡單分析 1 編碼蛋白質基本性質（1）蛋白質的理化性質分析結合expasy/ protparamexpasy/ protparam及bioedit

5、bioedit軟件分析氨基酸及原子組成、等電點、消光系數(shù)等。/protparam/（2）編碼蛋白酶切位點分析基于expasy/ peptidecutterexpasy/ peptidecutter軟件/peptide_cutter （3）親疏水性分析平均平均疏水性疏水性值為值為-0.111，整個蛋白，整個蛋白表現(xiàn)為親水性。表現(xiàn)為親水性。（4）編碼蛋白跨膜區(qū)分析結合tmhmmtmhmm與與hmmtophmmtop工具對膜區(qū)進行分析 http:/www.cbs.dtu.dk/services/tmhmm-2.0/ ht

6、tp:/www.enzim.hu/hmmtop/server/hmmtop.cgi預測結果表明該蛋白于624區(qū)域預存在一個跨膜螺旋（5）編碼蛋白信號肽預測分析基于signalp 4.0signalp 4.0軟件對信號肽進行預測http:/www.cbs.dtu.dk/services/signalp/該編碼蛋白存在信號肽，剪切位點位于2324之間mean s=0.8060.5 2 蛋白質二級結構預測（1）基于predictproteinpredictprotein軟件//螺旋，折疊， 轉角，無規(guī)則卷曲（coils）以及模序（motif）等局部結構組件構成了蛋質基本的二級結構。（1）prof 二級結構預測結果 螺旋占螺旋占11.8%11.8%，折疊占，折疊占50%50%，環(huán)占，環(huán)占38.2%38.2%二硫鍵位子預測位子預測（2）二硫鍵位子預測（3）模體搜索結果（2）蛋白質結構域預測基于interprointerpro 數(shù)據(jù)庫分析蛋白序列的功能功能、結結 構構和進化單元進化單元 http:/www.ebi.ac.uk/interpro/ （1）保守區(qū)分析保守區(qū)位置保守區(qū)位置 （2）蛋白家族信息結構鏈接結構鏈接在其他物種中的分布 4 蛋白質三維結